View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13083_low_1 (Length: 2191)

Name: NF13083_low_1
Description: NF13083
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13083_low_1
NF13083_low_1
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (61-2173)||(36513837-36515950)
chr3 (459-1704)||(36805675-36806921)
chr3 (133-336)||(36805377-36805593)
chr3 (1714-1758)||(36807716-36807760)
chr3 (2024-2071)||(12677071-12677118)
chr3 (77-113)||(36520215-36520251)
chr3 (73-137)||(36805293-36805357)
chr3 (331-385)||(36805625-36805679)
chr3 (141-223)||(36809613-36809695)
chr3 (2025-2071)||(20132397-20132443)
[»] scaffold0718 (1 HSPs)
scaffold0718 (2024-2071)||(1094-1141)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (2026-2071)||(31994666-31994711)
chr4 (1357-1437)||(47727945-47728025)
chr4 (2024-2071)||(22216036-22216083)
chr4 (2024-2071)||(31932895-31932942)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (2024-2071)||(40660-40707)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (2024-2071)||(17964284-17964331)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (904-943)||(41756718-41756757)
chr7 (1638-1676)||(41757875-41757913)
chr7 (1627-1685)||(41765947-41766005)
chr7 (878-943)||(41764634-41764699)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 2070; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 2070; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 61 - 2173
Target Start/End: Complemental strand, 36515950 - 36513837
Alignment:
Q  61 gttaaactaaatactaggagaatcgaacctgcaacctagggagaacgtaacaaagttgttattgaagttgtattagattgttagacgtgtatatggagtt 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36515950 gttaaactaaatactaggagaatcgaacctgcaacctagggagaacgtaacaaagttgttattgaagttgtattagattgttagacgtgtatatggagtt 36515851  T
Q  161 ggtcatcctcatcttgtgagctaactttagtgagattcaaattcatttaacatagtaattgagcagtgtaaaatatgataatgtgagaatttaacccaag 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36515850 ggtcatcctcatcttgtgagctaactttagtgagattcaaattcatttaacatagtaattgagcagtgtaaaatatgataatgtgagaatttaacccaag 36515751  T
Q  261 tttcacgtgagtattaaaaatagtttcttagcatggaatgcgcccatttaacatttgtgttctcacattcacaccttcatcttctgagctaatttttgag 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36515750 tttcacgtgagtattaaaaatagtttcttagcatggaatgcgcccatttaacatttgtgttctcacattcacaccttcatcttctgagctaatttttgag 36515651  T
Q  361 atgaaattggagcctatttaatatgctatcataccca-attaagaatttcatatattaaaggtgagggttgatattgatgttgtggaaattggatgtaca 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36515650 atgaaattggagcctatttaatatgctatcatacccagattaagaatttcatatattaaaggtgagggttgatattgatgttgtggaaattggatgtaca 36515551  T
Q  460 tatgtggttgagatcaaaccgtatttaagagttttaacctcttacannnnnnnngaaggaagttttaacctcttacatgtcatgctatattttttcattc 559  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36515550 tatgtggttgagatcaaaccgtatttaagagttttaacctcttacattttttttgaaggaagttttaacctcttacatgtcatgctatattttttcattc 36515451  T
Q  560 ttttgaattgtttttacataatgatgatataggagttaccaattaatggagaagctatttaaaatcttcgtgtatgaagagggagaacctcctctttttc 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36515450 ttttgaattgtttttacataatgatgatataggagttaccaattaatggagaagctatttaaaatcttcgtgtatgaagagggagaacctcctctttttc 36515351  T
Q  660 attatggtccttgcaaaaatatatattcaatggagggaatatttatcaacttattggaaaacaatactttgtttcggactcagaatccaaatgaagctca 759  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36515350 attatggtccttgcaaaaatatatattcaatggagggaatatttatcaacttattggaaaacaatactttgtttcggactcagaatccaaatgaagctca 36515251  T
Q  760 tgtctactttcttccatttagtgttgttatgatccttgagcatctctttcacccagttattcgtgacaaagctgttttgggaagaactattggtgattat 859  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36515250 tgtctactttcttccatttagtgttgttatgatccttgagcatctctttcacccagttattcgtgacaaagctgttttgggaagaactattggtgattat 36515151  T
