View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13095_low_1 (Length: 698)

Name: NF13095_low_1
Description: NF13095
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13095_low_1
NF13095_low_1
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (34-680)||(2885346-2885992)
chr6 (34-680)||(2866156-2866806)
chr6 (82-680)||(2860777-2861380)
chr6 (130-615)||(2910271-2910744)
chr6 (234-432)||(2833731-2833929)
chr6 (68-593)||(2841525-2842053)
chr6 (487-609)||(2833551-2833673)
chr6 (497-615)||(2828594-2828712)
chr6 (500-577)||(14577701-14577778)
chr6 (331-427)||(2828448-2828544)
chr6 (641-680)||(2910192-2910231)
chr6 (315-427)||(14577537-14577649)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 2885992 - 2885346
Alignment:
34 taggcacaatcgtttctaagtattagagatggcaatgggaattggggaaatattgtcacaattaggctcaattgcggctagccttatgtttgtttatgcc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2885992 taggcacaatcgtttctaagtattagagatggcaatgggaattggggaaatattgtcacaattaggctcaattgcggctagccttatgtttgtttatgcc 2885893  T
134 atgtatgagcaattctgcccatctgatcttcgtaagtttgttgaaaactacaaacacaaatttgcagatcttatgtccccttacatccaaataactttca 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2885892 atgtatgagcaattctgcccatctgatcttcgtaagtttgttgaaaactacaaacacaaatttacagatcttatgtccccttacatccaaataactttca 2885793  T
234 atgaatcatcgggcgagcgtctcaaacaaagcgaaacttacacaatcatccaaacatatcttggtgcgaactcgagtaaacgagccaaacgacttgaagc 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2885792 atgaatcatcgggcgagcgtctcaaacaaagcgaaacttacacaatcatccaaacatatcttggtgcgaactcgagtaaacgagccaaacgacttgaagc 2885693  T
334 cgaagttgtggaagatagccaatccccgcttgtccttagcatggacgacaacgaagagatcgaagatgagttcaatggagtcaaagtttggtggtctgca 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2885692 cgaagttgtggaagatagccaatccccgcttgtccttagcatggacgacaacgaagagatcgaagatgagttcaatggagtcaaagtttggtggtctgca 2885593  T
434 aatagcaaagctccaagaagaaaagcatcttcaggaagatctttcgatgtggtaagatgcttcaccctaactttccacaaaaggcatcgcgatctcatta 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2885592 aatagcaaagctccaagaagaaaagcatcttcaggaagatctttcgatgtggtaagatgcttcaccctaactttccacaaaaggcatcgcgatctcatta 2885493  T
534 cttcctcttacatacaacatgtgttggaccaaggaaaggctattatatttaagaataggcgactaaagctttacaccaacaatagcggttgttggtggat 633  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
2885492 cttcctcttacatacaacatgtgttggaacaaggaaaggctattatatttaagaataggcgactaaagctttacaccaacaatggtggttgttggtggat 2885393  T
634 ctcaggatggagtcacacaaattttgcgcaccctgcaaggtttgaaa 680  Q
     || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
2885392 gtcggggtggagtcacacaaattttgcacaccctgcaaggtttgaaa 2885346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 481; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 2866806 - 2866156
Alignment:
34 taggcacaatcgtttctaagtattagagatggcaatgggaattggggaaatattgtcacaattaggctcaattgcggctagccttatgtttgtttatgcc 133  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||    
2866806 taggcacaatagtttctaagtattagagatggcaatgggaattggggaaatattgtcacaattaggctcaattgccgctagcctaatgtttctttatgcc 2866707  T
134 atgtatgagcaattctgcccatctgatcttcgtaagtttgttgaaaactacaaacacaaatttgcagatcttatgtcccctta-catccaaataactttc 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||   |||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||||     
2866706 atgtatgagcaattctgcccatctgatcttcataagtttgttgaaaagcacatgaacaaatttacagaccttatgtccccttaacgtccaaataactttt 2866607  T
233 aatgaatcatcgggcgagcgtctcaaacaaagcgaaacttacacaatcatccaaacatatcttggtgcgaactcgagtaaacgagccaaacgacttgaag 332  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||  ||||| |||    
