View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13067_low_2 (Length: 808)
Name: NF13067_low_2
Description: NF13067
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13067_low_2 |
 | |
|
| [»] chr8 (5 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 747; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 747; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 808
Target Start/End: Original strand, 4144597 - 4145388
Alignment:
| Q |
17 |
attaactccttactccaatacatacaacctatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgat |
116 |
Q |
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| T |
4144597 |
attaactcgctactccaatacatacaacctatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgat |
4144696 |
T |
|
| Q |
117 |
taccagctgatctctcattaaaatcaggaggtttcatattatgatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcaca |
216 |
Q |
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| T |
4144697 |
taccagctgatctctcattaaaatcaggaggtttcatattatgatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcaca |
4144796 |
T |
|
| Q |
217 |
cttcaagttcaatccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaa |
316 |
Q |
| |
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|
| T |
4144797 |
cttcaagttcaatccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaa |
4144896 |
T |
|
| Q |
317 |
attggtacactagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttat |
416 |
Q |
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|
| T |
4144897 |
attggtacactagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttat |
4144996 |
T |
|
| Q |
417 |
tcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcaaaattataagttataaaagtggttccatc |
516 |
Q |
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| T |
4144997 |
tcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcgaaattataagttataaaagtggttccatc |
4145096 |
T |
|
| Q |
517 |
atcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagttctccaataaann |
616 |
Q |
| |
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| T |
4145097 |
atcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggttgacaatcttggcgttccgagaaaaactcttccattccatggaccagttctccaataaatt |
4145196 |
T |
|
| Q |
617 |
nnnnnatctttccaaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaatgtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaa |
716 |
Q |
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| T |
4145197 |
tttttatctttccaaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaatgtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaa |
4145296 |
T |
|
| Q |
717 |
aagcaatttgcttacctgtaactttgttagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatctgaagggtgtgtgaacctatcccagattgtt |
808 |
Q |
| |
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|
| T |
4145297 |
aagcaatttgcttacctgtaactttgttagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatctgaagggtgtgtgaaactatcccagattgtt |
4145388 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 808
Target Start/End: Original strand, 4133803 - 4134586
Alignment:
| Q |
28 |
actccaatacatacaacctatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgattaccagctgat |
127 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4133803 |
actccaatacacgcaacctatataacgatcatatgcatatgccaaacaagaacaatttaccaaacaatctgttctacatttatcttgattaccagctgat |
4133902 |
T |
|
| Q |
128 |
ctctcattaaaatcaggaggtttcatattatgatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttca |
227 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| | | ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |
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|
| T |
4133903 |
ctctcattaaaatcaggaactttcatattccgattcaccaaaaaaccatcttgtttaaattcatttgatccggtcttcaacatctcacacttcaagttca |
4134002 |
T |
|
| Q |
228 |
atccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaaat---tggtac |
324 |
Q |
| |
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|||| |||| ||||||||||||||||||||||| | | ||||||| |||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
4134003 |
ttcctgctgtcctcacacaaccattagtccaattccttgaactccattccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggtac |
4134102 |
T |
|
| Q |
325 |
actagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatac |
424 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4134103 |
actagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatccacctcaagtctaaaatgttcctttttattcttatac |
4134202 |
T |
|
| Q |
425 |
tcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcaaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcga |
524 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4134203 |
tcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcgaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcga |
4134302 |
T |
|
