View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13099_low_4 (Length: 540)

Name: NF13099_low_4
Description: NF13099
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13099_low_4
NF13099_low_4
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (9-523)||(40589321-40589818)
chr8 (13-522)||(478662-479171)
chr8 (9-521)||(7126289-7126802)
chr8 (10-522)||(43318635-43319132)
chr8 (9-362)||(8451815-8452169)
chr8 (218-522)||(21371645-21371949)
chr8 (432-519)||(8451723-8451810)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (9-520)||(55734076-55734587)
chr4 (9-522)||(49950389-49950903)
chr4 (9-522)||(51260136-51260650)
chr4 (9-522)||(28425261-28425775)
chr4 (9-522)||(56063068-56063582)
chr4 (9-523)||(28538391-28538905)
chr4 (118-522)||(2064031-2064433)
chr4 (9-344)||(26422947-26423283)
chr4 (220-519)||(32577641-32577941)
chr4 (61-353)||(40360581-40360874)
chr4 (13-192)||(2063842-2064021)
chr4 (422-521)||(18442752-18442851)
chr4 (414-519)||(26422839-26422944)
chr4 (444-521)||(37246465-37246542)
chr4 (440-522)||(29656272-29656354)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (9-522)||(8387147-8387661)
chr5 (9-523)||(20204026-20204537)
chr5 (195-522)||(26295610-26295938)
chr5 (176-522)||(25730074-25730421)
chr5 (205-522)||(22767864-22768182)
chr5 (153-522)||(30223406-30223775)
chr5 (234-452)||(27284829-27285046)
chr5 (409-522)||(12659811-12659924)
chr5 (447-514)||(27291948-27292015)
chr5 (462-522)||(27533514-27533573)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (9-522)||(15606608-15607122)
chr6 (115-521)||(29368643-29369050)
chr6 (9-522)||(19364552-19365058)
chr6 (21-519)||(11732255-11732754)
chr6 (219-515)||(30803158-30803455)
chr6 (219-515)||(30802584-30802879)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (115-522)||(39826462-39826870)
chr2 (118-522)||(87734-88139)
chr2 (9-320)||(87423-87734)
chr2 (195-519)||(20514774-20515098)
chr2 (271-495)||(12131613-12131839)
chr2 (327-522)||(34696509-34696705)
chr2 (327-522)||(34718921-34719117)
chr2 (375-522)||(18346080-18346226)
chr2 (9-108)||(39828949-39829048)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (9-376)||(16096405-16096773)
chr7 (153-523)||(9329207-9329578)
chr7 (171-522)||(1580837-1581195)
chr7 (30-282)||(3746337-3746589)
chr7 (294-522)||(22288592-22288821)
chr7 (226-458)||(29201533-29201766)
chr7 (371-523)||(16097912-16098064)
chr7 (371-522)||(17876843-17876993)
chr7 (205-334)||(17876714-17876844)
chr7 (462-522)||(16731466-16731526)
chr7 (462-522)||(17709600-17709660)
chr7 (179-231)||(29201780-29201831)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (9-285)||(5608387-5608663)
chr1 (295-522)||(51112667-51112895)
chr1 (327-522)||(5608723-5608919)
chr1 (357-522)||(36733108-36733273)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (265-522)||(53496379-53496637)
chr3 (394-523)||(55198972-55199101)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 40589818 - 40589321
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40589818 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtctgatttgatagatgac 40589719  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  40589718 gagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgacgagaatcaagctattctcgacacaccactgtttatggaagttcataatg 40589619  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  40589618 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaggattggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcagtttcatgt 40589519  T
Q  309 tgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctga 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               
T  40589518 tgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccga----------- 40589430  T
Q  408 ttacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtg 507  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40589429 -------cacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattgacatgcttttgtgggttgtacggtggcgcatg 40589337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 13 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 479171 - 478662
Alignment:
Q  13 aatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgacaaga 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||  | || ||     
T  479171 aatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatatctaacgagg 479072  T
Q  113 atcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatgatag 212  Q
    | ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  479071 aacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgtggaagttcagaatgatag 478972  T
Q  213 aataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaa 312  Q
    ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||| |||||    
T  478971 aatagtgtggatgatggaacgcaacgggaggtatactgttaagactgattataaactggctatgatggagttgttacacactgatcggtttcat-ttgaa 478873  T
Q  313 ggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattac 411  Q
    ||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| | |||    
T  478872 ggagaatgacataggatctggaaggtgaattcccctcataaagcacgtaatttattatggaggatttacagggggtgtgttccgacgcgtctcttactac 478773  T
Q  412 aatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagag 511  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||    
T  478772 gatcacgtcatgtacaatgtgaggtgatttgtccttggtgtgatacggctgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtatggtggtacgtgaaag 478673  T
Q  512 ttggtattggg 522  Q
    |||||||||||    
T  478672 ttggtattggg 478662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 9 - 521
Target Start/End: Original strand, 7126289 - 7126802
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||| ||| ||| || ||||||||||| ||||    
T  7126289 gatgaatgatccgtgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccaagatgtacatagtttgcgtgggtctgatttgatagctgac 7126388  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
     |  | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||| ||||||    
T  7126389 gatgaacgagtttggaacattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccattgtttgcggaagtttagaatg 7126488  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgt 308  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| | ||||||||| |||||    
T  7126489 atagaatagcgtggatgatggaacgtaacgggaggtataatgttaaaactggttataaactagctatgatggagttgttacacactgatcggttccatgt 7126588  T
Q  309 tgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctga 407  Q
    ||| ||| |||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||  ||||| ||    
T  7126589 tgagggatagtggcataaaatcttgaaggtgaattcccctcataaagcacgtaatttgttatggaggatttgcagggggtgtgttcctactcgtctccga 7126688  T
Q  408 ttacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtg 507  Q
     | | |||||||||||||||||||| |||||| || | ||| |||| |||   |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  7126689 cttcgatcacgacatgtacaatgtggggtgatctgcctctgatgtgttacggatgttgatgatgattggcatgcatttgtgggttgtacggtggcacgtg 7126788  T
Q  508 agagttggtattgg 521  Q
    | ||||||||||||    
T  7126789 aaagttggtattgg 7126802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 10 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 43319132 - 43318635
Alignment:
Q  10 atgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgaca 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| | ||     
T  43319132 atgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggcagctggattcaatccc-acaaagccaaggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaacg 43319034  T
Q  110 agaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatga 209  Q
    || | ||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||               ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||    
T  43319033 aggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctatttt--------------caagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcataatga 43318948  T
Q  210 tagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgtt 309  Q
    |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||| ||||||    
T  43318947 tagaatagtgtggatgatggaacgcaacgggaggtatactgttaagactggttataaactggctatgatggagttgttacacactgatcggttccatgtt 43318848  T
Q  310 gaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgat 408  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||| |||| |||||||||||| ||||||||| |||||  |||| ||     
T  43318847 gaaggagaatgacatagaatctggaaggtgaattcccctcataaagcacataatttattatggaggatttgcag-gggtgtgtttcgacgcatctccgac 43318749  T
Q  409 tacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtga 508  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43318748 tacgatcacgtcatgtacaatgtgaggtgatttgttcttggtgtgatacggttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtga 43318649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 9 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 8452169 - 8451815
