View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13061_low_5 (Length: 703)

Name: NF13061_low_5
Description: NF13061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13061_low_5
NF13061_low_5
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (9-688)||(22879152-22879832)
chr7 (9-525)||(22813542-22814059)
chr7 (9-525)||(22892468-22892985)
chr7 (9-521)||(22896784-22897297)
chr7 (103-521)||(22874537-22874956)
chr7 (103-525)||(22808229-22808652)
chr7 (103-521)||(22887907-22888326)
chr7 (103-521)||(22838661-22839080)
chr7 (103-525)||(22829640-22830063)
chr7 (103-521)||(22803945-22804364)
chr7 (523-688)||(22814102-22814267)
chr7 (523-688)||(22888373-22888538)
chr7 (523-688)||(22804411-22804576)
chr7 (523-688)||(22839127-22839292)
chr7 (523-682)||(22893028-22893187)
chr7 (523-688)||(22808695-22808860)
chr7 (529-688)||(22830112-22830271)
chr7 (523-673)||(22875003-22875153)
chr7 (103-272)||(22870443-22870612)
chr7 (524-686)||(22897345-22897507)
chr7 (166-356)||(22912331-22912521)
chr7 (537-656)||(22912754-22912873)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (122-525)||(21151682-21152086)
chr1 (523-688)||(21151474-21151639)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (380-425)||(15627142-15627187)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 541; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 541; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 688
Target Start/End: Original strand, 22879152 - 22879832
Alignment:
Q  9 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcnnnnnnnntttggtt 108  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         || |||    
T  22879152 cagagagaagtgaatcagcaagagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcaaaaaaatatttgtt 22879251  T
Q  109 cccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaaccagtctcatgcttggtcta 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||    
T  22879252 cccaaaagttaatccagaagaagataaactaggcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatacctggtcta 22879351  T
Q  209 gccaaaggctctgaatgcgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcgacttcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaa 308  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22879352 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaattccacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcctcaa 22879451  T
Q  309 gaatgtcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttccc-tacattaacaataggccttctaccacaagcaacctc 407  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  22879452 gaatatcacctcttttccaacactcaaacacactatcaaccaaaattacacattcattttcccctacattagcaataggccctcttccacaagcaacctc 22879551  T
Q  408 aagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagccaaatga 507  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22879552 aagaagaaatgcaccaaaagaaaacatatcagaaaatttagtcgccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagccaaatga 22879651  T
Q  508 gttgtgtgaggatctgcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaa 607  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22879652 gttttgtgaggatctgcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccatttttcatgaagataaa 22879751  T
Q  608 ccacacctgaagcaacacctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttggttatatagatagt 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22879752 ccacacctgaagcaacacctttgatgattctaaatctttcactccaattcaacttcacttttggttggttatatagatagt 22879832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 525
Target Start/End: Original strand, 22813542 - 22814059
Alignment:
Q  9 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcnnnnnnnntttggtt 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||         |||||     
T  22813542 cagagagaagtgaatcagaaatagaaacagaagtatgtgacattgtcttgtccatggaagaaggatacgacaaaggaaagtcctcaaaatattcttggta 22813641  T
Q  109 cccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaaccagtctcatgcttggtcta 208  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||    
T  22813642 cccaaaagttaatccagaagaagataaactaagcgaaggcaaatctggcaaaggtatatcccgctccaaatactgcacaacttgtctcatacctggtcta 22813741  T
Q  209 gccaaaggctctgaatgcgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcgacttcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaa 308  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22813742 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatttgtccccaaatttacatcttttgcctcaa 22813841  T
Q  309 gaatgtcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcatttt-ccctacattaacaataggccttctaccacaagcaacctc 407  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  22813842 gaatatcacctcttttccaacactcaaatacacaatcaaccaaaattacactttcattttccccaacattagaaataggccttctaccacaagcaacctc 22813941  T
Q  408 aagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagccaaatga 507  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22813942 aagaagaaatgcaccaaaagaaaacatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcaggagcaagataaccaattgttccagccaaatga 22814041  T
Q  508 gttgtgtgaggatctgca 525  Q
    ||||||||||||||||||    
T  22814042 gttgtgtgaggatctgca 22814059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 525
Target Start/End: Original strand, 22892468 - 22892985
Alignment:
Q  9 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcnnnnnnnntttggtt 108  Q
    ||||||||| ||| || |||||||||||||| || || |||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||         |||||     
T  22892468 cagagagaattgagtcggcaatagacacagaagtctgtgacattgtgttgcccatagaggaaggataagacaaaggaaagtcctcaaaaaattcttggta 22892567  T
