View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1305_low_82 (Length: 336)

Name: NF1305_low_82
Description: NF1305
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1305_low_82
NF1305_low_82
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (60-283)||(22805037-22805260)
chr7 (55-322)||(22830711-22830987)
chr7 (62-322)||(22839732-22840001)
chr7 (60-302)||(22875622-22875867)
chr7 (55-302)||(22888992-22889248)
chr7 (60-302)||(22814727-22814978)
chr7 (71-302)||(22913374-22913605)
chr7 (55-301)||(22893654-22893900)
chr7 (55-290)||(22858171-22858418)
chr7 (127-301)||(22885326-22885500)
chr7 (60-299)||(22880294-22880542)
chr7 (62-283)||(22809360-22809593)
chr7 (55-302)||(22897972-22898219)
chr7 (55-279)||(22825981-22826205)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (62-322)||(21150765-21151034)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 60 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 22805260 - 22805037
Alignment:
60 aggtatggattgaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcattgaccaa 159  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||    
22805260 aggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgttaaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaa 22805161  T
160 tgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatg 259  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
22805160 agatctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaag 22805061  T
260 gttaatggccaagctcaaaacctt 283  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
22805060 gttaatggtcaagctcaaaacctt 22805037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 55 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22830987 - 22830711
Alignment:
55 tatgaaggtatggattgaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgatgttgtt---------aaaccaacacgacctttg 145  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||  ||||| |         |||||||||| |||   |    
22830987 tatgcaggtatggattgaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaacacaaccgacg 22830888  T
146 ttatcattgaccaatgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatg 245  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22830887 ttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatg 22830788  T
246 gttggagttttatggttaatggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttcctagagtaagagaatttgctgag 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
22830787 gttggagttttatggttaatggccaatctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctggagaaagagtatttgctgag 22830711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 62 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22840001 - 22839732
Alignment:
62 gtatggattgaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgatgttgtt---------aaaccaacacgacctttgttatcat 152  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||  ||||| |         |||||||||| |||   ||||||||    
22840001 gtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccatttagtgttggttttagtcataaaccaacacaaccgacgttatcat 22839902  T
153 tgaccaatgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggag 252  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22839901 tgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggag 22839802  T
253 ttttatggttaatggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttcctagagtaagagaatttgctgag 322  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
22839801 ttttatggttaatggccaatctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctggagaaagagtatttgctgag 22839732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 60 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 22875867 - 22875622
Alignment:
60 aggtatggattgaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgatgtt-gt--taaaccaacacgacctttgttatcattgac 156  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
22875867 aggtatggattgactatgatggagtgaaaaaaaagattgatgttactttagctccaatagatgctagtaataaaccaacacaacctttgttatcattgac 22875768  T
157 caatgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagtttt 256  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||    
22875767 caaagatctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacaggtttaattttagcttctcattatattcttggttggagtttt 22875668  T
257 atggttaatggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttccta 302  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||| |||||||    
22875667 aaggttaatggtcaagctcaaacccttgaaatctctgaacttccta 22875622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 55 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 22889248 - 22888992
Alignment:
55 tatgaaggtatggattgaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgatgttgtt---------aaaccaacacgacctttg 145  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||   ||||| |         |||||||||| |||||||    
22889248 tatgcaggtatggattgaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagcaccaatgagtgttggtgctagtaataaaccaacacaacctttg 22889149  T
146 ttatcattgaccaatgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatg 245  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||||| ||    
22889148 ttatcattgaccaaagatctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttaatggtagcttctcagtatattcttg 22889049  T
246 gttggagttttatggttaatggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttccta 302  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||    
22889048 gttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgaacttccta 22888992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 60 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 22814978 - 22814727
Alignment:
60 aggtatggattgaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgatgttgtt---------aaaccaacacgacctttgttatc 150  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||   ||||| |         |||||||||| ||||||||||||    
22814978 aggtatggattgactatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaatgagtgttggtgctagtaataaaccaacacaacctttgttatc 22814879  T
151 attgaccaatgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttgg 250  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||| |||    
22814878 attgaccaaagatctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgtagcttctcattatattcttgggtgg 22814779  T
251 agttttatggttaatggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttccta 302  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||    
22814778 agttttaaggttaatggccaagctcaaaaccttgaaatatctgaacttccta 22814727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 71 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 22913605 - 22913374
Alignment:
71 gaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcattgaccaatgatctttctc 170  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||     
22913605 gaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaaccaaaacaacctttgttatcattgaacaaagatctttctt 22913506  T
171 caattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggcca 270  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||  | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||    
22913505 caattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttcaacaggttcaattctaacttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtca 22913406  T
271 agctcaaaaccttaaaatctgtgaccttccta 302  Q
    ||||||||| |||  ||||| ||| |||||||    
22913405 agctcaaaatcttgtaatctctgaacttccta 22913374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 55 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 22893900 - 22893654
Alignment:
55 tatgaaggtatggattgaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcattg 154  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |  || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