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    |||||||||  ||||| ||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || | ||||||||  |||  ||||| ||||||||||| |||     
T  8452169 gatgaatgattcatggattcgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgcataatttgcatgtgtctgatttgatagctgat 8452070  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
     || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  8452069 gaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttacagatgatatggtgcaagctattcttgacacaccactgttttcggaagttcagaatg 8451970  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||| | ||||| |||| | ||||||||| |||||    
T  8451969 atagaataacgtggatgatggaacgtaacggaaggtatactgttaaaactgattataaactgactatgatgaagttgttacacaatgatcggttccatgt 8451870  T
Q  309 tgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataa-gctcgtaat 362  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  8451869 tgaaggagagtggcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaggctcgtaat 8451815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 218 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 21371949 - 21371645
Alignment:
Q  218 cgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggaga 317  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| | ||||| |||| | ||||||||| |||| |||||||||    
T  21371949 cgtggatgatgcaacgtaacggaaggtatactgttaagattagttataaactggctatgatgaagttggtacacactgatcggttccatgatgaaggaga 21371850  T
Q  318 gtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataa-gctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatca 416  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||  | ||| |||| || | | ||||| || ||||||||    
T  21371849 gtggcatagaatctggaaggtgaatttccctcataaagcatgtaatttgttatggaggatttgtcggggg-gtgtcccaatgtgtctccgactacaatca 21371751  T
Q  417 cgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggt 516  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  21371750 caacatgtacaatgtgaggtgatctgtccctggtgtaatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtaggttgtacagtggcgcgtgagagttggt 21371651  T
Q  517 attggg 522  Q
    ||||||    
T  21371650 attggg 21371645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 432 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 8451810 - 8451723
Alignment:
Q  432 gaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtatt 519  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  8451810 gaggtgatttgtcccaggtgcaatacgaatgttgaggatgattggcatgtttttgtgggttgtactgtggcacgtgagagttggtatt 8451723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 520
Target Start/End: Original strand, 55734076 - 55734587
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||  |||||||||| || |    
T  55734076 gatgaatgatccatgggtacgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcaaggtgtacatagtttaagtgtgtccgatttgatagttgtc 55734175  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
      | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||    
T  55734176 gtggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcaaaatg 55734275  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgt 308  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| || |||||    
T  55734276 atagaatagcatggatgatggaacgtaacgggaggtatactgttaagaatggttataaact-gctatgatggagttgctacatactgatcgattccatgt 55734374  T
Q  309 tgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctga 407  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||    
T  55734375 tgaaggagagtggcataaaatctggaaggtgaattctccccataaagctcgtaatttgttatggaagatttgcagagtgtgtgttccgacgtgtctccga 55734474  T
Q  408 ttacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtg 507  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||| || |||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55734475 ttacaatcacgatatgtacaatgtgagatgatctgcccctggggtgatacggctgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtg 55734574  T
Q  508 agagttggtattg 520  Q
    |||||||||||||    
T  55734575 agagttggtattg 55734587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 9 - 522
Target Start/End: Original strand, 49950389 - 49950903
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |  |    
T  49950389 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagcaaagatgtgcatagtttgaatgtgtctgatttgatagttacc 49950488  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
     |  | || |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||||    
T  49950489 gacgaacgggtttgggatattaataagattgaatctttgtttcctgatgatatggtgcaaactattctcgacacaccactgtttagggaagtccataatg 49950588  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgt 308  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||| || |||||    
T  49950589 atagaatagtgtggatgatggaacgtagcgggaggtatattgttaagactagttataaattggctatgatagagttgctacatactgatcgattccatgt 49950688  T
Q  309 tgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctga 407  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| |     
T  49950689 tgaaggagagtgacagagaatctggaaggtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggagaatttgcagagagtgtgttccgacgcgtctccgg 49950788  T
Q  408 ttacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||   || || || |||||| ||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  49950789 ttacaatcacgacatgtacaatgcgagagaatctgcccttggtgtaataaagacgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgcg 49950888  T
Q  508 agagttggtattggg 522  Q
    |||||| ||||||||    
T  49950889 agagttagtattggg 49950903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 9 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 51260650 - 51260136
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  ||| || | |||||||||||||||||||||  | ||||| ||||| |||  ||||| ||||||||||| ||||    
T  51260650 gatgaatgatccatgggttcgaggtactcatggaaactggattcaatccccacaaagcgaaggtgtccatagtttgcatgtgtttgatttgatagttgac 51260551  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
     || | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||| ||||    
T  51260550 gaggaacgagtttgagatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacaggccactatttgcggaagttcataatg 51260451  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgt 308  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||| |||||||||    
T  51260450 atagaatagcgtggatgatggaacgtagtgggaggtatactgttaagactgattataaactggctatgatggagttgttacataccgatcagtttcatgt 51260351  T
Q  309 tgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctga 407  Q
    ||||||||| || |||| |||||||| |||||| ||||||||| |||| | ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| || | ||||| ||    
T  51260350 tgaaggagaatgtcatagaatctggaaggtgaactcccctcataaagcacataatttgttatggaggatctgcagggggtgtgttctgatgcgtctccga 51260251  T
Q  408 ttacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtg 507  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||| | || || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51260250 ctacaatcacgacatgtactatgtgaggtgctatgcccttggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggtgcgtg 51260151  T
Q  508 agagttggtattggg 522  Q
    |||||||||||||||    
T  51260150 agagttggtattggg 51260136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 9 - 522
Target Start/End: Original strand, 28425261 - 28425775
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || | ||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  28425261 gatgaatgatccgtgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaggccaagatgtgcatagtttgcgtgtgtctgatttgatagctgac 28425360  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
     || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  28425361 gaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttccgatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 28425460  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgt 308  Q
    ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| |  |||||||| |||||    
T  28425461 atataatagcgtggatgatgaaacgtaacgggaggtatattgttaagactgattataaactggctatgatggagttgttacacacggatcggttccatgt 28425560  T
Q  309 tgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctga 407  Q
    ||| | |||||| |||| ||||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||  ||||| ||    
T  28425561 tgaggaagagtggcatagaatctagaaggtgaattcccctcataaagcacgtaatttgttatggaggatttgcagggggtgtgttcctactcgtctccga 28425660  T
Q  408 ttacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtg 507  Q
