View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13074_low_2 (Length: 552)

Name: NF13074_low_2
Description: NF13074
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13074_low_2
NF13074_low_2
[»] chr5 (26 HSPs)
chr5 (57-503)||(29870701-29871141)
chr5 (72-490)||(29851832-29852241)
chr5 (98-497)||(30339679-30340086)
chr5 (100-490)||(30243533-30243919)
chr5 (100-497)||(30434380-30434771)
chr5 (57-414)||(30058812-30059154)
chr5 (43-375)||(30481834-30482159)
chr5 (57-414)||(30678477-30678831)
chr5 (98-497)||(30748199-30748592)
chr5 (302-497)||(30482158-30482353)
chr5 (192-399)||(30398658-30398865)
chr5 (241-411)||(4380357-4380527)
chr5 (43-180)||(30714551-30714687)
chr5 (197-351)||(17419191-17419345)
chr5 (209-411)||(30205102-30205304)
chr5 (436-497)||(30059245-30059306)
chr5 (436-490)||(30678332-30678386)
chr5 (210-334)||(30202743-30202867)
chr5 (435-490)||(30398952-30399007)
chr5 (205-272)||(29710349-29710416)
chr5 (437-490)||(30205399-30205452)
chr5 (200-313)||(30473958-30474071)
chr5 (219-348)||(30429542-30429671)
chr5 (208-276)||(17981534-17981602)
chr5 (98-166)||(30058594-30058667)
chr5 (445-497)||(30203047-30203099)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (72-411)||(26705791-26706126)
chr7 (436-495)||(26706220-26706279)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (204-366)||(20298032-20298194)
chr4 (303-414)||(20297912-20298023)
chr4 (205-405)||(20303875-20304074)
chr4 (439-491)||(20297766-20297818)
chr4 (57-130)||(20298245-20298318)
chr4 (437-490)||(20303720-20303773)
chr4 (205-257)||(13615449-13615501)
chr4 (205-309)||(52350551-52350655)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (205-334)||(7098003-7098132)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 26)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 57 - 503
Target Start/End: Original strand, 29870701 - 29871141
Alignment:
Q  57 taaaaataaagatttttgagcagttgaaatccaaacataagaaggggaaatagagatcctaccagtaaaattgatttttgcgatggtgattgaggcagat 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  29870701 taaaaataaagatttttgagcagttgaaatccaaacataagaaggggaaattgagatcctacaagtaaaattgatttttgcgatgttgattgtggcagat 29870800  T
Q  157 aagtgtaaacgtctctgcttcttaatcccatcgaaactcaaactgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcat 256  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||  |||  |    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29870801 aagggtaaacgtctctgcttcttaatcc--tcggta----aactgtattattggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcat 29870894  T
Q  257 ctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtgaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaa 356  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29870895 cgttcctctaatgttgggcaaccctcaattgccagaagctcaagtgaagtgaggtgtcgaataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaa 29870994  T
Q  357 tctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgtcggaaactatatacttccagagattgaagagaagtaag 456  Q
    || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||   ||||||| |||||||||||||    
T  29870995 tccttaaaattcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaacaatatacaaacagagatagaagagaagtaag 29871094  T
Q  457 gtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattacttcacggtcac 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  29871095 gtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattccttcaccgtcac 29871141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 72 - 490
Target Start/End: Original strand, 29851832 - 29852241
Alignment:
Q  72 ttgagcagttgaaatccaaacataagaaggggaaatagagatcctaccagtaaaattgatttttgcgatggtgattgaggc-agataagtgtaaacgtct 170  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  29851832 ttgagcagttgaaatccaaatataagaagga-aaatagagagcctaccagtaaaatagatctttgcgatggtgattgaggccagataagggtaaatgtct 29851930  T
Q  171 ctgcttcttaatcccatcgaaactcaaactgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgt 270  Q
    ||||||||||||         | | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  29851931 ctgcttcttaat---------agttaaactgtatatttggaatatgagatatcttgtcccaatcctcacatgttcccactttgcatcgttcctctaatgt 29852021  T
Q  271 tgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtgaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaatctttagagttcga 370  Q
    |||||||   | ||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||    ||||  ||||||||||    
T  29852022 tgggcaatttttaattgacagaagctcaagagaagtgaggtgtccaataccctccggcaagcatctcaatcctttacaatatataatccgtagagttcga 29852121  T
Q  371 agggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgtcggaaactatatacttccagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcc 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  29852122 agggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgtgggaaacaatttacaaccagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatct 29852221  T
Q  471 cctctgggaaggatgttatt 490  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  29852222 cctctgggaaggatgttatt 29852241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 98 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 30340086 - 30339679
