View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1310-Insertion-3 (Length: 889)

Name: NF1310-Insertion-3
Description: NF1310
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1310-Insertion-3
NF1310-Insertion-3
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (8-889)||(26264957-26265841)
chr8 (758-886)||(31838014-31838142)
chr8 (12-115)||(31837235-31837337)
chr8 (349-422)||(31837568-31837641)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 790; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 790; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 889
Target Start/End: Complemental strand, 26265841 - 26264957
Alignment:
Q  8 gtgtattctctcatcatttgtagttggagggattgttggatgttctttaccaaagaactcaacctctgcagtgcacctatgtacttttgcttgccctttg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26265841 gtgtattctctcatcatttgtagttggagggattgttggatgttctttaccaaagaactcaacctctgcagtgcacctatgtacttttgcttgccctttg 26265742  T
Q  108 ataacctgtacnnnnnnnctcaaacaaattaaaacacactttttgtatgctctttcattcgttccttctcagttagttcataatgaacatgttaattgac 207  Q
    |||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26265741 ataacctgtacaaaaaaactcaaacaaattaaaacacactttttgtatgctctttcattcgttccttctcagtttgttcataatgaacatgttaattgac 26265642  T
Q  208 aatctacaaagcaccgacacagacacggcatcgacaccgatatcaatttgaaaaattgtatgtaacacatgtactggtgttgaacaccatacacgcccat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26265641 aatctacaaagcaccgacacagacacggcatcgacaccgatatcaatttgaaaaattgtatgtaacacatgtactggtgttgaacaccatacacacccat 26265542  T
Q  308 aatttgaagtgtcactgctacatatgaaggctctaaattacggttgcttatgttgtgattcttgatattgggataaagttcggtctaacacgatcgatgt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26265541 aatttgaagtgtcactgctacatatgaaggctctaaattacggttgcttatgttgtgattcttgatattgggataaagttcggtctaacacgatcgatgt 26265442  T
Q  408 gtctgcaattgcagttgtggaggcctgcaaaacctataaattatagactgcactttaaaaccatgacaacaattgtggtcatgaaccttgataaagtact 507  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26265441 gtctgcaattgcagttgtggaagcctgcaaaacctataaattatagactgcactttaaaaccatgacaacaattgtggtcatgaaccttgataaagtact 26265342  T
Q  508 gtcatatgtgaccacagcacaattgcagtcgcgatgcagtggtaggggtctccaaaaccttttactgtaaactgcgctctaaaactatgacaataattgt 607  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  26265341 gtcatatgtgaccacaacacaattgcagtcgcgatgcagtggtaggggtctccaaaaccttttactgtaaactgcactctaaaactatgacaatagttgt 26265242  T
Q  608 agtcgtcatgatccttgatattgttgaaaattacagaaaaacacggccgatacaacctctattatagtc---atgtagttgtggagatctccaaaatctt 704  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26265241 agttgtcgtgatccttgatattgttgaaaattacagaaaaacacggccgatacaacctctattatagtcatgatgtagttgtggagatctccaaaatctt 26265142  T
Q  705 tatcttccgactatgacaacagtatacagagtacatataacgagacaagatacttacctcctctatcctttgccttagtgcattgaagctctttttgctg 804  Q
     |||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26265141 gatcttcagactatgacaacaatatatggagtacatataacgagacaagatacttacctcctctatcctttgccttagtgcattgaagctctttttgctt 26265042  T
Q  805 attgctctataagtgcctccaaatgttactgaatcaggaatgagttcgcgagcagactctgaatgtaccattgccacagaaacta 889  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26265041 attgctctataagtgcctccaaatgttactgaatcaggaatgagttcgtgagcagactctgaatgtaccattgccacagaaacta 26264957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 758 - 886
Target Start/End: Original strand, 31838014 - 31838142
Alignment:
Q  758 ttacctcctctatcctttgccttagtgcattgaagctctttttgctgattgctctataagtgcctccaaatgttactgaatcaggaatgagttcgcgagc 857  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||  || |    
T  31838014 ttacctcttctatcctattccttagtgcattgaagctctttttgctgaatgctctataagtacctccaaatgttacagaatcaggggtgagttcatgacc 31838113  T
Q  858 agactctgaatgtaccattgccacagaaa 886  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||    
T  31838114 agactctgattggatcattgccacagaaa 31838142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 12 - 115
Target Start/End: Original strand, 31837235 - 31837337
Alignment:
Q  12 attctctcatcatttgtagttggagggattgttggatgttctttaccaaagaactcaacctctgcagtgcacctatgtacttttgcttgccctttgataa 111  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||| | ||| ||||  |||| |||||||||||||||||    
T  31837235 attctctcatcatttgtagtaggaggaattgttggatgttcctcgccaaagaa-tcaacctctgctgagcatctatacacttctgcttgccctttgataa 31837333  T
Q  112 cctg 115  Q
    ||||    
T  31837334 cctg 31837337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 349 - 422
Target Start/End: Original strand, 31837568 - 31837641
Alignment:
Q  349 ggttgcttatgttgtgattcttgatattgggataaagttcggtctaacacgatcgatgtgtctgcaattgcagt 422  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| | || ||||  ||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||    
T  31837568 ggttgattttgttgtgattcttgatatcgtgaaaaagcacggtcaaatgcgatcgatgtggctgcaattgcagt 31837641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University