     | | |||| ||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  28425661 cttcgatcaagacatgtacaatgtgagttggtttgcccctgttgtgatacggctgttgaggatgattggcatgcttttgtaggttgtacggttgcgcgtg 28425760  T
Q  508 agagttggtattggg 522  Q
    | |||||||||||||    
T  28425761 aaagttggtattggg 28425775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 9 - 522
Target Start/End: Original strand, 56063068 - 56063582
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  ||  || | ||||||||||||||||||||| || |||||  |||| ||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  56063068 gatgaatgatccatgggttcgaggtactcgtggaaactggattcaatccccacaaagccaaggtgtctatagtttgcgtgtgtctgatttgatagttgac 56063167  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
     || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||| ||||    
T  56063168 gaggaacgagtttgggatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacacgccactatctgtggaagttcataatg 56063267  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgt 308  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||  ||| ||||||||||    
T  56063268 atagaatagcgtggatgatggaacgtagtgggaggtatactgttaagactggttataaactcgctatgatgaagttgttacataccgataggtttcatgt 56063367  T
Q  309 tgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctga 407  Q
    ||| ||||| || | || |||||||| |||||| ||||||||| || | ||||||||||||| |||||| ||||| |||||| || ||||| ||||| ||    
T  56063368 tgacggagaatggcttagaatctggaaggtgaactcccctcataaaacacgtaatttgttatggaggatctgcagggggtgtatttcgacgcgtctccga 56063467  T
Q  408 ttacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtg 507  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  56063468 ctacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtctatggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtaggttgtaccgtggcgcatg 56063567  T
Q  508 agagttggtattggg 522  Q
    |||||||||||||||    
T  56063568 agagttggtattggg 56063582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 9 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 28538905 - 28538391
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |  ||  ||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||| |||||| |||| || |    
T  28538905 gatgaatgatccatgggttcgaggtgtccgtggatgctagattcaatccccacaaagtcaagatgtgtatagtttgagtgtgtctgatttaatagctgtc 28538806  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcg-agatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaat 207  Q
     || | || ||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||    
T  28538805 gaggaacgggtttgggatattgataagattgaatttttgttttttagatgatatggtgcaagctactctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaat 28538706  T
Q  208 gatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatg 307  Q
    |||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  28538705 gatataatagcatggatgatggaacataacgagaggtatactgttaagactggttatatgctggctatgatggagttgctacatactgattggttccatg 28538606  T
Q  308 ttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctg 406  Q
    ||||||   ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||||| || || | |||||||||||||   ||  |    
T  28538605 ttgaag--cagtgacatagaatctggaaggtgaattcccctcataaagcacataatttgttatggaggatatgtagggtgtgtgttccgacgcaccttcg 28538508  T
Q  407 attacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgt 506  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||| | ||   ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |      
T  28538507 attacaatcaagacatgtacaatgtgagatggtatgtccctggtgtaaaacgactgttgaggatgattgacaagcttttgtgggttgtacggtggcacaa 28538408  T
Q  507 gagagttggtattgggt 523  Q
    ||||||||||| |||||    
T  28538407 gagagttggtactgggt 28538391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 118 - 522
Target Start/End: Original strand, 2064031 - 2064433
Alignment:
Q  118 gtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatgatagaataa 217  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||      
T  2064031 gtttgggatattgataagattaaatctttgttttcagatgatatggtgcaggctattctcgacacaccactatttgcagaagttcagaa-gatagaatcg 2064129  T
Q  218 cgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggaga 317  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||| || |||||||| |||||    
T  2064130 cgtggacgatggaacgtgacgggaggtatactattaagacttattataaactggctatgatggaatagctacatactgatcgattccatgttgatggaga 2064229  T
Q  318 gtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataa-gctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatca 416  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||| ||||| || |||||| ||||||||| || |||||||||||  |||||||||||  |  || | |||||||||    
T  2064230 gtgatatagaatctggaaggtgaattctcctcaaaaagctcgttatttgttatggatgatttgcagag--tgtgttccgactcgattccggttacaatca 2064327  T
Q  417 cgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggt 516  Q
    |  ||||||||||||||| |||| |  ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  2064328 cagcatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtaatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttgga 2064427  T
Q  517 attggg 522  Q
    ||||||    
T  2064428 attggg 2064433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 9 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 26423283 - 26422947
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||    |||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  26423283 gatgaatgatccgtgagttcgaggtgttcacggtagttggattcaatccccacaaggccaatacgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagttgac 26423184  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
     || |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||    
T  26423183 gaggaaagagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaaactattctcgatacaccactgtttgcggaagttcagaatg 26423084  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgtt-aagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatg 307  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||| | ||||||||| ||||    
T  26423083 atagaataacgtggatgatgaaacgtaacgggaggtatactgttaaagactcgttataaactggatatgatggagttgttacacactgatcggttccatg 26422984  T
Q  308 ttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattc 344  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  26422983 ttgagggagagtgacataaaaactggaaggtgaattc 26422947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 220 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 32577941 - 32577641
Alignment:
Q  220 tggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggagagt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | | ||||||||| |||||||| |||||||    
T  32577941 tggatgatggaacgtaacgggagatatactgttaagactggttataaactggctatgatggagttgttatacactgatcggttccatgttgagggagagt 32577842  T
Q  320 gacataaaatctggatggtgaattcccctcataag-ctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacg 418  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||  ||||| || | | ||||||    
T  32577841 gacatagaatctcgaaggtgaattcccctcataaaacacgtaatttgttatggaggatttgtagggggtgtgttcctactcgtctccgacttcgatcacg 32577742  T
Q  419 acatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtat 518  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  32577741 acatgtacaatgtgaggtgatctgcccctggtgtgatacagctgttgaggatgattggcatgctttcgtgggttgtacggttgcgcgtgaaagttggtat 32577642  T
Q  519 t 519  Q
    |    
T  32577641 t 32577641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 61 - 353
Target Start/End: Original strand, 40360581 - 40360874
Alignment:
Q  61 caaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac-aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgat 159  Q
    ||||||||  || ||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  40360581 caaagtcaaagtatgcatagtttgcgtgtgtctgatttgatagctgacgaagaa-cgagtttgggacattgataagattgcatctttgttttcagatgat 40360679  T
Q  160 atggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaag-ttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagact 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||| |||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||| |  ||||||    
T  40360680 atggtgcaagctattctcgacacaccattgtttgcggaaggttcataatgatagaatatcatggatgatggaacgtaacgaaaggtatactgccaagact 40360779  T
Q  259 ggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataa 353  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40360780 ggttataaactagttatgatggagttgttacacattgatcggttccatgttgaaggagagtgacataaaatctggaaggtgaattcccctcataa 40360874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 13 - 192
Target Start/End: Original strand, 2063842 - 2064021
Alignment:
Q  13 aatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatag-atgacaag 111  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||| ||| ||| || ||||||| ||  ||||||| ||   | |    