Q  109 cccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaaccagtctcatgcttggtcta 208  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||    
T  22892568 cccaaaagttaatccagaagaagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatacatggtcta 22892667  T
Q  209 gccaaaggctctgaatgcgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcgacttcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaa 308  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22892668 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaatccaagtttcaacaccaactccacctcttcagacacaaagtttgtccccaaatttacatcttttgcctcaa 22892767  T
Q  309 gaatgtcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcatttt-ccctacattaacaataggccttctaccacaagcaacctc 407  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  22892768 gaatatcacctcttttccaacactcaaatacacaatcaaccaaaattacactttcattttccccaacattagaaataggccttctaccacaagcaacctc 22892867  T
Q  408 aagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagccaaatga 507  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22892868 aagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttacctgttctaatatgttccggagcaagataaccaatagttccagccaaatga 22892967  T
Q  508 gttgtgtgaggatctgca 525  Q
    || |||||| ||||||||    
T  22892968 gtcgtgtgatgatctgca 22892985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 9 - 521
Target Start/End: Original strand, 22896784 - 22897297
Alignment:
Q  9 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcnnnnnnnntttggtt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||     
T  22896784 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagaggtgtgtgacattgtgttgcccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcaaaaaattcttggta 22896883  T
Q  109 cccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaaccagtctcatgcttggtcta 208  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| | |||||||    
T  22896884 cccaaaagttaaaccagaagaagataaactaagcaaagacaaatctggtaaaggtatatccctttccaaatactgtacaacttgtctcatacctggtcta 22896983  T
Q  209 gccaaaggctctgaatgcgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcgacttcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaa 308  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22896984 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaattcaacctcttcagacacatagtttgtccccaaatttacatcttttgcctcaa 22897083  T
Q  309 gaatgtcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttcc-ctacattaacaataggccttctaccacaagcaacctc 407  Q
    |||| | ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897084 gaatattaccccttttccaacactcaaagacacaatcaaccaaaattacgcattcattttccgctacattttcaataggccttctaccacaagcaacctc 22897183  T
Q  408 aagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagccaaatga 507  Q
     ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | || ||||| || | ||||||| ||||||||    
T  22897184 gagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttacctgttctagtatgttcaggtgctagataccctacagttccaaccaaatga 22897283  T
Q  508 gttgtgtgaggatc 521  Q
    ||||||||||||||    
T  22897284 gttgtgtgaggatc 22897297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 103 - 521
Target Start/End: Original strand, 22874537 - 22874956
Alignment:
Q  103 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaaccagtctcatgctt 202  Q
    ||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  22874537 ttggtacccaaaagttaaaccaaaagaagataaactaagcgaagaaaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgcctcatgctt 22874636  T
Q  203 ggtctagccaaaggctctgaatgcgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcgacttcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  22874637 ggtctagccaaaggctctgaatgagaacacaacaatccaagtttcaaaaccaattccacctcttcagacacataatttgtcccaaaatttacatcttttg 22874736  T
Q  303 catcaagaatgtcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcatttt-ccctacattaacaataggccttctaccacaagc 401  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22874737 cctcaagaatatcacctcttttccaacactcaaatacacaatcaaccaaaattacacattcattttcccctacattggcaataggccttctaccacaagc 22874836  T
Q  402 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagcc 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  22874837 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttaccagttctaatatgttccggagcaagataaccaatagttccagcc 22874936  T
Q  502 aaatgagttgtgtgaggatc 521  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  22874937 aaatgagttgtgtgaggatc 22874956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 103 - 525
Target Start/End: Original strand, 22808229 - 22808652
Alignment:
Q  103 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaaccagtctcatgctt 202  Q
    ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  22808229 ttggtacccaaaagttaaaccagaagaagataaactaagcgaagacaaatctggcaaagctatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatactt 22808328  T
Q  203 ggtctagccaaaggctctgaatgcgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcgacttcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 302  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| || |||| |||||||||||    
T  22808329 ggtctaaccagaggctctgaatgcaaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcaacctcttcagacacataatttgttcctaaatatacatcttttg 22808428  T
Q  303 catcaagaatgtcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttc-cctacattaacaataggccttctaccacaagc 401  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||| ||  |||||||| || |||  | | |||||||| | ||||||| |    