Alignment:
Q  98 aaggggaaatagagatcctaccagtaaaattgatttttgcgatggtgattgaggcagataagtgtaaacgtctctgcttcttaatcccatcga--aactc 195  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||| |  |||||    
T  30340086 aaggggaaatagagatcttaccagtaaaattgaattttgcgatggtgattgaggcagataagggtaaacgtctctgcttcttaaac--atcaattaactc 30339989  T
Q  196 --------aaactgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattg 287  Q
            ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      || |    
T  30339988 tatcacttaaactgtatatttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatcgttcctctaatgttgggcaattaatgatag 30339889  T
Q  288 tcagaagctcaagtgaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaatctttagagttcgaagggattgaagaccttc 387  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30339888 tcagaagctcaagagaagtgaggtgtcgaataccctccggcaagcatcgcaatccttcacagctataaatctgtagagttcgaagggattgaagaccttc 30339789  T
Q  388 ccaattttgctctggtaaggactccaattgtcggaaactatatacttccagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgtt 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |      |||||   |    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339788 ccaattttgctctggtaaggactccaactcattacaactaatgatagacagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgtt 30339689  T
Q  488 attacttcac 497  Q
    ||| ||||||    
T  30339688 attccttcac 30339679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 100 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 30243919 - 30243533
Alignment:
Q  100 ggggaaatagagatcctaccagtaaaattgatttttgcgatggtgattgaggcagataagtgtaaacgtctctgc--ttcttaatcccatcgaaactcaa 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| || | |   ||| |||     
T  30243919 ggggaaatagagatcctaccagtaaaattgatttttgcgatggtgattgaggcagataagggtaaacgtctctgcccttcttcattctaa--aaaatcac 30243822  T
Q  198 actgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctc 297  Q
     ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    | |||  ||| || |||    
T  30243821 tct----ttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatcgttcctctaatgttggacatttataaatattcaaaacctc 30243726  T
Q  298 aagtgaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaatctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgc 397  Q
    ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  |   ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  30243725 aagagaagtgaggtgtcgaataccctccggcaagcatcgcaatccttcacatctatgaatctttagaaatcgaagggattgaagaccttcccaatttgtc 30243626  T
Q  398 tctggtaaggactccaattgtcggaaactatatacttccagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt 490  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243625 tctggtaaggactccaattgtgggaaactatttacagacagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt 30243533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 100 - 497
Target Start/End: Original strand, 30434380 - 30434771
Alignment:
Q  100 ggggaaatagagatcctaccagtaaaattgatttttgcgatggtgattgaggcagataagtgtaaacgtctctgcttcttaatcccatcgaaactcaaac 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||| |   |||| |    
T  30434380 ggggaaatagagatcctaccagtaaaatagatttttgcgatggtgattgaggcagataagggtaaacgtctctgcttcttaaac--atcaa---tcaa-c 30434473  T
Q  200 tgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaa 299  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |    || | |||||||||||    
T  30434474 tctattcttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatcgttcctttaatgttgggcaatcaatgatagacagaagctcaa 30434573  T
Q  300 gtgaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaatctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctc 399  Q
    | |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30434574 gagaagtgaggtgtcgaataccctccggcaagcatcgcaatcctctacaaccccaaatcagtagagctcgaagggattgaagaccttcccagttttgctc 30434673  T
Q  400 tggtaaggactccaattgtcggaaactatatacttccagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattacttcac 497  Q
    ||||||||||||||||||| | |||  |  |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||    
T  30434674 tggtaaggactccaattgtggtaaaaaagttacaaacagggattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttattccttcac 30434771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 57 - 414
Target Start/End: Original strand, 30058812 - 30059154
Alignment:
Q  57 taaaaataaagatttttgagcagttgaaatccaaacataagaaggggaaatagagatcctaccagtaaaattgatttttgcgatggtgattgaggcagat 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  30058812 taaaaataaagatttttgagcagttgaaatccaaacataagaaggggaaattgagatcctaccagtaaaattgatttttgcgatggttaatgaggcagat 30058911  T
Q  157 aagtgtaaacgtctctgcttcttaatcccatcgaaactcaaactgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcat 256  Q
    ||| |||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||    
T  30058912 aagggtaaacgtctctgcttcttaa---------------aactgtatttttggaatatgagatatcttgtcccaatcctcccctgttcgcttcttgcat 30058996  T
Q  257 ctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtgaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaa 356  Q
