View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13038_low_3 (Length: 600)

Name: NF13038_low_3
Description: NF13038
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13038_low_3
NF13038_low_3
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (18-286)||(13084289-13084552)
chr8 (379-586)||(21940665-21940872)
chr8 (381-586)||(22171491-22171694)
chr8 (385-586)||(6094129-6094330)
chr8 (381-580)||(28554885-28555084)
chr8 (385-586)||(24642655-24642856)
chr8 (385-512)||(24636860-24636987)
chr8 (391-583)||(38232380-38232570)
chr8 (409-570)||(32872857-32873019)
chr8 (400-458)||(2375027-2375085)
chr8 (417-480)||(10920234-10920297)
chr8 (285-313)||(22171394-22171422)
[»] scaffold0234 (4 HSPs)
scaffold0234 (379-586)||(2321-2528)
scaffold0234 (379-586)||(11212-11419)
scaffold0234 (285-313)||(2594-2622)
scaffold0234 (285-313)||(11485-11513)
[»] chr4 (32 HSPs)
chr4 (379-586)||(19926760-19926967)
chr4 (379-586)||(26970463-26970670)
chr4 (379-586)||(55612683-55612890)
chr4 (379-586)||(5707320-5707527)
chr4 (379-586)||(26963640-26963847)
chr4 (379-586)||(5713948-5714155)
chr4 (379-586)||(10621333-10621540)
chr4 (379-586)||(868597-868804)
chr4 (379-586)||(10628412-10628619)
chr4 (381-586)||(18262214-18262419)
chr4 (381-586)||(28393134-28393339)
chr4 (381-586)||(4426604-4426808)
chr4 (381-586)||(18269070-18269280)
chr4 (391-586)||(8845215-8845410)
chr4 (391-586)||(8858179-8858374)
chr4 (379-494)||(12357136-12357251)
chr4 (387-586)||(20311299-20311499)
chr4 (385-586)||(10677555-10677753)
chr4 (385-586)||(10891195-10891393)
chr4 (381-585)||(5616215-5616421)
chr4 (385-586)||(5668125-5668327)
chr4 (385-586)||(35223576-35223767)
chr4 (428-495)||(39074278-39074346)
chr4 (405-586)||(21454137-21454319)
chr4 (417-585)||(30040750-30040919)
chr4 (429-488)||(11161913-11161972)
chr4 (511-585)||(11420968-11421042)
chr4 (285-313)||(5713854-5713882)
chr4 (285-313)||(10621606-10621634)
chr4 (285-313)||(26963546-26963574)
chr4 (285-313)||(26970369-26970397)
chr4 (516-568)||(39074218-39074270)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (379-586)||(18252030-18252237)
chr1 (379-586)||(18532514-18532721)
chr1 (379-586)||(27131409-27131616)
chr1 (381-586)||(21171233-21171438)
chr1 (381-586)||(27310577-27310782)
chr1 (381-586)||(16359035-16359240)
chr1 (385-586)||(36816633-36816834)
chr1 (379-586)||(3855919-3856126)
chr1 (379-586)||(22657221-22657429)
chr1 (385-586)||(27277557-27277756)
chr1 (413-586)||(12006539-12006712)
chr1 (413-586)||(12014284-12014457)
chr1 (391-586)||(9917918-9918106)
chr1 (385-454)||(30720625-30720694)
chr1 (409-486)||(3403248-3403325)
chr1 (409-486)||(3443494-3443571)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (379-586)||(29327784-29327991)
chr7 (379-586)||(11536062-11536269)
chr7 (379-586)||(11542980-11543187)
chr7 (381-586)||(15152445-15152650)
chr7 (381-586)||(15148144-15148349)
chr7 (381-586)||(18561009-18561214)
chr7 (381-586)||(12750828-12751033)
chr7 (385-582)||(12738542-12738739)
chr7 (381-586)||(18257842-18258047)
chr7 (385-567)||(13392157-13392338)
chr7 (401-586)||(2364917-2365101)
chr7 (385-472)||(39111819-39111905)
chr7 (412-571)||(7396221-7396381)
chr7 (453-496)||(3132748-3132791)
chr7 (429-494)||(10234179-10234244)
chr7 (379-411)||(2653207-2653239)
chr7 (511-585)||(2935983-2936057)
chr7 (285-313)||(11543253-11543281)
chr7 (517-585)||(47167135-47167203)
[»] chr3 (33 HSPs)
chr3 (379-586)||(6110064-6110271)
chr3 (379-586)||(10572592-10572799)
chr3 (381-586)||(16482483-16482688)
chr3 (385-586)||(17781118-17781319)
chr3 (379-586)||(15600884-15601091)
chr3 (379-586)||(15607429-15607636)
chr3 (381-586)||(18522665-18522870)
chr3 (382-586)||(13211305-13211509)
chr3 (379-586)||(13248607-13248814)
chr3 (379-586)||(15357586-15357793)
chr3 (385-586)||(10579355-10579556)
chr3 (381-586)||(18519980-18520182)
chr3 (385-586)||(19089745-19089946)
chr3 (379-586)||(8490488-8490702)
chr3 (381-586)||(17200184-17200389)
chr3 (398-586)||(15342219-15342407)
chr3 (381-586)||(13516813-13517018)
chr3 (379-540)||(18640792-18640953)
chr3 (385-586)||(32056900-32057101)
chr3 (385-586)||(1647521-1647726)
chr3 (381-567)||(16200128-16200313)
chr3 (379-571)||(29924971-29925163)
chr3 (379-571)||(29974124-29974316)
chr3 (381-567)||(16200434-16200619)
chr3 (386-586)||(24253388-24253589)
chr3 (485-586)||(17136465-17136566)
chr3 (381-443)||(18534758-18534820)
chr3 (381-426)||(18510924-18510969)
chr3 (285-313)||(13248513-13248541)
chr3 (285-313)||(15351267-15351295)
chr3 (285-313)||(15357859-15357887)
chr3 (285-313)||(15601158-15601186)
chr3 (511-583)||(25979006-25979078)
[»] scaffold0390 (3 HSPs)
scaffold0390 (379-586)||(6934-7141)
scaffold0390 (379-586)||(13950-14157)
scaffold0390 (285-313)||(7207-7235)
[»] chr6 (24 HSPs)
chr6 (379-586)||(29308890-29309097)
chr6 (379-586)||(29315850-29316057)
chr6 (381-586)||(16566320-16566525)
chr6 (379-586)||(27381252-27381459)
chr6 (379-586)||(27471635-27471842)
chr6 (381-586)||(17684469-17684674)
chr6 (379-586)||(17691440-17691647)
chr6 (381-586)||(188977-189182)
chr6 (381-586)||(25537159-25537364)
chr6 (381-586)||(11651725-11651930)
chr6 (381-586)||(13359269-13359474)
chr6 (418-586)||(20553587-20553755)
chr6 (398-571)||(8509941-8510115)
chr6 (402-586)||(27925772-27925961)
chr6 (417-585)||(20736604-20736773)
chr6 (417-586)||(17850495-17850663)
chr6 (386-441)||(31258065-31258120)
chr6 (500-585)||(19218371-19218455)
chr6 (395-460)||(22259925-22259990)
chr6 (285-313)||(17684742-17684770)
chr6 (285-313)||(27381525-27381553)
chr6 (285-313)||(27471908-27471936)
chr6 (285-313)||(29308796-29308824)
chr6 (285-313)||(29315756-29315784)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (379-586)||(21330248-21330455)
chr2 (379-586)||(18796506-18796713)
chr2 (381-586)||(18619807-18620011)
chr2 (385-524)||(19692598-19692737)
chr2 (444-571)||(20977957-20978084)
chr2 (413-586)||(36270199-36270373)
chr2 (413-586)||(18822115-18822290)
chr2 (499-586)||(12098618-12098705)
chr2 (421-571)||(24471643-24471792)
chr2 (415-570)||(36802664-36802820)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (379-586)||(18288-18495)
[»] scaffold0433 (2 HSPs)
scaffold0433 (379-586)||(7107-7314)
scaffold0433 (285-313)||(7013-7041)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (379-586)||(24695466-24695673)
chr5 (379-586)||(18569863-18570070)
chr5 (381-586)||(19714498-19714703)
chr5 (385-586)||(19707218-19707419)
chr5 (384-567)||(27347497-27347679)
chr5 (385-586)||(22547016-22547217)
chr5 (379-488)||(39537962-39538071)
chr5 (383-564)||(17285754-17285935)
chr5 (385-488)||(31886537-31886640)
chr5 (445-586)||(18807034-18807175)
chr5 (383-564)||(17298907-17299088)
chr5 (492-584)||(39538701-39538793)
chr5 (405-495)||(33477389-33477479)
chr5 (429-497)||(11479420-11479489)
chr5 (285-313)||(24695739-24695767)
[»] scaffold0657 (1 HSPs)
scaffold0657 (379-586)||(993-1200)
[»] scaffold0186 (1 HSPs)
scaffold0186 (379-586)||(25990-26197)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (381-586)||(5531-5736)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (381-562)||(230365-230545)
[»] scaffold0176 (2 HSPs)
scaffold0176 (379-443)||(8446-8510)
scaffold0176 (285-313)||(8576-8604)
[»] scaffold0565 (1 HSPs)
scaffold0565 (398-429)||(10127-10158)
[»] scaffold0326 (2 HSPs)
scaffold0326 (379-412)||(16615-16648)
scaffold0326 (285-313)||(16521-16549)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (408-480)||(92194-92267)
[»] scaffold0705 (1 HSPs)
scaffold0705 (285-313)||(71-99)
[»] scaffold0203 (1 HSPs)
scaffold0203 (285-313)||(23799-23827)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 13084552 - 13084289
Alignment:
Q  18 gaatcttcattcaaattcacagctttccatgtaagtgtcactactcttttaggataagattcnnnnnnnagaataattaaatgttcaaattggtccgtaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13084552 gaatcttcattcaaattcacagctttccatgtaagtgtcactactcttttaggataagattcattttt-agaataattaaatgttcaaattggtccgtaa 13084454  T
Q  118 aaatattgtaggaatgtatcaacgtggccttccatattatgatattccagaataatatttggaattgcaaaatattaataaagtttgtcattttgtctga 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13084453 aaatattgtagggatgtatcaacgtggccttccatattatgatattccagaataatatttggaattgcaatatattaataaagtttgtcattttgtctga 13084354  T
Q  218 atctgttatacatccttgacattaattattcttttagttgcaaattcatcacaaatataaataatcaat 286  Q
    ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13084353 atctgttatacatccttgac----attattcttttagttgcaaattcatcacaaatataaataatcaat 13084289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 21940665 - 21940872
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21940665 acaatgcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 21940764  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21940765 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 21940864  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  21940865 ctgatgat 21940872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Original strand, 22171491 - 22171694
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171491 aaggcatttccttattgattttgttttatttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 22171590  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171591 cccattaaacata--gaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 22171688  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  22171689 gatgat 22171694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Original strand, 6094129 - 6094330
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6094129 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 6094228  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  6094229 ttaaacataaggaaactatttttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatatgggtagagtgatg 6094328  T
Q  585 at 586  Q
    ||    
T  6094329 at 6094330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 381 - 580
Target Start/End: Original strand, 28554885 - 28555084
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28554885 aaggcatttctttattgattttgtttagtttcaaaataataaaatacctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 28554984  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28554985 cccattaaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 28555084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Original strand, 24642655 - 24642856
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24642655 catttctttattgattttgttttgtttcaaaatcataaagtccctagaattgttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 24642754  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24642755 ttaaacataaggaaactattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagtatagagactattatgtgggtagactgatg 24642854  T
Q  585 at 586  Q
    ||    
T  24642855 at 24642856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 512
Target Start/End: Original strand, 24636860 - 24636987
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24636860 catttctttcttgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccttttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 24636959  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagt 512  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  24636960 ttaaacataaggaaactattcttaaagt 24636987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 391 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 38232570 - 38232380
Alignment:
Q  391 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 490  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||  |   ||| ||||||||||||  ||| || |||||||||    
T  38232570 tttattgattttgttttatttcaaaataataaa-tctctagaatagttagtctgtttaataaatttttaggtataacttaatcatgacactccattaaac 38232472  T
Q  491 ataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgat 583  Q
     |||  | | |||||| |||||||  |||||||| |||||||   ||||| ||||   |||||||||| | |||||| ||| |||||||||||    
