View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1304_high_19 (Length: 544)

Name: NF1304_high_19
Description: NF1304
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1304_high_19
NF1304_high_19
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (16-516)||(16657638-16658138)
chr2 (12-483)||(16662109-16662580)
chr2 (45-482)||(43624993-43625430)
chr2 (27-435)||(14703036-14703444)
chr2 (49-479)||(11998992-11999421)
chr2 (17-218)||(7542071-7542272)
chr2 (49-448)||(12245560-12245959)
chr2 (12-402)||(12234351-12234740)
chr2 (32-386)||(12258718-12259072)
chr2 (329-432)||(7541857-7541960)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (16-481)||(4678679-4679143)
chr1 (16-448)||(15594649-15595081)
chr1 (47-471)||(34466945-34467364)
chr1 (152-228)||(52549269-52549345)
[»] chr7 (38 HSPs)
chr7 (16-516)||(8658910-8659410)
chr7 (16-480)||(10494495-10494959)
chr7 (16-481)||(8654032-8654497)
chr7 (16-480)||(8667002-8667466)
chr7 (16-516)||(1301011-1301507)
chr7 (26-471)||(27831006-27831451)
chr7 (37-448)||(17267554-17267965)
chr7 (45-479)||(6789096-6789530)
chr7 (27-448)||(17259856-17260277)
chr7 (16-481)||(3146846-3147311)
chr7 (16-252)||(13333577-13333813)
chr7 (269-409)||(7878107-7878247)
chr7 (157-461)||(8537638-8537942)
chr7 (16-471)||(8646469-8646924)
chr7 (270-419)||(8102311-8102460)
chr7 (39-484)||(8569890-8570335)
chr7 (360-485)||(13333833-13333958)
chr7 (269-409)||(8590292-8590432)
chr7 (287-441)||(29582233-29582387)
chr7 (49-482)||(8545214-8545647)
chr7 (155-482)||(8616259-8616589)
chr7 (276-480)||(29578053-29578257)
chr7 (269-478)||(8575911-8576120)
chr7 (44-485)||(8585855-8586296)
chr7 (269-478)||(8581285-8581494)
chr7 (269-480)||(8609500-8609711)
chr7 (270-419)||(8017788-8017937)
chr7 (168-237)||(8673894-8673963)
chr7 (405-480)||(8671608-8671683)
chr7 (14-96)||(7877852-7877934)
chr7 (14-96)||(29581960-29582042)
chr7 (56-96)||(8609884-8609924)
chr7 (264-396)||(8636712-8636844)
chr7 (269-348)||(8383250-8383329)
chr7 (381-480)||(8558966-8559065)
chr7 (14-96)||(29577791-29577873)
chr7 (35-96)||(8576293-8576354)
chr7 (152-204)||(8664919-8664971)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (51-481)||(9336047-9336477)
chr4 (16-485)||(30774830-30775299)
chr4 (125-424)||(35132095-35132395)
chr4 (270-417)||(54396069-54396216)
chr4 (270-419)||(23588108-23588257)
chr4 (267-417)||(23596957-23597107)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (16-481)||(28219500-28219965)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (16-429)||(43744450-43744863)
chr8 (276-424)||(12528143-12528291)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 516
Target Start/End: Original strand, 16657638 - 16658138
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16657638 gaagaataaggtggacataagtgggaactcaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 16657737  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16657738 actgttgaggtagattctttatttcagggaattgacttttcttcatcaatcacccgtgccaagtttgaggaaattaatatggatcttttcaatgagtgta 16657837  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgca 315  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16657838 tgaaaactgttgagaattgtcttcgtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgca 16657937  T
Q  316 ggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16657938 ggatctattgcaagactttttcaagggcaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg 16658037  T
Q  416 agtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtatctcagccgatgttgatcatgtcatgagtgttgtga 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16658038 agtgaaggctttaagaatgtcccagatttggtgttgagagatgttaccccattgtcgcttggtatcttagccgatgttgatcatgtcatgagtgttgtga 16658137  T
Q  516 t 516  Q
    |    
T  16658138 t 16658138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 12 - 483
Target Start/End: Original strand, 16662109 - 16662580
Alignment:
Q  12 ataggaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgt 111  Q
    |||||||||| || ||||| || | | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||| || ||||||||||||||    || ||    
T  16662109 ataggaagaacaaagtggatatcactaggaatccaagagccttgaggaggttgagaacttcttgtgaaaaggcgaaaaggacactctctttcaaattggt 16662208  T
Q  112 caccactgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgag 211  Q
    |||| || | ||| | |||| |||||   |||  || ||||| ||| ||||  | ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||| || |||    
T  16662209 caccgctattgagattgattatttatacgaggacattgacttctctacatcactcactcgtgtcaagtttgaagaaatcaatatgggcctttttaacgag 16662308  T
Q  212 tgtatgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaag 311  Q
    |||||||| | |||||||| |||| | |  |||||||||||| |||  || | | |  ||||  |||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||    
T  16662309 tgtatgaagattgttgagagttgttttgtggattcaaagatggacaaggggggtgtacatgatattgttcttgtcgggggctcgtctaggattccaaaag 16662408  T
Q  312 tgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctat 411  Q
    |||||||  ||||||   |||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| |    
T  16662409 tgcaggaattattgcgtaacttcttcaatgggaaggagttgtgcaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggggcagctgtgcaagctgctgt 16662508  T
Q  412 tttgagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtatctc 483  Q
     |||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||| || |||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  16662509 gttgagtgaaggcattaaggatgttccaaacttggtgctgcgagacgttaccccattgtcacttggtatctc 16662580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 45 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 43625430 - 43624993
Alignment:
Q  45 caagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagaggtagattctttatttcaggg 144  Q
    |||||||| | || ||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||   ||| |||| | ||||||||||||||||| |  ||    
T  43625430 caagagccataagaaggttgagaacggcatgcgagagaggaaaaaggacactgtcttttgcttcgttcagcactattgaggtagattctttattccgtgg 43625331  T
Q  145 aatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttgagaattgtctcggtgat 244  Q
     || ||||| | |||||| || ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||   ||||    
T  43625330 tattgacttcttttcatcaatcactcgtgccaaatttgatgaaataaatatggatcttttcaacgagtgtttgaaaactgttaagagttgtcttattgat 43625231  T
Q  245 tcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaagggga 344  Q
     | ||| || |||   ||| |||  | || ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||  |  | || ||||| || |||||||||||||    
T  43625230 gccaagttggacaagagtgctatccacgatgttgtccttgttggcggctcctctagaattccaaaagtaaaacagctgttgcaggagtttttcaagggga 43625131  T
Q  345 aggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagactt 444  Q
    |||| | |||| |||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| | ||    
T  43625130 aggaatcatgcgaaagcataaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtccaggctgctattttgagtaaaggcattaagaatgttccaaaatt 43625031  T
Q  445 ggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtatct 482  Q
    |||| || ||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  43625030 ggtgctgcgagatgttacccctttgtcacttggtatct 43624993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 27 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 14703444 - 14703036
Alignment:
Q  27 tggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagaggt 126  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||||| |||||     ||||| ||||| | |||||    
T  14703444 tggacattagtggaaatccaaaagccttaaggagcttgagaaccgcttgcgagagggcaaaaagaacactttctttccaagttgtcgccactattgaggt 14703345  T
Q  127 agattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgtt 226  Q
    |||| ||||||||||  | || |||||||||||||| || | | | ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||| | ||||    
T  14703344 agatgctttatttcaatgcattgacttttcttcatcgatcaatagggccaagtttgaagaaatgaatatggacttttttaatgagtgtgtgaagattgtt 14703245  T
Q  227 gagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgc 326  Q
    |||| ||||||   |||| | |||||| |||   ||    | ||||| ||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||| ||| |  |||| |    
T  14703244 gagagttgtcttattgatgctaagatggacaagagtagagtagatgatgttgttcttgtcggtgggtcttctcggattcccaaagtacagcaattattac 14703145  T
Q  327 aagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctt 426  Q
    | ||||||||| |||||||||| || ||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| | |||||||||| | |    