Q  860 gttcatatcatatcacacaaatatgcttattggaatagaagttatggagctgaccatttcatgctttcttgtcatgattgggtacttccttgaccatttt 959  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36515150 gttcatatcatatcacacaaatatgcttattggaatagaagttatggagctgaccatttcatgctttcttgtcatgattgggtacttccttgaccatttt 36515051  T
Q  960 tgtgtccagtgtttgtgtccgtatctgtgcttcatagttgactaatatttttatttttcatgaaaaatgattttgtgcatagggaccaagggcaacatgg 1059  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36515050 tgtgtccagtgtctgtgtccgtatctgtgcttcatagttgactaatatttttatttttcatgaaaaatgattttgtgcatagggaccaagggcaacatgg 36514951  T
Q  1060 taagtgaaggaattgtatttcattgcaattcgagtactttgcaatgcaaatatctcagagcatttcaatccaaagaaagatgcatcatttcctgaaatca 1159  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36514950 tacgtgaaggaattgtatttcattgcaattcgagtactttgcaatgcaaatatctcagagcatttcaatccaaagaaagatgcatcatttcctgaaatca 36514851  T
Q  1160 atttggtatcaggagaaacaacaggtttacttggtggctatccaacatggaacagaacaattttggctttctttgcaggacaaatgaatggtagaatcag 1259  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36514850 atttggtatcaggagaaacaacaggtttacttggtggctatccaacatggaacagaacaattttggctttctttgcaggacaaatgaatggtagaatcag 36514751  T
Q  1260 accagtgcttttccaacattggaagaacaaagacaaagatgtgttagtttatgaaaaacttccagaaaaaatttcataccatgaaaccatgaagatgagt 1359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36514750 accagtgcttttccaacattggaagaacaaagacaaagatgtgttagtttatgaaaaacttccagaaaaaatttcataccatgaaaccatgaagatgagt 36514651  T
Q  1360 aaatattgtatttgtccaagtgggtgggaagtggcaagtccaagaattgttgaggcaatttatgctgaatgtgtacctattctaatatcacaacaatatg 1459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36514650 aaatattgtatttgtccaagtgggtgggaagtggcaagtccaagaattgttgaggcaatttatgctgaatgtgtacctattctaatatcacaacaatatg 36514551  T
Q  1460 tacttccttttagtgatgttcttaattgggattctttctctgttcaaattgaagttagtgaaattcccaagcttaaggaaattttgttgggtatttctga 1559  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36514550 tacttccttttagtgatgttcttaattgggattctttctctgttcaaattgaagttagtgaaattcccaagcttaaggaaattttgttgggtatttctga 36514451  T
Q  1560 ggagaaatatatgagattgcaagagggtgttaagcaggtgcaaagacattttgtagtgaataatcctcctaagaaatatgatgtatttcatatgattatt 1659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36514450 ggagaaatatatgagattgcaagagggtgttaagcaggtgcaaagacattttgtagtgaataatcctcctaagaaatatgatgtatttcatatgattatt 36514351  T
Q  1660 cattctatatggcttaggaggttgaatgtacttgtgaaataagtcataatctcattgtgttaacagatgtgagaaagataaatggaacattgtttatatg 1759  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36514350 cattctatatggcttaggaggttgaatgtacttgtgaaataagtcataatctcattgtgttaacagatgtgagaaagataaatggaacattgtttatatg 36514251  T
Q  1760 catacaatgacaaaaatggcgtgacaaacatttaattagttttaatagttctcaaccatttgcgtttacatttgattgcttatttgtttatcttcctttt 1859  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36514250 catacaatgacaaaaatggcgtgacaaacatttaattagttttaatagttctcaaccatttgcgtttacatttgattgcttatttgtttatcttcctttt 36514151  T
Q  1860 ctcacgtatgataatattttttccccactttctttttcaacttattggggggattgaagtgaaacatgtcgatgtgcttccattcattatcacaatgatg 1959  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36514150 ctcacgtatgataatattttttccccactttctttttcaacttattggggggattgaagtgaaacatgtcgatgtgcttccattcattatcacaatgatg 36514051  T
Q  1960 tcgaacgtatgctttgcgttattcagattattatttgagtttcttgacggtttttgagccacaaaatcaccatctcttttctctataacataacttgtga 2059  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36514050 tcgaacgtatgctttgcgttattcagattattatttgagtttcttgacggtttttgagccacaaaatcaccatctcttttctctataatataacttgtga 36513951  T
Q  2060 gaatttgagccacaaaattggaagtctcatagcctccatgacggggagctctattggaggagaagaatttctttcttttctgaaaaagaattgcttgtaa 2159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36513950 gaatttgagccacaaaattggaagtctcatagcctccatgacggggagctctattggaggagaagaatttctttcttttctgaaaaagaattgcttgtaa 36513851  T