T  38232471 gtaa-aatagtattcttaaagtatttgtagtcaaactttattgtaaagtgagatagtcttaaagcataaaaactattttgtgggtagactgat 38232380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 409 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 32873019 - 32872857
Alignment:
Q  409 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgttta-atggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctc 507  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||  ||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||| | |||| || | |  || | || | |     
T  32873019 tttcaaaataataaagtccttataatagttcatccatttatatagaacattaagtatgacttaattgtgagatctcattgaaaagagtgacaatactatt 32872920  T
Q  508 aaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatg 570  Q
    ||| |||  ||||| ||| ||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  32872919 aaaatatttgtagttaagatttattgtgaagtgggataacatcaaagcatagagactattatg 32872857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 400 - 458
Target Start/End: Original strand, 2375027 - 2375085
Alignment:
Q  400 tttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacatt 458  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||  ||||||||||||||    
T  2375027 tttgttttgtttcaaaataataaactccctataataattagtcaatttaatggaacatt 2375085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 417 - 480
Target Start/End: Original strand, 10920234 - 10920297
Alignment:
Q  417 taataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  10920234 taataaaattcctagaataattagtctgtttaatggaacattaagtatgagttaatcgtgagac 10920297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Original strand, 22171394 - 22171422
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171394 attgttggaataagccctaatagccaatc 22171422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 4)
Name: scaffold0234
Description:

Target: scaffold0234; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 2528 - 2321
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2528 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 2429  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2428 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 2329  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  2328 ctgatgat 2321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 11419 - 11212
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11419 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 11320  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11319 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 11220  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  11219 ctgatgat 11212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 2622 - 2594
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2622 attgttggaataagccctaatagccaatc 2594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 11513 - 11485
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11513 attgttggaataagccctaatagccaatc 11485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 32)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 19926967 - 19926760
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19926967 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 19926868  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19926867 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 19926768  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  19926767 ctgatgat 19926760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 26970463 - 26970670
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26970463 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 26970562  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26970563 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 26970662  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  26970663 ctgatgat 26970670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 55612683 - 55612890
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55612683 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 55612782  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55612783 accccattaaacataaggaaactactctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 55612882  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  55612883 ctgatgat 55612890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 5707320 - 5707527
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5707320 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 5707419  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5707420 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 5707519  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  5707520 ctgatgat 5707527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 26963640 - 26963847
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26963640 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaaatataacttaattgtgag 26963739  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26963740 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 26963839  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  26963840 ctgatgat 26963847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 5713948 - 5714155
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5713948 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagcccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 5714047  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5714048 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 5714147  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  5714148 ctgatgat 5714155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 10621540 - 10621333
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10621540 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctggaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 10621441  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10621440 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 10621341  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  10621340 ctgatgat 10621333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 868597 - 868804
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  868597 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 868696  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  868697 accccgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 868796  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  868797 ctgatgat 868804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 10628619 - 10628412
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10628619 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctggaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 10628520  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10628519 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatattattaaagcatagagactattatgtaggtaga 10628420  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  10628419 ctgatgat 10628412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Original strand, 18262214 - 18262419
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18262214 aaggcatttctttattgattttgtttcgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 18262313  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18262314 cccgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 18262413  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  18262414 gatgat 18262419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 28393339 - 28393134
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28393339 aaggcatttctttattgattttgatttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 28393240  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28393239 cccattaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 28393140  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  28393139 gatgat 28393134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 4426808 - 4426604
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4426808 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 4426709  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4426708 cccgttaaacataagg-aactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 4426610  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  4426609 gatgat 4426604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Original strand, 18269070 - 18269280
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgatttt-----gttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgt 475  Q
    ||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18269070 aaggcatttctttattgattttgttttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgt 18269169  T
Q  476 gagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggt 575  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18269170 gagaccccgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggt 18269269  T
Q  576 agactgatgat 586  Q
    |||||||||||    
T  18269270 agactgatgat 18269280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 391 - 586
Target Start/End: Original strand, 8845215 - 8845410
Alignment:
Q  391 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8845215 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagatcccgttaaac 8845314  T
Q  491 ataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8845315 ataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtcggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtaggctgatgat 8845410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 391 - 586
Target Start/End: Original strand, 8858179 - 8858374
Alignment:
Q  391 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8858179 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagatcccgttaaac 8858278  T
Q  491 ataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8858279 ataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtcggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtaggctgatgat 8858374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 379 - 494
Target Start/End: Original strand, 12357136 - 12357251
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12357136 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 12357235  T
Q  479 accccattaaacataa 494  Q
    ||||||||||||||||    
T  12357236 accccattaaacataa 12357251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 387 - 586
Target Start/End: Original strand, 20311299 - 20311499
Alignment:
Q  387 tttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaag-tataacttaattgtgagaccccat 485  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||| |  ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20311299 tttctttattgattttgttttgttttaaaataataaagtacttataatagttaatatgttcaatggagcattaaggtataacttaattgtgagaccccat 20311398  T
Q  486 taaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 585  Q
    |||||||||||| ||| || | |||||||  || |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||    
T  20311399 taaacataaggacactgtttttaaagtatttgttgtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatagagactattttgtgggtagattgatga 20311498  T
Q  586 t 586  Q
    |    
T  20311499 t 20311499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 10677753 - 10677555
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| |||||| || ||||||| |||||||||| ||||||| | |||| ||||    
T  10677753 catttttttattgattttcttttgtttcaataaaataaagcccctaaaataattagtctgtataatggagcattaagtatgacttaatcgcgaga-ccca 10677655  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    ||||||  || || | |||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||| || |||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  10677654 ttaaacgaaatgatattattcttaaagtatccgtagtcaagctttagt--gaaatgagataacattaaagtatatagactattatgtgggtagactgatg 10677557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 10891393 - 10891195
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| |||||| || ||||||| |||||||||| ||||||| | |||| ||||    