    | ||||| ||||||| |||||||    || |||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||  |  |||    
T  30058997 cgttcctttaatgttcggcaaccaatgatagtcagaagctcaagagaagtgaggtgtcgaataccctccggcaaacatcgcaatccttcacagctataaa 30059096  T
Q  357 tctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 414  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059097 tatgtagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 30059154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 43 - 375
Target Start/End: Original strand, 30481834 - 30482159
Alignment:
Q  43 tcaacaacgagaattaaaaataaagatttttgagcagttgaaatccaaacataagaaggggaaatagagatcctaccagtaaaattgatttttgcgatgg 142  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  30481834 tcaacaacgagaat-aaaaataaagatttttgagcagttgaaatccaaacataagaaggggaaattgagatcttaccagtaaaattgatttttgcgatgt 30481932  T
Q  143 tgattgaggcagataagtgtaaacgtctctgcttcttaatcccatcgaaactcaaactgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctg 242  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30481933 tgattgtggcagataagggtaaacgtctctgcttcttaatcc--tcg----gtaaactgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccatg 30482026  T
Q  243 ttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtgaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatcc 342  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||  ||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  30482027 ttccctctttgcatcgttcctctaatgttgggcattcccaaattgtcagaacctcaagagaagtgaggtgtcgaataccctccggcaagcatcgcaatcc 30482126  T
Q  343 ttcacaattccaaatctttagagttcgaaggga 375  Q
    || |||  |  |||||| |||| ||||||||||    
T  30482127 tttacagctataaatctgtagatttcgaaggga 30482159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 57 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 30678831 - 30678477
Alignment:
Q  57 taaaaataaagatttttgagcagttgaaatccaaacataagaaggggaaatagagatcctaccagtaaaattgatttttgcgatggtgattgaggcagat 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  30678831 taaaaataaagatttttgagcagttgaaatccaaacataagaaggggaaattgagatcctaccagtaaaatatatttttgcgatggtgattaaggcagat 30678732  T
Q  157 -aagtgtaaacgtctctgcttcttaa---tcccatcgaaactcaaactgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctcttt 252  Q
     ||| |||||||||||||||||||||   ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  30678731 aaagggtaaacgtctctgcttcttaatcctcccattcaaacttaaactgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccccattccctcttt 30678632  T
Q  253 gcatctttc-ctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtgaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaatt 351  Q
    ||| | ||| | | |||||||| |        |||   | |   ||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678631 gcacccttctcacaaatgttggac--------atttataaatattcaagagatgtgaggtgtcgaataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaatt 30678540  T
Q  352 ccaaatctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 414  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678539 acgaatctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 30678477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 98 - 497
Target Start/End: Original strand, 30748199 - 30748592
Alignment:
Q  98 aaggggaaatagagatcctaccagtaaaattgatttttgcgatggtgattgaggcagataagtgtaaacgtctctgcttcttaatcccatcgaaactcaa 197  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |  ||||        
T  30748199 aaggggaaatagagatcttaccagtaaaattgaattttgcgattgtgattgaggcagataagggtaaacgtctctgcttcttaatcctctgtaaaca--- 30748295  T
Q  198 actgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaat--tgtca-gaag 294  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||  | ||| ||||    
T  30748296 ---gtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccatgttccctctttgcatcgttcctctaatgttgggcaa---tcaatgatatcaagaag 30748389  T
Q  295 ctcaagtgaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaatctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattt 394  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  30748390 ctcaagagaagtgaggtgtcgaataccctccggcaagcatcgcaatcctctacaaccccaaatctgtagagctcgaagggattgaagaccttcccagttt 30748489  T
Q  395 tgctctggtaaggactccaattgtcggaaactatatacttccagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattactt 494  Q
    |||||||||||||||||||| |      ||| ||  |    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||    
T  30748490 tgctctggtaaggactccaactcattacaacaattgatacacagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttattcctt 30748589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 302 - 497
Target Start/End: Original strand, 30482158 - 30482353
Alignment:
Q  302 gaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaatctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctg 401  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||  |||| || |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30482158 gaagtgaggtgtcgaataccctccggcaagcatctcaatcctctacaactcgaaatgtgtagagctcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctg 30482257  T
