View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1308_low_49 (Length: 375)

Name: NF1308_low_49
Description: NF1308
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1308_low_49
NF1308_low_49
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (13-347)||(3749301-3749635)
chr4 (13-258)||(5847656-5847901)
chr4 (58-317)||(5858443-5858702)
chr4 (13-258)||(5885871-5886116)
chr4 (28-288)||(5582869-5583129)
chr4 (13-258)||(5894716-5894961)
chr4 (26-289)||(5565207-5565470)
chr4 (28-318)||(5570662-5570952)
chr4 (26-258)||(5605556-5605788)
chr4 (16-289)||(5553616-5553889)
chr4 (16-317)||(5852533-5852834)
chr4 (13-175)||(5613627-5613789)
chr4 (61-329)||(5559376-5559644)
chr4 (61-259)||(5538832-5539030)
chr4 (61-126)||(251992-252057)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (57-247)||(1485703-1485893)
[»] scaffold0454 (1 HSPs)
scaffold0454 (57-247)||(884-1075)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 3749635 - 3749301
Alignment:
Q  13 aatattaggcaactatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagca 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3749635 aatattaggcaactatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaagaattgagca 3749536  T
Q  113 tgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3749535 tgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagt 3749436  T
Q  213 gccgaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtcttgcgctttgtgaattgaccggtacatttccacgtgcaatctttcagattggaaca 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3749435 gccgaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtcttgcgctttgtgaattgaccggtacatttccacatgcaatctttcagattggaaca 3749336  T
Q  313 ctgtcaactattgacttgtttaacaacaaaaatct 347  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3749335 ctgtcaactattgacttgtttaacaacaaaaatct 3749301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 258
Target Start/End: Original strand, 5847656 - 5847901
Alignment:
Q  13 aatattaggcaactatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagca 112  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||  | |||||||    
T  5847656 aatattaggcaaatgtatctagatggtataagtataacatctcggggacatgaatggagcaatgctttgttgcctttgcgtgacctgcaaaagttgagca 5847755  T
Q  113 tgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagt 212  Q
    ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||| || |||||| |||||||| |||||    
T  5847756 tgtctgattgtgatctatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctgacggtcattgttcttggtgagaacaacttttcatccccagt 5847855  T
Q  213 gccgaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtctt 258  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||    
T  5847856 gccacaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatctt 5847901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 58 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 5858702 - 5858443
Alignment:
Q  58 ggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagcatgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaa 157  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||  || | || |||||||||||||||| ||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  5858702 ggacatgaatggatcaatgctttgttgccgttgcgaaacctacaagaattgagcatgtcttcctgtggtctattaggtccccttgattcttccctaacaa 5858603  T
Q  158 gactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgccgaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtct 257  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5858602 aactagagaacctatcagtcattattcttgatgagaactatttttcatccccagttcctgaaacatttgcaaattttaaaaacttgactaccctcagtct 5858503  T
Q  258 tgcgctttgtgaattgaccggtacatttccacgtgcaatctttcagattggaacactgtc 317  Q
    |||  |||||| |||  |||||||||||||||     |||||||||||||||||| ||||    
T  5858502 tgcattttgtgcattatccggtacatttccacagaagatctttcagattggaacattgtc 5858443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 258
Target Start/End: Original strand, 5885871 - 5886116
Alignment:
Q  13 aatattaggcaactatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagca 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||    
T  5885871 aatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttgttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagca 5885970  T
Q  113 tgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagt 212  Q
    ||| | |||||  | ||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||||| |||||    
T  5885971 tgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcggtcattattcttggcgagaacaatttttcatccccagt 5886070  T
Q  213 gccgaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtctt 258  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||    
T  5886071 gccacaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatctt 5886116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 28 - 288
Target Start/End: Original strand, 5582869 - 5583129
Alignment:
Q  28 tatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagcatgtcttactgtgatt 127  Q
    |||||||||||  ||||||||| | |||  ||||| |||| ||| ||||||||||||||  ||| | || | || | |||||| |||||||| ||||||     
T  5582869 tatctagatggtgtaagtataaaagctcagggacaagaatggaggaatgctttgttgcccctgcctaacctccaagtattgagtatgtcttattgtgatc 5582968  T
Q  128 tatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgccgaaaacatttgc 227  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |    
T  5582969 tatcaggtccccttgattcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccacaaacattttc 5583068  T
Q  228 caattttaaaaacttgaccaccctcagtcttgcgctttgtgaattgaccggtacatttcca 288  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||||||   ||||| |||||| |||| |||||||    