T  10891393 catttttttattgattttcttttgtttcaataaaataaagcccctaaaataattagtctgtataatggagcattaagtatgacttaatcgcgaga-ccca 10891295  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    ||||||  || || | |||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||| || |||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  10891294 ttaaacgaaatgatattattcttaaagtatccgtagtcaagctttagt--gaaatgagataacattaaagtatatagactattatgtgggtagactgatg 10891197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 381 - 585
Target Start/End: Original strand, 5616215 - 5616421
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||  |||  ||||||||||||| | ||| |||  |||||     
T  5616215 aaggcatttctttattcattttgttttgtttcaaaataataaagttcctaaaataattagtctatttcttggaacattaagtctgactaaatcatgagat 5616314  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaa--gctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||| ||||||   |||| | |||||| ||||||||||| |||||  | ||||||| ||| |||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  5616315 cccgttaaactagaggacattattcttaaagtatccgttgtcaaaggttttattatgaattgggatattaataaagcattgagactattatgtatgtaga 5616414  T
Q  579 ctgatga 585  Q
     ||||||    
T  5616415 ttgatga 5616421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 5668327 - 5668125
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||| |||||||| | | ||||| |||||| ||||    
T  5668327 catttctttgttgattttgttttgtttcaaaataataaagtctctagaataattagtctatttaatggagcattaagtgtgatttaatcgtgaga-ccca 5668229  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaag--tatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 582  Q
    |||||   ||||| | |||||| ||||  |||  ||||||||||||||||  |||  | |||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||    
T  5668228 ttaaatgaaaggacattattcttaaagtatatttgtagtcaagctttattgtgaaaagagataacattaaatcatagagactattatgtggatagaccga 5668129  T
Q  583 tgat 586  Q
    ||||    
T  5668128 tgat 5668125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Original strand, 35223576 - 35223767
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| | |||||||          |     
T  35223576 catttctttgttgattttgttttgttttaaaataataaagtccctagaataattagtctgtttaatggagcattaagtgtgacttaat----------cg 35223665  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    | ||||  ||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||   ||   ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  35223666 taaaacgaaaggacattattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgtaaaaaaggataacattaaagcatatagactattatgtgggtagacggatg 35223765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 428 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 39074346 - 39074278
Alignment:
Q  428 ctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataag 495  Q
    |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  39074346 ctagaataattagtccgtttaaattgaacattaagtatgacttaatcatgagaccccattaaacataag 39074278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 405 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 21454319 - 21454137
Alignment:
Q  405 tttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacatt-aagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactat 503  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||  | ||||||||||||| || | | |||||||  ||||||||||||||  |||| || | |||    
T  21454319 tttgtttcaaagtaataaagttcttagaatagttagtttgattaatggaacattaaaatgtgacttaatattgagaccccattaattataatgacattat 21454220  T
Q  504 tctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
    | | ||| ||||  ||||||| |||||||  ||| || |||| || ||| ||||| ||| ||||||||  ||||| |||||||    
T  21454219 ttttaaaatatctatagtcaaactttattgtgaaatgagataacaataatgcataaagattattatgtgagtagattgatgat 21454137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 417 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 30040919 - 30040750
Alignment:
Q  417 taataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa-actattctcaaa-gtat 514  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| ||| |||| | | ||||||| | |||||||  |||||   |||||| ||||| ||| |||||||| ||| ||||    
T  30040919 taataaagttcctagaatagatagttcgtgtaatagtatattaagtgtgacttaatcatgagattacattaa-cataaagaacactattcttaaatgtat 30040821  T
Q  515 ccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 585  Q
    |  ||||||||| ||| || ||| |||||||  | |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||    
T  30040820 ctatagtcaagcgttaatatgaattgggataataataaagcatcgagactattatgtatatagactgatga 30040750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 429 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 11161972 - 11161913
Alignment:
Q  429 tagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaa 488  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||  |||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  11161972 tagaatagttaatcagtttaatggaacacaaagtgtgacttaattgtgagactccattaa 11161913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 511 - 585
Target Start/End: Original strand, 11420968 - 11421042
Alignment:
Q  511 gtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 585  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||| | |||||  | |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  11420968 gtatccgtagtcaaactttaatatgaattaggataataataaagcttcgagactattatgtatgtagactgatga 11421042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Original strand, 5713854 - 5713882
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5713854 attgttggaataagccctaatagccaatc 5713882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 10621634 - 10621606
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10621634 attgttggaataagccctaatagccaatc 10621606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Original strand, 26963546 - 26963574
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26963546 attgttggaataagccctaatagccaatc 26963574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Original strand, 26970369 - 26970397
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26970369 attgttggaataagccctaatagccaatc 26970397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 516 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 39074270 - 39074218
Alignment:
Q  516 cgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactatta 568  Q
    ||||||||  |||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  39074270 cgtagtcatactttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggagactatta 39074218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 18252030 - 18252237
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18252030 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18252129  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18252130 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 18252229  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  18252230 ctgatgat 18252237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 18532721 - 18532514
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18532721 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18532622  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18532621 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtagataga 18532522  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  18532521 ctgatgat 18532514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 27131616 - 27131409
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27131616 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 27131517  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27131516 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatttgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtaga 27131417  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  27131416 ctgatgat 27131409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 21171438 - 21171233
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21171438 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttcatggaacattaaatataacttaattgtgagac 21171339  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  21171338 cccgttgaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtgggtagact 21171239  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  21171238 gatgat 21171233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 27310782 - 27310577
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27310782 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 27310683  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    | | || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27310682 cacgttgaacataaggaaactattcttaaagtatcagtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 27310583  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  27310582 gatgat 27310577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 16359240 - 16359035
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16359240 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagaataacttaattgtgagac 16359141  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16359140 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtaaccctagtcaagctttattgagaaatggaatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 16359041  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  16359040 gatgat 16359035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 36816834 - 36816633
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||     
T  36816834 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataatgaagtccctagaatagttcgtctgtttaatggaacattaagtataaattaattgtgagactccg 36816735  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    ||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  36816734 ttaaacataaggacattattcttaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggataccattaaagcatagagactattatgtggatagactgatg 36816635  T
Q  585 at 586  Q
    ||    
T  36816634 at 36816633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 3856126 - 3855919
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3856126 acaaggcatttctttgtttattttgttttgtttcaaaataacaaagtccctagaatagttagcccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 3856027  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||  |||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  3856026 accccattaaacataaggacattattcttaaaatatttgtagtcaaactttattgtgaagtgggatattattaaagcatggagactattacgtgggtaga 3855927  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  3855926 ctgatgat 3855919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 22657429 - 22657221
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgatttt-gttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtga 477  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22657429 acaagacatttctttattgatttttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtctgtttaatggaacattaaatataacttaattgtga 22657330  T
Q  478 gaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtag 577  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||||| ||||| ||  |||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| | |||    
T  22657329 gacccctttaaacataaggacacaattcttaaagtgtctctagtcaagctttattctgaaatgagatatcattaaagcatagagactatcatgtggatag 22657230  T
Q  578 actgatgat 586  Q
    |||||||||    
T  22657229 actgatgat 22657221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 27277756 - 27277557
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||| || | ||||||| | ||||||       
T  27277756 catttctttgttgtttttgttttgtttcaaaataataacgtccctagaataattagtccatttaacggagcatta-gtgtgacttaatcgcgagacctt- 27277659  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    |||| |  || || | |||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  27277658 ttaaccgaaatgacattattcttaaagtatccgtagtcaggctttattgtgaaaagggataacattaaagcatagagactattatgtgggtagaccgatg 27277559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 413 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 12006712 - 12006539