Q  402 gtaaggactccaattgtcggaaactatatacttccagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattacttcac 497  Q
    ||||||||||||||||| |||| | || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30482258 gtaaggactccaattgtgggaaccaatctacttccagatattgaagacaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattccttcac 30482353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 192 - 399
Target Start/End: Original strand, 30398658 - 30398865
Alignment:
Q  192 actcaaactgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcag 291  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| | |  ||||||||    
T  30398658 actccaactgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatcgttcctttaatgttgggcaatcattgattgtcag 30398757  T
Q  292 aagctcaagtgaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaatctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaa 391  Q
    || |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||  |||| | ||||  | |||||||||| ||||||||||||    
T  30398758 aacctcaagagaagtgaggtgtctaataccctccggaaagcatcgcaattctttacaattagaaatatatagatattgaagggattgcagaccttcccaa 30398857  T
Q  392 ttttgctc 399  Q
    ||||||||    
T  30398858 ttttgctc 30398865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 241 - 411
Target Start/End: Original strand, 4380357 - 4380527
Alignment:
Q  241 tgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtgaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaat 340  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    ||| |||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  4380357 tgttccctctttgcatcgttcctctaatgttgggcaaccaatgattctcagaacctcaagagaagtgaggtgtcgaataccctccggcaagcatcgcaat 4380456  T
Q  341 ccttcacaattccaaatctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactc 411  Q
    ||||  |||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4380457 cctttgcaatcccaaatcgttagagtcctaagggattgaagaccttctcaattttgctctggtaaggactc 4380527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 43 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 30714687 - 30714551
Alignment:
Q  43 tcaacaacgagaattaaaaataaagatttttgagcagttgaaatccaaacataagaaggggaaatagagatcctaccagtaaaattgatttttgcgatgg 142  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30714687 tcaacaacgagaat-aaaaataaagatttttgagcagttgaaatgcaaacataagaagggtaaatagagatcctaccagtaaaattgatttttgtgatgg 30714589  T
Q  143 tgattgaggcagataagtgtaaacgtctctgcttctta 180  Q
      | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30714588 ctaatgaggcagataagggtaaacgtctctgcttctta 30714551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 197 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 17419345 - 17419191
Alignment:
Q  197 aactgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagct 296  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |  | | |||  |||||| ||    
T  17419345 aactttatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctccccggttccctccttgcatcgttcctctaatgttggggagtcataaatgttcagaaact 17419246  T
Q  297 caagtgaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaatt 351  Q
    |  | |||||||||||||  ||||||||  ||||||||| ||| |||||||||||    
T  17419245 cgggagaagtgaggtgtcgaataccctctagcaagcatctcaaaccttcacaatt 17419191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 209 - 411
Target Start/End: Original strand, 30205102 - 30205304
Alignment:
Q  209 ggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtgaagtga 308  Q
    |||||||| | |||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||  || |||| |||||| |||||   ||||||||||||||| || |||||||    
T  30205102 ggaatatgcgatatcttgtaccagtcctctcctgttccctccttgcatcgctcttctagtgttggacaaccacgaattgtcagaagctccagagaagtga 30205201  T
Q  309 ggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaatctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaagga 408  Q
    | ||||  ||||| ||||| ||||||| || | ||| ||||   ||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| || |||||| ||    
T  30205202 gatgtcgaataccttccggtaagcatctcagttctttacaacgacaaatatctagagttcggagggattgcagaccttcccaaatttcctttggtaaaga 30205301  T
Q  409 ctc 411  Q
    |||    
T  30205302 ctc 30205304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 436 - 497
Target Start/End: Original strand, 30059245 - 30059306
Alignment:
Q  436 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattacttcac 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30059245 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattccttcac 30059306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 436 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 30678386 - 30678332
Alignment:
Q  436 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678386 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt 30678332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 210 - 334
Target Start/End: Original strand, 30202743 - 30202867
Alignment:
Q  210 gaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtgaagtgag 309  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| |||||  ||| ||||||||||   ||||||||| |  ||||||||||||||    