2866606 tatgaatcatcggacgagcgtctcaaacaaagcgaaacttacacaattatccaaacatatcttggtgctaactcgagtcaaagagccaagagacttaaag 2866507  T
333 ccgaagttgtggaagatagccaatccccgcttgtccttagcatggacgacaacgaagagatcgaagatgagttcaatggagtcaaagtttggtggtctgc 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
2866506 ccgaagttgtggaagatagccaatcaccgcttgtccttagcatggacgacaaagaagagattgaggatgagttcaatggagtcaaagtttggtggtcttc 2866407  T
433 aaatagcaaagctccaagaagaaaagcatcttcaggaagatc---tttcgatgtggtaagatgcttcaccctaactttccacaaaaggcatcgcgatctc 529  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
2866406 aaacagcaaagctccaacaagaaaagcatcttcaggaagacctaatttcgatgtggtaagatacttaaccctaactttccacaaaaggcatcgcgatctc 2866307  T
530 attacttcctcttacatacaacatgtgttggaccaaggaaaggctattatatttaagaataggcgactaaagctttacaccaacaatagcggttgttggt 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2866306 attacttcctcttacatacaacatgtgttggaccaaggaaaggctgttatatttaagaataggcgactaaagctttacaccaacaatagcggttgttggt 2866207  T
630 ggatctcaggatggagtcacacaaattttgcgcaccctgcaaggtttgaaa 680  Q
    |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2866206 ggatgtcggggtggagtcacacaaattttgcgcaccctgcaaggtttgaaa 2866156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 82 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 2861380 - 2860777
Alignment:
82 aatattgtcacaattaggctcaattgcggctagccttatgttt--gtttatgccatgtatgagcaattctgcccatctgatcttcgtaagtttgttgaaa 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
2861380 aatattgtcacaattaggctcaattgcggctagcctaatgtttttgtttatgccatgtatgagcaattctgcccatctgatcttcataagtttgttgaaa 2861281  T
180 actacaaacacaaatttgcagatcttatgtccccttacatccaaataactttcaatgaatcatcgggcgagcgtctcaaacaaagcgaaacttacacaat 279  Q
    |  |||   |||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2861280 agcacatgaacaaatttacagaccttatgtccccttacgtcgaaataactttttatgaatcatcgggcgagcgtctcaaacaaagcgaaacttacacaat 2861181  T
280 catccaaacatatcttggtgcgaactcgagtaaacgagccaaacgacttgaagccgaagttgtggaagatagccaatccccgcttgtccttagcatggac 379  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
2861180 tatccaaacatatcttggtgctaactcgagtcaaagagccaagagacttaaagccgaagttgtggaagatagccaatcaccgcttgtccttagcatggac 2861081  T
380 gacaacgaagagatcgaagatgagttcaatggagtcaaagtttggtggtctgcaaatagcaaagctccaagaagaaaagcatcttcaggaagatc---tt 476  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |   ||    
2861080 gacaaagaagagattgaggatgagttcaatggagtcaaagtttggtggtcttcaaacagcaaagctccaacaagaaaagcatcttcaggaagacctaatt 2860981  T
477 tcgatgtggtaagatgcttcaccctaactttccacaaaaggcatcgcgatctcattacttcctcttacatacaacatgtgttggaccaaggaaaggctat 576  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
2860980 tcgatgtggtaagatacttaaccctaactttccacaaaaggcatcgcgatctcattacttcctcttacatacaacatgtgttggaacaaggaaaggctat 2860881  T
577 tatatttaagaataggcgactaaagctttacaccaacaatagcggttgttggtggatctcaggatggagtcacacaaattttgcgcaccctgcaaggttt 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
2860880 tatatttaagaataggcgactaaagctttacaccaacaatagcggttgttggtggatgtcagggtggagtcacacaaattttgcacaccctgcaaggttt 2860781  T
677 gaaa 680  Q
    ||||    
2860780 gaaa 2860777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 130 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 2910744 - 2910271
Alignment:
130 tgccatgtatgagcaattctgcccatctgatcttcgtaagtttgttgaaaactacaaacacaaatttgcagatcttatgtccccttacatccaaataact 229  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||  ||| || |  |||||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||||| |    
2910744 tgccttgtatgagcaattctgcccttctgatcttcgtagatttgttcgaaaataaacgcacaaatttgtagaccttatgtcccctcacagccaaataagt 2910645  T
