View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13061_low_27 (Length: 525)

Name: NF13061_low_27
Description: NF13061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13061_low_27
NF13061_low_27
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-509)||(17442575-17443084)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-509)||(3059116-3059625)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-509)||(4873759-4874268)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 486; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 17443084 - 17442575
Alignment:
Q  1 tgggagaacaatttcttgatagcagaattgtagaaaaagtcttggtggttttacctgaaagattcgaatcaaagatttctgcacttgaagaatcaaaaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17443084 tgggagaacaatttcttgatagcagaattgtagaaaaagtcttggtggttttacctgaaagattcgaatcaaagatttctgcacttgaagaatcaaaaga 17442985  T
Q  101 tctttccaagataaccttaacagagcttataaatgctcttcgagctcaagagcagagaagacttttgagacaagaagaagcatcagaaacagctttacaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17442984 tctttccaagataaccttaacagagcttataaatgctcttcaagctcaagagcagagaagacttttgagacaagaggaagcatcagaaacagctttacaa 17442885  T
Q  201 gtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttgttggagagcactctaggaaagatacaaagaagaaggaaagatttccaaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17442884 gtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttgttggagagcactctgggaaagatacaaagaagaaggaaagatttccaaaat 17442785  T
Q  301 gtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaaaggaaaaacgccaccaccatttcaatgtagatactgcaataaaactgggca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17442784 gtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaaaggaaaaacaccaccaccatttcaatgtagatactgcaataaaactgggca 17442685  T
Q  401 tattgagaggttttgtaggctg-aacagcagcaccaaaatcaacaaaatcatacttctcaaaaggcaaatgtaactgaaattgaagatagtgaagaactc 499  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17442684 tattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaatcatacttctcaaaaggcaaatgtaactgaaattgaagatagtgaagaactc 17442585  T
Q  500 ttgttcatgg 509  Q
    ||||||||||    
T  17442584 ttgttcatgg 17442575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Original strand, 3059116 - 3059625
Alignment:
Q  1 tgggagaacaatttcttgatagcagaattgtagaaaaagtcttggtggttttacctgaaagattcgaatcaaagatttctgcacttgaagaatcaaaaga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3059116 tgggagaacaatttcttgatagcagaattgtagaaaaagtcttggtggttttacctgaaagattcgaatcaaagatttttgcacttgaagaatcaaaaga 3059215  T
Q  101 tctttccaagataaccttaacagagcttataaatgctcttcgagctcaagagcagagaagacttttgagacaagaagaagcatcagaaacagctttacaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3059216 tctttccaagataaccttaacagagcttataaatgctcttcaagctcaagagcagagaagacttttgagacaagaggaagcatcagaaacagctttacaa 3059315  T
Q  201 gtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttgttggagagcactctaggaaagatacaaagaagaaggaaagatttccaaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3059316 gtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttgttggagagcactctgggaaagatacaaagaagaaggaaagatttccaaaat 3059415  T
Q  301 gtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaaaggaaaaacgccaccaccatttcaatgtagatactgcaataaaactgggca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3059416 gtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaaaggaaaaacaccaccaccatttcaatgtagatactgcaataaaactgggca 3059515  T
Q  401 tattgagaggttttgtaggctg-aacagcagcaccaaaatcaacaaaatcatacttctcaaaaggcaaatgtaactgaaattgaagatagtgaagaactc 499  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3059516 tattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaatcatacttctcaaaaggcaaatgtaactgaaattgaagatagtgaagaactc 3059615  T
Q  500 ttgttcatgg 509  Q
    ||||||||||    
T  3059616 ttgttcatgg 3059625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 478; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Original strand, 4873759 - 4874268
Alignment:
Q  1 tgggagaacaatttcttgatagcagaattgtagaaaaagtcttggtggttttacctgaaagattcgaatcaaagatttctgcacttgaagaatcaaaaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4873759 tgggagaacaatttcttgatagcagaattgtagaaaaagtcttggtggttttacctgaaagattcgaatcaaagatttctgcacttgaagaatcaaaaga 4873858  T
Q  101 tctttccaagataaccttaacagagcttataaatgctcttcgagctcaagagcagagaagacttttgagacaagaagaagcatcagaaacagctttacaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4873859 tctttccaagataaccttaacagagcttataaatgctcttcaagctcaagagcagagaagaattttgagacaagaggaagcatcagaaacagctttacaa 4873958  T
Q  201 gtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttgttggagagcactctaggaaagatacaaagaagaaggaaagatttccaaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4873959 gtcaaacacaaaggaaaatccatagcaaccaaaggtgaaaagaaatttgttggagagcactctgggaaagatacaaagaagaaggaaagatttccaaaat 4874058  T
Q  301 gtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaaaggaaaaacgccaccaccatttcaatgtagatactgcaataaaactgggca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4874059 gtggaatttgcaaaagaaccagccacaaggaaagtgattgttggtacaaaggaaaaaaaccaccaccatttcaatgtagatactgcaataaaactgggca 4874158  T
Q  401 tattgagaggttttgtaggctg-aacagcagcaccaaaatcaacaaaatcatacttctcaaaaggcaaatgtaactgaaattgaagatagtgaagaactc 499  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4874159 tattgagaggttttgtaggctgaaacagcagcaccaaaatcaacaaaatcatacttctcaaaaggcaaatgtaactgaaattgaagatagtgaagaactc 4874258  T
Q  500 ttgttcatgg 509  Q
    ||||||||||    
T  4874259 ttgttcatgg 4874268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University