T  5583069 caatttcaaaaaattaaccaccctcagtcttgcatcttgtggattgactggtaaatttcca 5583129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 13 - 258
Target Start/End: Original strand, 5894716 - 5894961
Alignment:
Q  13 aatattaggcaactatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagca 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||   ||||| ||| ||||||||||||| | || ||||||||| | || ||||||||||    
T  5894716 aatattaggcaactgtatctagatggtataactataacatctcagagacataaatggagcaatgctttgatacctttgcgtgacctacaagaattgagca 5894815  T
Q  113 tgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagt 212  Q
    ||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||||||  || |    
T  5894816 tgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactacagaacctgtcagtcattattctttatcgaaacaatttttcatcctcatt 5894915  T
Q  213 gccgaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtctt 258  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||    
T  5894916 gccagaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatctt 5894961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 26 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 5565470 - 5565207
Alignment:
Q  26 tatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagcatgtcttactgtga 125  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| |||||| ||||| |  |||||||||||| |||||| | || |||||  |||||||   |||||     
T  5565470 tatatctagatggtataagtataccatctcaaggatatgaatggagcagtcttttgttgccgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtgg 5565371  T
Q  126 tttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgccgaaaacattt 225  Q
    | | |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  5565370 tctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattattcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacattt 5565271  T
Q  226 gccaattttaaaaacttgaccaccctcagtcttgcgctttgtgaattgaccggtacatttccac 289  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    |||||  |||||||||||||||||||    
T  5565270 gccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttgaccggtacatttccac 5565207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 28 - 318
Target Start/End: Original strand, 5570662 - 5570952
Alignment:
Q  28 tatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagcatgtcttactgtgatt 127  Q
    |||||||||||  ||||| ||| | |||  ||||| |||| |||  |||||||||| ||| ||||| || | || | |||||| |||||||| ||||||     
T  5570662 tatctagatggtgtaagtttaaaagctcagggacaagaatggagtgatgctttgtttccgctgcgtaacctccaagtattgagtatgtcttattgtgatc 5570761  T
Q  128 tatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgccgaaaacatttgc 227  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||  |||||||| |    
T  5570762 tatcaggacccctttcttcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcattattcttgatgggaactatttctcatccctagtgccagaaacattttc 5570861  T
Q  228 caattttaaaaacttgaccaccctcagtcttgcgctttgtgaattgaccggtacatttccacgtgcaatctttcagattggaacactgtca 318  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||||||| |   ||||| |||||| |||||||||||||     |||||||| ||||||||| |||||    
T  5570862 caattttaaaaaactaaccaccctcagtctttcatcttgtggattgacaggtacatttccacaaaatatctttcaaattggaacattgtca 5570952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 26 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 5605788 - 5605556
Alignment:
Q  26 tatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagcatgtcttactgtga 125  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || ||| |||| |||||| ||||| |  |||||||||| | |||||| | || |||||  | |||||  ||||||     
T  5605788 tatatctagatggtataagtataccagctcaaggatatgaatggagcagtcttttgttgccgctccgtgacctacaagaattaggtatgtcagactgtgg 5605689  T
Q  126 tttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgccgaaaacattt 225  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  5605688 tttttcaggaccccttgattcttccctagcaaggttagagaacttatctgtcattcttcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccagaaacattt 5605589  T
Q  226 gccaattttaaaaacttgaccaccctcagtctt 258  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||| ||||    
T  5605588 gccaattttaaaaacctaaccaccctcaatctt 5605556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 5553889 - 5553616
Alignment:
Q  16 attaggcaactatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagcatgt 115  Q
    ||||||||||| ||| |||| || |||| | ||||||||   |||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||||  | || || ||||||||||    
T  5553889 attaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgtgtgaactacaagagttgagcatgt 5553790  T
Q  116 cttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgcc 215  Q
     | |||||||| || |||| || || |||||||||||| ||| |||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || || || ||    
T  5553789 ataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttcc 5553690  T
Q  216 gaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtcttgcgctttgtgaattgaccggtacatttccac 289  Q
      ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |   ||||| ||| || |||||||||||||    
T  5553689 agaaacatttgccaattttcaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccac 5553616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 16 - 317
Target Start/End: Original strand, 5852533 - 5852834
Alignment:
Q  16 attaggcaactatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagcatgt 115  Q
    ||||||||||| |||||||| |  |||| | ||||||||   || || |||| ||||||||||||||||||  |||||||  | ||    |||||| |||    
T  5852533 attaggcaactgtatctagaagatataactctaacatctgaggggcaggaatggagcaatgctttgttgccactgcgtgaactacaaatgttgagcttgt 5852632  T
Q  116 cttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgcc 215  Q