230 ttcaatgaatcatcgggcgagcgtctcaaacaaagcgaaacttacacaatcatccaaacatatcttggtgcgaactcgagtaaacgagccaaacgacttg 329  Q
    |||  ||| | ||| || ||||  ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||             
2910644 ttctttgagttatctggagagcccctcgaacaaagtgaaacttacacagtcatccaaacatatcttggtgctaactcgagtgaaagagcca--------- 2910554  T
330 aagccgaagttgtggaagatagccaatccccgcttgtccttagcatggacgacaacgaagagatcgaagatgagttcaatggagtcaaagtttggtggtc 429  Q
          ||||||| |||||||||||| | ||| || || || |||| ||||||||||||||||||   ||||| || || |||||| || ||||||||||    
2910553 ------aagttgtcgaagatagccaaactccggttatctttggcatagacgacaacgaagagatcaccgatgattttaaaggagtcgaaatttggtggtc 2910460  T
430 tgcaaatagcaaagctccaagaagaaaagcatcttcaggaagatct--ttc-gatgtggtaagatgcttcaccctaactttccacaaaaggcatcgcgat 526  Q
    |||||| |||| |  |||||    | ||| || |||||||||| ||  ||| |||||| |||||| | | |||||||| ||| ||||||||||| | |||    
2910459 tgcaaacagcacaattccaacggcacaagaattttcaggaagacctaattcggatgtgataagatacctaaccctaaccttcgacaaaaggcatggtgat 2910360  T
527 ctcattacttcctcttacatacaacatgtgttggaccaaggaaaggctattatatttaagaataggcgactaaagctttacaccaacaa 615  Q
    ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| || ||||||||  |||||  |   ||||| ||||  |||||||||||||| |||||    
2910359 ctcatcactacctcgtacatccaacatgtgttagaacaaggaaaacctattgcacagaagaagaggcagctaaagctttacactaacaa 2910271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 234 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 2833929 - 2833731
Alignment:
234 atgaatcatcgggcgagcgtctcaaacaaagcgaaacttacacaatcatccaaacatatcttggtgcgaactcgagtaaacgagccaaacgacttgaagc 333  Q
    |||||| ||| || || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||     || |||| | | ||||| ||||    
2833929 atgaattatccggtgaacgtctcaaacaaagtgaaacttacaaaatcatccaaacatatcttagtgataactcatcccaaagagctagaagacttaaagc 2833830  T
334 cgaagttgtggaagatagccaatccccgcttgtccttagcatggacgacaacgaagagatcgaagatgagttcaatggagtcaaagtttggtggtctgc 432  Q
     ||||||||  |||||||||||  ||| |||||||| |||||||| || || ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
2833829 tgaagttgtcaaagatagccaaaacccacttgtcctaagcatggatgataatgaagaaatcatagatgagttcaatggagtcaaagtttggtggactgc 2833731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 68 - 593
Target Start/End: Original strand, 2841525 - 2842053
Alignment:
68 atgggaattggggaaatattgtcacaattaggctcaattgcggctagccttatgtttgtttatgccatgtatgagcaattctgcccatctgatcttcgta 167  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||   ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| | |  |||||||    
2841525 atgggaattagggaaatatggtcaaacctaggctcaataatggctagcataatgtttgtatatgccatgtatgagaaattcttcccaccagcacttcgta 2841624  T
168 agtttgttgaaaactacaaacacaaatttgcagatcttatgtccccttacatccaaataactttcaatgaatcatcgggcgagcgtctcaaacaaagcga 267  Q
      | | ||  ||| ||||  ||||||||  |  |  | |||| |||||||||| ||||||| ||| ||||   ||| || ||   ||||||||| | | |    
2841625 gatatcttcgaaaatacactcacaaattcaccaacttcatgtacccttacatcaaaataaccttctatgagaaatcaggagataatctcaaacacaacaa 2841724  T
268 aacttacacaatcatccaaacatatcttggtgcgaactcgagtaaacgagccaaacgacttgaagccgaagttgtggaagatagccaatccccgcttgtc 367  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||     || |||| | | ||||| |||| |||||| |  |||||||||||   || |||||     
2841725 aacatacacaaccatccaaacatatcttagtgctaactcttcacaaagagctagaagacttaaagctgaagttatcaaagatagccaaaatccacttgtt 2841824  T
368 cttagcatggacgacaacgaagagatcgaagatgagttcaatggagtcaaagtttggtggtctgcaaatagcaaagctccaagaagaaaagcatcttcag 467  Q
    || |||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||   |  |||||| | || ||| ||||     