T  2063842 aatgatccatgggttcgaggtgttcaaggtagttggatccaatccccacaaagccaaggtttgcctagttttagtgtgtctgccttgatagcatctgatg 2063941  T
Q  112 aatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactattt 192  Q
    || || |||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2063942 aa-cgggtttgggatattaataagattaaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactattt 2064021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 422 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 18442851 - 18442752
Alignment:
Q  422 tgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattgg 521  Q
    ||||||||||||| || | || ||||||||||||||   | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18442851 tgtacaatgtgagatgttctgcccctggtgtgatacgactattgaggatgattgacatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattgg 18442752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 414 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 26422944 - 26422839
Alignment:
Q  414 tcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagtt 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || | |||||||||   ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  26422944 tcacgacatgtacaatgtgaggtgatctgcccttagtgtgatacggctgttgaggaagattggcatgctttcgtgggttgtacggttgcgtgtgaaagtt 26422845  T
Q  514 ggtatt 519  Q
    ||||||    
T  26422844 ggtatt 26422839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 444 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 37246542 - 37246465
Alignment:
Q  444 ccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattgg 521  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  37246542 ccctggtgtgatacggatgttgaggatgattggcatgcttttgtgggctgtacggtggcgagtgaaagttggtattgg 37246465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 440 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 29656354 - 29656272
Alignment:
Q  440 ttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    |||||||||||| |||||   |||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29656354 ttgtccctggtgcgatacgaatgttgaggatgactgacttgcttttgtgggttgtacggtggcgcatgagagttggtattggg 29656272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 9 - 522
Target Start/End: Original strand, 8387147 - 8387661
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  ||  |  |  |||||||||||||||||||| || ||||| | ||| ||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  8387147 gatgaatgatccatgggttcgaggtactcgtgaaaagtggattcaatccccacaaagccaaggtgttcgtagtttgcgtgtgtctgatttgatagttgac 8387246  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
     || | || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||    
T  8387247 gaggaacgggtttgggatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacacgccactatttgcggaagttcataatg 8387346  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgt 308  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  8387347 atagaatagcatggatgaaggaacgtagtgggaggtatactgttaagactggttataaactggctatgatggagttgttacataccgatcggtttcatgt 8387446  T
Q  309 tgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctga 407  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||  |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||| ||||| ||    
T  8387447 tgaaggagaatgacatagaatctggaaggtgaactcccctcataaagcatgtaatttgttatggaggatatgcagggggtgtgttctgacgtgtctccga 8387546  T
Q  408 ttacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtg 507  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  8387547 ctacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtccgtggtgtgatacagttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggagcatg 8387646  T
Q  508 agagttggtattggg 522  Q
    ||||||| |||||||    
T  8387647 agagttgttattggg 8387661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 9 - 523
Target Start/End: Original strand, 20204026 - 20204537
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatcccc-acaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatga 107  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||     
T  20204026 gatgaatgatccatgggttagaggtgttgaaggtagttggatttaatcccccacaaagtcaaggtgcgcatagcttgagtgtgtctgatttgatagctgc 20204125  T
Q  108 caagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaat 207  Q
    | || | | |||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| | | |||  ||||||||| |||    
T  20204126 cgaggaacaagtttgggatattgataagattgaatctctatttccagatgatatggtgtaagctattctcggcacactattgtttgcggaagttcaaaat 20204225  T
Q  208 gatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatg 307  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  20204226 gatagaatcgcgtggatgatggaacgtaatgggaggtatactgttaagactggttataaactggctatgatggagttgttacatactgatcgatttcatg 20204325  T
Q  308 ttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctg 406  Q
    |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||  | ||| |    
T  20204326 ttgaaggagaatgacgtagaatctggaaggtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggaggatttgtagagagtgtgttccaacacggctccg 20204425  T
Q  407 attacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgt 506  Q
     ||||||||||     ||||||||| || |||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  20204426 gttacaatcac-----gtacaatgttagatgatatgcccctggtgtgatacggttgttgaggatgattgacatgcttttgtgggctacacggtggcgcgt 20204520  T
Q  507 gagagttggtattgggt 523  Q
    |||||||||||||||||    
T  20204521 gagagttggtattgggt 20204537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 195 - 522
Target Start/End: Original strand, 26295610 - 26295938
Alignment:
Q  195 ggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagt 294  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |    
T  26295610 ggaagttcagaatgataaaatggcgtggatgatggaacataacgggagatacattgttaagactggttataaactggctatgatgaagttgctacatact 26295709  T
Q  295 gatcggtttcatgttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataa-gctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttc 393  Q
    ||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  26295710 gatcgattccatgttgaaggatagtggcataaaatctggaaggtgaatgcccctcataaagcgcgtaatttattatggaggatttgcagagagtgtgttc 26295809  T
Q  394 cgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttg 493  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26295810 cgacgcgtctccgattacaatcacgacatgtacaatgtgagctgatctgtctgtggcgtgatacgaatgttgaggatgattggcatgcttttttgggttg 26295909  T
Q  494 tacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  26295910 tacggtagcgcaagagagttggtattggg 26295938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 176 - 522
Target Start/End: Original strand, 25730074 - 25730421
Alignment:
Q  176 tcgacacaccactatttatggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctat 275  Q
    ||||||||| ||| |||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| |||||    
T  25730074 tcgacacactactttttgcggaagttcagcatgatagaataacatggatgatggaacgtaacgggaggtatactgtcaagattggttataaactagctat 25730173  T
Q  276 gaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgagg 374  Q
    ||  |||||| ||||||  |||||||| ||||||||||||| ||| || | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  25730174 gattgagttgttacataccgatcggttccatgttgaaggagcgtggcaaagaatctggaaggtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggagg 25730273  T
Q  375 atttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgatt 474  Q
    |||| ||| || ||||||||||||  | |  ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||   | ||||||||||||    
T  25730274 atttacaggggatgtgttccgacgcattttcgattacaatcacgacatgtgcaatgtgaggtggtctgtccttggtgtgatacgactattgaggatgatt 25730373  T
Q  475 ggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  25730374 ggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgggagttggtattggg 25730421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 205 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 22768182 - 22767864
Alignment:
Q  205 aatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttc 304  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| | ||||||| || | | ||||||||| |    
T  22768182 aatgatagaataatgtggatgatggaacgtaatgggaggtatacagttaagattgtttataaactggctataatggagttgttagacattgatcggttcc 22768083  T
Q  305 atgttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataa-gctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtct 403  Q
    ||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||  ||||    
T  22768082 atgttgagggagagtggcatagaatctggaaggtgaattcccctcataaagcacgtaatttgttatggaggatttgcatggggtgtgttcctactcgtct 22767983  T
Q  404 ctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcg 503  Q
    |||| | | ||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||     
T  22767982 ctgacttcgatcacgacatgtacaatgtgaggtgatctgcccctagtgtgatacggctgttgaggatgattggcatgctttcgtgggttgtacggttgca 22767883  T
