View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13070_low_2 (Length: 725)

Name: NF13070_low_2
Description: NF13070
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13070_low_2
NF13070_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (26-711)||(8880612-8881296)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 593; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 8881296 - 8880612
Alignment:
Q  26 ctaccaactcagctaagctcatgaggtctgaatatgattatacagtcgtccatttgaaaagcaattcaactcaatgctaaaataacaagttctcctatcg 125  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8881296 ctaccaagtcagctaagctcatgaggtctaaatatgattatacagtcgtccatttgaaaagcaattcaactcagtgctaaaataacaagttctcctatcg 8881197  T
Q  126 gcttgatgattaatttcataacgggtctaaataacttatgcggtgaagatactttgagtttgggacgtttagtctatcagagtcnnnnnnnccctaatta 225  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||       |||||||||    
T  8881196 gcttgataattagttttataacgggtctaaataacttatgcggtgaagatactttgagtttgggacgtttagtctatcaaagtcaaaaa--ccctaatta 8881099  T
Q  226 tgctgaaaaagaaaacaacacttcacactaaattaggcaaatctaagtaaaaccaatggaaaaatgaaatgcatggaactaaaaaacgccttatacgaca 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8881098 tgctgaaaaagaaaacaacacttcacactaaattaggcaaatctaagtaaaaccaatggaaaaatgtaatgcatggaactaaaaaacgccttatacgaca 8880999  T
Q  326 gaatagtagcttgtggaacactggaccgcgtgaatgggttaacaacaatccaagaaaaaa-tcatcacacgcattggattcaagatatcttgcacatgct 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8880998 gaatagtagcttgtggaacactggaccgcgcgaatgggttaacaacaatccaagaaaaaaatcatcacacacattggattcaagatatcttgcacatgct 8880899  T
Q  425 cgtctttattaagcctctacacaatttgagctaaaattgagttgaagattttgtgaaagatcttgattgtgagtcttgccaattaatgttcataaaaatg 524  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8880898 cgtctttattaagcctcttcacaatttgagctaaaattgagttgaagattttgtgaaagatcttgattgtgagtcttgccaattaatgttcataaaaatg 8880799  T
Q  525 gataatgtctttggcttttgaggctagctattaatgttccattttctatagtatttcatatagatacgtggttataacttaaaataactaatacatagtt 624  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8880798 gataatgtctttggcttttgaggccagctattaatgtgccattttctatagtatttcatatagatacgtggttataacttataataactaatacatagtt 8880699  T
Q  625 atccaaatgtactatgttagataaatcagttgctaccgtccacactttatcttaatcttatcatgaatgtcaactctataacattga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8880698 atccaaatgtactatgttagataaatcagttgctaccgtccacaatttatcttaatcttatcatgaatgtcaactctataacattga 8880612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University