View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13076_low_1 (Length: 874)

Name: NF13076_low_1
Description: NF13076
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13076_low_1
NF13076_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-873)||(26421607-26422464)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 783; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 783; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 873
Target Start/End: Original strand, 26421607 - 26422464
Alignment:
Q  18 agtctcatctacaacaagcccgggaacatatgaagtgggcagataaaaagaggatgatcagaattttgaaaaagtgatgggatgattttgaagccacaga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26421607 agtctcatctacaacaagcccgggaacatatgaagtgggcagataaaaagaggatgatcagaattttgaaaaagtgataggatgattttgaagccacaga 26421706  T
Q  118 tgtacaggtagcaaagtgtagttaggat-----atcataaacttgctgcacgactttatggaccttgtcaagtgatagaaagaattgatccagtatctta 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||     ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26421707 tgtacaggtagcaaagtgtagttaggatgatcaatcataagcttgctgcacgactttatggaccttgtcaagtgatagaaagaattgatccagtaactta 26421806  T
Q  213 taagctcgagtttccttgtgtggaaatatgcactcttataaaggatctacccacatggaaaatattggctgcttgatatattgtggaatagggacagaga 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26421807 taagctcgagtttccttgtgtggaaatatgcactcttataaaggatctacccacatggaaaatattggctgcttgatatattgtggaatagggacagaga 26421906  T
Q  313 acaacaaattacttaatcatttggaaagacaatctataggacactatatgagaagacgcttttaaaaattttagactccagcctcaagaacatgactgaa 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26421907 acaacaaattacttaatcatttggaaagacaatctataggacactatatgagaagacgctttgaaaaattttagactccagcctcaagaacatgactgaa 26422006  T
Q  413 attcaggcaggtggcgctcaggggatggatgtggagagcacaggtgtggaatgacattaaaagaattgattactggaaatatcgtggaacagggggagaa 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26422007 attcaggcaggtggcgctcaggggatggatgtggagagcacaggtgtggaataacattaaaagaattgattactggaaatattgtggaacagggggagaa 26422106  T
Q  513 aacacctaagttagttattcattaagaaagacaattcatagaagagactatatgagaagatgcttccaaactttaagactccagccggagaaaatagctg 612  Q
    ||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26422107 aa---ctaagttagttattcattgagaaagacaattcatagaagagactatatgagaagatgcttccaaactttaagactccagccggagaaaatagctg 26422203  T
Q  613 aagttcaggcatgtggtgatgcacattcagggaaagattaatattttagggataaaaaagaactcaaaggaaactgcaagtggaactaaaatctggagta 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26422204 aagttcaggcatgtggtgatgcacattcagggacagattaatattttagggataaaaaagaactcaaaggaaactgcaagtggaactaaaatctggagta 26422303  T
Q  713 caaaagtgaatattggggaggaataaaattgaaaagggcgatatgagaatagtggtgtcaagtgggaggagtcagttgctggaattttgatgatgggcac 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26422304 caaaagtgaatattggggaggaataaaattgaaaagggcgatatgagaatagtggtgtcaagtgggaggagtcagttgcgggaattttgatgatgggcac 26422403  T
Q  813 aaattttttctgagtgaggagctttacttcaggttttgcgggaattttgatgatgtccatc 873  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26422404 aaatttcttctgagtgaggagctttacttcaggttttgcgggaattttgatgatggccatc 26422464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University