T  14703144 aggactttttccaggggaaggagttgtgcaacagcattaaccctgatgaagctgtagcttatggggcagctgttcaggctgctttgttgagtgaagacgt 14703045  T
Q  427 taagaatgt 435  Q
     ||||||||    
T  14703044 caagaatgt 14703036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 49 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 11999421 - 11998992
Alignment:
Q  49 agccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagaggtagattctttatttcagggaata 148  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||| || |||  | ||||  | ||| | |||||||||||||||||||| || ||     
T  11999421 agccttgaggaggttgagaactgcttgtgagagggcaaaaagaatactatcatttcttgttgttgcaactattgaggtagattctttatttcaaggcatt 11999322  T
Q  149 gacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaa 248  Q
    || ||||||||||| || | ||| || |||||||||||| | ||| | || ||| | ||||| ||||| || |||||||||| |||| |    ||| |||    
T  11999321 gatttttcttcatccatcaatcgggcaaagtttgaggaattgaatttagatcttcttaatgattgtataaagactgttgagagttgtattatggatgcaa 11999222  T
Q  249 agatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaagga 348  Q
    ||||| |||   ||  ||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||  | ||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  11999221 agatggacaagagtactatagatgatgttgtacttgttggtggatcttctaggat-cccaaagtccaacagctattacatgactttttcaacgggaagga 11999123  T
Q  349 tttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtg 448  Q
     || ||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||   |||||||||| ||| | ||||||    
T  11999122 gttgtgcaagagcattaaccctgatgaggctgtagcttatggggcagctgttcaagctgctttgttgagtgaagatgttaagaatgttccaaatttggtg 11999023  T
Q  449 gtgagagatgttaccccattgtcgcttggta 479  Q
     ||   |||||||| || ||||| |||||||    
T  11999022 ttgcaggatgttactcctttgtctcttggta 11998992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 17 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 7542272 - 7542071
Alignment:
Q  17 aagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacca 116  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||| |||||   | ||||  |||    
T  7542272 aagaacaaagtggacattagtgggaatccaaaagccttgaggaggttgagaactgcttgtgagagggcaaaaagatcactttctttccttgttgttgcca 7542173  T
Q  117 ctgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtat 216  Q
    || | |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || | | | |||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||    
T  7542172 ctattgaggtagattctttatttcaaggcattgacttttcttcatcgatcaatagggccaagtttgaggagatgaatatggatctttttaacgagtgtat 7542073  T
Q  217 ga 218  Q
    ||    
T  7542072 ga 7542071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 49 - 448
Target Start/End: Original strand, 12245560 - 12245959
Alignment:
Q  49 agccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagaggtagattctttatttcagggaata 148  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || | ||| || |||  | ||||  | ||| | |||||||||||||||||||| || ||     
T  12245560 agccttgaggagattgagaactgcttgtgagagggcaaaaagaatactttcgtttcttgttgttgcaactattgaggtagattctttatttcaaggcatt 12245659  T
Q  149 gacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaa 248  Q
    || ||||||||||| || | ||| || |||||||||||| | ||| | || ||| | ||||| ||||| || |||||||||| |||| |    ||| |||    
T  12245660 gatttttcttcatccatcaatcgggcaaagtttgaggaattgaatttagatcttcttaatgattgtataaagactgttgagagttgtattatggatgcaa 12245759  T
Q  249 agatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaagga 348  Q
    ||||| |||   ||  ||| |||||  |||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||  | ||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  12245760 agatggacaagagtactatagatgattttgtacttgttggtggatcttctaggattcccaaagtccaacagctattacaggactttttcaacgggaagga 12245859  T
Q  349 tttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtg 448  Q
     || ||||| || || ||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||| |||   |||||||||| ||| | ||||||    
T  12245860 attgtgcaagagcattaaccctgacgaggctgttgcttatggggcagctgttcaagctgctttgttgagtaaagatgttaagaatgttccaaatttggtg 12245959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 12 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 12234740 - 12234351
Alignment:
Q  12 ataggaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgt 111  Q
    |||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||  || | |||||   | ||||    
T  12234740 atagaaagaaaaaagtggacatgagtggaaatccaaaagccttgaggaggttaagaactgcttgtgagagggcaaaaagatcattgtctttccttgttgt 12234641  T
Q  112 caccactgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgag 211  Q
      | ||  | |||||||||||||||||| | || || || ||||||||||| || | | | ||||||||||||||||| |||||||| ||| | | ||||    
T  12234640 tgcaaccattgaggtagattctttatttgaaggcattgatttttcttcatcgatcaatagggccaagtttgaggaaatgaatatggatcttcttattgag 12234541  T
Q  212 tgtatgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaag 311  Q
    |||||||| | |||||||| ||||||  ||||| | |||||| |||   ||    | ||||| ||||| ||| | || || || ||||||||||||||||    
T  12234540 tgtatgaagattgttgagagttgtcttagtgatgctaagatggacaaaagtagggtggatgaagttgtccttattggcgggtcctctaggattcccaaag 12234441  T
Q  312 tgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttca 402  Q
    ||||| | |||||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||| || || || |||||||| |  |||||||||||    
T  12234440 tgcagcaactattgcaggattttttcaaggggaaggagctgtgcaagagtattaaccctga-gaggcggttgcttatgaggcagctgttca 12234351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 32 - 386
Target Start/End: Original strand, 12258718 - 12259072
Alignment:
Q  32 ataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagaggtagatt 131  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| || |||||||| ||||| ||  |||| |||| |  | ||||  | ||| | ||| ||||||    
T  12258718 ataagtggaaatccaagagctttgaggagattgaaaacagcttgtgagagtgcaaaaagatcactttcttatcttgttgttgcaactattgagatagatt 12258817  T
Q  132 ctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttgagaa 231  Q
    |||||| | | || || || |||||| |||| || | ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||     
T  12258818 ctttatgtgatggcattgatttttctgcatcaatcaatcgtgccaagtttgaggaaataaatttggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagag 12258917  T
Q  232 ttgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagac 331  Q
    ||||||    ||| | || | | |||   || || | ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||| |||||||||| | ||||| || ||     
T  12258918 ttgtcttacggatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgtccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggat 12259017  T
Q  332 tttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgctt 386  Q
    |||||||||||||| || || ||||| || || || || ||||| ||||| ||||    
T  12259018 tttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgtagctt 12259072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 329 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 7541960 - 7541857
Alignment:
Q  329 gactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggcttta 428  Q
    ||||||||||| || ||||| || ||||| || || || || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||  | ||||||| |||| |||    
T  7541960 gactttttcaatggaaaggacttgtgcaagagcattaatcctgatgaggctgttgcttatggggcagctgttcaggctgcattgttgagtggaggcgtta 7541861  T
Q  429 agaa 432  Q
    ||||    
T  7541860 agaa 7541857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 16 - 481
Target Start/End: Original strand, 4678679 - 4679143
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    ||||||||| |||||||| |||  |||  ||| | |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  4678679 gaagaataatgtggacattagtaagaacgcaaaacccttaaggaggttgagaactgcctgcgagagggcaaagaggacactctctttcgcctttgtcacc 4678778  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4678779 actgttgag-tagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaacgagtgta 4678877  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgca 315  Q
    || |||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||| |    || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  4678878 tggaaactgttaagagttgtcttagtgattcaaagatgcgcgggagtaatattgatgatgttgttcttgtgggtggttcatcgaggattcccaaagtgca 4678977  T
Q  316 ggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  4678978 ggatctattgcaagacttttttaagcggaaggatttgtgcaagagtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctatccaagctgctattttg 4679077  T
Q  416 agtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtatc 481  Q