Alignment:
Q  413 aaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |  |||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||| | |||      
T  12006712 aaaataataaagtccctagaatagttagtctatttaatggaatattaagtgtgccttaatcgtgagaccccatgaaacataaggacattattattaaaac 12006613  T
Q  513 atccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
    || ||||||||||| ||| |  |||| |||||| ||||||| | |||||| | ||||||   ||||||||||||    
T  12006612 attcgtagtcaagccttagtgtgaagagggataacattaaaacttagagattgttatgtgcatagactgatgat 12006539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 413 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 12014457 - 12014284
Alignment:
Q  413 aaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagt 512  Q
    |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| || ||| |||||||||||||| ||   |||||| |||      
T  12014457 aaaataataaagtcactagaatacatagtccgtttaatggaatattaagtgtaaattaatcgttagatcccattaaacataatgatgttattcttaaaac 12014358  T
Q  513 atccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
    ||||||||| |||||||| |  |||| ||||||  |||||||| || |||| ||||||| |||||| |||||||    
T  12014357 atccgtagttaagctttagtgtgaagagggatacgattaaagcgtaaagaccattatgtgggtagaatgatgat 12014284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 391 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 9918106 - 9917918
Alignment:
Q  391 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 490  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||       |||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||   ||||  ||||||||     
T  9918106 tttattgattttgttttgttacaaaataataaagtcactt------ttagtttgtttaatcgaacattaagtataacttgatcacgaga-tccattaaat 9918014  T
Q  491 ataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
    ||||||| | |||||| ||| ||||  |||| ||||||||||   |||||||||| |||| ||||||||||| || ||||| |||||  |||||||    
T  9918013 ataaggacattattcttaaaatatctatagttaagctttattgttaagtgggatagcattgaagcatagagaatactatgtcggtaggttgatgat 9917918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 385 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 30720694 - 30720625
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaa 454  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  30720694 catttttttattggttttattttgttttaaaataataaagttcctggaataattagttcgtttaatggaa 30720625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 409 - 486
Target Start/End: Original strand, 3403248 - 3403325
Alignment:
Q  409 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccatt 486  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||||||||||| | ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||| ||||    
T  3403248 tttcaaagtaataaagtctataaaatagttagtctgattaatggaatattaagtgtgacttaaatgtgagaccacatt 3403325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 409 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 3443571 - 3443494
Alignment:
Q  409 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccatt 486  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||||||||||| | ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||| ||||    
T  3443571 tttcaaagtaataaagtctataaaatagttagtctgattaatggaatattaagtgtgacttaaatgtgagaccacatt 3443494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 29327784 - 29327991
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29327784 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcagtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 29327883  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29327884 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 29327983  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  29327984 ctgatgat 29327991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 11536269 - 11536062
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11536269 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtacaacttaattgtgag 11536170  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11536169 accccattaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 11536070  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  11536069 ctgatgat 11536062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 11543187 - 11542980
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11543187 acaatgcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtcag 11543088  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11543087 accccattaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 11542988  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  11542987 ctgatgat 11542980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Original strand, 15152445 - 15152650
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15152445 aaggcatttctttattgagtttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 15152544  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15152545 cccgttaaacatacggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 15152644  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  15152645 gatgat 15152650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Original strand, 15148144 - 15148349
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15148144 aaggcatttctttattgagtttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttgattgaacattaagtataacttaattgtgagac 15148243  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15148244 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 15148343  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  15148344 gatgat 15148349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Original strand, 18561009 - 18561214
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18561009 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgagac 18561108  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18561109 cccgttaaacattaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 18561208  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  18561209 gatgat 18561214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Original strand, 12750828 - 12751033
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12750828 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtccgtttaatgaaacattaagtataacttaattgtgagac 12750927  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    | | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  12750928 ctcgttaaacataaagaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagttggatatcattaaagcatagagactattatgtggatagact 12751027  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  12751028 gatgat 12751033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 385 - 582
Target Start/End: Original strand, 12738542 - 12738739
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||       
T  12738542 catttctttattgattttattttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtttgtttaatgaaacattaattataacttaattgtgagaccttg 12738641  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 582  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12738642 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactga 12738739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 18258047 - 18257842
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18258047 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaataattagtctgtttaatggaacattaagtatgacttaattgtgagac 18257948  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||| ||   |||| ||||| || ||| ||||| |||||||||||| | |||| |    
T  18257947 cccattaaacacaaggacattattcttaaagtatccgtagtcaagtttttttgttaagtaggataacaataatgcataaagactattatgtggatagatt 18257848  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  18257847 gatgat 18257842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 385 - 567
Target Start/End: Original strand, 13392157 - 13392338
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| | |||||||| |||||||| | ||||||| |||||| ||||    
T  13392157 catttctttgttgactttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaacaattagtctgcttaatggagcattaagtgtgacttaatcgtgaga-ccca 13392255  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactatt 567  Q
    |||||   ||||| | |||||| ||||||||  ||||||| |||||||  |||  |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  13392256 ttaaatgaaaggacattattcttaaagtatcaatagtcaaactttattgtgaaaagggataacattaaaacatagagactatt 13392338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 401 - 586
Target Start/End: Original strand, 2364917 - 2365101
Alignment:
Q  401 ttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaac 500  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  | |||||||||||||||| |  |||||| |||||| ||||||||||  || || |     
T  2364917 ttgttatgtttcaaaataataaagtctctagaataattagtctttctaatggaacattaagtgtggcttaatcgtgagaacccattaaactaaatgacat 2365016  T
Q  501 tattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
    |||||| ||| ||| ||||||||| | |||||  ||| || |||| ||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  2365017 tattcttaaaatattcgtagtcaa-ccttattgtgaaatgagataacattaaaacatagagactatcatgtgggtcgactgatgat 2365101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 385 - 472
Target Start/End: Original strand, 39111819 - 39111905
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaat 472  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  39111819 catttctttattaattttgttttatttcaaaa-aataaagtccctagaatagcgagtccgtttaatgaaacattaagtacgacttaat 39111905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 412 - 571
Target Start/End: Original strand, 7396221 - 7396381
Alignment:
Q  412 caaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaa 510  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||    
T  7396221 caaaataaaaatgtcgctagaatagttagttcatttaaatggaacattaagtatgacttaatcttgagaccctattaaacataagaaaattattcttaaa 7396320  T
Q  511 gtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 571  Q
      ||  |||||||||| ||| |  ||| |  |||   ||||||||||||||||||||||||    
T  7396321 acatatgtagtcaagccttagtgtgaaatacgatgatattaaagcatagagactattatgt 7396381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 453 - 496
Target Start/End: Original strand, 3132748 - 3132791
Alignment:
Q  453 aacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagg 496  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3132748 aacattaagtgtaacttaattgtgagaccccattaaacataagg 3132791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 429 - 494
Target Start/End: Original strand, 10234179 - 10234244
Alignment:
Q  429 tagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataa 494  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||  |||||  |||||||||||||    
T  10234179 tagaatagttagtccgtttaatgaaccattaaatataacttaatcatgagattccattaaacataa 10234244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 379 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 2653239 - 2653207
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgttt 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2653239 acaaggcatttctttattgattttgttttgttt 2653207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 511 - 585
Target Start/End: Original strand, 2935983 - 2936057
Alignment:
Q  511 gtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 585  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| || ||||  | |||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  2935983 gtatccgtagtcaagctttaatatgaattgcgataataataaagcatcgagactgttatttatgtagactgatga 2936057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 11543281 - 11543253
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11543281 attgttggaataagccctaatagccaatc 11543253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 517 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 47167203 - 47167135
Alignment:
Q  517 gtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 585  Q