T  30202743 gaatatgtgctatcttgtcccagttctcccctgttccctccttgcatcgttccttcaatattgggcaaccgaaaattgtcagcaaatcaagtgaagtgag 30202842  T
Q  310 gtgtctcataccctccggcaagcat 334  Q
    |||||| ||||| ||  ||||||||    
T  30202843 gtgtctaataccttctagcaagcat 30202867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 435 - 490
Target Start/End: Original strand, 30398952 - 30399007
Alignment:
Q  435 ccagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt 490  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30398952 ccagtgattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt 30399007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 205 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 29710416 - 29710349
Alignment:
Q  205 ttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttg 272  Q
    |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  29710416 ttttggaacatgcgctatcttgtcctaatcctcccttgctccctccttgcatcgttcctctaatgttg 29710349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 437 - 490
Target Start/End: Original strand, 30205399 - 30205452
Alignment:
Q  437 agagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt 490  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  30205399 agagcttgaagacaagtaaggtttttgaacatcccgtccgggaaggatgttatt 30205452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 200 - 313
Target Start/End: Original strand, 30473958 - 30474071
Alignment:
Q  200 tgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaa 299  Q
    |||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| |  ||  |||  |||| |||||||||||||||   |||| ||| || |||||    
T  30473958 tgtaattttggaatgtgcgctatcttgtcccagtcctcaccggttcctttcttcaatcgctcctttaatgttgggcaacctcgaattttcaaaaactcaa 30474057  T
Q  300 gtgaagtgaggtgt 313  Q
    ||||||||||||||    
T  30474058 gtgaagtgaggtgt 30474071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 219 - 348
Target Start/End: Original strand, 30429542 - 30429671
Alignment:
Q  219 ctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtgaagtgaggtgtctcat 318  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||  |||  ||  | ||||||||| | ||||| ||||| ||||||||| ||||||||    ||    
T  30429542 ctatcttgtcccagtcctctcctattccctccttacatcgctccgttacagctgggcaaccataaattgccagaacctcaagtgatgtgaggtgcagaat 30429641  T
Q  319 accctccggcaagcatcgcaatccttcaca 348  Q
    ||| || |||||||||| ||||| ||||||    
T  30429642 accttctggcaagcatctcaatctttcaca 30429671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 208 - 276
Target Start/End: Original strand, 17981534 - 17981602
Alignment:
Q  208 tggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggca 276  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || || || |||||||| |||||||  | ||| |||||||||||    
T  17981534 tggaatatgggctatcttgtcccagtcttctccggttccctcattgcatcgcttctccaatgttgggca 17981602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 98 - 166
Target Start/End: Original strand, 30058594 - 30058667
Alignment:
Q  98 aaggggaaatagagatcctaccagtaa----aattgatttttgcgatggtgattgagg-cagataagtgtaaac 166  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |    |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||    
T  30058594 aaggggaaatagagatcttaccagttaagtgaattgaattttgcgatggtgatcgaggccagataagggtaaac 30058667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 445 - 497
Target Start/End: Original strand, 30203047 - 30203099
Alignment:
Q  445 aagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattacttcac 497  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  30203047 aagacaagtaaggtttctaaacatcccctttgggaaggaggttattccttcac 30203099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 175; Significance: 6e-94; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 72 - 411
Target Start/End: Original strand, 26705791 - 26706126
Alignment:
Q  72 ttgagcagttgaaatccaaacataagaaggggaaatagagatcctaccagtaaaattgatttttgcgatggtgattgaggcagataagtgtaaacgtctc 171  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26705791 ttgaacagttgaaatccaaacataagaaggggaaacagagatcgtaccactaaaatagatttttgtgatggtgattgaggcagataagggtaaacgtctc 26705890  T
Q  172 tgc--ttcttaatcccatcgaaactcaaactgtatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatg 269  Q
    |||  ||||| ||    || ||  | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26705891 tgcgcttcttcat----tctaa--taaatctttatttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatcgttcctctaatg 26705984  T
Q  270 ttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtgaagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaatctttagagttcg 369  Q
    ||||||||| |  |||| |||||| |||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| |     
T  26705985 ttgggcaactccaaattctcagaaactcaagagaagtgaggtgtcgaataccctctggcaagcatcgcattcctttacaatcccaaatctctagagtcct 26706084  T
Q  370 aagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactc 411  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||    
T  26706085 aagggattgaagaccttcccacattttctctggtagggactc 26706126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 436 - 495