    || ||||| ||||||||||||||  | || ||| || ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4679078 agcgaaggttttaagaatgtcccgaattttgtgctgcgagatgttaccccattgtcacttggtatc 4679143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 15595081 - 15594649
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    |||||| || ||||| || | |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| |||  |||||||||| ||  ||||||     
T  15595081 gaagaacaaagtggatattactgggaacccaagggccttgaggagattgagaactgcgtgcgaaagggcaaaaagggtactctcttttactactgtcact 15594982  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
    ||  | |||||||||| ||||||| | || || ||||| | ||||||  |||||||| |||||||||| ||||| || |||||| |||| || || ||||    
T  15594981 accattgaggtagattgtttatttaacggtattgacttcttttcatcggttactcgttccaagtttgaagaaatcaacatggacttttttaaggattgta 15594882  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgca 315  Q
    |||| |  ||||||| |||||| | |||| | |||||| | |   ||  | |  ||||  ||||  |||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  15594881 tgaagatagttgagagttgtcttgatgatgctaagatgaataagagtagtgtaaatgatattgtcattgttggtgggtcttctaggattcccaaagtgca 15594782  T
Q  316 ggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg 415  Q
      | |||||| | || |||||| |||| ||||| || ||||  || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||| | |||    
T  15594781 acaactattgaaggattttttcgagggaaaggaattgtgcatgagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtccaggctgctttgttg 15594682  T
Q  416 agtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtg 448  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||    
T  15594681 agtgaaggttttaaaaatgttccaaacttggtg 15594649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 47 - 471
Target Start/End: Original strand, 34466945 - 34467364
Alignment:
Q  47 agagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagaggtagattctttatttcagggaa 146  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||        |||||| | ||||| ||  |||||||||||| | ||| ||    
T  34466945 agagctttgaggaggttgagaactgcgtgcgagaatgcaaagaggacactct--------tttgtcgctactgttgaaatagattctttatatgaggtaa 34467036  T
Q  147 tagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagt---gtatgaaaactgttgagaattgtctcggtga 243  Q
    | |||||   ||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || || || |   | ||||  | ||||| || |||||| | |||    
T  34467037 ttgacttccattcgtcaatcactcgtgccaagtttgaggaaatcaatatggacttctttaaagattaatgcatgaggattgttgtgagttgtcttgttga 34467136  T
Q  244 ttcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaagggg 343  Q
    | | |||||| |||   ||  | |  |||| | ||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||| ||     
T  34467137 tgctaagatggacacgagtagtgtgcatgatgctgtccttgtcgggggctcttctaggattcccaaagtgcagcagctattgcgggactttttcaatggt 34467236  T
Q  344 aaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagact 443  Q
    |||||| ||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||| |  |||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||| ||||| ||| |||    
T  34467237 aaggatctatgcaatagcatcaaccctgatgaggctgtcgcttatgtcgcagctgtgcaagctgctttgttgagtaaaggctttaacaatgttccaaact 34467336  T
Q  444 tggtggtgagagatgttaccccattgtc 471  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||    
T  34467337 tggtgctgcgagatgttacaccattgtc 34467364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 228
Target Start/End: Original strand, 52549269 - 52549345
Alignment:
Q  152 ttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttga 228  Q
    ||||||||||| || | | | ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||    
T  52549269 ttttcttcatcgatcaatagggccaagtttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttga 52549345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 38)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 16 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 8659410 - 8658910
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| || |||| | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8659410 gaagaataaagtggacattagtggtaacccaaaatccttaaggaggttgagaactgcctgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 8659311  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||  || |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  8659310 actgttgaggtcgattctttatttcagggaatagacttctgttcattaatcactcgtgccaggtttgaggaaatgaatatggatctttttaatgagtgta 8659211  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgca 315  Q
    ||||||||||||||| ||||||  | |||||||| || || ||  |||||||||| ||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  8659210 tgaaaactgttgagagttgtcttagcgattcaaaaatacagatgagtgatattgacgatattgttcttgtgggtggttcgtctaggattcccaaagtgca 8659111  T
Q  316 ggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg 415  Q
     ||||||||||||||| |||||     ||||| ||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||     
T  8659110 agatctattgcaagaccttttcccaaagaaggttttatacaagagtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctcttcaagctgctgtttta 8659011  T
Q  416 agtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtatctcagccgatgttgatcatgtcatgagtgttgtga 515  Q
    ||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  8659010 agcaaaggctttaagaatgtcccaaacttggtgctgcaagatgttaccccattgtcacttggtatcgcagtagatgttgatcatgtcatgggtgtagtga 8658911  T
Q  516 t 516  Q
    |    
T  8658910 t 8658910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 16 - 480
Target Start/End: Original strand, 10494495 - 10494959
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||    
T  10494495 gaagaataacgtggacatcagtgggaatccaaaatccttaaggaggttgagaactgcctgtgagagggcaaaaaggatactctctttttcttttgtcacc 10494594  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
    || || ||||| ||| ||||||||  |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||    
T  10494595 accgttgaggtcgatgctttatttatgggaatcgacttttcttcatcaatcactcgtgccaaatttgaggaaattaatatagactttttcatcgagtgta 10494694  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgca 315  Q
    |||| | |||||| | ||||||| | |||||||||||  |||    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10494695 tgaatattgttgacagttgtctcagggattcaaagatatacaagaatgatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattcccaaagtgca 10494794  T
Q  316 ggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg 415  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||   |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  10494795 ggatctattgctagaatttttcaaggggaaggaattattcatgcgtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttg 10494894  T
Q  416 agtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtat 480  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10494895 agtgaaggctttaagaatgtcccgaacttggtgctacgagatgttaccccattgtcacttggtat 10494959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 16 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 8654497 - 8654032
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    ||||||||| ||||| || || || || |||| | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||    
T  8654497 gaagaataaagtggaaattagcggtaacccaaaatccttaaggaggttgagaactgcctgtgagagggcaaaaaggatactctcttttacttttgtcacc 8654398  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8654397 actgttgaggtagatgctttatttatgggaatcgacttttcttcatcaatcactcgtgctaaatttgaggaaattaatatggactttttcaatgagtgta 8654298  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgca 315  Q
    | || | |||||| | ||||||| | |||||||||||  |||    |||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8654297 tcaatattgttgacagttgtctcagagattcaaagatatacaagaatgatattgatgatgttgtactcgtgggtggctcgtctaggattcccaaagtgca 8654198  T
Q  316 ggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg 415  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| |  |  | ||||||||| ||||| ||| |||| || || || |||||||| ||||||||||||    
T  8654197 ggatctattgctagagtttttcaaggggaaggctttgtttatgaatatcaacccagatgaggctattgcatatggcgctgctgttcaggctgctattttg 8654098  T
Q  416 agtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtatc 481  Q
    ||||||| |||||||||||||||  |||||||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||    
T  8654097 agtgaagactttaagaatgtccccaacttggtgctacgtgatgttaccccattgtcacttggtatc 8654032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 16 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 8667466 - 8667002
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    ||||||||| |||||||| |||  ||| |||| | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||    
