View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13051_low_1 (Length: 734)

Name: NF13051_low_1
Description: NF13051
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13051_low_1
NF13051_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-723)||(34445110-34445814)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 602; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 34445814 - 34445110
Alignment:
Q  19 ggatcgttttgtttttgttagtatttgcataaattagttagagtaccagaaatcttatcatatacaccatcaaaagtgaccaattttcactaactacaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34445814 ggatcgttttgtttttgttagtatttgcacaaattagttagagtaccacaaatcttatcatatacaccatcaaaagtgaccaattttcactaactacaaa 34445715  T
Q  119 tgctaagaatggctatta---catgttgaaagttaaaactactaataaaaaatagtaataattttgttaagacataccaagaaaccaaatataagcatca 215  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34445714 tgctaagaatggctattattacatgttgaaagttaaaactactaataaaaaatagtaataattttgttaagacataccaagaaaccaaatataagcatca 34445615  T
Q  216 tataatttgcaaaaccatttagaagtagcataaaaggtttttatatttcatacaacatataaattacacatatatggattggtactttctaccagcaaat 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34445614 tataatttgcaaaaccatttagaagtagcataaaaggtttt-atatttcatacaacatataaattacacatatatggattggtactttctaccagcaaat 34445516  T
Q  316 tgaaggcaacttaaaagtgaaagagaatgaagaaggcacatgccctgtccttcttatatagtctaccctttcagtagtcctcaaagcattatcattcagc 415  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34445515 ggaaggcaacttaaaagtgaaagagaatgaagaaggcacatgccctgtccttcttatatagtctaccctttcagtagtcctcaaagcattatcattcagc 34445416  T
Q  416 ttcacttgtgcattagccctcttctcttcagctattcttcttgtagcagccagtttatttgttaacttttcttgtgccatagctttcattctttcagctt 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34445415 ttcacttgtgcattagccctcttctcttcagctattcttcttgtagcagccagtttatttgttaacttttcttgtgccatagctttcattctttcagctt 34445316  T
Q  516 tcacctatagtaaaaattcaaccaaatccacttatttgatagagctttgataacttgaattcaaaaaatatattgannnnnnnnnnaagccttagataaa 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||          ||||||||||||||    
T  34445315 tcacctatagtaaaaattcaaccaaatccatttatttgatagagctttgataacttgacttcaaaaaatatattga--ttttatttaagccttagataaa 34445218  T
Q  616 caaacatacttaaataactttattaggagcatctatcaattattatgtcatactatgttgtataatctgccatttnnnnnnntaaatctatgttgcataa 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| |||    
T  34445217 caaacatacttaaataactttattaggagcatctatcaattattatgccatactatgttgtataatctgccatttaaaaaaataaatctatgttgcgtaa 34445118  T
Q  716 tccttcat 723  Q
    ||||||||    
T  34445117 tccttcat 34445110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University