Q  2160 tttacacgtgttaa 2173  Q
    ||||||||||||||    
T  36513850 tttacacgtgttaa 36513837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 1023; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 459 - 1704
Target Start/End: Original strand, 36805675 - 36806921
Alignment:
Q  459 atatgtggttgagatcaaaccgtatttaagagttttaacctcttacannnnnnnngaaggaagttttaacctcttacatgtcatgctatattttttcatt 558  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36805675 atatgtggttgagatcaaaccatatttaagagttttaatctcttacattttttttgaaggaagttttaacctcttacatgtcatgttatattttttcatt 36805774  T
Q  559 cttttgaattgtttttacataatgatgatataggagttaccaattaatggagaagctatttaaaatcttcgtgtatgaagagggagaacctcctcttttt 658  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36805775 cttttgaattttttttacataatgatgatataggagttaccacttaatggagaagctatttaaaatctttgtgtatgaagagggagaacctcctcttttt 36805874  T
Q  659 cattatggtccttgcaaaaatatatattcaatggagggaatatttatcaacttattggaaaacaatactttgtttcggactcagaatccaaatgaagctc 758  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  36805875 cactatggtccttgcaaaaatatatattcaatggagggaatatttatcaacttattggaaaacaatactttgtttcggactcgtaatccaaatgaagctc 36805974  T
Q  759 atgtctactttcttccatttagtgttgttatgatccttgagcatctctttcacccagttattcgtgacaaagctgttttgggaagaactattggtgatta 858  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36805975 atgcctactttcttccatttagtgttgttatgatccttgaacatctctttcacccagttattcgtgacaaagctgttttgggaagaactattggtgatta 36806074  T
Q  859 tgttcatatcatatcacacaaatatgcttattggaatagaagttatggagctgaccatttcatgctttcttgtcatgattgggtacttccttgaccattt 958  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36806075 tgttcatatcatatcacacaaatatgcatattggaatagaagttatggagctgatcatttcatgctttcttgtcatgattgggtactttcttgaccattt 36806174  T
Q  959 ttgtgtccagtgtttgtgtccgtatctgtgcttcatagttgactaatatttt-tatttttcatgaaaaatgattttgtgcatagggaccaagggcaacat 1057  Q
     ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36806175 ctgtgtctggtgtctgtgtccgtatctgtgcttcataggtgactaattttttttatttttcatgaaaaatgattttgtggatagggaccaagggcaacat 36806274  T
Q  1058 ggtaagtgaaggaattgtatttcattgcaattcgagtactttgcaatgcaaatatctcagagcatttcaatccaaagaaagatgcatcatttcctgaaat 1157  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36806275 ggtatgtgaaggaattgtatttcattgcaattcgagtactttgcaatgcaaatatctcggagcatttcaatccaaagaaagacgcatcatttcctgaaat 36806374  T
Q  1158 caatttggtatcaggagaaacaacaggtttacttggtggctatccaacatggaacagaacaattttggctttctttgcaggacaaatgaatggtagaatc 1257  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||     
T  36806375 caatttggtaacaggagaaacagcaggtttacttggtggctatccaacatggaacagaacaattttggctttctttgcaggaaaaatgcatggtaaaatt 36806474  T
Q  1258 agaccagtgcttttccaacattggaagaacaaagacaaagatgtgttagtttatgaaaaacttccagaaaaaatttcataccatgaaaccatgaagatga 1357  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36806475 agacccgtgcttttccaacattggaagaacaaagacaaagatgtgttagtttatgaaaaacttccagaaaaaatttcataccatgaaacaatgaagatga 36806574  T
Q  1358 gtaaatattgtatttgtccaagtgggtgggaagtggcaagtccaagaattgttgaggcaatttatgctgaatgtgtacctattctaatatcacaacaata 1457  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36806575 gtaaatattgtatttgtccaagtgggtgggaagtggcaagtccaagaattgttgaggctatttatgctgaatgtgtacctattataatatcacaacaata 36806674  T
Q  1458 tgtacttccttttagtgatgttcttaattgggattctttctctgttcaaattgaagttagtgaaattcccaagcttaaggaaattttgttgggtatttct 1557  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||    
T  36806675 tgtactcccttttagtgatgttcttgattgggattcattttctgttaagattgaagttagtgaaattcccaagcttaaggatattctgttgggtatatct 36806774  T
Q  1558 gaggagaaatatatgagattgcaagagggtgttaagcaggtgcaaagacattttgtagtgaataatcctcctaagaaatatgatgtatttcatatgatta 1657  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  36806775 gaggagaaatatatgaaattgcaagagggtgttaagcaggtgcaaagacattttgtagtgaacaatcctcctaaaagatatgatgtatttcatatgatta 36806874  T