Q  504 cgtgagagttggtattggg 522  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  22767882 cgtgaaagttggtattggg 22767864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 153 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 30223775 - 30223406
Alignment:
Q  153 agatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgtt 252  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||  ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||  ||    
T  30223775 agatgagatggtgcaagctattctcaacacaccattgtttgcggaagttcagaatgaaagaatagagtggatgatggaacgtaacgaaaggtatactatt 30223676  T
Q  253 aagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcata 352  Q
    ||||| ||||  ||| ||||||||| ||||||| |||| | |||| |||| |||||||| ||||||||   ||  ||||||| ||||||| |||||||||    
T  30223675 aagacgggttgcaaa-tggctatgatggagttgttacacactgattggttccatgttgacggagagtggtgtaggatctggaaggtgaatccccctcata 30223577  T
Q  353 ag-ctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtg 451  Q
    |  |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  30223576 aaactcgtaatttgttatgaaggatttacagagggtgtgttccaacccgcctctgactacaatcacgacatgtacaatgtaaggtgatatgttcctggtg 30223477  T
Q  452 tgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    ||||||  ||||| ||| |||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  30223476 tgatacgattgttaagggtgattgacatgcttttatgggttatatggtggcgcgtgagagttggtattggg 30223406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 234 - 452
Target Start/End: Original strand, 27284829 - 27285046
Alignment:
Q  234 taacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggagagtgacataaaatctgg 333  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| || ||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  27284829 taacaggaggtatactcttaagactggttataaactggctaagatggagttgctacatactgatcgattccatattgaaggagagtggtataaaatctgg 27284928  T
Q  334 atggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtg 432  Q
    | ||||||| |||||||| |||| ||||||||   || |||||||   | || ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27284929 aaggtgaatgcccctcataaagcgcgtaatttagcatggaggatt--gatagagtgtgtttcgacgcgtctccgattacaatcacgacatgtacaatgtg 27285026  T
Q  433 aggtgatttgtccctggtgt 452  Q
    || |||| ||||| ||||||    
T  27285027 agctgatctgtccgtggtgt 27285046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 409 - 522
Target Start/End: Original strand, 12659811 - 12659924
Alignment:
Q  409 tacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtga 508  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  12659811 tacaatcacggcatgtacaatgtgagatgatatgtccctggtgtgatacgcctgttgaggatgattggcatgcttttctaggttgtacggtggcgtgtga 12659910  T
Q  509 gagttggtattggg 522  Q
    ||||||||||||||    
T  12659911 gagttggtattggg 12659924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 447 - 514
Target Start/End: Original strand, 27291948 - 27292015
Alignment:
Q  447 tggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttg 514  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  27291948 tggtgtgatacaaatgttgatgatgattgacatgcttttgtgggttgtacgatggcgcatgagagttg 27292015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 462 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 27533573 - 27533514
Alignment:
Q  462 gttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27533573 gttgatgatgatttgcatgcttt-gtgagttgtacggtggcgcatgagagttggtattggg 27533514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 255; Significance: 1e-141; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 9 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 15607122 - 15606608
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || | | ||||||| ||| |||||| | ||||||||| ||||    
T  15607122 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcatggtagctggattcaatccccacaaatccaagttttgcatagtttgtgtgtgtcttatttgatagttgac 15607023  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
     || | || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||    
T  15607022 gaggaacgggtttgggatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaacctattctcgacaccccactgtttgcggaagttcagaatg 15606923  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgt 308  Q
    ||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||||| |  |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||    
T  15606922 ataaaatagtgtggatgatggaacgtaatgggaggtatgctattaaaactggttataaattggctatgatggagttgttacatactgatcgattccatgt 15606823  T
Q  309 tgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctga 407  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||| ||| |||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||    
T  15606822 tgaaggagagtggcatagaatatggaaggtaaattcccctcataaagcatgtaatttgttatggaggatttgcagggggtgtgttccaacgcgtctccga 15606723  T
Q  408 ttacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtg 507  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |  ||||||||||||||  |||  ||||||||||| || |||||||| ||    
T  15606722 ctacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatctttccctggtgtgatagagctgttgaggatgattaacatatttttgtgggttatatggtggcgcatg 15606623  T
Q  508 agagttggtattggg 522  Q
    || ||||||||||||    
T  15606622 agtgttggtattggg 15606608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 115 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 29369050 - 29368643
Alignment:
Q  115 cgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatgatagaa 214  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||| ||||||||||||| ||    
T  29369050 cgagtttgagataatgataagattgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccattgtttgcggatgttcagaatgataaaa 29368951  T
Q  215 taacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaagg 314  Q
    || ||||||||||| || ||||||| || ||||  |||||||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  29368950 tagcgtggatgatgaaatgtaacggtagatatattgttaagactaattataaattggctatgatggagttgctacatactgatcgattccatgttgaagg 29368851  T
Q  315 agagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaa 413  Q
    |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||  ||||  ||||||||    
T  29368850 agagtggcataaaatatggaaggtgaattcccctcataaagctcgtaatttattatggaggatttgcaaagagtgtgttccgacacgtcttcgattacaa 29368751  T
Q  414 tcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagtt 513  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||    
T  29368750 tcacgacatgtacaatgtgagatgatatgtccctgatgtgatacgactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacagtggcacatgagagtt 29368651  T
Q  514 ggtattgg 521  Q
    ||||||||    
T  29368650 ggtattgg 29368643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 9 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 19365058 - 19364552
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatcccc-acaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatga 107  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||     
T  19365058 gatgaatgatccattggttcgaggtgttcaaggtagttggattcaatcccccacaaagccaaggtgtgcataatttgagtgtgtctgatttgatagctgt 19364959  T
Q  108 caagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaat 207  Q
    | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||    
T  19364958 cgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttctggttgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcaaaat 19364859  T
Q  208 gatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatg 307  Q
    ||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| || | | || ||||    
T  19364858 gatagaataacatgaatgatggaacataacgggaggtatactgttaagactggttataaactggctaagatggagttactacatactggttgattccatg 19364759  T
Q  308 ttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctg 406  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||   ||| ||| |||  |||||      
T  19364758 ttgaaggagagtggcatagaatctggaaggtgaa----cctcataaagctcgtaatttgttattgaggatttgaagatattgtattctgacacgtctcca 19364663  T
Q  407 attacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgt 506  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||| ||| ||||||||  ||||||||  |     |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  19364662 attacaagcacgacatatgcaatgtgagatgacttgtccctaatgtgatacggt-----aggatgattgtcatgcttttgtgggttgtattgtggcgtgt 19364568  T
Q  507 gagagttggtattggg 522  Q
    ||||||||||||||||    
T  19364567 gagagttggtattggg 19364552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 21 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 11732754 - 11732255
Alignment:
Q  21 atgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgacaagaatcgagtt 120  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| || | ||||||||  || | ||||| ||||||||||| ||   || | || |||    