T  22808429 cctcaagaatttcacctcttttccaacattcaaacacataatcaactagaattagactctcattttctcccacacgacctataggcctccgaccacaaac 22808528  T
Q  402 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagcc 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||    
T  22808529 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttacctgttctaatatgctcaggggcaagataaccaatagttccaacc 22808628  T
Q  502 aaatgagttgtgtgaggatctgca 525  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  22808629 aaatgagttgtgtgaggatctgca 22808652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 103 - 521
Target Start/End: Original strand, 22887907 - 22888326
Alignment:
Q  103 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaaccagtctcatgctt 202  Q
    ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||    
T  22887907 ttggtacccaaaagttaaaccagaagaagataaactaagcgaagaaaaatctggcaaaggtgtatccctctccaaatactgtacaacttgtctcatactt 22888006  T
Q  203 ggtctagccaaaggctctgaatgcgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcgacttcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| || ||||  ||||||||||    
T  22888007 ggtctagccaaaggctctgaatgtgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattccacctcttcagacacataatttgttcctaaatgaacatcttttg 22888106  T
Q  303 catcaagaatgtcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttc-cctacattaacaataggccttctaccacaagc 401  Q
    | |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| | ||||| ||  ||||| || ||||||  | | |||||||| ||||||||| |    
T  22888107 cctcaagaatctcacctctttgccaacattcaaacacagaatcaactagaattagactctcattgtctcctacacgacctataggcctcctaccacaaac 22888206  T
Q  402 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagcc 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22888207 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttacctcttctaatatgttcaggagcaagataaccaatagttccagcc 22888306  T
Q  502 aaatgagttgtgtgaggatc 521  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  22888307 aaatgagttgtgtgaggatc 22888326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 103 - 521
Target Start/End: Original strand, 22838661 - 22839080
Alignment:
Q  103 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaaccagtctcatgctt 202  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||| |||    
T  22838661 ttggtacccaaaagttaaaccaaaagtagataaactaagcgaagacaaatctggaaagggtatatccgtctccaaatactgcacaacttgcctcatactt 22838760  T
Q  203 ggtctagccaaaggctctgaatgcgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcgacttcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22838761 ggtctagccaaaggctctgaatgagaacacaacaatccaagtttcaacaccaactccacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 22838860  T
Q  303 catcaagaatgtcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttc-cctacattaacaataggccttctaccacaagc 401  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||  |||| ||| ||||||  | | |||||||| ||||||||| |    
T  22838861 cctcaagaatatcacctcttttccaacactcaaacacacaatcaactagaattagactctcatattctcctacacgacctataggcctcctaccacaaac 22838960  T
Q  402 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagcc 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  22838961 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttacctgttctaatatgatcaggagcaagataaccaaaagttccaacc 22839060  T
Q  502 aaatgagttgtgtgaggatc 521  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  22839061 aaatgagtagtgtgaggatc 22839080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 103 - 525
Target Start/End: Original strand, 22829640 - 22830063
Alignment:
Q  103 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaaccagtctcatgctt 202  Q
    ||||| |||||||  ||| |||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |    
T  22829640 ttggtacccaaaaaataaaccagaagaagataaactaagcgaaaacaaatatggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatacct 22829739  T
Q  203 ggtctagccaaaggctctgaatgcgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcgacttcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 302  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  22829740 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaatccaagtttcaacaccaactcgacctcctcagacacataatcagtgcccaaatttacatcttttg 22829839  T
Q  303 catcaagaatgtcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttc-cctacattaacaataggccttctaccacaagc 401  Q
    | |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| | ||||| ||  ||||| || ||||||    | | |||||| ||||||||| |    
T  22829840 cctcaagaatctcacctctttgccaacattcaaacacataatcaactagaattagactctcattgtctcctacacggcctagaggcctcctaccacaaac 22829939  T
Q  402 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagcc 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22829940 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaattttgtagccttacctgttctaatatgttcaggagcaagataaccaatagttccagcc 22830039  T
Q  502 aaatgagttgtgtgaggatctgca 525  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  22830040 aaatgagttgtgtgaggatctgca 22830063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 103 - 521
Target Start/End: Original strand, 22803945 - 22804364
Alignment:
Q  103 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaaccagtctcatgctt 202  Q
    ||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  22803945 ttggtgcccaaaagttaatccataggaagataaactaagcaatgacaaatctggtaaaggtaaatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatactt 22804044  T
Q  203 ggtctagccaaaggctctgaatgcgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcgacttcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| || |||| ||||||||| |    