T  8667466 gaagaataaagtggacatcagtcagaacccaaaatccttaaggaggttgagaactgcctgtgagagggcaaaaaggatactctcttttgcttttgttacc 8667367  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||  |||||| ||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||    
T  8667366 actgttgaggtagatgctttatttacgggaatcgacttttgttcatcaattactcgtgctaaatttgaggaacttaacatggactttttcaatgagtgta 8667267  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgca 315  Q
    |||| |  ||||| |  |||||| | |||||||||||  |||    |||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8667266 tgaatatagttgacacctgtctcagggattcaaagatatacaagaatgatattgatgatgttgtacttgtcggtggctcgtctaggattcccaaagtgca 8667167  T
Q  316 ggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg 415  Q
    ||| | ||||| ||| | ||||||||||||||| |||| ||   |||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  8667166 ggaacaattgctagaatatttcaaggggaaggaattattcatgggtatcaacccagacgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttg 8667067  T
Q  416 agtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtat 480  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |||||||| |  ||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  8667066 agtgaaggctgtaagaatgtccccaacttggtgctacgagatgtgacccctttgtcacttggtat 8667002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 16 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 1301507 - 1301011
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| || |  | | |||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  1301507 gaagaataaagtggacattagtggtaaccagaaatccttaaggaggttgagaattgcgtgtgagagggcaaaaaggacactctcttttgctttagtcacc 1301408  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  1301407 accgttgaggtcgattctttatttcagggaatcgacttctgttcattaatcactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggatctttttaatgagtgta 1301308  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgca 315  Q
      ||||| ||||||| ||||||  | |||||||| ||   |||  ||||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1301307 caaaaaccgttgagagttgtcttagcgattcaaaaatatgcatgagtgatatcgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattcccaaagtgca 1301208  T
Q  316 ggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg 415  Q
     ||| ||||||||||| |||||  || ||| | ||||| ||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||     
T  1301207 agatatattgcaagacattttcccggagaaagttttatacaagagtatcaaccc-gacgaggctgttgcttatggtgcagctattcaagctgctatttta 1301109  T
Q  416 agtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtatctcagccgatgttgatcatgtcatgagtgttgtga 515  Q
    ||  |||| || |||||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||   || |  | |||||||||||||||||| ||||    
T  1301108 agcaaaggattcaagaatgtcccaaacttggtgctgcaagatgttaccccattgtcacttggtatc---gcagtaggtgatcatgtcatgagtgtggtga 1301012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 26 - 471
Target Start/End: Original strand, 27831006 - 27831451
Alignment:
Q  26 gtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagagg 125  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||   |||||||| |||||| ||||||||||||||| || ||| ||| ||| | |||     
T  27831006 gtggacattagtgggaacccaagagccttgaggaggctgagaacctaatgtgagaaggcaaaaaggacactctctttttctgttgacactactattgaga 27831105  T
Q  126 tagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgt 225  Q
    ||||| | |||||| |||| || ||||| | ||||   || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||    
T  27831106 tagatgccttatttgagggcattgacttcttttcaatgatcactcgtgcaaagtttgaggaaatcaatatggaccttttcaatgaatgtatggagactgt 27831205  T
Q  226 tgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattg 325  Q
    ||||| |||||||  ||| || |||||| |||   ||  ||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||| | ||||||    
T  27831206 tgagagttgtctcactgactctaagatggacaagagtagtatagatgatgttgtccttgttggtggctcttcaaggattcccaaagtgcagcagctattg 27831305  T
Q  326 caagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggct 425  Q
       |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||||||||  ||||||||||| || |||||| | |||||||| | |     
T  27831306 gcggactttttcaagggaaaggatttgtgcaagagcatcaatcctgatgaggctgttgcttttggtgcagctgtgcaggctgctttgttgagtgatgaca 27831405  T
Q  426 ttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtc 471  Q
    ||| |||||| ||| |||||||| |||  |||||||| ||| ||||    
T  27831406 ttatgaatgttccaaacttggtgttgatcgatgttactccactgtc 27831451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 37 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 17267965 - 17267554
Alignment:
Q  37 tgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagaggtagattcttta 136  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| ||||| || | ||| |||| ||| ||||||||  |||||    
T  17267965 tgggaacccaaaagccatgaggaggttgagaactgcatgtgaaaaagcaaaaaggacactttctttcgcctctgtgaccaatgttgaggtagacgcttta 17267866  T
Q  137 tttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttgagaattgtc 236  Q
    ||| ||||  | || |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||| | | ||||||||| ||||    
T  17267865 tttaagggtgttgatttttcttcgtcaatcactcgtgccaagtttgaggaaatcaatatggacctttttgatgagtgcatggagattgttgagaagtgtc 17267766  T
Q  237 tcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagacttttt 336  Q
    |  ||||| | |||||  |||   |     ||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||    
T  17267765 ttagtgatgctaagattgacaagagcagagttgatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattccgaaagtgcagcaactattgcagaacttctt 17267666  T
Q  337 caaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtc 436  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| | || |||| | || | ||||||||     
T  17267665 caaggggaaggaattatgcaaaagtatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgctgctgttcaggctgctttgttaagtggaagcgtcaagaatgtt 17267566  T
Q  437 ccagacttggtg 448  Q
    ||| ||||||||    
T  17267565 ccaaacttggtg 17267554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 45 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 6789530 - 6789096
Alignment:
Q  45 caagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagaggtagattctttatttcaggg 144  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| || |||  ||||||||||| | | ||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  6789530 caagggccttaagaaggttgagaactgcgtgtgaaagggccaaaagggtactctcttttgttgtcgtcactactattgaggtagactctttatttcaggg 6789431  T
Q  145 aatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttgagaattgtctcggtgat 244  Q
     || |||||   ||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||| || ||||||| |||||| | |||     
T  6789430 catcgacttcatttcatcacttactcgggccaagtttgaggaaatcaatatggatatttttaatgagtgtatgaagaccgttgagagttgtcttgttgac 6789331  T
Q  245 tcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaagggga 344  Q
     | |||||| |||   ||  | |  |||| ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||  |||||| ||| |    
T  6789330 gctaagatggacaagagtattgtaaatgatgttgtccttgttggtgggtcttctagaattcccaaagtgcaacaactattgcaagaagttttcatgggaa 6789231  T
Q  345 aggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagactt 444  Q
    ||||||| ||||  || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||| ||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  6789230 aggatttgtgcatgagcatcaaccctgatgaggctgttgcttacggtgcagctgtccaggctgctttgttgagcgaaggctctaagagtgttccaaactt 6789131  T
Q  445 ggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggta 479  Q
    |||| ||  ||||||||| || ||||| |||||||    
T  6789130 ggtgctgcaagatgttacaccgttgtctcttggta 6789096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 27 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 17260277 - 17259856
Alignment:
Q  27 tggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagaggt 126  Q
    ||||||| | |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||| | ||| |||| ||| |||||    
T  17260277 tggacattattgggaacccaaaagccttaaggaggttgagaactgcatgtgaaaaagcaaaaaggacactttcttttgcctctgtgaccaatgttgaggt 17260178  T
Q  127 agattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgtt 226  Q
    |||  |||||||| ||||  |  | |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||| ||| | | ||||    
T  17260177 agacgctttatttaagggtgttaatttttcttcgtcaatcactcgtgccaagtttgaagaaatcaatatggaccttttttatgagtgcatggagattgtt 17260078  T
Q  227 gagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgc 326  Q
    ||||| |||||  |||||   |||||  |||   |    |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  17260077 gagaagtgtcttagtgatggtaagattgacaagagcagaattgatgatgttgtccttgttggtggatcttctaggattccgaaagtgcagcaactattgc 17259978  T