    |||||||||||||| || ||| | |||||  | |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  47167203 gtagtcaagctttaatatgaattaggataataataaagcgtcgagactattatgtatgtagactgatga 47167135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 33)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 6110064 - 6110271
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6110064 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 6110163  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6110164 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 6110263  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  6110264 ctgatgat 6110271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 10572799 - 10572592
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10572799 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 10572700  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10572699 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 10572600  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  10572599 ctgatgat 10572592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 16482688 - 16482483
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16482688 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 16482589  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16482588 cccattaaacataaggaaactactctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 16482489  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  16482488 gatgat 16482483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 17781319 - 17781118
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17781319 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 17781220  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17781219 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 17781120  T
Q  585 at 586  Q
    ||    
T  17781119 at 17781118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 15601091 - 15600884
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15601091 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 15600992  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15600991 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 15600892  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  15600891 ctgatgat 15600884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 15607636 - 15607429
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15607636 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 15607537  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15607536 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 15607437  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  15607436 ctgatgat 15607429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Original strand, 18522665 - 18522870
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18522665 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 18522764  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18522765 cccattaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcatttaagcatagagactattatgtaggtagact 18522864  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  18522865 gatgat 18522870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 382 - 586
Target Start/End: Original strand, 13211305 - 13211509
Alignment:
Q  382 aggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacc 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13211305 aggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacc 13211404  T
Q  482 ccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactg 581  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13211405 ccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactg 13211504  T
Q  582 atgat 586  Q
    |||||    
T  13211505 atgat 13211509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 13248607 - 13248814
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13248607 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 13248706  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13248707 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtattcgtagtcaagctttgttgagaagtgggataacattaaagcatagagactattatgtaggtaga 13248806  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  13248807 ctgatgat 13248814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 15357793 - 15357586
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15357793 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagattagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 15357694  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15357693 accccattaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 15357594  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  15357593 ctgatgat 15357586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 10579556 - 10579355
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10579556 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgttaaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 10579457  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10579456 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 10579357  T
Q  585 at 586  Q
    ||    
T  10579356 at 10579355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Original strand, 18519980 - 18520182
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18519980 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 18520079  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18520080 cccgttaaacataaggaaactattcttaa---atccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 18520176  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  18520177 gatgat 18520182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 19089946 - 19089745
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19089946 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagattagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccct 19089847  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19089846 ttaaacataatgaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaatcatagagactattatgtaggtagactgatg 19089747  T
Q  585 at 586  Q
    ||    
T  19089746 at 19089745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 8490488 - 8490702
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8490488 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 8490587  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagact-------attatgt 571  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  8490588 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactacagacgattatgt 8490687  T
Q  572 aggtagactgatgat 586  Q
    |||||||||||||||    
T  8490688 aggtagactgatgat 8490702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 17200389 - 17200184
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17200389 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgatac 17200290  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17200289 ccctttaaacataatgaaactattcttaaagtatccgtagttaagctttattgagatgtgtgatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 17200190  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  17200189 gatgat 17200184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 398 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 15342407 - 15342219
Alignment:
Q  398 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagga 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15342407 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagtttgttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagga 15342308  T
Q  498 aactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15342307 acctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 15342219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Original strand, 13516813 - 13517018
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13516813 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttcatggaacattaagtataacttaattgtgagac 13516912  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  13516913 cccgttaaacataaggaaacgattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcacagagactattatgtgggtagact 13517012  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  13517013 gatgat 13517018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 379 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 18640953 - 18640792
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18640953 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18640854  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtg 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18640853 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtg 18640792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 32057101 - 32056900
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||     
T  32057101 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacatcaagtataactttattgtaagaccccg 32057002  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  32057001 ttaaacataaagaaactattcttaaagtgtccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactaatg 32056902  T
Q  585 at 586  Q
    ||    
T  32056901 at 32056900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 1647726 - 1647521
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataa----cttaattgtgagac 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||    
T  1647726 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataattaacttaattgtgagac 1647627  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  1647626 cccgttaaacataaggaaactatttttaaagtatccgtaatcaagctttattgagaaaagggatataattaaagcatagagactattatgtggatagact 1647527  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  1647526 gatgat 1647521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 381 - 567
Target Start/End: Original strand, 16200128 - 16200313
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16200128 aaggcatttcttcgttg-ttttattttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagttcgtttaatggaacattatgtataacttaattgtgagac 16200226  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactatt 567  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16200227 cccattaaacataaggacattattcttaaagtattcgtagtcaagatttattgtgaagtgggatatcattaaagcatggagactatt 16200313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 379 - 571
Target Start/End: Original strand, 29924971 - 29925163
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  29924971 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagcccctaaaatagttagtccgtttaatggattattaagtataatttaattgtgag 29925070  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 571  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||| ||| |||  ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  29925071 accccattaaatataaggacattattcttaaaatatatgtagtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggaggctattatgt 29925163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 379 - 571
Target Start/End: Original strand, 29974124 - 29974316
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  29974124 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagcccctaaaatagttagtccgtttaatggattattaagtataatttaattgtgag 29974223  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 571  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||| ||| |||  ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  29974224 accccattaaatataaggacattattcttaaaatatatgtagtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggaggctattatgt 29974316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 381 - 567
Target Start/End: Original strand, 16200434 - 16200619
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16200434 aaggcatttcttcgttg-ttttattttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattatgtataacttaattgtgagac 16200532  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactatt 567  Q
     ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  16200533 tccaataaacataaggacattattcttaaagtattcgtagtcaagatttattgtgaagtgggatgtcattaaagcatgaagactatt 16200619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 386 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 24253589 - 24253388
Alignment:
Q  386 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgaga-cccca 484  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| | || ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  24253589 atttctttattgattttgttttacttcaaaataataaagtccttagaatagctcgttcgtttgatggaacattaagtatgacttaatcgtgagatcccca 24253490  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    | ||||||||||| |||||||| |||||||  || |||||  ||||||   ||||| | || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  24253489 tcaaacataaggacactattcttaaagtatatgtggtcaaaatttattgtaaagtgaggtaacattaaagcatagagactattatgtcggtagactaatg 24253390  T
Q  585 at 586  Q
    ||    
T  24253389 at 24253388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 485 - 586
Target Start/End: Original strand, 17136465 - 17136566
Alignment:
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17136465 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtgggtagactgatg 17136564  T
Q  585 at 586  Q
    ||    
T  17136565 at 17136566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 381 - 443
Target Start/End: Original strand, 18534758 - 18534820
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcc 443  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18534758 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccatagaatagttagtcc 18534820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 381 - 426
Target Start/End: Original strand, 18510924 - 18510969
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtc 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18510924 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtc 18510969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Original strand, 13248513 - 13248541
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13248513 attgttggaataagccctaatagccaatc 13248541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 15351295 - 15351267
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15351295 attgttggaataagccctaatagccaatc 15351267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 15357887 - 15357859
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15357887 attgttggaataagccctaatagccaatc 15357859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 15601186 - 15601158
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15601186 attgttggaataagccctaatagccaatc 15601158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 511 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 25979078 - 25979006
Alignment:
Q  511 gtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgat 583  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| | |||||  | |||||| | |||||||||||||| || |||||||    
T  25979078 gtatccgtagtcaagctttaatatgaattaggataataataaagcgtcgagactattatgtatgttgactgat 25979006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 3)
Name: scaffold0390
Description:

Target: scaffold0390; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 7141 - 6934
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7141 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgag 7042  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7041 accctattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 6942  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  6941 ctgatgat 6934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 14157 - 13950
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14157 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctacaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgag 14058  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14057 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtaga 13958  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  13957 ctgatgat 13950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 7235 - 7207
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7235 attgttggaataagccctaatagccaatc 7207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 24)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 29308890 - 29309097
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29308890 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 29308989  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29308990 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 29309089  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  29309090 ctgatgat 29309097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 29315850 - 29316057
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29315850 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 29315949  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29315950 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 29316049  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  29316050 ctgatgat 29316057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 16566525 - 16566320
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16566525 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 16566426  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16566425 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 16566326  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  16566325 gatgat 16566320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 27381459 - 27381252
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27381459 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 27381360  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27381359 accccattaaacatatggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 27381260  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  27381259 ctgatgat 27381252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 27471842 - 27471635
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27471842 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 27471743  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27471742 accccattaaacatatggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 27471643  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  27471642 ctgatgat 27471635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 17684674 - 17684469
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17684674 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 17684575  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17684574 cccgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 17684475  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  17684474 gatgat 17684469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 17691647 - 17691440
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17691647 acaaggcatttctttattgattttgttttctttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 17691548  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17691547 accccattaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttagtgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtaga 17691448  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  17691447 ctgatgat 17691440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 189182 - 188977
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  189182 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189083  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  189082 cccattaaacataaggaaactattcttaaagtatttgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 188983  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  188982 gatgat 188977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 25537364 - 25537159
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25537364 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaataattagtccgtttaatggaacattaagtataactttattgtgagac 25537265  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25537264 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtagact 25537165  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  25537164 gatgat 25537159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Original strand, 11651725 - 11651930
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11651725 aaggcatttctttattgattttgatttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 11651824  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11651825 cccattaaaaataaggaaactattctaaaagtatcagtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 11651924  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  11651925 gatgat 11651930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 13359474 - 13359269
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||    
T  13359474 aaggcatttatttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagttcgcttaatggagcattaagtataacttaatcgtgaaac 13359375  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
     |||||||||||||  | | |||| | ||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||| | | ||||||    
T  13359374 tccattaaacataaaaacattatttttaaagtatccgtagtcaacctttattgtgaaatgggacaacattaaagcgtagagactattatatggatagact 13359275  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  13359274 gatgat 13359269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 418 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 20553755 - 20553587
Alignment:
Q  418 aataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccg 517  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||| ||||||||| ||||| | | |||||| |||| |||||    
T  20553755 aataaagtctctaggatagctagtccgtttaatgaaatattaagtacgacttaatcgtgagatcccattaaatataagaatattattcttaaagcatccg 20553656  T
Q  518 tagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
    |||| ||  ||||||  |||||| ||||  ||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||    
T  20553655 tagtgaatttttattgtgaagtgagataaaattaaagcataaagatttttatgttggtagactgatgat 20553587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 398 - 571
Target Start/End: Original strand, 8509941 - 8510115
Alignment:
Q  398 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgaga-ccccattaaacataagg 496  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||  |||||||| ||||| |||||||||| || |||    
T  8509941 attttattttgttttaaaataataaagtctatagaataattagtctatttgatggaacattatgtacgacttaattatgagacccccattaaatatgagg 8510040  T
Q  497 aaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 571  Q
    |   |||| | |||||||  ||||| ||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  8510041 atgatattattaaagtatatgtagttaagctttattatgaaatgagatagcattaaaacataaagactattatgt 8510115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 402 - 586
Target Start/End: Original strand, 27925772 - 27925961
Alignment:
Q  402 tgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacat---taagtata--acttaattgtgagaccccattaaacataagg 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||  |||||| |||||||   ||||| |   ||||||| ||||||| |||||||||  |||     
T  27925772 tgttttgtttcaaaataataaagtccttagaataactagtatgtttaacggaacataattaagtgtgtgacttaatcgtgagactccattaaactaaaga 27925871  T
Q  497 aaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
    ||| |||||| ||||||||  ||||||| |||||||  ||||||| ||| |||| ||||| | |||||||||||| | || |||||||||    
T  27925872 aaattattcttaaagtatctctagtcaaactttatttggaagtggtatagcattgaagcacaaagactattatgtggataaactgatgat 27925961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 417 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 20736773 - 20736604
Alignment:
Q  417 taataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa-actattctcaaa-gtat 514  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||| | ||||||| | |||||||  |||||   |||||| ||||| ||| | |||||| ||| ||||    
T  20736773 taataaagttcctagaatagatagttcgtgtaatggtatattaagtttgacttaatcatgagattacattaa-cataaagaacattattcttaaatgtat 20736675  T