T  11732754 atgggttcgaggtgttctaggttgctggattcaatccccataaaggcaagttgtgcataatttaattgtgtctgatttgatagttgttgaggaacgggtt 11732655  T
Q  121 tgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatgatagaataacgt 220  Q
    |||| ||||| ||||||| ||| |||  ||  | || ||||||| |||||||||| ||||||| |||  |||  ||||| ||||||||||| |||| |||    
T  11732654 tggggtattgctaagattaaatattttctttcaaataatatggttcaagctattcccgacacatcacggtttgcggaaggtcagaatgatataatagcgt 11732555  T
Q  221 ggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggagagtg 320  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||  |||||| ||||||||| | |||||||||||| |  ||| || || ||||||||||||||    
T  11732554 ggatgatggaacgtaacggtaggtataatattaagactgactataaattggctatgatgaagttgctacatactagtcgattccaagttgaaggagagtg 11732455  T
Q  321 acataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacga 419  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||| || || ||||||||  | | ||||| |||||||| |||||    
T  11732454 acataaaatctggaaggtgaattccactcataaagcttgtaatttgttatggaggatttacaaagagtgtgttcttatgtgtctccgattacaagcacga 11732355  T
Q  420 catgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtatt 519  Q
    |||||||||  |||| |||  |  ||| ||||||||||  ||||| | ||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11732354 catgtacaaattgagatgaccttaccccggtgtgatacgattgttcaagatgattggcatgattttgtggattgtgcggtggcgcgtgagagttggtatt 11732255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 219 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 30803455 - 30803158
Alignment:
Q  219 gtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggagag 318  Q
    ||||| ||||| ||||||| | | |||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| | || ||||||||||||||||||||| |||||    
T  30803455 gtggaagatgggacgtaacagtatgtatactggtaagaatggttataaactgactatgatggagttgttccacagtgatcggtttcatgttgaaagagag 30803356  T
Q  319 tgacataaaatctggatggtgaattcccctcataag-ctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcac 417  Q
     |||||| |||||||| ||||||||||||||||||  | | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||  |||| ||||| || |||||||||    
T  30803355 agacatagaatctggaaggtgaattcccctcataaaacacataatttgttatggaggatttgcagggggtgtgttatgacgtgtctccgactacaatcac 30803256  T
Q  418 gacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttgg 515  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| | | |||||||||   |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30803255 gacatgtataatgtgaggtgatatgtacatagtgtgatacgactgttgaagatgattgacatgtttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttgg 30803158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 219 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 30802879 - 30802584
Alignment:
Q  219 gtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggagag 318  Q
    ||||| ||||||||||||  | |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||||||| |||||    
T  30802879 gtggaagatggaacgtaattgaaggtatactgttaaaactgattataaactggctatgatggagttgttccacagtgattggtttcatgttgaaagagag 30802780  T
Q  319 tgacataaaatctggatggtgaattcccctcataag-ctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcac 417  Q
    || |||| |||||||| ||||||||||||| ||||  | | |||||| |||| ||  ||||||||||  |||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  30802779 tgtcatagaatctggaaggtgaattccccttataaaacacataattttttatggaaaatttgcagag--tgtgttccgacacgtctctgactacaatcac 30802682  T
Q  418 gacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttgg 515  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||   |||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30802681 gacatgtacaacgtgaggtgatctgtccctggtgtgatacgactgttgaagattattggcatgttttagtgggttgtaaggtggcgcgtgagagttgg 30802584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 115 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 39826870 - 39826462
Alignment:
Q  115 cgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatgatagaa 214  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||    
T  39826870 cgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattcttgacacaccactgtttgcggaagttcaaaatgatagaa 39826771  T
Q  215 taacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaagg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | |||| |||| |||||||| ||    
T  39826770 taacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactgttaagactggttataaactggctatgatggagttgttacacactgattggttccatgttgaggg 39826671  T
Q  315 agagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaa 413  Q
    |||||| |||| ||||| || |||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||| ||  ||||| || | | |    
T  39826670 agagtggcatagaatctagaaggtgaattcccctcataaagcacgtaatttgttatgcaggatttgcaaggggtgtgttcctactcgtctccgacttcga 39826571  T
Q  414 tcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagtt 513  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||    
T  39826570 tcacgatatgtacaatgtgaggtgatctgcccctggtgtgatacggctgttgaggatgattggcatgctttcgtgggttgtacgattgcgcgtgaaagtt 39826471  T
Q  514 ggtattggg 522  Q
    |||||||||    
T  39826470 ggtattggg 39826462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 118 - 522
Target Start/End: Original strand, 87734 - 88139
Alignment:
Q  118 gtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatgatagaataa 217  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||  ||||||||| |||||||||||||    
T  87734 gtttgggatgtcgataagattgaatctttgttcccagatgatatggtgcaagctattctcgatacaccattgtttgcggaagttcataatgatagaataa 87833  T
Q  218 cgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggaga 317  Q
    | |||||| ||||| |||| |||||||||||  | || |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||    
T  87834 catggatggtggaatgtaatgggaggtatactatcaatactggttataaaatagctatgatggagttgctacatactgatcggttccatgttgaagaaga 87933  T
Q  318 gtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataa-gctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatca 416  Q
    |||  | | ||| |||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  87934 gtggaaaagaatttggaaggtgaattctcatcataaagctcgtaatttgttatggaggatttgcaggggatgtgttccgacgcgtctccgattacaatca 88033  T
Q  417 cgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggt 516  Q
    || |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  88034 cggcatgtacaatgtgaggtgatctgcccctcgtgtgatacggttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcatgtgagagttggt 88133  T
Q  517 attggg 522  Q
    ||||||    
T  88134 attggg 88139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 9 - 320
Target Start/End: Original strand, 87423 - 87734
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  87423 gatgaatgatccatgggttcgaggtgttcaaggtagctgtattcaatccccacaaagtcaaggtgtgcatatcttgagtgtgtctgatttgatagctgac 87522  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
     || |||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||  ||||||||| ||||    
T  87523 gaggatcgtgtttgggatgtcgataagattgaatctttgttcccagatgatatggtgcaagctattctcgatacaccattgtttgcggaagttcataatg 87622  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgt 308  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||  | || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  87623 atagaataacatggatggtggaatgtaatgggaggtatactatcaatactggttataaactagctatgatggagttgctacatattgatcggttccatgt 87722  T
Q  309 tgaaggagagtg 320  Q
    ||||| ||||||    
T  87723 tgaagaagagtg 87734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 195 - 519
Target Start/End: Original strand, 20514774 - 20515098
Alignment:
Q  195 ggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagt 294  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| || ||||||| ||||  ||    
T  20514774 ggaagttcaaaatgatagaatagcatggatgatggaacgtaatgggaggtatactgttaagactgattataaacttgcta-gatggagttggtacaccgt 20514872  T
Q  295 gatcggtttcatgttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataag-ctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttc 393  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  | | ||||||||||| |||||||||||| |||||| |||    
T  20514873 gatcggttccatgttgaaggagagtgacatagaatctggaaggtgaattcccctcataaaacacataatttgttatggaggatttgcagggggtgtattc 20514972  T
Q  394 cgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttg 493  Q
    ||||| |||||  | || ||||  | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20514973 cgacgcgtctccaactataatcgtggcatgtacaatgtgaggtgatctgtccttggtgtgatacggttgttgaggatgattggtatgcttttgtgggttg 20515072  T
Q  494 tacggtggcgcgtgagagttggtatt 519  Q
    | | |||||||| |||||||||||||    
T  20515073 ttccgtggcgcgggagagttggtatt 20515098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 271 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 12131839 - 12131613