Q  327 aagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctt 426  Q
    | || || |||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| | || |||| | || |    
T  17259977 aggatttcttcaagggtaaggaattatgcaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgctgctgttcaggctgctttgttaagtggaagcgt 17259878  T
Q  427 taagaatgtcccagacttggtg 448  Q
     |||||||| ||| ||||||||    
T  17259877 caagaatgttccaaacttggtg 17259856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 3147311 - 3146846
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    |||||| ||||| ||||| |||| |||  |||||||||| |||||||||| ||| || ||||| || |||||  | | ||| ||||||||| |  |||||    
T  3147311 gaagaacaaggtagacattagtgagaactcaagagccttaaggaggttgaaaacggcgtgtgaaagagcaaaacgaatactatcttttgctgtcatcacc 3147212  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
    ||  | ||| |||||||||||||||||||| | ||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||     
T  3147211 accattgagatagattctttatttcagggatttgacttattttcatcaatcactcgtgccaagtttgaggaaatcaatatggatcttttcactgagtgtt 3147112  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgat-tcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgc 314  Q
    || |||||||| ||| |||| ||| |||| || || ||| |||   ||| |||  |||| || || ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  3147111 tggaaactgttaagagttgtttcgctgatgtcgaa-atggacaaaagtgctatacatgatgtcgtccttgtcggtggctcgtctagaattccaaaagtgc 3147013  T
Q  315 aggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctatttt 414  Q
    |  | |||||||| || |||||    |||||| || | || || || |||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||    
T  3147012 aacaactattgcaggaattttttgcagggaagcatctgtgtaacagcatcaaccctgatgaggccgttgcttatggtgcagctgtgcaagctgctttgtt 3146913  T
Q  415 gagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtatc 481  Q
    |||||||| |||||| ||||| ||| |||||||||||  ||||||| | || ||||| |||||||||    
T  3146912 gagtgaagactttaaaaatgttccaaacttggtggtgcaagatgttgctcctttgtctcttggtatc 3146846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 252
Target Start/End: Original strand, 13333577 - 13333813
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    ||||||||| || || || |||||||| |||| | |||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||||    
T  13333577 gaagaataacgtcgatatcagtgggaacccaaaatccttaaggaggttgagaactgcctgtgagagggaaaaaaggatactctccttttcttttgtcacc 13333676  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
    ||||| || |||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||    
T  13333677 actgttgaagtagatgctttatttatgggaatcgacttttcttcatcaatcactcgtgccaaatttgaggaaattaatatagactttttcatcgagtgta 13333776  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagat 252  Q
    |||| | |||||| | ||||||| | |||||||||||    
T  13333777 tgaatattgttgacagttgtctcagggattcaaagat 13333813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 269 - 409
Target Start/End: Original strand, 7878107 - 7878247
Alignment:
Q  269 gatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacc 368  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||  || |||||||    
T  7878107 gatgatgttgtacttgttggtggatcatctaggattctcaaagtgcagcagctattgcaggacttttttaaggggaaggatatttgcagtagcatcaacc 7878206  T
Q  369 cggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgct 409  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  7878207 cggatgaagctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgct 7878247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 157 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 8537942 - 8537638
Alignment:
Q  157 ttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcac 256  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||| || | || |||||||| ||  |  ||||||||||||||||| ||| |||| |   |||| | |||||| ||    
T  8537942 ttcatcaatcactcgggccaagtttgagcaactcaacatggacctctttgaaaagtgtatgaaaactgttaagagttgttttaatgatgctaagatggac 8537843  T
Q  257 attggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgca 356  Q
    | | ||  ||| ||||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||  |||  ||||| ||||||||| |||||||||| | |  |    
T  8537842 agtagtagtatggatgatgttgtactagttggtggctcttctaggattcccaaagtgcagagtctgctgcaaaactttttcagggggaaggatattttta 8537743  T
Q  357 aaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagaga 456  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||| | ||||| | |||| |||||| ||| ||  |||||||| || ||||    
T  8537742 aaagcatcaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgtccaggctgctttgttgagcggaggcattaagactgttccgaacttggtgctgcgaga 8537643  T
Q  457 tgtta 461  Q
    |||||    
T  8537642 tgtta 8537638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 8646924 - 8646469
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| ||  |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||| |  ||||    
T  8646924 gaagaacaaggtggacattactggaaactcaagagccttaaggaggttgagaacggcatgcgagagagcaaaaaggacactatcttttgcttcttgcacc 8646825  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
    ||  | ||  |||||||||||||| | || || ||||||  |||||| || ||||||||||| ||||| | ||| |||||||| || ||||  || |||     
T  8646824 accattgaattagattctttatttaatggcattgactttatttcatcaatcactcgtgccaaatttgacgcaatcaatatggatctgttcatcgaatgtt 8646725  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgca 315  Q
    || |||||||||||| |||||    |||| | |||||| |||   ||  |||  |||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||    
T  8646724 tggaaactgttgagagttgtcataatgatgccaagatggacaagagttctatccatgatgttgttcttgttggtggctcctctagaattccaaaagtaca 8646625  T
Q  316 ggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg 415  Q
      |  |  || | || |||||||| | |||||| |||||| | || |||||||| ||||  || |||||||| || ||||| ||||| |||||| | ||     
T  8646624 acagatgctgaaggagtttttcaatgagaaggaattatgcgagagcatcaaccctgatgtggccgttgcttatggcgcagccgttcaggctgctttatta 8646525  T
Q  416 agtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtc 471  Q
     |||| |||||||||||||  ||| |||||||| |   |||||| |||||||||||    
T  8646524 tgtgatggctttaagaatgctccaaacttggtgtttcaagatgtcaccccattgtc 8646469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 270 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 8102460 - 8102311
Alignment:
Q  270 atgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaaccc 369  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||| || |||||  |||||||||| ||||||||    
T  8102460 atgatgttgttcttgttggtggttcaactaggattcccaaagttcagcaactgttgcaagacttcttcaatggtaaggagctatgcaaaagcatcaaccc 8102361  T
Q  370 ggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtg 419  Q
     || || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  8102360 cgacgaggctgttgcttatggtgccgctgttcaagctgctatcttgagtg 8102311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 39 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 8570335 - 8569890
Alignment:
Q  39 ggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagaggtagattctttatt 138  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| || | || |  ||   ||||  | ||| ||||| || |||     
T  8570335 ggaacccaaaagccttgaggaggttaagaacagcttgtgagagggcaaaaaggacactttcatatgatactgaggccacaattgagctagatgctatata 8570236  T
Q  139 tcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttgagaattgtctc 238  Q
    | ||||||| |||||   |||||| || || || ||||||||||||||||| |||||| |||| ||  |  |||||||| |||||||| | | ||||||     
T  8570235 taagggaattgacttcagttcatcaataacccgggccaagtttgaggaaatgaatatgaacctctttgaaaagtgtatggaaactgttaatagttgtctt 8570136  T
Q  239 ggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttca 338  Q
    | |||| | |||||| | |    |  | | ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||  | | ||||| ||||| ||||||     
T  8570135 gctgatgctaagatggaaaagaatagtgtagatgatgttgtccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgaggcagctattacaagagtttttcc 8570036  T
Q  339 aggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtccc 438  Q
    |||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| | |    |||||| || |||||| ||| ||    
T  8570035 aggggaaggaattatgcaacagcattaaccctgatgaggctgttgcttacggtgcagctattcaggctgttttgcatagtgaaagcgttaagagtgttcc 8569936  T
Q  439 agacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtatctca 484  Q
    | |||||||  || |||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  8569935 aaacttggttttgcgagatgttacaccattgtcacttggtgtctca 8569890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 360 - 485
