View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13061_low_1 (Length: 1034)

Name: NF13061_low_1
Description: NF13061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13061_low_1
NF13061_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-1019)||(38184283-38185293)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 904; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 904; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1019
Target Start/End: Original strand, 38184283 - 38185293
Alignment:
Q  9 acatcatcaggaacagttggtgtagagtcaaacagagatgaaacaattgacaaagtaccaggaagttgactgttaaaagcagaaatcacagaagcagctt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184283 acatcatcaggaacagttggtgtagagtcaaacagagatgaaacaattgacaaagtaccaggaagttgactattaaaagcagaaatcacagaagcagctt 38184382  T
Q  109 tatccccattattcttctgataatgcaccaatccttttgggaacacaaagatttcaccnnnnnnnatggacttagaaatgagtttgtttgatgtggtgat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184383 tatccccattattcttctgataatgcaccaatccttttgggaacacaaagatttcacctttttttatggacttagaaatgagtttgtttgatgtggtgat 38184482  T
Q  209 aaaacctacatctaattcaccttccaacacaaaaacaacctcagtggcacgagggtgtgtgtgtggtgggttaagacctttaggtttgtagtctattctt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184483 aaaacctacatctaattcaccttccaacacaaaaacaacctcagtggcacgagggtgtgtgtgtggtgggttaagacctttaggtttgtagtctattctt 38184582  T
Q  309 gataaagacacccctaatgtgttgagtcctggaattttgtcaacatttgctgctgtaaccaaagatcctactgtgttgttgacaactttagggtttgcta 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184583 gataaagacacccctaatgtgttgagtcctggaattttgtcaacatttgctgcagtaaccaaagatcctactgtgttgttgacaactttagggtttgcta 38184682  T
Q  409 aaccatcaaagaagaaatcaactgctgttacatttgactcttccttgcacgcaaatccattcaccttaacacctacataatacgtaccatatatgttgag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38184683 aaccatcaaagaagaaatcaactgctgttacatttgactcttccttgcaagcaaatccattcaccttaacacctacataatacataccatatatgttgag 38184782  T
Q  509 ctttcatagacataactctgctacttctattaaaataagttgcaaatgcataaacagttcaattaagtgtttatagcatacactaagtcaaaatattaca 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38184783 ctttcatagacataactctgctacttctattaaaataagttacaaatgcataaacagttcaattaagtgtttatagcatacaataagtcaaaatattaca 38184882  T
Q  609 ataagttatagcttgttttcataatcacacgggagagtttatagtaataagctgaaaattgcttgtatagtgtgtagttcaactcggttgagctaaggga 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184883 ataagttatagcttgttttcataatcacacgggagagtttatagtaataagctgaaaattgcttgtatagtgtgtagttcaactcggttgagctaaggga 38184982  T
Q  709 attgaaggagttaaagaaccggagttcaaatcttagcgaaagataaaatactaacataaaaactaacatattcaaaaaaccaatccaaacagaccttgaa 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184983 attgaaggagttaaagaaccggagttcaaatcttagcgaaagagaaaatactaacataaaaactaacatattcaaaaaaccaatccaaacagaccttgaa 38185082  T
Q  809 gagtacataagggaatcaaattagtaaatgagagtactagaaactcaatgtgaaaacgatataacaatgaacctccgcaattttagcagaagctacgcgt 908  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  38185083 gagtacataagggaatcaaattagtaaatgagagtactagaaactcaatgtgaaaacgatataacaatgaacctccgcaattttagcagaatctacgcat 38185182  T
Q  909 tgaagtttcaacaaaaaattttggcatctcttagttagagataccnnnnnnncgatagtagcataatgttttgctgctcnnnnnnntgataatagtatat 1008  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||||||||||||||||||       |||||||||| |||    
T  38185183 tgaagtttcaacaaaaaattttggcatctcttagttagagataccaaaaaaacgatagtcgcataatgttttgctgctcaaaaaaatgataatagtgtat 38185282  T
Q  1009 acatgaaacat 1019  Q
    |||||||||||    
T  38185283 acatgaaacat 38185293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University