Q  1658 ttcattctatatggcttaggaggttgaatgtacttgtgaaataagtc 1704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36806875 ttcattctatatggcttaggaggttgaatgtagttgtgaaataagtc 36806921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 133 - 336
Target Start/End: Original strand, 36805377 - 36805593
Alignment:
Q  133 ttagattgttagacgtgtatatggagttggtcatcctcatcttgtgagctaactttagtgagattcaaattcatttaacatagtaattgagcagtgtaaa 232  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||    
T  36805377 ttagattgttagacatgtatatggagttgatcatcatcatcttgtgagctaactttaatgagattcaaattcatttaacatagtaatttaacggcgtaaa 36805476  T
Q  233 atatgataatgtgagaatttaacccaagtttcac-------------gtgagtattaaaaatagtttcttagcatggaatgcgcccatttaacatttgtg 319  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36805477 gtatgataatgtgagaatttaactcaagtttcacgtgagacatgaaagtgagtattaaaaatagtttcttagcatggaatgcgcccatttaacatttgtg 36805576  T
Q  320 ttctcacattcacacct 336  Q
    |||||||||||||||||    
T  36805577 ttctcacattcacacct 36805593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 1714 - 1758
Target Start/End: Original strand, 36807716 - 36807760
Alignment:
Q  1714 ttgtgttaacagatgtgagaaagataaatggaacattgtttatat 1758  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36807716 ttgtattaacagatgtgagaaagataaatggaacattgtttatat 36807760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 2024 - 2071
Target Start/End: Complemental strand, 12677118 - 12677071
Alignment:
Q  2024 aatcaccatctcttttctctataacataacttgtgagaatttgagcca 2071  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  12677118 aatcaccatctcttttctctatagcataactggtgagaatttgagcca 12677071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 77 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 36520251 - 36520215
Alignment:
Q  77 ggagaatcgaacctgcaacctagggagaacgtaacaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36520251 ggagaatcgaacctgcaacctagggagaacgtaacaa 36520215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 73 - 137
Target Start/End: Original strand, 36805293 - 36805357
Alignment:
Q  73 actaggagaatcgaacctgcaacctagggagaacgtaacaaagttgttattgaagttgtattaga 137  Q
    |||||| ||||| || | ||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36805293 actaggggaatcaaatcggcaacctagagagaacataacaaagttgttattcaagttgtattaga 36805357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 331 - 385
Target Start/End: Original strand, 36805625 - 36805679
Alignment:
Q  331 acaccttcatcttctgagctaatttttgagatgaaattggagcctatttaatatg 385  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||    
T  36805625 acaccttcatcttttgagctaaattttgggatgaaattgaagcttatttaatatg 36805679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 141 - 223
Target Start/End: Original strand, 36809613 - 36809695
Alignment:
Q  141 ttagacgtgtatatggagttggtcatcctcatcttgtgagctaactttagtgagattcaaattcatttaacatagtaattgag 223  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||  ||||||||| ||| || |||||| |||||    
T  36809613 ttagatgtgtatatgtagttggtcatcttcatcgtatgagctaactttaatggaattcaaatttattaaatatagtatttgag 36809695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 2025 - 2071
Target Start/End: Original strand, 20132397 - 20132443
Alignment:
Q  2025 atcaccatctcttttctctataacataacttgtgagaatttgagcca 2071  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||    
T  20132397 atcaccatctcttttctctatagcataattggtgagaacttgagcca 20132443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0718 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0718
Description:

Target: scaffold0718; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 2024 - 2071
Target Start/End: Original strand, 1094 - 1141
Alignment:
Q  2024 aatcaccatctcttttctctataacataacttgtgagaatttgagcca 2071  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  1094 aatcaccatctcttttctctatagcataactggtgagaatttgagcca 1141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 38; Significance: 0.00000000001; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 2026 - 2071
Target Start/End: Complemental strand, 31994711 - 31994666
Alignment:
Q  2026 tcaccatctcttttctctataacataacttgtgagaatttgagcca 2071  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  31994711 tcaccatctcttttctctataacataattggtgagaatttgagcca 31994666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1357 - 1437
Target Start/End: Complemental strand, 47728025 - 47727945
Alignment:
Q  1357 agtaaatattgtatttgtccaagtgggtgggaagtggcaagtccaagaattgttgaggcaatttatgctgaatgtgtacct 1437  Q
    ||||||| |||| | ||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||  |||||||||    
T  47728025 agtaaattttgtttgtgtccaagtggatatgaagtggctagtccaagaattgtggaagcaattaatgctgggtgtgtacct 47727945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 2024 - 2071
Target Start/End: Original strand, 22216036 - 22216083
Alignment:
Q  2024 aatcaccatctcttttctctataacataacttgtgagaatttgagcca 2071  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  22216036 aatcaccatctcttttctatatagcataaccggtgagaatttgagcca 22216083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 2024 - 2071
Target Start/End: Complemental strand, 31932942 - 31932895
Alignment:
Q  2024 aatcaccatctcttttctctataacataacttgtgagaatttgagcca 2071  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||    
T  31932942 aatcaccgtctcttttctctataacataattggtgagaatttgtgcca 31932895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 36; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 2024 - 2071
Target Start/End: Complemental strand, 40707 - 40660
Alignment:
Q  2024 aatcaccatctcttttctctataacataacttgtgagaatttgagcca 2071  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  40707 aatcaccatctcttttctctatagcatacctggtgagaatttgagcca 40660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 36; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 2024 - 2071
Target Start/End: Complemental strand, 17964331 - 17964284
Alignment:
Q  2024 aatcaccatctcttttctctataacataacttgtgagaatttgagcca 2071  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17964331 aatcaccatctcttttctgaataacataactggtgagaatttgagcca 17964284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000005; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 904 - 943
Target Start/End: Original strand, 41756718 - 41756757
Alignment:
Q  904 tggagctgaccatttcatgctttcttgtcatgattgggta 943  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41756718 tggagctgatcatttcatgctttcttgccatgattgggta 41756757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1638 - 1676
Target Start/End: Original strand, 41757875 - 41757913
Alignment:
Q  1638 tgatgtatttcatatgattattcattctatatggcttag 1676  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  41757875 tgatgtatttcatatgatccttcattctatatggcttag 41757913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1627 - 1685
Target Start/End: Original strand, 41765947 - 41766005
Alignment:
Q  1627 cctaagaaatatgatgtatttcatatgattattcattctatatggcttaggaggttgaa 1685  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||    
T  41765947 cctaagagatttgatgtgtttcatatgatccttcattctatatggcttagaagattgaa 41766005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 878 - 943
Target Start/End: Original strand, 41764634 - 41764699
Alignment:
Q  878 aaatatgcttattggaatagaagttatggagctgaccatttcatgctttcttgtcatgattgggta 943  Q
    |||||| | ||||||||  ||||| |||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  41764634 aaatatccctattggaaccgaagtcatggagctgatcatttcatacttgcttgccatgattgggta 41764699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University