Target Start/End: Original strand, 13333833 - 13333958
Alignment:
Q  360 gtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgt 459  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |  |||||||    
T  13333833 gtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttgagtgaaggctttaagactgtcccgaacttggtgctacgagatgt 13333932  T
Q  460 taccccattgtcgcttggtatctcag 485  Q
    || |||||| || |||||||| ||||    
T  13333933 tatcccattatcacttggtatttcag 13333958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 269 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 8590432 - 8590292
Alignment:
Q  269 gatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacc 368  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||| | | ||| || ||||| |    
T  8590432 gatgatgttgtacttgttggtggttcttctaggattcccaaagtgcagcagctattgcaagacttttttatggggaaggatctttacaatagcatcaatc 8590333  T
Q  369 cggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgct 409  Q
    | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8590332 cagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgct 8590292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 287 - 441
Target Start/End: Original strand, 29582233 - 29582387
Alignment:
Q  287 ggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgctt 386  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| ||||| ||||||||||    
T  29582233 ggtggctcttctagaattcccaaagtgcatcagctattgcaagaatttttcaaggggaaggatttgtgcatgagcatcaaccctgatgaggctgttgctt 29582332  T
Q  387 acggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccaga 441  Q
    | ||||||||||| || |||||| |  ||| ||||||| || ||||||| |||||    
T  29582333 atggtgcagctgtgcaggctgctttgctgattgaaggcattgagaatgttccaga 29582387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 49 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 8545647 - 8545214
Alignment:
Q  49 agccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagaggtagattctttatttcagggaata 148  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| || |  |    ||   ||||  | ||  ||||| |||||| ||| || ||     
T  8545647 agccttgaggaggttgagaactgcctgtgagaaggcaaaaaggacactttcatacgacactgaggccacaattgacctagatgctttatatcaaggtatt 8545548  T
Q  149 gacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaa 248  Q
    ||||||| |||||  || ||||| |||||||||||| || | ||||||||||| ||  |  |||||||| | |||||| |   |||||| | |||| | |    
T  8545547 gacttttgttcatgcatcactcgggccaagtttgagcaattgaatatggacctctttgaaaagtgtatggacactgttaattgttgtcttgttgatgcta 8545448  T
Q  249 agatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaagga 348  Q
    ||||| |||  |||  | | ||||| ||||| ||||| || || || ||||||||||| ||||||    | ||||| || || ||||| |||||||||||    
T  8545447 agatggacaagggtagtgtagatgatgttgtccttgttggcggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggagttttttaaggggaagga 8545348  T
Q  349 tttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtg 448  Q
     |||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||| |  ||||||||| |  ||||||||||||| || |||||    
T  8545347 attatgcaagagcattaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtccaggctgctttgctgagtgaagacaataagaatgtcccaaacatggtg 8545248  T
Q  449 gtgagagatgttaccccattgtcgcttggtatct 482  Q
     |  ||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  8545247 ctacgagatgttacccctttgtcacttggtatct 8545214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 155 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 8616589 - 8616259
Alignment:
Q  155 tcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgc 254  Q
    |||||||| || |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || |||||||||| |||| |   |||||| |||||      
T  8616589 tcttcatcaatcactcgtgttaagtttgaggaaatcaatatggacctttttaacgagtgtataaagactgttgagagttgttttaatgattctaagatag 8616490  T
Q  255 acattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatg 354  Q
    | |   ||  | | |||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||   ||||||||| | ||||||||||| ||    
T  8616489 agaagagtagtgtagatgatattgttcttgtcggtggctcgtctaggattcctaaagtgcaggaactattgagtgactttttcgatgggaaggatttgtg 8616390  T
Q  355 caaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg---agtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtg 451  Q
    ||| |  ||||| || ||||| |||||||||   || ||||| ||||| |||||| | |||   | |  || |||||||||||| ||| |||||| | ||    
T  8616389 caagaacatcaatcctgatgaggctgttgctagtggggcagcagttcaggctgctttgttgggtactacagactttaagaatgttccaaacttggcgctg 8616290  T
Q  452 agagatgttaccccattgtcgcttggtatct 482  Q
     |||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  8616289 cgagatgttacccctctgtcacttggtatct 8616259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 276 - 480
Target Start/End: Original strand, 29578053 - 29578257
Alignment:
Q  276 ttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatga 375  Q
    |||| ||||| || || |||||||| ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||  || || ||||| || ||    
T  29578053 ttgtccttgttggaggttcatctagaattcccaaagtgcggaaactattgcaagactttttcaagggtagggatttgtgcatgagcataaaccctgacga 29578152  T
Q  376 agctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgctt 475  Q
     ||||||||||| ||||||||||| || |||||| | |||| ||| ||| |||||||||| ||| | |||||  || ||||| |||| || |||||||||    
T  29578153 ggctgttgcttatggtgcagctgtgcaggctgctttgttgattgatggcattaagaatgttccaaatttggtcttgcgagatattacacccttgtcgctt 29578252  T
Q  476 ggtat 480  Q
    |||||    
T  29578253 ggtat 29578257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 269 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 8576120 - 8575911
Alignment:
Q  269 gatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacc 368  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||    | ||||| || ||  |||||||||||||||| ||||| || || |||||||    
T  8576120 gatgatgttgtccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggaggttttcaaggggaaggaattatgtaagagcatcaacc 8576021  T
Q  369 cggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccatt 468  Q
    | ||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||||||||| | ||||||||||||  ||||||||| ||| |||||||| |  |||||||||| || ||    
T  8576020 ctgatgaggctgttgcttatggtgctgttgtccaagctgctttgttgagtgaaggcagtaagaatgttccaaacttggtgttacgagatgttacaccgtt 8575921  T
Q  469 gtcgcttggt 478  Q
    |||| |||||    
T  8575920 gtcgtttggt 8575911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 44 - 485
Target Start/End: Original strand, 8585855 - 8586296
Alignment:
Q  44 ccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagaggtagattctttatttcagg 143  Q
    |||||||| |||||| |||| ||||| |||||||| | |||||| |||||||| |||||    || ||||| ||| | ||  | |||| ||||| | |||    
T  8585855 ccaagagctttgaggcggttaagaacggcatgtgaaaaggcaaaaaggacactttctttcaaattggtcactactattgaaattgattatttatgtgagg 8585954  T
Q  144 gaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttgagaattgtctcggtga 243  Q
    |  | || || |||||||| || || |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| ||||||    ||    
T  8585955 gcgtcgatttctcttcatcaatcacgcgtgtcaagtttgaggaaatcaatatggacctttttaatgagtgtataaatactgttgagagttgtcttaccga 8586054  T
Q  244 ttcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaagggg 343  Q
    ||| |||||  | |    || | | || ||  |||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||   ||||| ||||| |||    
T  8586055 ttctaagatagagaagaatggtgtagacgatattgtccttgtcggtggctcgtccagaattcccaaagtacaggaactattgagtgacttcttcaatggg 8586154  T
Q  344 aaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagact 443  Q
    || ||||||||||| |  ||||| || ||||| |||||||||   || || || ||||| ||| || |  || || ||| ||||||||| || ||| |||    
T  8586155 aaagatttatgcaagaacatcaatcctgatgaggctgttgctagtggggctgcagttcaggcttctttgctgtgtaaagactttaagaaagttccaaact 8586254  T
Q  444 tggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtatctcag 485  Q
    ||||| || |||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  8586255 tggtgctgcgagatgttacccctctgtcacttggtatctcag 8586296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 269 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 8581494 - 8581285
Alignment:
Q  269 gatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacc 368  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||    | ||||| || || |||||| |||||||||| |||||||| || |||||||    
T  8581494 gatgatgttgtccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggagtttttccaggggaaggaattatgcaagagcatcaacc 8581395  T
Q  369 cggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccatt 468  Q
    | ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| |  | ||||||||| |||||| ||| ||| ||||| |  || |||||||||| |||||    
T  8581394 ctgatgaggctgttgcttatggtgctgctattcaggctgctttggttagtgaaggcattaagagtgttccaaacttgattttgcgagatgttacaccatt 8581295  T
Q  469 gtcgcttggt 478  Q
    ||| ||||||    
T  8581294 gtcacttggt 8581285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 269 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 8609711 - 8609500
Alignment:
Q  269 gatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacc 368  Q
    ||||| ||||||||||| || || || ||||||||||| |||||| || | ||| |||||||||||||||| || |||||||| || |  || |||||||    
T  8609711 gatgatgttgttcttgttggaggttcttctaggattccgaaagtgaagcagctactgcaagactttttcaatggaaaggatttgtgtatgagcatcaacc 8609612  T
Q  369 cggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccatt 468  Q
    | ||||| || |||||||| ||||| ||||| || |||||| | ||| |||||||| | ||    || ||| |||||||| || |||||||||| || ||    
T  8609611 ctgatgaggcggttgcttatggtgctgctgtccaggctgctttgttgggtgaaggcatcaaatcagttccaaacttggtgctgcgagatgttacaccttt 8609512  T
Q  469 gtcgcttggtat 480  Q
    ||| ||||||||    
T  8609511 gtcacttggtat 8609500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 419
Target Start/End: Original strand, 8017788 - 8017937
Alignment:
Q  270 atgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaaccc 369  Q
    |||| ||||||||||| || || ||| |||| ||||||||||| ||| | || |||||||| || ||||| || || ||  | ||||| |||||||||||    
T  8017788 atgatgttgttcttgttggcggttcaactagaattcccaaagttcagcaactgttgcaagatttcttcaatggtaaagagctttgcaagagtatcaaccc 8017887  T
Q  370 ggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtg 419  Q
     || || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||    
T  8017888 agacgaggctgttgcttatggtgccgctgtacaagcagcaattttgagtg 8017937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 168 - 237
Target Start/End: Original strand, 8673894 - 8673963
Alignment:
Q  168 ctcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttgagaattgtct 237  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||    
T  8673894 ctcgtgccaagtttgaggaaatcaatatcaatcttttcaacgagtgtttggaaactgttgagaattgtct 8673963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 405 - 480
Target Start/End: Original strand, 8671608 - 8671683
Alignment:
Q  405 ctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtat 480  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||| |  |||||||||| |||||||| ||||||||    
T  8671608 ctgctattttgagcaaaggctttaagaatgtccccaacttggtgctacgagatgttacgccattgtcacttggtat 8671683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 14 - 96
Target Start/End: Original strand, 7877852 - 7877934
Alignment:
Q  14 aggaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacact 96  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||| || || || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  7877852 aggaagaataaagtggacattggtggaaacccgagggcccttaggaggttgagaactgcatgtgagagggctaaaaggacact 7877934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 96
Target Start/End: Original strand, 29581960 - 29582042
Alignment:
Q  14 aggaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacact 96  Q
    |||||||| ||  ||||||| |||||||| |||| ||| || |||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  29581960 aggaagaacaatttggacattagtgggaacccaaaagctttaaggaagctgagaacagcttgtgagagggcaaagaggacact 29582042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 56 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 8609924 - 8609884
Alignment:
Q  56 aggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacact 96  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8609924 aggaggttgaggactgcttgtgagagggcaaagaggacact 8609884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 264 - 396
Target Start/End: Original strand, 8636712 - 8636844
Alignment:
Q  264 atattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtat 363  Q
    |||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||| | ||||| || ||| |||| |||| ||||||  | || || || ||    
T  8636712 atatagatgatgttgtccttgttggtggctcctctaggattccaaaggtgcagcaactattacaggacatttttaaggcgaaggaactgtgtaagagcat 8636811  T
Q  364 caacccggatgaagctgttgcttacggtgcagc 396  Q
    |||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  8636812 caacgctgatgaggctgttgcttatggagcagc 8636844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #34
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 269 - 348
Target Start/End: Original strand, 8383250 - 8383329
Alignment:
Q  269 gatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaagga 348  Q
    ||||| ||||||||  | ||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  8383250 gatgatgttgttctcatcggtggttcttcgaggattcccaaagtgcaagagctattgcaacactttttcaattggaagga 8383329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #35
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 381 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 8559065 - 8558966
Alignment:
Q  381 ttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtat 480  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||| | |  | ||||||| |  ||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8559065 ttgcttatggtgcagctgtccaggctgttttgcttagtgaagacactaagaatgttccaaacatggtgctgagagatgttacccctttgtcccttggtat 8558966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #36
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 96
Target Start/End: Original strand, 29577791 - 29577873
Alignment:
Q  14 aggaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacact 96  Q
    |||||||| || |||||||| |||  ||| |||| ||| || |||| | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  29577791 aggaagaacaatgtggacattagtttgaacccaaaagctttaaggaagctgagaactgcttgtgagagggcaaagagggcact 29577873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #37
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 8576354 - 8576293
Alignment:
Q  35 agtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacact 96  Q
    |||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||    
T  8576354 agtgagaattcaaaagccttaaggaggttgagaactgcttgtgaaaaggcaaaaaggacact 8576293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #38
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 152 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 8664971 - 8664919
Alignment:
Q  152 ttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggacctttt 204  Q
    |||| |||||| || |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||    
T  8664971 ttttgttcatcaataactcgtgcgaggtttgaggaaatcaatatggacctttt 8664919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 51 - 481
Target Start/End: Original strand, 9336047 - 9336477
Alignment:
Q  51 ccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgtagaggtagattctttatttcagggaataga 150  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||  |||||| ||    
T  9336047 ccttaaggaggttgagaactgcctgtgagagggcaaaaaggatactgtcttttgcttttgttaccactgttgaggtagatgctttatttatgggaatcga 9336146  T
Q  151 cttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaag 250  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |  |||||| | |||||||||    
T  9336147 cttttcttcatcaatcactcgtgccaaatttgaggaacttaacatggactttttcaatgagtgtatgaatattgttgacacctgtctcagggattcaaag 9336246  T
Q  251 atgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatt 350  Q
    ||  |||   || ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||| |    
T  9336247 atatacaagagtaatattgatgatattgttcttgtgggtggctcgtctaggattccgaaagtgcaagaactattgctagaatttttcaaggggaaggaat 9336346  T
Q  351 tatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggt 450  Q
    ||| ||   |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||| |    
T  9336347 tattcatgggtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcgcccaacttggtgct 9336446  T
Q  451 gagagatgttaccccattgtcgcttggtatc 481  Q
      ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9336447 acgagatgttaccccattgtcacttggtatc 9336477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 16 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 30775299 - 30774830
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    |||||| || |||||||| |  |||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||    ||| ||||     
T  30775299 gaagaacaacgtggacattaccgggaatccaagagctttgagacagttgagaactgcatgtgaaaaggcaaaaaggacactctccttcaagtttctcaca 30775200  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
