View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13108_low_33 (Length: 240)

Name: NF13108_low_33
Description: NF13108
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13108_low_33
NF13108_low_33
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (17-240)||(12997323-12997546)
chr6 (17-240)||(13008562-13008785)
chr6 (31-240)||(13012135-13012344)
chr6 (31-240)||(13030932-13031141)
chr6 (17-240)||(12976163-12976386)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 17 - 240
Target Start/End: Original strand, 12997323 - 12997546
Alignment:
Q  17 actatcatctattgcaaataatgatttgttatctctttcttgggttagtaagcttcttgacacattcctttgttgccaagaggaattcaagatgattcta 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12997323 actatcatctattgcaaataatgatttgttatctctttcttgggttagtaagcttcttgacacattcctttgttgccaagaggaattcaagatgattcta 12997422  T
Q  117 cacaaccatagatcaatggtttgtaaacctccgttggatcgattggtggaagatttttatgagaggagtgtcaaggcattggatatatgcaatgctatta 216  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12997423 cacaacaatagatcaatggtttgtaaacctccgttggatcgattggtgaatgatttttatgagaggagtgtcaaggcattggatgtatgcaatgctatta 12997522  T
Q  217 gggacggtgttgaacaaattcgac 240  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  12997523 gagacggtgttgaacaaattcgac 12997546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 17 - 240
Target Start/End: Original strand, 13008562 - 13008785
Alignment:
Q  17 actatcatctattgcaaataatgatttgttatctctttcttgggttagtaagcttcttgacacattcctttgttgccaagaggaattcaagatgattcta 116  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13008562 actatcatctatttcaaatgataatttgttatctctttcttgggttagtaagcttcttgacacattcctttgttgccaagaggaattcaagatgattcta 13008661  T
Q  117 cacaaccatagatcaatggtttgtaaacctccgttggatcgattggtggaagatttttatgagaggagtgtcaaggcattggatatatgcaatgctatta 216  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13008662 cacaacaatagatcaatggtttgtaaacctccgttggatcgattggtgaatgatttttatgagaggagtgtcaaggcattggatgtatgcaatgctatta 13008761  T
Q  217 gggacggtgttgaacaaattcgac 240  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  13008762 gagacggtgttgaacaaattcgac 13008785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 31 - 240
Target Start/End: Original strand, 13012135 - 13012344
Alignment:
Q  31 caaataatgatttgttatctctttcttgggttagtaagcttcttgacacattcctttgttgccaagaggaattcaagatgattctacacaaccatagatc 130  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13012135 caaatgataatttgttatctctttcttgggttagtaagcttcttgacacattcctttgttgccaagaggaattcaagatgattctacacaaccatagatc 13012234  T
Q  131 aatggtttgtaaacctccgttggatcgattggtggaagatttttatgagaggagtgtcaaggcattggatatatgcaatgctattagggacggtgttgaa 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13012235 aatggtttgtaaacctccgttggatcgattggtgaatgatttttatgagaggagtgtcaaggcattggaagtatgcaatgctattagagacggtgttgaa 13012334  T
Q  231 caaattcgac 240  Q
    ||||||||||    
T  13012335 caaattcgac 13012344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 31 - 240
Target Start/End: Original strand, 13030932 - 13031141
Alignment:
Q  31 caaataatgatttgttatctctttcttgggttagtaagcttcttgacacattcctttgttgccaagaggaattcaagatgattctacacaaccatagatc 130  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13030932 caaatgataatttgttatccctttcttgggttagtaagcttcttgacacattcctttgttgccaagaggaattcaagatgattctacacaaccatagatc 13031031  T
Q  131 aatggtttgtaaacctccgttggatcgattggtggaagatttttatgagaggagtgtcaaggcattggatatatgcaatgctattagggacggtgttgaa 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  13031032 aatggtttgtaaacctccgttggatcgattggtgaatgatttttatgagatgagtgtcaaggcattggatgtatgtaatgctattagagacggtgttgaa 13031131  T
Q  231 caaattcgac 240  Q
    ||||||||||    
T  13031132 caaattcgac 13031141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 17 - 240
Target Start/End: Original strand, 12976163 - 12976386
Alignment:
Q  17 actatcatctattgcaaataatgatttgttatctctttcttgggttagtaagcttcttgacacattcctttgttgccaagaggaattcaagatgattcta 116  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12976163 actatcatctatttcaaatgataatttcttatctctttcttgggttagaaagcttcttgacacattcctttgttgccaagaggaattcaagatgatttta 12976262  T
Q  117 cacaaccatagatcaatggtttgtaaacctccgttggatcgattggtggaagatttttatgagaggagtgtcaaggcattggatatatgcaatgctatta 216  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  12976263 cacaaccatagatcaatggtctctaaacctccgttggatcgattggtgaatgatttttatgagaggagtgtcaaagcattggatgtatgcaatgctatta 12976362  T
Q  217 gggacggtgttgaacaaattcgac 240  Q
    | || |||||||||||||||||||    
T  12976363 gagatggtgttgaacaaattcgac 12976386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University