Q  515 ccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 585  Q
    | |||||||||||||| |||||| |||||||  | |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  20736674 ctgtagtcaagctttaataagaactgggataataataaagcgtcgagactattatgtatgtagactgatga 20736604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 417 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 17850663 - 17850495
Alignment:
Q  417 taataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatcc 516  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||  ||||  |||||||||| |||  |||||||||||| | || |||||| | ||||| |||||||| ||| |||||    
T  17850663 taataaagtccctataatagctagtttgtttgttggaacattatgtaagacttaattgtgatatccaattaaaaacaaggacactattcttaaattatcc 17850564  T
Q  517 gtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
     |||||||||||| ||  |||||   ||| |||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||    
T  17850563 atagtcaagcttt-ttgtgaagtcaaataacattcaagtatatagactattatatgggtagactgatgat 17850495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 386 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 31258120 - 31258065
Alignment:
Q  386 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagt 441  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  31258120 atttctttattgcttttgttttgtttcaaaataataaagtctctaaaataattagt 31258065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 500 - 585
Target Start/End: Original strand, 19218371 - 19218455
Alignment:
Q  500 ctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 585  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||  ||| ||||||  | |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19218371 ctattcttaaagcatcagtagtcaagctttaatataaag-gggataataataaagtgtagagactattatgtatgtagactgatga 19218455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 395 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 22259990 - 22259925
Alignment:
Q  395 ttgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaa 460  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||  |||||| ||||||  ||||||||    
T  22259990 ttgattttgttatgttgcaaaataataaactccctaaaataactagtccatttaatataacattaa 22259925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 17684770 - 17684742
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17684770 attgttggaataagccctaatagccaatc 17684742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 27381553 - 27381525
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27381553 attgttggaataagccctaatagccaatc 27381525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 27471936 - 27471908
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27471936 attgttggaataagccctaatagccaatc 27471908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Original strand, 29308796 - 29308824
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29308796 attgttggaataagccctaatagccaatc 29308824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Original strand, 29315756 - 29315784
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29315756 attgttggaataagccctaatagccaatc 29315784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 21330455 - 21330248
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21330455 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 21330356  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21330355 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtgga 21330256  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  21330255 ctgatgat 21330248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 18796506 - 18796713
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    |||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18796506 acaaggaatttatttgtttattttgttttgtttcaaaataacaaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18796605  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||| | || |||||||||| | |||||| ||| |||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  18796606 acctcttttaacataaggatattattcttaaattatctgtagtcaagctttattgtgaagtggtatatcattaaagcattgagactattatgtgggtaga 18796705  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  18796706 ctgatgat 18796713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Original strand, 18619807 - 18620011
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||| | |||||||| |||||     
T  18619807 aaggaatttctttgttgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctataataattagtctgtttaatggagcattaagtgtgacttaattatgaga- 18619905  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||| |||||||| || ||||| |||||||  |||  ||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||| |     
T  18619906 cccattaaacaaaaggatattattcttaaagtatctgtggtcaaactttattgtgaaaagggataatattaaagcatatagactattatgtgggtaggcc 18620005  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  18620006 gatgat 18620011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 385 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 19692737 - 19692598
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | |||||||  ||||| | ||    
T  19692737 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataatgaagtccctagaataattagtctgtttaatggaacattaagcctgacttaatcatgagatctca 19692638  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaa 524  Q
    ||||||  ||||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  19692637 ttaaactaaaggaaattattcttaaagtatccttagtcaa 19692598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 444 - 571
Target Start/End: Original strand, 20977957 - 20978084
Alignment:
Q  444 gtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtggga 543  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||  ||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||| |  |||||| ||    
T  20977957 gtttaatggaacattaagaataatttaatcatgagatcccattaaaaataaggaaattattcttaaaacatccgtagtcaagctttaatgtgaagtgaga 20978056  T
Q  544 tatcattaaagcatagagactattatgt 571  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20978057 tatcactaaagcatagagactattatgt 20978084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 413 - 586
Target Start/End: Original strand, 36270199 - 36270373
Alignment:
Q  413 aaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaag 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    |||| || ||  |||||| | ||||||| |||||||  ||||||||| || || |||||||| |||     
T  36270199 aaaataataaagtccctagaatagttagtttacttaaatgaaatgttaagtgtgacttaatcgtgagacatcattaaacacaatgacactattcttaaaa 36270298  T
Q  512 tatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
     ||||||| |||||||||| |  |||| |||||| |||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  36270299 catccgtaatcaagctttagtgtgaagagggataacattaaagtataaagactattgtgtgggtagactgatgat 36270373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 413 - 586
Target Start/End: Original strand, 18822115 - 18822290
Alignment:
Q  413 aaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaaca-ttaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaa 510  Q
    ||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||| ||||| | |||||| |  |||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||    
T  18822115 aaaataataaagtctatagaattgttagttcgtttaaatggaaaaattaagtgtggcttaatcgtgagacaccattaaacacaaggacactattcttaaa 18822214  T
Q  511 gtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
      ||  ||| |||||||||| |  |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||   ||||||||||||    
T  18822215 acatatgtaatcaagctttagtttgaagtgggatatcattaaagcagatagattattatgtcaatagactgatgat 18822290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 499 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 12098705 - 12098618
Alignment:
Q  499 actattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||| |||| || ||| | |||||  | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12098705 actatttttaaagtattcgtagtcaagttttaatatgaaattggatagtaataaaacatagagactattatgtatgtagactgatgat 12098618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 421 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 24471792 - 24471643
Alignment:
Q  421 aaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtag 520  Q
    |||||||||| |||| |||||| ||||||| |  ||||| || | |||||||||||||||  ||||  ||||||| | | ||||||  |||||||| ||     
T  24471792 aaagtccctaaaatatttagtcggtttaatagc-cattatgtgtgacttaattgtgagacatcatttgacataagaacattattctttaagtatccatac 24471694  T
Q  521 tcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 571  Q
     ||| || ||||   |||||||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  24471693 acaaactctattttaaagtgggataacactaaagcataaagactattatgt 24471643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 415 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 36802820 - 36802664
Alignment:
Q  415 aataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagta 513  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| | ||||||| ||||| ||||| | | |||||||||  |||   ||||||||| || || | |||||| |||  |    
T  36802820 aataataaagtcctttgaatagttaattcgtttaaatggaatattaaatgttacttaattgcaagatatcattaaacacaatgacattattcttaaaaca 36802721  T
Q  514 tccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatg 570  Q
    |||||| ||||| || | |   |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||    
T  36802720 tccgtaatcaagattcagtgtaaagtgggataacattaaagcatatagattattatg 36802664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 18288 - 18495
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18288 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaattgaacattaagtataacttaattgtgag 18387  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18388 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 18487  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  18488 ctgatgat 18495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0433 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: scaffold0433
Description:

Target: scaffold0433; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 7107 - 7314
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7107 acaaggtatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatagaacattaagtataacttaattgtgag 7206  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7207 accccattaaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 7306  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  7307 ctgatgat 7314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0433; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Original strand, 7013 - 7041
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7013 attgttggaataagccctaatagccaatc 7041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 24695673 - 24695466
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24695673 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 24695574  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24695573 accccattaaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcaataaagcatagagactattatgtaggtaga 24695474  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  24695473 ctgatgat 24695466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 18570070 - 18569863
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18570070 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaattgaacattaagtataacttaattgtgag 18569971  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  18569970 accccgttaaacataaggaaactactcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcataaagactattatgttggtaga 18569871  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  18569870 ctgatgat 18569863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 19714703 - 19714498
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19714703 aaggcatttctttattgattttgttttatttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 19714604  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19714603 cccgttaaacataaggaatctattcttaaaatatccgaagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 19714504  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  19714503 gatgat 19714498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 19707419 - 19707218
