View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13061_low_4 (Length: 706)

Name: NF13061_low_4
Description: NF13061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13061_low_4
NF13061_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-690)||(56492229-56492918)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 682; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 682; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 690
Target Start/End: Original strand, 56492229 - 56492918
Alignment:
Q  1 cataatatttgatttggtgtttggtttccatgctatgccatgccatgaatgcgatgaggggtgtaagtgttggtgtgtttccttgtaatgtaatgagagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56492229 cataatatttgatttggtgtttggtttccatgctatgccatgccatgaatgcgatgaggggtgtaagtgttggtgtgtttccttgtaatgtaatgagagt 56492328  T
Q  101 gagaagatactgttcaagaattgatgatgatgatcatcatagtcatagtaatgggaggattaggaaaggtggggttgtggtgcgaaacagcagcaacaaa 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56492329 gagaaaatactgttcaagaattgatgatgatcatcatcatagtcatagtaatgggaggattaggaaaggtggggttgtggtgcgaaacagcagcaacaaa 56492428  T
Q  201 gtagatgaaacagaaacagatgtaattgtgattgggagtggtattggtggactgagttgtgcagcactgttggcaagatatgaacaagatgttgtcgttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56492429 gtagatgaaacagaaacagatgtaattgtgattgggagtggtattggtggactgagttgtgcagcactgttggcaagatatgaacaagatgttgtcgttt 56492528  T
Q  301 tcgaaagccacgaccatgctggaggtgctgctcattcttttgatgtcaaaggctataagtttgattccggtccatcattattctctggtttgcagtcaag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56492529 tcgaaagccacgaccatgctggaggtgctgctcattcttttgatgtcaaaggctataagtttgattccggtccatcattattctctggtttgcagtcaag 56492628  T
Q  401 aggtccacaggctaaccctcttgctcaagttcttgatgctttgggagagtccgtcccctgcgctacttatgattcatggatggtccatgtacctgaagct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56492629 aggtccacaggctaaccctcttgctcaagttcttgatgctttgggagagtccgtcccctgcgctacttatgattcatggatggtccatgtacctgaagct 56492728  T
Q  501 gatttcttgtcacgcataggtcctactgagtttttaaaggaccttcacaactatgcaggtcctgaagctgttcaagaatggcagaagcttttggatgctg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56492729 gatttcttgtcacgcataggtcctactgagtttttaaaggaccttcacaactatgcaggtcctgaagctgttcaagaatggcagaagcttttggatgctg 56492828  T
Q  601 tacttcccttgtctacagctgcaatggctcttccccctctatctgttagaggagatttcggtgttctttacaccgctgctgctagatatg 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56492829 tacttcccttgtctacagctgcaatggctcttccccctctatctgttagaggagatttcggtgttctttacaccgctgctgctagatatg 56492918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University