View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1306_low_15 (Length: 411)

Name: NF1306_low_15
Description: NF1306
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1306_low_15
NF1306_low_15
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (1-402)||(909701-910102)
chr1 (1-400)||(924236-924635)
chr1 (1-402)||(936451-936858)
chr1 (1-402)||(419500-419904)
chr1 (1-402)||(975257-975661)
chr1 (3-400)||(916185-916582)
chr1 (1-402)||(960332-960739)
chr1 (1-402)||(942371-942778)
chr1 (1-402)||(971641-972048)
chr1 (1-402)||(949360-949767)
[»] scaffold0312 (1 HSPs)
scaffold0312 (1-402)||(10667-11071)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 910102 - 909701
Alignment:
Q  1 acaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtat 100  Q
    ||||| ||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  910102 acaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgtttaaggctccattgtgaagtat 910003  T
Q  101 cagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  910002 cagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaac 909903  T
Q  201 tgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattgttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaaaccactttctcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  909902 tgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattgttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaaaccactttctcca 909803  T
Q  301 tttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtcacacaaagcttttcctctcctt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  909802 tttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaatcatagattccaatgatgtcacacaaagcttttcctctcctt 909703  T
Q  401 tg 402  Q
    ||    
T  909702 tg 909701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 924635 - 924236
Alignment:
Q  1 acaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  924635 acaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtat 924536  T
Q  101 cagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||  |  ||||||||| ||||| ||    
T  924535 cagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaactttagttgcacgtagtttgtgacaataaaacac 924436  T
Q  201 tgcataagggtaattccgtttg-tggcacacaaccaaattgttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaaaccactttctcc 299  Q
    || ||| || ||| ||| || | ||||||||||| |  |||||||| ||||  ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||||      
T  924435 tgtatatggataa-tccattggatggcacacaacaattttgttctcacccaacttcttaactccttttgctattatatattgttgtatatcactttcttt 924337  T
Q  300 atttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtcacacaaagcttttcctctcct 399  Q
     || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  924336 gttcacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccaagcttagaagtagtgaaatcaaccattgactctaatgatgttacacaactcttttcctctcct 924237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 936858 - 936451
Alignment:
Q  1 acaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtat 100  Q
    ||||||||| |||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  936858 acaacatgatcctgaggaaggaagtgacaaactggaacagttccaggttgaacattgagcacttgaaaagccaaatgtttaggattccattgtgaagtat 936759  T
Q  101 cagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaac 200  Q
    ||| ||| || | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  936758 cagtgtgacacacagcaacagctttaactctacttccatcaacaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgaatcagttttatgacagtaaaaaac 936659  T
Q  201 tgcataagggtaattccgtttgtggcac---acaaccaaattgttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaa---accactt 294  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||   ||| |   ||| || ||||||| ||||||||| || ||||| |||||||||| ||| ||   ||  |||    
T  936658 tgcataagggtaactctctttgtgacacactacagctttattcttttctcccaatttcttcacaccttttgccattacatattcttgcaagtcactgctt 936559  T
Q  295 tctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtcacacaaagcttttcct 394  Q
    |||   || ||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  936558 tcttttttcacttctgttgaaacagcttcgacattgtttccaagtttcgaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgttacacaaagcttttcct 936459  T
Q  395 ctcctttg 402  Q
    ||||||||    
T  936458 ctcctttg 936451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Original strand, 419500 - 419904
Alignment:
Q  1 acaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtat 100  Q
    ||||||||| |||  |||| || ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||| ||| ||||    
T  419500 acaacatgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgatgtat 419599  T
Q  101 cagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaac 200  Q
    ||| ||| || | ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  419600 cagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaaacac 419699  T
Q  201 tgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaaaccactttct 297  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||||||||    |||   ||||| ||||  |||||||||||   |||||||  |||||||||||||  |||||||    
T  419700 tgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgtatattgttgtaaattactttct 419799  T
Q  298 ccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtcacacaaagcttttcctctc 397  Q
       || ||||||||||||||||  |||||||| || ||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  419800 ttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtagtgaaatcaaccatagactccaatgatgttacacaaaccttttcctctc 419899  T
Q  398 ctttg 402  Q
    |||||    
T  419900 ctttg 419904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 975661 - 975257
Alignment:
Q  1 acaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtat 100  Q
    ||||||||| |||  |||| || ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||| ||| ||||    
T  975661 acaacatgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgatgtat 975562  T
Q  101 cagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaac 200  Q
    ||| ||| || | ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  975561 cagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaaacac 975462  T
Q  201 tgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaaaccactttct 297  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||||||||    |||   ||||| ||||  |||||||||||   |||||||  |||||||||||||  |||||||    
T  975461 tgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgtatattgttgtaaattactttct 975362  T
Q  298 ccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtcacacaaagcttttcctctc 397  Q
       || ||||||||||||||||  |||||||| || ||||| ||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  975361 ttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtcgtgaaatcaaccatagactccaatgatgttacacaaaccttttcctctc 975262  T
Q  398 ctttg 402  Q
    |||||    
T  975261 ctttg 975257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 3 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 916582 - 916185
Alignment:
Q  3 aacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtatca 102  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  916582 aacatgaccatgttgtaggaagtggcaaactggaacagttccaggttgaaccttgagtacatgaaaagccaaatgcttgggactccattgtgaagtatca 916483  T
Q  103 gagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaactg 202  Q
      ||||||||||||| ||| ||||||| |  | ||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||   |  ||||||||| ||||| ||||    