22893900 tatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaaccaaaacaacctttgttatcattg 22893801  T
155 accaatgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgc-agcttctcattatattcatggttggagt 253  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  | ||  |||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||    
22893800 accaaagatctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctac-tggttcatttctaacttctcattatattcttggttggagt 22893702  T
254 tttatggttaatggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttcct 301  Q
    |||| | ||||||| |||||||||||||||  ||||| ||| ||||||    
22893701 tttaagattaatggtcaagctcaaaaccttgtaatctctgaacttcct 22893654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 55 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 22858418 - 22858171
Alignment:
55 tatgaaggtatggattgaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgat------------gttgttaaaccaacacgacct 142  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||            |||||||||||| ||||||||    
22858418 tatgcaggtatggatagaatatgatggagtgaagaaaaatattgatgttacattagctccaattaattttggttgtaatgttgttaaaccagcacgacct 22858319  T
143 ttgttatcattgaccaatgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattc 242  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| |||||| ||||||||||    
22858318 ttgttatcattcacgaaagatctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaaccggggtaattgtagcttcccattatattc 22858219  T
243 atggttggagttttatggttaatggccaagctcaaaaccttaaaatct 290  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
22858218 ttggttggagttttaaggttaatggccaagctcaaaaccttgaaatct 22858171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 127 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 22885500 - 22885326
Alignment:
127 taaaccaacacgacctttgttatcattgaccaatgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgca 226  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
22885500 taaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaatactcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttaattgta 22885401  T
227 gcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttcct 301  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||    
22885400 gcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatagccaagctcaaaaccttgaaatctctgaacttcct 22885326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 60 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 22880542 - 22880294
Alignment:
60 aggtatggattgaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgatgttgtt---------aaaccaacacgacctttgttatc 150  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||| |||  ||||| |         ||||||||||||| |||||| ||    
22880542 aggtatggattgactatgatggagtgaagaaaaagattgaggttacattagctccgattagtgttggttttaataataaaccaacacgacatttgttgtc 22880443  T
151 attgaccaatgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttgg 250  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||  ||||||||||||| ||| |||||||    
22880442 attgaccaaagatctttctccaattctcaacaatagtatgtatgttggattatcatcttcaacaaggttaattttagcttctcattatgttcttggttgg 22880343  T
251 agttttatggttaatggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttc 299  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||    
22880342 agttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgagcttc 22880294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 62 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 22809593 - 22809360
Alignment:
62 gtatggattgaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgatgttg------------ttaaaccaacacgacctttgttat 149  Q
    |||||||||||||||||||| |  || ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||            ||||||||||||||||||||||||    
22809593 gtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgctactttagctccaattaatgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttat 22809494  T
150 cattgaccaatgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttg 249  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||  | ||||||||||| ||| ||||||    
22809493 cattcaccaaagatctttctccaattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttcaacaggttctattctatcttctcattatgttcttggttg 22809394  T
250 gagttttatggttaatggccaagctcaaaacctt 283  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
22809393 gagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctt 22809360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 55 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 22898219 - 22897972
Alignment:
55 tatgaaggtatggattgaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcattg 154  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |  || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| ||||||    
22898219 tatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaaccaaaacaacctttgttgtcattg 22898120  T
155 accaatgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttca--ttgcagcttctcattatattcatggttggag 252  Q
    ||||  ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||  | ||  ||||||  || || ||||||||||||||| |||||||||    
22898119 accagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctac-tggttcagttttca-cttctcattatattcttggttggag 22898022  T
253 ttttatggttaatggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttccta 302  Q
    ||||| ||||||||| |||||| ||||||||  ||||| ||| |||||||    
22898021 ttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttccta 22897972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 55 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 22826205 - 22825981
Alignment:
55 tatgaaggtatggattgaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcattg 154  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| |  || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| ||||||    
22826205 tatgcaggtatggatagaatatgatggtgaaaataaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaaccaaaacaacctttgttttcattg 22826106  T
155 accaatgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttca--ttgcagcttctcattatattcatggttggag 252  Q
    ||||  |||||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||  ||||||  || || ||||||||||||||| |||||| ||    
22826105 accagagatcttcctccaattttgaacaatagtatgtatgttggattctcatcagctac-tggttcagttttca-cttctcattatattcttggttgaag 22826008  T
253 ttttatggttaatggccaagctcaaaa 279  Q
    ||||| | ||||||| |||||||||||    
22826007 ttttaagcttaatggtcaagctcaaaa 22825981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 126; Significance: 6e-65; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 62 - 322
Target Start/End: Original strand, 21150765 - 21151034
Alignment:
62 gtatggattgaatatgatggagtgaacaaaaagattaatgttactttagctccaattgatgttgtt---------aaaccaacacgacctttgttatcat 152  Q
    |||||||||||||||||||| |  || || |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |         |||||| || |||||||||||||||    
21150765 gtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattagtgttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcat 21150864  T
153 tgaccaatgatctttctccaattcttaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggag 252  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
21150865 tgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggag 21150964  T
253 ttttatggttaatggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttcctagagtaagagaatttgctgag 322  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||| ||| ||||||  ||||| || |||| |||||    
21150965 ttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctgaagtaacagtattttctgag 21151034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University