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19707419 catttctttattgattttgttttatttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtcagtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 19707320  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19707319 ttaaacataaggaatctattcttaaaatatccgaagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactgatg 19707220  T
Q  585 at 586  Q
    ||    
T  19707219 at 19707218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 384 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 27347679 - 27347497
Alignment:
Q  384 gcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccc 483  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||| |||||||| | ||||||| |||||| |||    
T  27347679 gcatttctttgttgattttgttttgattcaaaataataaagtccttagaataattaatctgtttaatggagcattaagtgtgacttaatcgtgaga-ccc 27347581  T
Q  484 attaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactatt 567  Q
    |||||||  ||||| | |||||| |||||||  ||||||||||||||||  |||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  27347580 attaaacgaaaggacattattcttaaagtatatgtagtcaagctttattgtgaaaagggataacattaaagcatagagactatt 27347497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 385 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 22547217 - 22547016
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||    
T  22547217 catttatttattcattttgttttattttaaaataataaaaccgctataatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaatcgtgagatctca 22547118  T
Q  485 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    ||||| ||| ||| | |||| | ||||||| || |||||| |||||||  |||||| |||| |||||||  |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  22547117 ttaaatatatggacattatttttaaagtattcgcagtcaaactttattgtgaagtgagataacattaaaatatagagactattatgtggatagaccgatg 22547018  T
Q  585 at 586  Q
    ||    
T  22547017 at 22547016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 379 - 488
Target Start/End: Original strand, 39537962 - 39538071
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39537962 acaagccatttctttaatgattttgttttgtttcaaaatggttaagtccttagaatagttggttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 39538061  T
Q  479 accccattaa 488  Q
    ||| ||||||    
T  39538062 acctcattaa 39538071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 383 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 17285935 - 17285754
Alignment:
Q  383 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 482  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||    
T  17285935 ggcatttatttattgattttgttatgtttcaaaataataatctccagagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtgtgacttaatcgtgaaaccc 17285836  T
Q  483 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagact 564  Q
     | |||||  || || | |||||| ||||||| | ||||| | |||||||  ||| |||||||  ||||||||||| |||||    
T  17285835 tagtaaactaaatgacattattcttaaagtattcatagtcgatctttattgtgaattgggatagtattaaagcatatagact 17285754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 385 - 488
Target Start/End: Original strand, 31886537 - 31886640
Alignment:
Q  385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 484  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| | |||||| |||||| |||||  ||||||| ||||||| |||    
T  31886537 catttctttagtgattttgttttgtttcaaattaataaagtccttagaataattagttcatttaattgaacatcaagtacgacttaatcgtgagactcca 31886636  T
Q  485 ttaa 488  Q
    ||||    
T  31886637 ttaa 31886640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 445 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 18807175 - 18807034
Alignment:
Q  445 tttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataa-ggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtggga 543  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||||| |||| ||| | |||||| ||||||||  ||||||||| |||||  |||||  ||    
T  18807175 tttaatggaacattaagtgtgacttaatcgtgagacaccattaaa-ataatggacattattcttaaagtatctatagtcaagcgttattgtgaagtaaga 18807077  T
Q  544 tatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 586  Q
    || || |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  18807076 taacaataaagcatagagactattatgcgggtagactgatgat 18807034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 383 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 17299088 - 17298907
Alignment:
Q  383 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 482  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||  |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||| |||| ||||    
T  17299088 ggcatttatttattgattttgttatgtttataaataataatatccagagaatagttagtccgattaatggaacattaagtgcgacttaatcgtgaaaccc 17298989  T
Q  483 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagact 564  Q
     | |||||  || || | |||||| ||||||| | ||||| | |||||||   ||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  17298988 tagtaaactaaatgacattattcttaaagtattcatagtcgatctttattgttaagtgggatagtattaaagcatatagact 17298907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 492 - 584
Target Start/End: Original strand, 39538701 - 39538793
Alignment:
Q  492 taaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 584  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  39538701 taaggacactattcttaaaatatccatagttaagctttattgtgaagtgggatatcattaaagcatgaagactattatgtgggtagactgatg 39538793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 405 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 33477479 - 33477389
Alignment:
Q  405 tttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataag 495  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | |||||||| |||||||| | |  |||| |||||||| |||||| ||||||    
T  33477479 tttgtttcaaaataataaagtccttacaatagttaggctgattaatggatcattaagtgtgatctaatcgtgagacctcattaatcataag 33477389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 429 - 497
Target Start/End: Original strand, 11479420 - 11479489
Alignment:
Q  429 tagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc-cattaaacataagga 497  Q
    ||||||| |||||  |||||||| || ||||||| | |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  11479420 tagaataattagtgtgtttaatgaaatattaagtgtgacttgattgtgagaccctcattaaacataagga 11479489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 24695767 - 24695739
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24695767 attgttggaataagccctaatagccaatc 24695739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0657 (Bit Score: 184; Significance: 3e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0657
Description:

Target: scaffold0657; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Original strand, 993 - 1200
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  993 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatgaaacattaagtataacttaattgtgag 1092  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1093 accccattaaacataaagaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 1192  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  1193 ctgatgat 1200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 180; Significance: 7e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 379 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 26197 - 25990
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 478  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26197 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccatttaatggaacattaaatataacttaattgtgag 26098  T
Q  479 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26097 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgaaaagtgggatatcattaaagcatagcgactattatgtaggtaga 25998  T
Q  579 ctgatgat 586  Q
    ||||||||    
T  25997 ctgatgat 25990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 381 - 586
Target Start/End: Original strand, 5531 - 5736
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5531 aaggcatttctttattgatttatttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 5630  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 580  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  5631 cccgttaaacataaggaaattattcttaaagtatatgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtgggtagact 5730  T
Q  581 gatgat 586  Q
    ||||||    
T  5731 gatgat 5736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 138; Significance: 8e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 381 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 230545 - 230365
Alignment:
Q  381 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  230545 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagttcttataatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 230446  T
Q  481 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagaga 562  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  230445 ccc-ttaaacataaggaaaccattcttaaagtatttgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagaga 230365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176 (Bit Score: 61; Significance: 7e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0176
Description:

Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 379 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 8510 - 8446
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcc 443  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8510 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcc 8446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 8604 - 8576
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8604 attgttggaataagccctaatagccaatc 8576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0565 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0565
Description:

Target: scaffold0565; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 398 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 10158 - 10127
Alignment:
Q  398 attttgttttgtttcaaaataataaagtccct 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10158 attttgttttgtttcaaaataataaagtccct 10127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0326 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 2)
Name: scaffold0326
Description:

Target: scaffold0326; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 379 - 412
Target Start/End: Original strand, 16615 - 16648
Alignment:
Q  379 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16615 acaaggcatttctttattgattttgttttgnttc 16648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0326; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Original strand, 16521 - 16549
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16521 attgttggaataagccctaatagccaatc 16549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 408 - 480
Target Start/End: Original strand, 92194 - 92267
Alignment:
Q  408 gtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagac 480  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||  ||||   ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  92194 gttttaaagtaataaagtctctagaatatctagttattttaaatggaacattaagtataacttaatcgtgagac 92267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0705 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0705
Description:

Target: scaffold0705; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 99 - 71
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  99 attgttggaataagccctaatagccaatc 71  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0203 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0203
Description:

Target: scaffold0203; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 23827 - 23799
Alignment:
Q  285 attgttggaataagccctaatagccaatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23827 attgttggaataagccctaatagccaatc 23799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University