T  916482 ttgtggcaaatagcagcagttttaactttggtaccatcaataccttccataggcaaatagtaaactttagttgcccgtaatttgtgacaataaaacactg 916383  T
Q  203 cataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattgttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaaaccactttctccatt 302  Q
    |||| || ||| || ||   ||||||||||| |  |||||||| | ||  ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||  | ||||||||   ||    
T  916382 catatggataactcagtagatggcacacaacaattttgttctcactcaacttcttaactccttttgctattatatattgttgtttatcactttctttgtt 916283  T
Q  303 tacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtcacacaaagcttttcctctcctt 400  Q
      |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  916282 cgcttctgttgaaacagcttcaacattgtttccaagcttagaagtagtgaaatcaaccattgattctaatgatgttacacaactcttttcctctcctt 916185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 960739 - 960332
Alignment:
Q  1 acaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtat 100  Q
    ||||||||| ||||||| | || ||| ||||  |||||||| || ||||||| ||| || || | ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  960739 acaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtat 960640  T
Q  101 cagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaac 200  Q
    ||| ||| |||| ||||| || ||||||  |  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  960639 cagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaac 960540  T
Q  201 tgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaaacc---actt 294  Q
    ||||||||||||||||  |||||| |||||||     |||   ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||   |||     
T  960539 tgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctattacatattgttgcaaaccattacta 960440  T
Q  295 tctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtcacacaaagcttttcct 394  Q
    | |  ||  ||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  960439 tttttatccacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcct 960340  T
Q  395 ctcctttg 402  Q
    | ||||||    
T  960339 cacctttg 960332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 942778 - 942371
Alignment:
Q  1 acaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtat 100  Q
    ||||||||| ||||||| | || ||| ||||  |||||||| || ||||||| ||| || || | ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  942778 acaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtat 942679  T
Q  101 cagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaac 200  Q
    ||| ||| |||| ||||| || ||||||  |  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  942678 cagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaac 942579  T
Q  201 tgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaaacc---actt 294  Q
    ||||||||||||||||  |||||| |||||||     |||   ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||   |||     
T  942578 tgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctattacatattgttgcaaaccattacta 942479  T
Q  295 tctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtcacacaaagcttttcct 394  Q
    | |  ||  ||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| || | |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  942478 tttttatccacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatggtgaaatcaaccatagattccaatgaagttatacaaagcttttcct 942379  T
Q  395 ctcctttg 402  Q
    | ||||||    
T  942378 cacctttg 942371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 972048 - 971641
Alignment:
Q  1 acaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtat 100  Q
    ||||||||| ||||||| | || ||| ||||  |||||||| || ||||||| ||| || || | ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  972048 acaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtat 971949  T
Q  101 cagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaac 200  Q
    ||| ||| |||| ||||| || ||||||  |  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  971948 cagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaac 971849  T
Q  201 tgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaaacc---actt 294  Q
    ||||||||||||||||  |||||| |||||||     |||   ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||   |||     
T  971848 tgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattacta 971749  T
Q  295 tctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtcacacaaagcttttcct 394  Q
    | |  ||  ||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| || | |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  971748 tttttatccacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatggtgaaatcaaccatagattccaatgaagttatacaaagcttttcct 971649  T
Q  395 ctcctttg 402  Q
    | ||||||    
T  971648 cacctttg 971641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 949767 - 949360
Alignment:
Q  1 acaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtat 100  Q
    ||||||||| ||||||| | || ||| ||||  |||||||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| ||| ||||    
T  949767 acaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtat 949668  T
Q  101 cagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaac 200  Q
    ||| ||| |||| | ||| || ||||||  |  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  949667 cagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaagggcacagagtaaacttcggttgaatcagttttatgacagtaaaaaac 949568  T
Q  201 tgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaaacc---actt 294  Q
    ||  ||||||||||||  |||||| |||||||     |||   ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||   |||     
T  949567 tgtgtaagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattacta 949468  T
Q  295 tctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtcacacaaagcttttcct 394  Q
    | |  ||  |||||||| |||| ||  |||||||||||||| || ||  || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  949467 tttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagttttgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcct 949368  T
Q  395 ctcctttg 402  Q
    | ||||||    
T  949367 cacctttg 949360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0312 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 1)
Name: scaffold0312
Description:

Target: scaffold0312; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 11071 - 10667
Alignment:
Q  1 acaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtat 100  Q
    ||||||||| |||  |||| || ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||| ||| ||||    
T  11071 acaacatgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgatgtat 10972  T
Q  101 cagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaac 200  Q
    ||| ||| || | ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  10971 cagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaaacac 10872  T
Q  201 tgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaaaccactttct 297  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||||||||    |||   ||||| ||||  |||||||||||   |||||||  |||||||||||||  |||||||    
T  10871 tgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgtatattgttgtaaattactttct 10772  T
Q  298 ccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtcacacaaagcttttcctctc 397  Q
       || ||||||||||||||||  |||||||| || ||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  10771 ttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtagtgaaatcaaccatagactccaatgatgttacacaaaccttttcctctc 10672  T
Q  398 ctttg 402  Q
    |||||    
T  10671 ctttg 10667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University