View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1308-Insertion-4 (Length: 632)

Name: NF1308-Insertion-4
Description: NF1308
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1308-Insertion-4
NF1308-Insertion-4
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (7-632)||(41859308-41859932)
chr1 (7-630)||(41887214-41887831)
chr1 (50-630)||(41878222-41878800)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 632
Target Start/End: Original strand, 41859308 - 41859932
Alignment:
Q  7 aactccaactaaatatctttttcattctgatttaataaaaatgattaaatgcatgtttggttttaatttatgattctttttgttatcagggggataaaat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41859308 aactccaactaaatatctttttcattctgatttaataaaaatgattaaatgcatgtttggttttaatttatgattctttttgttatcagggggataaaat 41859407  T
Q  107 tcaagcgataattgtgaaggatgacatagccaaatggggatcaatcctaatagaacaaaatacatatgtgatgcagaatttcaaagtcctaaataatgat 206  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41859408 tcaagcgataatcgtgaaggatgacatagcaaaatggggatcaatcctaatagaacaaaagacatatgtgatgcagaatttcaaagtcctaaataatgat 41859507  T
Q  207 ttacaaattaagctttgtgatcatccatgcaaaattatcattcatggcaggagtgtaatttatgaacatccttttccagatattcctctaactaaggttg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  41859508 ttacaaattaagctttgtgatcatccatgcaagattatcattcatggcaggagtgtaatttatgaacatccttttccggatattcctctaactaaggttg 41859607  T
Q  307 agtttaaaacttttgctcaagtactgactagaaagatgtcagagcctaatgatggttatgctgaagtagatacttcacctggtgatcctattgatgctat 406  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41859608 agtttaaaactttttctcaagtactgactagaaagatgtcagagcctaatgatggttatgctgaagtagatacttcacctggtgatcctattgatgctat 41859707  T
Q  407 tgttcaaagtacatatccagatcttctttcacaatacaacaatgaacaatatttgcaatcaagagctatttttgacctacacaaatgaggtagttgatca 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41859708 tgttcaaagtacatatccagatcttctttcacaatacaacaatgaacaatatttgcaatcaagagcta-ttttgacctacacaaatgaggtagttgatca 41859806  T
Q  507 aataaatgattatgtacttaagttgattccaggtatgtgcaattagttctccattttattagtagaaacccttcaattattcatcatcatgtgaacttac 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41859807 aataaatgattatgtacttaagttgattccaggtatgtgcaattagttctccattttattagtagaaacccttcaattattcatcatcatgtgaacttac 41859906  T
Q  607 atatgaggagctttgtttaactttca 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  41859907 atatgaggagctttgtttaactttca 41859932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 630
Target Start/End: Original strand, 41887214 - 41887831
Alignment:
Q  7 aactccaactaaatatctttttcattctgatttaataaaaatgattaaatgcatgtttggttttaatttatgattctttttgttatcagggggataaaat 106  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||   ||||| |||||||||||||    
T  41887214 aactccaactaaatgtctttttcattctgatttaattaaaatgattaaatacatgtttggttttaatttacgattctt---gttattagggggataaaat 41887310  T
Q  107 tcaagcgataattgtgaaggatgacatagccaaatggggatcaatcctaatagaacaaaatacatatgtgatgcagaatttcaaagtcctaaataatgat 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41887311 tcaagcgataattgtgaaggatgacatagcaaactggggatcaatcctaacagagcaaaagacat--gtgatgcagaatttcaaagtcctaaagaatgat 41887408  T
Q  207 ttacaaattaagctttgtgatcatccatgcaaaattatcattcatggcaggagtgtaatttatgaacatccttttccagatattcctctaactaaggttg 306  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41887409 ttacaaactaagctttgtgaccatccctgcaaaatgatcattcatggtgggagtgtaatttatgaacatccttttccagatattcctcaaactaaggttg 41887508  T
Q  307 agtttaaaacttttgctcaagtactgactagaaagatgtcagagcctaatgatggttatgctgaagtagatacttcacctggtgatcctattgatgctat 406  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41887509 cgtttaaaacttttgctgaagtactgactagaaaaatgtcagagcccaatgatagttatgctgaagttgatacttcacctggtgatcctattgatgctat 41887608  T
Q  407 tgttcaaagtacatatccagatcttctttcacaatacaacaatgaacaatatttgcaatcaagagctatttttgacctacacaaatgaggtagttgatca 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41887609 tgttcaaagtacatatccagatcttctttcacaatacaacaatgaacaatatttgcaatcaagagcta-ttttgacctacacaaatgaggtagttgatca 41887707  T
Q  507 aataaatgattatgtacttaagttgattccaggtatgtgcaattagttctccattttattagtagaaacccttcaattattcatcatcatgtgaacttac 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41887708 aataaatgattatgtacttaagttgattccaggtatgtgcaattagttctccattttattagtagaaacccttcaattattcatcatcatgtgaacttac 41887807  T
Q  607 atatgaggagctttgtttaacttt 630  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  41887808 atatgaggagctttgtttaacttt 41887831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 50 - 630
Target Start/End: Original strand, 41878222 - 41878800
Alignment:
Q  50 attaaatgcatgtttggttttaatttatgattctttttgttatcagggggataaaattcaagcgataattgtgaaggatgacatagccaaatggggatca 149  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||     
T  41878222 attaaatgcatgcttggttttaatttaagcttctttttgttattagggggataaaattcaagggataattgtgaaggatgacatagcaaagtggggatcg 41878321  T
Q  150 atcctaatagaacaaaatacatatgtgatgcagaatttcaaagtcctaaataatgatttacaaattaagctttgtgatcatccatgcaaaattatcattc 249  Q
    ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||    
T  41878322 atcctcattgagcaaaagacatatgtgatgcagaatttcaaagtcctaaagaatgatttacaatttaagctttgtgaccatccctgcaagatgatcattc 41878421  T
Q  250 atggcaggagtgtaatttatgaacatccttttccagatattcctctaactaaggttgagtttaaaacttttgctcaagtactgactagaaagatgtcaga 349  Q
    ||||  |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  41878422 atggtgggagtgtaatttgtgaacatccttttccaaacattcctcgaactaaggttgagtttaaaacttttgctgaaatactgactggaaagatgtcaga 41878521  T
Q  350 gcctaatgatggttatgctgaagtagatacttcacctggtgatcctattgatgctattgttcaaagtacatatccagatcttctttcacaatacaacaat 449  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||| ||||||||||||| |||    
T  41878522 gcccaatgatagttatgctgaagtagatactccacctggtgatcctattgatgctattgtgcaaagcacgtatccaaatcttgtttcacaatacaataat 41878621  T
Q  450 gaacaatatttgcaatcaagagctatttttgacctacacaaatgaggtagttgatcaaataaatgattatgtacttaagttgattccaggtatgtgcaat 549  Q
    ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||    
T  41878622 gaacagtttttgcaatcaagagcta-ttttgacctcaacagatgaggtagttgatcaaataaatgattatgtacttaagttgattcctggtacgtgtaat 41878720  T
Q  550 tagttctccattttattag-tagaaacccttcaattattcatcatcatgtgaacttacatatgaggagctttgtttaacttt 630  Q
    |||||  |||  | | |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  41878721 tagttaacca--tcagtagaaagaaacccttcaattattcattatcatgtgaacttaaatttgaggagctttgtttaacttt 41878800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University