      ||| ||| |||||  ||||||||| |  || |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  30775199 tttgttgagatagataatttatttcaagacattgacttttcttcatcaatcactcgtgtcaagtttgaggaaatcaatatggacctttttaatgagtgta 30775100  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgca 315  Q
    |  | |||||||||| ||||||   |||||||||| |  |||   ||  | | |||||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  30775099 tacagactgttgagagttgtcttactgattcaaaggtagacaagagtagtgtagatgatattgttcttgtcggtggttcttctaggattcccaaagtgca 30775000  T
Q  316 ggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg 415  Q
    ||| |||||||   | || ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| || |||||| |||| |||||||| || |||||| | |||    
T  30774999 ggaactattgcgtaatttcttcaatgggaaggatttgtgcaagagcatcaatcctgatgaggcagttgctcacggggcagctgtccaggctgctctattg 30774900  T
Q  416 agtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtatctcag 485  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| | |||||| || ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  30774899 agtgaaggcattaagaatgccccaaagttggtgctgcgagatgtcacccctttgtcacttggtatttcag 30774830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 125 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 35132395 - 35132095
Alignment:
Q  125 gtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgtatgaaaactg 224  Q
    ||||||||||||||||| || || || ||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||| |||   |||||||| |||||||||||||| || |    
T  35132395 gtagattctttatttcaaggcattgatttttcttcatcaatcaatcgcgccaagtttgaggaaatgaatgcagacctttttaatgagtgtatgaataccg 35132296  T
Q  225 ttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatatt-gatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctat 323  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||   |  |   | ||||| ||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||| | ||||    
T  35132295 tagagagttgtctcattgatgctaagatggacaagagcaagggtagatgatgttgttcttgttggagggtcttctaggattcccaaagtgcagcagctat 35132196  T
Q  324 tgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaagg 423  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| || ||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||| | |||||| ||||    
T  35132195 tgcaaaactttttcaaagggaaggagttgtgcaagagcattaaccccgatgaggctgtagcttatggggcagcagttcaggctgctttgttgagtaaagg 35132096  T
Q  424 c 424  Q
    |    
T  35132095 c 35132095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 270 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 54396216 - 54396069
Alignment:
Q  270 atgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaaccc 369  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||| | |||||||| ||||| ||  | || ||||| || || ||||| ||||| ||  | ||||| ||||| |||||    
T  54396216 atgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccc 54396117  T
Q  370 ggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgag 417  Q
     ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  54396116 tgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgag 54396069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 419
Target Start/End: Original strand, 23588108 - 23588257
Alignment:
Q  270 atgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaaccc 369  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||| || ||  | || |||||||| || ||||| || |||||  | || || || ||||||||    
T  23588108 atgatgttgttcttgttggtggatccactaggattcccaaggttcaacaacttttgcaagatttcttcaatggaaaggagctttgtaagagcatcaaccc 23588207  T
Q  370 ggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtg 419  Q
     |||||||||||||| || || ||||| || |||||||||||||||||||    
T  23588208 cgatgaagctgttgcatatggggcagccgtccaagctgctattttgagtg 23588257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 267 - 417
Target Start/End: Original strand, 23596957 - 23597107
Alignment:
Q  267 ttgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaa 366  Q
    ||||||| ||||||||||| || || ||  ||||||||||||| || ||  | || |||||||| || ||||| ||||||||  | || || || |||||    
T  23596957 ttgatgatgttgttcttgttggcggatcgactaggattcccaaggttcaacaacttttgcaagatttcttcaatgggaaggaactttgtaagagcatcaa 23597056  T
Q  367 cccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgag 417  Q
    ||| ||||| ||||||||||| || || || || |||||||||||||||||    
T  23597057 ccctgatgaggctgttgcttatggcgctgcagtccaagctgctattttgag 23597107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 106; Significance: 9e-53; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 28219965 - 28219500
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| ||  |||||||||| |||||||||||||| || ||  |||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||    
T  28219965 gaagaacaaggtggacattactggaaactcaagagccttaaggaggttgagaacagcgtgcaagagagcaaaaaggacactatcttttgctgttgtcgcc 28219866  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
    ||  | |||||||||||||||||| | || || || || | |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||     
T  28219865 accattgaggtagattctttatttgaaggcattgatttcttttcatcaattactcgtgctaagtttgaggaaatcaatatggatcttttcaatgagtgtt 28219766  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgca 315  Q
    |||||||||||||||  ||||||  |||| | || ||| |||   | | | |  | || ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||    
T  28219765 tgaaaactgttgagaggtgtctcactgatgccaatatggacaagagggctgtacacgatgttgttcttgttggaggctcctctagaattccaaaagtaca 28219666  T
Q  316 ggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg 415  Q
      | ||| |||| || |||||    |||||||| || || || || || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||| | |||    
T  28219665 acaactactgcaggaattttttggagggaaggaattgtgtaagagcattaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtgcaggctgctttgttg 28219566  T
Q  416 agtgaaggctttaagaatgtcccagacttggtggtgagagatgttaccccattgtcgcttggtatc 481  Q
    |||||||||||||| || || ||  | |||||| ||  ||||||||| || ||||| |||||||||    
T  28219565 agtgaaggctttaaaaaagttccgaagttggtgctgcaagatgttacacctttgtctcttggtatc 28219500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 98; Significance: 5e-48; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 16 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 43744863 - 43744450
Alignment:
Q  16 gaagaataaggtggacataagtgggaatccaagagccttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcacc 115  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||| | ||||||||| ||||||||    
T  43744863 gaagaacaaggtggacattactggaaacccaagagcattaaggaggttgagaacagcatgcgaaagagcaaaaaggacattatcttttgctgttgtcacc 43744764  T
Q  116 actgtagaggtagattctttatttcagggaatagacttttcttcatctattactcgtgccaagtttgaggaaattaatatggaccttttcaatgagtgta 215  Q
    ||| | |||||||||||||||||| |||| || || || | | || | || |||||| | |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||     
T  43744763 actattgaggtagattctttatttgagggcattgatttctttacaacaatcactcgtactaagtttgaggaaatcaatatggatctcttcaacgagtgtt 43744664  T
Q  216 tgaaaactgttgagaattgtctcggtgattcaaagatgcacattggtgatattgatgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgca 315  Q
    |||||| |||||||| ||||||   |||| | |||||| |||   | | |||  |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  43744663 tgaaaattgttgagagttgtcttactgatgccaagatggacaagagcgctatacatgatgttgttcttgttggtggctcctctaggattccaaaagtaca 43744564  T
Q  316 ggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttg 415  Q
      | |||||||| || |||||    ||||||||||| || || |  || ||||| ||||| || ||||||   ||||||||||| || |||||| | |||    
T  43744563 acaactattgcaggaattttttgcagggaaggatttgtgtaagaacattaaccctgatgaggcagttgctattggtgcagctgtgcaggctgctttgttg 43744464  T
Q  416 agtgaaggctttaa 429  Q
    ||||||||||||||    
T  43744463 agtgaaggctttaa 43744450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 276 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 12528291 - 12528143
Alignment:
Q  276 ttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaaggggaaggatttatgcaaaagtatcaacccggatga 375  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| || | |||||||| || ||||||||||| ||||| |||| ||| || |||||||| |||||    
T  12528291 ttgtacttgttggtggctcgtctaggattcccaaagtgaagcagctattgcaggagtttttcaagggcaaggagttatacaagagcatcaaccctgatga 12528192  T
Q  376 agctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggc 424  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  12528191 ggctgttgcttatggtgccgctgttcaggctgctttgttgagtgaaggc 12528143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University