| Q |
525 |
cacctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagttctccaataaannnnnnnatc |
624 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
4134303 |
cacctaaacgccaaccaaatagatattcggttgacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagttctccaataaatttttttatc |
4134402 |
T |
|
| Q |
625 |
tttccaaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaatgtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaaaagcaatt |
724 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4134403 |
tttccaaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaatgtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaaaagcaatt |
4134502 |
T |
|
| Q |
725 |
tgcttacctgtaactttgttagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatctgaagggtgtgtgaacctatcccagattgtt |
808 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
4134503 |
tgcttacctgtaactttattagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatctgcagggtgtgtgaaactatcccagattgtt |
4134586 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 808
Target Start/End: Original strand, 4152610 - 4153391
Alignment:
| Q |
30 |
tccaatacatacaacctatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgattaccagc---tga |
126 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | || || |
|
|
| T |
4152610 |
tccaatacatacaaaatatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagaacaatttgccaaacaatctgctccacacttatcttgatcagcattatttgt |
4152709 |
T |
|
| Q |
127 |
tctctcattaaaatcaggaggtttcatattatgatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttc |
226 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
4152710 |
tctcacattaaaatcaggaggtttcatattatgatacaccttaaatccatcttgtttaactatacttgatccattcttcaccatctcacactttaagttc |
4152809 |
T |
|
| Q |
227 |
aatccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaaattggtacac |
326 |
Q |
| |
|
| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
4152810 |
attccttctttcctcacacaaccattagtccaattgcctaaactccattccacagaattctttggctcaaacccatcaaaacaactacaaattggcacag |
4152909 |
T |
|
| Q |
327 |
tagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatactc |
426 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
4152910 |
tagaattatcacagttaccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcatatactc |
4153009 |
T |
|
| Q |
427 |
aatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcaaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcgaca |
526 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| |||| ||||||||| ||| | |
|
|
| T |
4153010 |
aatcaacttgagtgttccatgcggtgtcaatgagagaattccgaacatagttttatcagcaaaattgtaagtaatataagtagttccatcagtgtcttga |
4153109 |
T |
|
| Q |
527 |
cctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagttctccaataaannnnnnnatctt |
626 |
Q |
| |
|
| ||||||||||| || ||| ||||| ||| ||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |
|
|
| T |
4153110 |
tcaaaacgccaaccggctaaatactcggttaacattctcggtgatccgagaaaaacccttccattccatggacctgttctccaatgaatatttttatctt |
4153209 |
T |
|
| Q |
627 |
tccaaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaatgtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaaaagcaatttg |
726 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || | ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | |||| |
|
|
| T |
4153210 |
tccaaatgaaaacttctggtgcatccaatctttcaagactagctgaataatgtcctgaagaaggatcattatcactttttcttgatacaaaggatatttt |
4153309 |
T |
|
| Q |
727 |
cttacctgtaactttgttagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatctgaagggtgtgtgaacctatcccagattgtt |
808 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| ||||| ||||||| |||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
4153310 |
cttacctgttacttggttagctgcaattctcattgttggaacagctgcatctgcagggtgtgtgaaactatcccagattgtt |
4153391 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 808
Target Start/End: Original strand, 4123263 - 4124041
Alignment:
| Q |
30 |
tccaatacatacaacctatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgattaccagctgatct |
129 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| || | || | |||| |
|
|
| T |
4123263 |
tccaatacatacaaaatatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagaacaatttgccaaacaatcttctccacacttatctatatcaacatttaatct |
4123362 |
T |
|
| Q |
130 |
ctcattaaaatcaggaggtttcatattatgatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaat |
229 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4123363 |
ctcagcaaaatcaggaactttcatattatgatacaccttaaatccatcttgcttaactacagttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaat |
4123462 |
T |
|
| Q |
230 |
ccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaaattggtacactag |
329 |
Q |
| |
|
|| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |
|
|
| T |
4123463 |
ccctctttcctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccattccacagaattctttgcctcaaacccatcaaaacaactacaaattggcacaacag |
4123562 |
T |
|
| Q |
330 |
aattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatactcaat |
429 |
Q |
| |
|
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
4123563 |
aattatcacagttaccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaaatctaagaagttcctttttattcatatactcaac |
4123662 |
T |
|
| Q |
430 |
caacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcaaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcgacacct |
529 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||||| ||| | | |
|
|
| T |
4123663 |
caacttaagtgttccatgtggtgtcaatgacagaattccaaacatagttttgtcggcgaaattgtaagtaatataagtagttccatcattgtcttgaaca |
4123762 |
T |
|
| Q |
530 |
aaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagttctccaataaannnnnnnatctttcc |
629 |
Q |
| |
|
||| ||||||| || ||| | ||| ||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| | || |
|
|
| T |
4123763 |
aaatgccaaccgtgtaaatacttggttaacatactcggtgttccgagaaaaaccaatccattccatggaccagttctccaatgaattttcttatcatacc |
4123862 |
T |
|
| Q |
630 |
aaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaatgtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaaaagcaatttgctt |
729 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || | ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | |||| ||| |
|
|
| T |
4123863 |
aaatgaaaacttctggtgcatccaatctttcaagactagctgaataatgtcctgaagaaggatcattatcactttttcttgatacaaaggatattttctt |
4123962 |
T |
|
| Q |
730 |
acctgtaactttgttagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatctgaagggtgtgtgaacctatcccagattgtt |
808 |
Q |
| |
|
|||||| |||| ||||| ||||||| |||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
4123963 |
acctgttacttggttagctgcaattctcattgttggaacagctgcatctgcagggtgtgtgaaactatcccagattgtt |
4124041 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 808
Target Start/End: Original strand, 4162950 - 4163744
Alignment:
| Q |
17 |
attaactccttactccaatacatacaacctatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgat |
116 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || |
|
|
| T |
4162950 |
attaactcactactccaatacatacaacgtataaaaggatcatatgcataagccaaacaagaacaatttgccaaacaatctgttctacacttatctcgac |
4163049 |
T |
|
| Q |
117 |
taccagctgatctctcattaaaatcaggaggtttcatattatgatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcaca |
216 |
Q |
| |
|
|| || ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4163050 |
taacatctgatctctcagcaaaatcaggaggtttcgtattgggatgcaccaaaaatttatcttgtttaactacgcttgatccattcttcaccatctcaca |
4163149 |
T |
|
| Q |
217 |
cttcaagttcaatccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaa |
316 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||| |
|
|
| T |
4163150 |
cttcaagttcattccttctttcctcacacaaccattagtccaattccttgaactccactccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaa |
4163249 |
T |
|
| Q |
317 |
a---ttggtacactagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttt |
413 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| | || |||||| | |
|
|
| T |
4163250 |
atatttggtacactagaaatatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcgttttgactaaccgtaagtgatagaaattccttat |
4163349 |
T |
|
| Q |
414 |
tattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcaaaattataagttataaaagtggttcc |
513 |
Q |
| |
|
||||| | |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||| | |||| ||||| |
|
|
| T |
4163350 |
tattcaaaaactcaaccaacttaagtgttccatttggtgtcaatgagagaattccaaacatagctttgacggcgaaatcataagttagataagtagttcc |
4163449 |
T |
|
| Q |
514 |
atcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagttctccaataa |
613 |
Q |
| |
|
||| | ||| | | ||||||||||| || ||| ||||| ||| ||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
4163450 |
atctttgtcttgatcaaaacgccaaccggctaaatactcggttaacattctcggtgatccgagaaaaaccgttccattccatggaccagttctccaatga |
4163549 |
T |
|
| Q |
614 |
annnnnnnatctttccaaatgaaaacttctggtacatccaatctttcaacactaattgtaaaatgtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgcta |
713 |
Q |
| |
|
| ||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||| | || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || |
|
|
| T |
4163550 |
attctcttatcataccaaataaaaacttctggtgcatccaatctttcaagacttcctatataatgtcctgaagaaggatcattttcactttttcttgata |
4163649 |
T |
|
| Q |
714 |
caaaagcaatttgcttacctgtaactttgttagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatctgaagggtgtgtgaacctatcccagattgtt |
808 |
Q |
| |
|
|||||| || | ||| || || |||| |||||||||||| |||||| ||||||||| | ||| | |||||| ||||| |||||||| |||||| |
|
|
| T |
4163650 |
caaaagatatattcttccccgttgctttattagatgcaattctcatcgttggaacagcggcatccgcagggtgagtgaaactatcccaaattgtt |
4163744 |
T |
|
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