T  22804045 ggtctagccaaaggctctgaatgtgaacacatcaagccaagtttcaacaccaattccacctcttcagacacataatttgttcctaaatatacatctttag 22804144  T
Q  303 catcaagaatgtcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttc-cctacattaacaataggccttctaccacaagc 401  Q
    | |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||  |||||| | || || ||  ||||| || ||||||  | | |||||||| ||||||||| |    
T  22804145 cctcaagaatttcacctcttttcaaacattcaaacacatgatcaactagaactagactctcattctctcctacacgacctataggcctcctaccacaaac 22804244  T
Q  402 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagcc 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  22804245 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttacctgttctaatatgatcaggagcaagataaccaaaagttccaacc 22804344  T
Q  502 aaatgagttgtgtgaggatc 521  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  22804345 aaatgagtagtgtgaggatc 22804364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 523 - 688
Target Start/End: Original strand, 22814102 - 22814267
Alignment:
Q  523 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 622  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22814102 gcattaaattcagaatctaataacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 22814201  T
Q  623 cacctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttggttatatagatagt 688  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22814202 cacctttgatgattctatatctttgactccaattcaaccttacttttggttggttatatagatagt 22814267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 523 - 688
Target Start/End: Original strand, 22888373 - 22888538
Alignment:
Q  523 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 622  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22888373 gcattaaatccagaatctaacaacacattactagcctttatgtctctatgaataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 22888472  T
Q  623 cacctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttggttatatagatagt 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22888473 cacctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttggttatatagatagt 22888538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 523 - 688
Target Start/End: Original strand, 22804411 - 22804576
Alignment:
Q  523 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 622  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  22804411 gcattaaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcgtgaagataaaccacagctgaagcaa 22804510  T
Q  623 cacctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttggttatatagatagt 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22804511 cacctttgatgattctaaatctttgactccaactcaacctcacttttggttggttgtatagatagt 22804576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 523 - 688
Target Start/End: Original strand, 22839127 - 22839292
Alignment:
Q  523 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 622  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22839127 gcattaaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccaaacctgaagcaa 22839226  T
Q  623 cacctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttggttatatagatagt 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  22839227 cacctttgatgattctaaatctttgaatccaattcaacctcacttttggttcgttgtataaatagt 22839292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 523 - 682
Target Start/End: Original strand, 22893028 - 22893187
Alignment:
Q  523 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 622  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22893028 gcattaaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatgaattacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacgcctgaagcaa 22893127  T
Q  623 cacctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttggttatata 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22893128 cacctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttggttgtata 22893187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 523 - 688
Target Start/End: Original strand, 22808695 - 22808860
Alignment:
Q  523 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 622  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  22808695 gcattaaattcagaatctaacaacacattactagcctttatgtctcgatgaattacaactttctcccattcttcgtgtagataaaccacacctgacgcaa 22808794  T
Q  623 cacctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttggttatatagatagt 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  22808795 cacctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttgcttgtatagatagt 22808860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 529 - 688
Target Start/End: Original strand, 22830112 - 22830271
Alignment:
Q  529 aattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaacacctt 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  22830112 aattcagaatctaacaacacattactagcctttatgtctctatgaatcacaactttctcccattcttcgtgtagataaaccacacctgacgcaatacctt 22830211  T
Q  629 tgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttggttatatagatagt 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  22830212 tgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttggttgaatagatagt 22830271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 523 - 673
Target Start/End: Original strand, 22875003 - 22875153
Alignment:
Q  523 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 622  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  22875003 gcattaaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatgaatcacaactttttcccattcttcatgtagataaaccaaacctgaagcaa 22875102  T
