View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13059_low_4 (Length: 656)

Name: NF13059_low_4
Description: NF13059
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13059_low_4
NF13059_low_4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-638)||(42243307-42243943)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 579; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 638
Target Start/End: Original strand, 42243307 - 42243943
Alignment:
Q  1 ccaattattgtcattcaactaatgatatcatggcagatgaaatatttaggttggattgtcaactaatgttacatacaaaattggcaaaaggcaggaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42243307 ccaattattgtcattcaactaatgatatcatggcagatgaaatatttaggttggattgtcaactaatgttacatacaaaattggcaaaaggcaggaattg 42243406  T
Q  101 atatttctgtttggatctactgatatgtatctgttacaaccacaaattcaaatcatttaaacacacatgtaaaattacacattatttaattagttcaata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42243407 atatttctgtttggatctactgatatgtatctgttacaaccacaaattcaaatcatttaaacacacatgtaaaattacacattatttaattagttcaata 42243506  T
Q  201 gtgaaaaaatttgactattcatttcgaacnnnnnnnncttctcttctatttgtggtttgtaattacacaagttttgctcatataagcatcttaaaccaca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42243507 gtgaaaaaatttgactattcatttcgaacttttttt--ttctcttctatttgtggtttgtgattacacaagttttgctcatataagcatcttaaaccaca 42243604  T
Q  301 ctagcttccattgccaacaaaaatatctagtaactacagtacccatatctcacattctcattaccaaatatttcacatgtttaagcaactaacgaacaca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42243605 ctagcttccattgccaacaaaaatatctagtaactacagtacccatatctcacattctcattaccaaatatttcacatgtttaagcaactaacgaacaca 42243704  T
Q  401 acacattctaagcttcattttggattgcaacgcatcaaaattattaaggcttaattggattttgatctatgtcttaaaacttatatagcctaactcaaaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42243705 acacattctaagcttcattttggattgcaacgcatcaaaattattaaggcttaattggattttgatctatgtcttaaaacttatatagcctaactcaaaa 42243804  T
Q  501 tctataaaaactggc-ttttaaggttagaacgactccgacttatatgaatatatattcaaacttaatctcatctaatgtgggattttcaacaacttacat 599  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42243805 tctataaaaactggctttttaaggttagaacgactccaacttatatgaatacatgttcaaacttaatctcatctaatgtgggattttcaacaacttacat 42243904  T
Q  600 ataactaatgatgttcgattttatctcttagactttgat 638  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42243905 ataactaatgatgtttgattttatctcttagactttgat 42243943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University