     | | |||||| || |||| || ||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || || || ||    
T  5852633 ataaatgtgatctagcagggccacttgattcttccctatcaaaactaaggaacctatcagtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttcc 5852732  T
Q  216 gaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtcttgcgctttgtgaattgaccggtacatttccacgtgcaatctttcagattggaacactg 315  Q
      |||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||| |   ||||| |||||| |||||||||||||     |||||||||||||||||||||    
T  5852733 agaaacatttgctaattttcaaaacctgaccacccttagtctttcagattgtggattgactggtacatttccacagaagatctttcagattggaacactg 5852832  T
Q  316 tc 317  Q
    ||    
T  5852833 tc 5852834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 5613789 - 5613627
Alignment:
Q  13 aatattaggcaactatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagca 112  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||| ||| | ||| | || ||| ||||||    
T  5613789 aatatgaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctcagggacatgaatggatcaatgctttgttgcctttgagcgacctacaagaactgagca 5613690  T
Q  113 tgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcag 175  Q
    ||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  5613689 tgtctaactgtaatctatcaggacctcttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcag 5613627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 61 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 5559644 - 5559376
Alignment:
Q  61 catgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagcatgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagac 160  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |  | ||| ||| ||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||| || ||  ||||||    
T  5559644 catgaatggagcaatgctttgttgccgttgcgtggtctagaagaactgaccatgtctaactgcaatttaacaggaccccttgattcatctctgtcaagac 5559545  T
Q  161 tagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgccgaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtcttgc 260  Q
    || ||||  ||||  |||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||  |||||||| ||||||| | ||| ||||| ||||| ||||||||    
T  5559544 taaagaatttatcgatcattattcttgatggaaacaatttttcttccccggtgcctgaaacattttccaatttcagaaatttgacaacccttagtcttgc 5559445  T
Q  261 gctttgtgaattgaccggtacatttccacgtgcaatctttcagattggaacactgtcaactattgactt 329  Q
       ||||  |||||| | ||||||||||| |   ||||| || ||||||||| |||||  |||||||||    
T  5559444 agcttgtagattgactgatacatttccacataagatcttccaaattggaacattgtcatttattgactt 5559376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 259
Target Start/End: Original strand, 5538832 - 5539030
Alignment:
Q  61 catgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagcatgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagac 160  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||   |  | ||| ||| ||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||| || || ||  ||||||    
T  5538832 catgaatggagcaatgctttgttgccgttacatggtctagaagaactgaccatgtctaactgtaatttaacaggacctcttgaatcatctctgtcaagac 5538931  T
Q  161 tagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgccgaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtcttg 259  Q
    ||||||| |||||  |||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||  |||||||| ||||||| | ||| ||||| ||||| |||||||    
T  5538932 tagagaatctatcgatcattattctcgatggaaacaatttttcttccccagtgcctgaaacattttccaatttcagaaatttgactacccttagtcttg 5539030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 126
Target Start/End: Original strand, 251992 - 252057
Alignment:
Q  61 catgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagcatgtcttactgtgat 126  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||| || ||||  |||| || |||||||||||| ||||||||    
T  251992 catgaatggggcaatgctttgttgccgctgtgtgatctgcaagagttgagcatgtctaactgtgat 252057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 57 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 1485893 - 1485703
Alignment:
Q  57 aggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagcatgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaaca 156  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||  |||| |  |||||||||    | |||  | ||||||||||| ||||||| |||||  ||    
T  1485893 aggacatgaatggagcaatgccttgttgccgctgcgtgagctgcaagtgttgagcatgagcaattgtagtctatcaggacccgttgattcctccctttca 1485794  T
Q  157 agactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgccgaaaacatttgccaattttaaaaacttgacca 247  Q
    | ||||||||||||| |  ||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||| | ||  |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  1485793 aaactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaatctttcatcgccaattccagaaacatttaccaattttaaaaacctgacca 1485703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 57 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 1075 - 884
Alignment:
Q  57 aggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgacttgcaggaattgagcatgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaaca 156  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||  |||| |  |||||||||    | |||  | ||||||||||| ||||||| |||||  ||    
T  1075 aggacatgaatggagcaatgccttgttgccgctgcgtgagctgcaagtgttgagcatgagcaattgtagtctatcaggacccgttgattcctccctttca 976  T
Q  157 agactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgccgaaaacatttgcc-aattttaaaaacttgacca 247  Q
    | ||||||||||||| |  ||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||| | ||  |||||||| || |||||||||||| ||||||    
T  975 aaactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaatctttcatcgccaattccagaaacatttacctaattttaaaaacctgacca 884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University