Q  623 cacctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggtt 673  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22875103 cacctttgatgattttaaatctttgaatccaattcaacctcacttttggtt 22875153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 103 - 272
Target Start/End: Original strand, 22870443 - 22870612
Alignment:
Q  103 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaaccagtctcatgctt 202  Q
    ||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  22870443 ttggtgcccaaaagttaatccataggaagataaactaagcaatgacaaagctggtaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatactt 22870542  T
Q  203 ggtctagccaaaggctctgaatgcgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcgacttcttcagaca 272  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  22870543 ggtctagccaaaggctctgaatgtgaacacatcaagccaagtttcaacaccaattccacctcttcagaca 22870612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 524 - 686
Target Start/End: Original strand, 22897345 - 22897507
Alignment:
Q  524 cattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaac 623  Q
    |||| ||||||  |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| | |||||||||||| || ||||||| || |||  |||||||    
T  22897345 cattcaattcaccatctaataacacattgctagcctttatgtctctatgaatcacaacctgctcccattcttcgtgtagataaaacaaacccaaagcaac 22897444  T
Q  624 acctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttggttatatagata 686  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||    
T  22897445 acctttgatgattcgaaatctttgactccaattcaaggtcactcttggttggttgtatagata 22897507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 166 - 356
Target Start/End: Original strand, 22912331 - 22912521
Alignment:
Q  166 atccctctccaaatactgcacaaccagtctcatgcttggtctagccaaaggctctgaatgcgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcgacttct 265  Q
    ||||||||||||||||  || |||  ||||||| |||||||||||||||| |||  |||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  22912331 atccctctccaaatacctcaaaacttgtctcatacttggtctagccaaagcctcacaatgtgaacataacaaaccaagtttcaaaaccaattcaacttct 22912430  T
Q  266 tcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaagaatgtcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaatta 356  Q
    |||  |||||||||    || ||||| |||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||    
T  22912431 tcaaccacataatccacacctaaattcacatctttagcctcaataatctcacctcttttccaacaatcataaacataatcaaccaaaatta 22912521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 537 - 656
Target Start/End: Original strand, 22912754 - 22912873
Alignment:
Q  537 atctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaacacctttgatgatt 636  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| | ||||| || ||| |||||||||||||| ||||||    
T  22912754 atctaataaaacattactagctttaatgtctctatgaataacaacttgttcccattcttcatgtaaataaaacaaaccagaagcaacacctttaatgatt 22912853  T
Q  637 ctaaatctttgactccaatt 656  Q
    ||||| ||||||||||||||    
T  22912854 ctaaacctttgactccaatt 22912873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 122 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 21152086 - 21151682
Alignment:
Q  122 ccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaaccagtctcatgcttggtctagccaaaggctctg 221  Q
    |||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  21152086 ccagaagaagataaactaagtgaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgcctcatacttggtctagccaaaggctcgg 21151987  T
Q  222 aatgcgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcgacttcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaagaatgtcacctct 321  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | ||| || |||| | |||||||||| |||||||| ||||||||    
T  21151986 aatgtgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattccacctcttcagacacatattttgttcctaaatatgcatcttttgcctcaagaatttcacctct 21151887  T
Q  322 tttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttc-cctacattaacaataggccttctaccacaagcaacctcaagaagaaatgca 420  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||| ||  || || || || |||| | | |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21151886 tttccaacattcaaacacataatcaactagaattagactctcgttgtctccgacatgacctataggcctcctaccacaaacaacctcaagaagaaatgca 21151787  T
Q  421 ccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagccaaatgagttgtgtgaggat 520  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21151786 ccaaaagaaaacacatcagaagatttagtagccttacctgttctaatatgttccggagcaagataaccaatagttccagccaaatgagttgtgtgaggat 21151687  T
Q  521 ctgca 525  Q
    |||||    
T  21151686 ctgca 21151682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 523 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 21151639 - 21151474
Alignment:
Q  523 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 622  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  21151639 gcattaaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatgaattacaactttctcccattcttcatgtagataaaccacacttgaagcaa 21151540  T
Q  623 cacctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcacttttggttggttatatagatagt 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  21151539 cacctttgatgattctaaatctttgactccaattcaacctcgcttttggttggttgtatagatagt 21151474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 380 - 425
Target Start/End: Original strand, 15627142 - 15627187
Alignment:
Q  380 caataggccttctaccacaagcaacctcaagaagaaatgcaccaaa 425  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  15627142 caataggccttctcccacaagctacctcaagcagaagtgcaccaaa 15627187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University