Target Start/End: Original strand, 26706220 - 26706279
Alignment:
Q  436 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattacttc 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26706220 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattccttc 26706279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 204 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 20298194 - 20298032
Alignment:
Q  204 tttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtga 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||| ||||||    | || |||||||||||||| ||    
T  20298194 tttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatcgtaactttaatgtggggcaataaccgatagtcagaagctcaagaga 20298095  T
Q  304 agtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaatctttagagt 366  Q
    ||||||||||   || || || ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  20298094 agtgaggtgttgaatgccttctggcaagcattgcaatccttcacaaccccaaatctttagagt 20298032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 303 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 20298023 - 20297912
Alignment:
Q  303 aagtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaatctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctgg 402  Q
    |||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||| |||||  | |||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20298023 aagtgaggtgttgaataccctccggcaagcattgcaatcctttacaataactaattcctagagttcgaagggattgaagaccttcccaaatttgctctgg 20297924  T
Q  403 taaggactccaa 414  Q
    ||||||||||||    
T  20297923 taaggactccaa 20297912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 205 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 20304074 - 20303875
Alignment:
Q  205 ttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtgaa 304  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||   ||||| | ||||| ||||||||||||  | | |||  ||| || ||||||||||    
T  20304074 ttttggaatatgcgctatcttgtcc-aatcctcgcctgttcccgtcttgcaccgttcctttaatgttgggcattcataaatactcaaaacctcaagtgaa 20303976  T
Q  305 gtgaggtgtctcataccctccggcaagcatcgcaatccttcacaattccaaatctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggta 404  Q
    ||||||  ||  ||||| || |||||||||| |||||||| |||| | | |||| | | ||||| ||||||||  |||||||||||| ||| ||||||||    
T  20303975 gtgaggaatcgaataccttcaggcaagcatctcaatcctttacaactacgaatcatcatagttctaagggatttcagaccttcccaaattttctctggta 20303876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 439 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 20297818 - 20297766
Alignment:
Q  439 agattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatta 491  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20297818 agattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccatctgggaaggatgttatta 20297766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 57 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 20298318 - 20298245
Alignment:
Q  57 taaaaataaagatttttgagcagttgaaatccaaacataagaaggggaaatagagatcctaccagtaaaattga 130  Q
    |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||    
T  20298318 taaaaataaaaaattttgagtagttgaaatccaaacataagaataggaaatagagatcctaccactataattga 20298245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 437 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 20303773 - 20303720
Alignment:
Q  437 agagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt 490  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||    
T  20303773 agagtttgaagacaagtaaggtttatgaacatccccttttggaaggatgttatt 20303720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 205 - 257
Target Start/End: Original strand, 13615449 - 13615501
Alignment:
Q  205 ttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatc 257  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||    
T  13615449 ttttggaatatgcgctatcttgtcccagtcttcccatgttccctccttgcatc 13615501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 205 - 309
Target Start/End: Original strand, 52350551 - 52350655
Alignment:
Q  205 ttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtgaa 304  Q
    ||||||||| || ||||| |||||  | |||||||||||||| || || ||||  |||| ||||||||||||| |   ||| ||||| | ||||||||||    
T  52350551 ttttggaatgtgcgctattttgtcatagtcctcccctgttccttcattacatcgctcctttaatgttgggcaatcacaaatagtcagtacctcaagtgaa 52350650  T
Q  305 gtgag 309  Q
    |||||    
T  52350651 gtgag 52350655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 205 - 334
Target Start/End: Original strand, 7098003 - 7098132
Alignment:
Q  205 ttttggaatatgagctatcttgtcccaatcctcccctgttccctctttgcatctttcctctaatgttgggcaaccctcaattgtcagaagctcaagtgaa 304  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||  |||   ||||||||||| ||  |||| ||||     |||||||      
T  7098003 ttttggaatatgggctatcttgtcccagtcttcccctgttccctccttgcatcgctccgtcaatgttgggcatccaacaatagtcaacgaatcaagtgcg 7098102  T
Q  305 gtgaggtgtctcataccctccggcaagcat 334  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  7098103 gtgaggtgtctaataccatctggcaagcat 7098132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University