Alignment:
Q  271 gctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataag-ctcgtaatttgttat 369  Q
    ||||||| | ||||||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  12131839 gctatgatgaagttgctgcatactgatcgattccatgttgaaggagagtgacatagaatccggaaggagaattcccatcataaggctcgtaattagttat 12131740  T
Q  370 cgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccct-ggtgtgatacatttgttgagg 468  Q
     |||||||||||||| |||||||| |||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||| | || || ||||   ||||||||   ||||||||    
T  12131739 ggaggatttgcagagagtgtgttctgacgcgtcttcggttacaatcacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaaatgtgatacgaatgttgagg 12131640  T
Q  469 atgattggcatgcttttgtgggttgta 495  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||    
T  12131639 atgattgacatgtttttgtgggttgta 12131613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 327 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 34696705 - 34696509
Alignment:
Q  327 aatctggatggtgaattcccctcataa-gctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgta 425  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| ||  |||||| ||| ||| |||||| | ||||||  || ||||||    
T  34696705 aatctgaaaggtgaattcccctcataaagcacgtaacttgttatggaggatttgtaggaggtgtgctcctacgcgtctctaactacaattgcggcatgta 34696606  T
Q  426 caatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    |||||||||||  | ||||||||||| |||||   | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34696605 caatgtgaggtattctgtccctggtgcgatacgagtatttaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 34696509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 327 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 34719117 - 34718921
Alignment:
Q  327 aatctggatggtgaattcccctcataa-gctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgta 425  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| ||  |||||| ||| ||| |||||| | ||||||  || ||||||    
T  34719117 aatctgaaaggtgaattcccctcataaagcacgtaacttgttatggaggatttgtaggaggtgtgctcctacgcgtctctaactacaattgcggcatgta 34719018  T
Q  426 caatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    |||||||||||  | ||||||||||| |||||   | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34719017 caatgtgaggtattctgtccctggtgcgatacgagtatttaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 34718921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 375 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 18346226 - 18346080
Alignment:
Q  375 atttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgatt 474  Q
    |||||| ||| || ||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  18346226 atttgcggagagtttgttctgacgcgtctccgattacaatcacgatatatacaatgtgacatgatttgtctctggtgtgatacggttgttgaggacgatt 18346127  T
Q  475 ggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18346126 ggtatgc-tttgtgggttgtacggtagcgcgtgagagttggtattggg 18346080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 9 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 39829048 - 39828949
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||   ||||| ||||||||||| ||||    
T  39829048 gatgaatgatccgtgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaggtcaagatgtgcatagtttacctgtgtctgatttgatagctgac 39828949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 9 - 376
Target Start/End: Original strand, 16096405 - 16096773
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| || |||| ||| | ||||||||||| || |    
T  16096405 gatgaaagatccatgggttcgaggtgttcaaggtagctgaattcaatctccacaaagccaaggtgtgcaaagtttgaatgtatctgatttgatagctgcc 16096504  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
     || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||    
T  16096505 gaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttctagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccattgtttacgaaagttcagaatg 16096604  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||| | ||||||||||||  ||||  || |||||    
T  16096605 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactgttaagagtggttacaaactgactatgatgaagttgctacataccgatcaattccatgt 16096704  T
Q  309 tgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggat 376  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||    
T  16096705 tgaaggagagtgacatagaatctggaaggtgaattcccctcataaagctcgtaatttattatggaggat 16096773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 153 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 9329578 - 9329207
Alignment:
Q  153 agatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgtt 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9329578 agatgatatggtgcaagctattctcgacacactactttatgcggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactgtt 9329479  T
Q  253 aagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat- 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||||  ||||||| |||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||     
T  9329478 aagactggttataaactggctatgatggagttgttacacactgatcggttctatgttgagggagagtggcatagaatctcgaaggtgaattcccctcata 9329379  T
Q  352 aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtg 451  Q
    || | ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||  ||||| || | | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  9329378 aaacacgtaatttgttatggaggattttcagggggtgtgttcctacttgtctccgacttcgatcacgacatgtacaatgtgaggtgatctgcccctggtg 9329279  T
Q  452 tgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattgggt 523  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  9329278 tggtacagttgttgaggatgattggcatgttttcgtgggttgtacggttccgcgtgaaagttggtattgggt 9329207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 171 - 522
Target Start/End: Original strand, 1580837 - 1581195
Alignment:
Q  171 tattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactg 270  Q
    |||||| |||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||||| ||||||||||||     
T  1580837 tattcttgacacacctctgtttgtggaagttcagaatgaaagaataacgtggatgatggaacgtaatgagaggtatactattaagattggttataaacta 1580936  T
Q  271 gctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcat-aagc------tcgtaatt 363  Q
    | |||||  ||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||      |||||| |    
T  1580937 gttatgacagagttgctacatactgatcgattccatgttgaaggagaatgacataaaatctggaaggtgaattcccctcataaagcttgtaatcgtaact 1581036  T
Q  364 tgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgt 463  Q
    || ||| ||||||||| |||| |||||||||||||   ||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | || ||| ||| ||||    
T  1581037 tgctatggaggatttgtagagagtgtgttccgacgctccttcgattacaatcacgacatgtacaatgtgagatgatatgtcctttgtctgaaacagttgt 1581136  T
Q  464 tgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1581137 tgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagtttgtattggg 1581195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 30 - 282
Target Start/End: Original strand, 3746337 - 3746589
Alignment:
Q  30 aggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgacaagaatcgagtttgggatatt 129  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||| || | |||||||| || |||    
T  3746337 aggtgtccacggtagctggattcaatccccacaaagtcaaggtgtgcatagtttgcgtgtgtctgatttgatagctgacgaggaacgagtttgagacatt 3746436  T
Q  130 gataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatgg 229  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  3746437 gataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccattgtttgtggaagttcagaatgatagaatatcatggatgatgg 3746536  T
Q  230 aacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggag 282  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  3746537 aacgtaacgggaggtatactgttaagactgcttacaaactggctatgatggag 3746589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 294 - 522
Target Start/End: Original strand, 22288592 - 22288821
Alignment:
Q  294 tgatcggtttcatgttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataa-gctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgtt 392  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| || || || |||||||||    
T  22288592 tgatcggtttcatgttgaaggagaatgacatagaatctgaaaggtgaactcccctcataaagcacgtaatttgttatggagaatctgtagggggtgtgtt 22288691  T
Q  393 ccgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggtt 492  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22288692 ccgacgcgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtccgtggtgtgatacgactgttgaggatgattggcatgcgtttgtgggtt 22288791  T
Q  493 gtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22288792 gtacggtggcgcatgagagttggtattggg 22288821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 226 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 29201766 - 29201533