2841825 ctaagcatggatgacaaccaagagatcacagatgagttcaatggtgtcaaagtttggtggtcagcaaatcacatcacctcaagaacacaatcattttcaa 2841924  T
468 gaagatct--ttc-gatgtggtaagatgcttcaccctaactttccacaaaaggcatcgcgatctcattacttcctcttacatacaacatgtgttggacca 564  Q
     |    ||  ||| |||| |  ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||    
2841925 tataccctagttcagatgagaaaagattcttaaccctaactttccataaaaggcatcgtgaactcatcactacctcttacatacaacatgttttggaaca 2842024  T
565 aggaaaggctattatatttaagaataggc 593  Q
    |||||||||||| | | | ||||||||||    
2842025 aggaaaggctataacaatgaagaataggc 2842053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 487 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 2833673 - 2833551
Alignment:
487 aagatgcttcaccctaactttccacaaaaggcatcgcgatctcattacttcctcttacatacaacatgtgttggaccaaggaaaggctattatatttaag 586  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||| |||| |||||| ||  |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||||  |||||||    |||    
2833673 aagattcttaaccctaaccttccataaaaagcatcgtgaagtcatcactacctcttacattcaacatgtgttggatgaaggaaaatctattatgagcaag 2833574  T
587 aataggcgactaaagctttacac 609  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
2833573 aataggcaactaaagctttacac 2833551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 497 - 615
Target Start/End: Original strand, 2828594 - 2828712
Alignment:
497 accctaactttccacaaaaggcatcgcgatctcattacttcctcttacatacaacatgtgttggaccaaggaaaggctattatatttaagaataggcgac 596  Q
    |||||||| ||||||||||   |||| || || ||||||   ||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||   |    
2828594 accctaaccttccacaaaaaatatcgtgagcttattactaggtcttatatccaacatgtgttagaacaaggaaaggctattacattgaagaataggaagc 2828693  T
597 taaagctttacaccaacaa 615  Q
    | |||||||| ||||||||    
2828694 ttaagctttataccaacaa 2828712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 500 - 577
Target Start/End: Original strand, 14577701 - 14577778
Alignment:
500 ctaactttccacaaaaggcatcgcgatctcattacttcctcttacatacaacatgtgttggaccaaggaaaggctatt 577  Q
    ||||| |||||||||||| | || | |||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||    
14577701 ctaaccttccacaaaaggtaccgtggtctcatcactacctcttacatacaatatgtgttggatgaaggaaaagctatt 14577778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 331 - 427
Target Start/End: Original strand, 2828448 - 2828544
Alignment:
331 agccgaagttgtggaagatagccaatccccgcttgtccttagcatggacgacaacgaagagatcgaagatgagttcaatggagtcaaagtttggtgg 427  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||| | || |||||||||| ||| || || || |||||||||  |||| | ||||||||||||||| ||||||||    
2828448 agccgaagttgtcgaaaatagtcaaactccacttgtccttaccattgatgataatgaagagatcatagataaattcaatggagtcaaaatttggtgg 2828544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 641 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 2910231 - 2910192
Alignment:
641 tggagtcacacaaattttgcgcaccctgcaaggtttgaaa 680  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
2910231 tggagtcacacaacttttgagcaccctgcaaggtttgaaa 2910192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 427
Target Start/End: Original strand, 14577537 - 14577649
Alignment:
315 gagccaaacgacttgaagccgaagttgtggaagatagccaatccccgcttgtccttagcatggacgacaacgaagagatcgaagatgagttcaatggagt 414  Q
    |||||||| ||||| | || |||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||| | |||||  ||||| || ||||||   ||| | |||||||||||    
14577537 gagccaaaagacttaatgctgaagttgtcgaaaatagtcaaaccccgcttgtcctcaccatgggtgacaatgaggagatcattgataaattcaatggagt 14577636  T
415 caaagtttggtgg 427  Q
     ||||| ||||||    
14577637 aaaagtatggtgg 14577649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University