Alignment:
Q  226 atggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggagagtgacata 325  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| |||  | ||||||  ||||||||||| ||||||||||||    
T  29201766 atggaacgtaatgggaggtatattgttaagattggttataaactggctatcatggagttgttacccactgatcgacttcatgttgaatgagagtgacata 29201667  T
Q  326 aaatctggatggtgaattcccctcat-aagctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgt 424  Q
     |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||| |  |||| || |||||||||||||||     
T  29201666 gaatctggaaggtgaattcccctcataaagcacgtaatttgctatggaggatttgcatggggtgtgttccgatgcatctcagactacaatcacgacatgc 29201567  T
Q  425 acaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgataca 458  Q
    ||||||||||| ||  || |||||||| ||||||    
T  29201566 acaatgtgaggagaactgcccctggtgcgataca 29201533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 371 - 523
Target Start/End: Original strand, 16097912 - 16098064
Alignment:
Q  371 gaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggat 470  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||   |||||||||     
T  16097912 gaggatttgcagagagtgtgttccgacgcatctccgattacaatcacgacatgtacaatgtgagatgatctgtccctggtgtgatacgactgttgaggac 16098011  T
Q  471 gattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattgggt 523  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16098012 gatttgcatgcttttatgggttgtacggtggcgcatgagagttggtattgggt 16098064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 371 - 522
Target Start/End: Original strand, 17876843 - 17876993
Alignment:
Q  371 gaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggat 470  Q
    ||||||||||| || ||||||| || || ||||  | |||||||||| ||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||    |||||||||    
T  17876843 gaggatttgcaaagagtgtgtttcggcgcgtcttcggttacaatcacaacatgtacaatgtgcaatgatatgtccctggtgtgatacggcagttgaggat 17876942  T
Q  471 gattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  17876943 gattggcatgcttttgt-ggttgtacggtggtgtgtgagagttggtattggg 17876993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 205 - 334
Target Start/End: Original strand, 17876714 - 17876844
Alignment:
Q  205 aatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagac-tggttataaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggttt 303  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  || || |||    
T  17876714 aatgatataataacatggaagatggaacgcaacgggaggtatactattaagacctggttataaactagctatgatggagttgttacatatcgaacgattt 17876813  T
Q  304 catgttgaaggagagtgacataaaatctgga 334  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  17876814 catgttgaaggagagtgacatataatatgga 17876844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 462 - 522
Target Start/End: Original strand, 16731466 - 16731526
Alignment:
Q  462 gttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  16731466 gttgaggatgattgacatgcttttgtgggttataaggtggcgcgtgagagttggtattggg 16731526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 462 - 522
Target Start/End: Original strand, 17709600 - 17709660
Alignment:
Q  462 gttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  17709600 gttgaggatgattgacatgcttttgtgggttataaggtggcgcgtgagagttggtattggg 17709660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 179 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 29201831 - 29201780
Alignment:
Q  179 acacaccactatttatggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaa 231  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  29201831 acacaccactattg-tggaagttcagaatgatagaatagcgcggatgatggaa 29201780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 9 - 285
Target Start/End: Original strand, 5608387 - 5608663
Alignment:
Q  9 gatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtatgatttgatagatgac 108  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| ||||||||||  ||||    
T  5608387 gatgaatgacccatgggttcgtggagttcaaggtagctagattcaatccccacaaagtcagggtgtgcatagcctaagtgtgtttgatttgataactgac 5608486  T
Q  109 aagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttatggaagttcagaatg 208  Q
     || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  5608487 gaggatcgagtttggaatgttgataagattgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagttattctcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatg 5608586  T
Q  209 atagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaagactggttataaactggctatgaaggagttg 285  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  || ||||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  5608587 atagaataacatggatgatggaacggaacaggaggtatattgtcaagactgattataaactagctatgatggagttg 5608663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 295 - 522
Target Start/End: Original strand, 51112667 - 51112895
Alignment:
Q  295 gatcggtttcatgttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataa-gctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttc 393  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||| |||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||| || || ||||||||||    
T  51112667 gatcggtttcatgttgaagaagaatggcatagaatctggaaggtgaactcccctcataaagcacgtaatttgttatggaggatctgtagggggtgtgttc 51112766  T
Q  394 cgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttg 493  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||| ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  51112767 cgacgcgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtctgtggtatgatacagttgttgagaatgattggcatgtttttgtgggttg 51112866  T
Q  494 tacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  51112867 tacggtggcgcgtgagagttggtattggg 51112895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 327 - 522
Target Start/End: Original strand, 5608723 - 5608919
Alignment:
Q  327 aatctggatggtgaattcccctcataa-gctcgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgta 425  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||| | ||||||||| || || ||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  5608723 aatctggaaggtgaattcccctcataaagcttataatttgttgtggaggatttgtaggggatgtgttctgacgcgtctccgattacaatcatgacatgta 5608822  T
Q  426 caatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5608823 caatgtgaggtgatttgtccttggtgtgatacaattgttgaggatgattggaatgcttttgtgggttgtactgtggcgcgtgagagttggtattggg 5608919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 357 - 522
Target Start/End: Original strand, 36733108 - 36733273
Alignment:
Q  357 cgtaatttgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgata 456  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  | |||||| ||||  |||||  | | | ||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  36733108 cgtaatttgttatggaggatttgcaggagatgtgtttcgactcgtctccaacttcgatcacgatatgtacaatgtgaggtgatctgcccctggtgtgata 36733207  T
Q  457 catttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    || |||||||||| ||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  36733208 cagttgttgaggacgattgacatgcttttgagagttgtacggtggcgtgtgaaagttggtattggg 36733273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 265 - 522
Target Start/End: Original strand, 53496379 - 53496637
Alignment:
Q  265 aaactggctatgaaggagttgctacatagtgatcggtttcatgttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataa-gctcgtaatt 363  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||    
T  53496379 aaactggctatgatggagttgctacatactgatcgattccatgttgaaggagagtggcataaaatctggaaggtgaatgcccctcataaagcgcgtaatt 53496478  T
Q  364 tgttatcgaggatttgcagagggtgtgttccgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgt 463  Q
    | |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||   |||    
T  53496479 tattatggaggatttgcagagagtgtgttccgacgcgtctccgattacaatcacgacatgtacaatgtgagctgatctgtccgtggtgtgatacgaatgt 53496578  T
Q  464 tgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  53496579 tgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtagcgcatgagagttggtattggg 53496637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 394 - 523
Target Start/End: Original strand, 55198972 - 55199101
Alignment:
Q  394 cgacgggtctctgattacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttg 493  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || | ||| | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  55198972 cgacgcgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgagatgctatgttcgtggtgtgatacagttgttgaggatgattgacatgcttttgtgggttg 55199071  T
Q  494 tacggtggcgcgtgagagttggtattgggt 523  Q
    || |||||| ||||||||||||||| ||||    
T  55199072 tatggtggcacgtgagagttggtatcgggt 55199101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University