View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13119_low_9 (Length: 621)

Name: NF13119_low_9
Description: NF13119
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13119_low_9
NF13119_low_9
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-604)||(20237790-20238393)
chr6 (1-604)||(22131774-22132377)
chr6 (1-559)||(20085877-20086435)
chr6 (15-559)||(22204731-22205272)
chr6 (15-569)||(24384931-24385484)
chr6 (14-427)||(20205210-20205623)
chr6 (14-427)||(22099233-22099646)
chr6 (90-559)||(21971847-21972316)
[»] scaffold0074 (2 HSPs)
scaffold0074 (15-335)||(47781-48098)
scaffold0074 (393-427)||(47689-47723)
[»] scaffold0264 (2 HSPs)
scaffold0264 (15-304)||(15841-16129)
scaffold0264 (393-424)||(16218-16249)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (1-335)||(5302-5639)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 600; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 604
Target Start/End: Original strand, 20237790 - 20238393
Alignment:
Q  1 cacagaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttgga 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20237790 cacagaggcgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttgga 20237889  T
Q  101 agacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaatta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20237890 agacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaatta 20237989  T
Q  201 gaatcttgttttgaatcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcatacctaatattacaac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20237990 gaatcttgttttgaatcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcatacctaatattacaac 20238089  T
Q  301 taggatataaatttctcccaccctgctttccatcatacacatttgaaagtttcctaatagcacaaccgaggcaggttctgcaatcattgaacgacaagtc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20238090 taggatataaatttctcccaccctgctttccatcatacacatttgaaagtttcctaatagcacaaccgaggcaggttctgcaatcattgaacgacaagtc 20238189  T
Q  401 tggcgtgcactgagctagacagtaaagcgtttgagattcagaaatctgtttttctatcgtggcaaacttcgtgtccttgtcaccagtaagtggacccgct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20238190 tggcgtgcactgagctagacagtaaagcgtttgagattcagaaatctgtttttctatcgtggcaaacttcgtgtccttgtcaccagtaagtggacccgct 20238289  T
Q  501 gctttctctgcagttttattcatcgtcgaaaacaatataggcatgaagctttttgtgttagatacgttgtattggttgaagatgtcaataccaggactta 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20238290 gctttctctgcagttttattcatcgtcgaaaacaatataggcatgaagctttttgtgttagatacgttgtattggttgaagatgtcaataccaggactta 20238389  T
Q  601 ttgt 604  Q
    ||||    
T  20238390 ttgt 20238393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 604
Target Start/End: Original strand, 22131774 - 22132377
Alignment:
Q  1 cacagaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttgga 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22131774 cacagaggcgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttgga 22131873  T
Q  101 agacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaatta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22131874 agacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaatta 22131973  T
Q  201 gaatcttgttttgaatcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcatacctaatattacaac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22131974 gaatcttgttttgaatcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcatacctaatattacaac 22132073  T
Q  301 taggatataaatttctcccaccctgctttccatcatacacatttgaaagtttcctaatagcacaaccgaggcaggttctgcaatcattgaacgacaagtc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22132074 taggatataaatttctcccaccctgctttccatcatacacatttgaaagtttcctaatagcacaaccgaggcaggttctgcaatcattgaacgacaagtc 22132173  T
Q  401 tggcgtgcactgagctagacagtaaagcgtttgagattcagaaatctgtttttctatcgtggcaaacttcgtgtccttgtcaccagtaagtggacccgct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22132174 tggcgtgcactgagctagacagtaaagcgtttgagattcagaaatctgtttttctatcgtggcaaacttcgtgtccttgtcaccagtaagtggacccgct 22132273  T
Q  501 gctttctctgcagttttattcatcgtcgaaaacaatataggcatgaagctttttgtgttagatacgttgtattggttgaagatgtcaataccaggactta 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22132274 gctttctctgcagttttattcatcgtcgaaaacaatataggcatgaagctttttgtgttagatacgttgtattggttgaagatgtcaataccaggactta 22132373  T
Q  601 ttgt 604  Q
    ||||    
T  22132374 ttgt 22132377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 559
Target Start/End: Original strand, 20085877 - 20086435
Alignment:
Q  1 cacagaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttgga 100  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || |||  ||| ||  ||||||||||||||||||    
T  20085877 cacagaggcgaacaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccatttcatccactttaacagtataaaatttttcgccatttgtggcgttgga 20085976  T
Q  101 agacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaatta 200  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||  ||    
T  20085977 ggacagataagagagaagtaatttgaagttattgttagtgattgtactgttgtttcttgagcaattataggaaagataaattggatcttgtgaaaatcta 20086076  T
Q  201 gaatcttgttttgaatcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcatacctaatattacaac 300  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||| |    
T  20086077 gaatcttggtttgaatgatttgtttgaggaacaagctcatttggcgaaggagcattaatagacctataaaaaggatataattcatacctaacattacagc 20086176  T
Q  301 taggatataaatttctcccaccctgctttccatcatacaca-tttgaaagtttcctaatagcacaaccgaggcaggttctgcaatcattgaacgacaagt 399  Q
    ||||| | | |  ||||||||||  |||||||||| | |||  | | |||||||  |||||||| |  ||| |||||||||||||||  |   |||||||    
T  20086177 taggaaaaagaactctcccacccacctttccatcaca-acagctaggaagtttctcaatagcactattgagacaggttctgcaatcaccgggtgacaagt 20086275  T
Q  400 ctggcgtgcactgagctagacagtaaagcgtttgagattcagaaatctgtttttctatcgtggcaaacttcgtgtccttgtcaccagtaagtggacccgc 499  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  |  |||| | |||||||||||| |||  ||||||  |||||||||||| ||    
T  20086276 ccggcgtgcactgagctagacagtaaagggtctgagattcagaaatccttgcttcttttgtggcaaacttcttgttgttgtcagtagtaagtggacctgc 20086375  T
Q  500 tgctttctctgcagttttattcatcgtcgaaaacaatataggcatgaagctttttgtgtt 559  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  20086376 tgcttcctctgcagttttatccatcgtcgaaaacaataaaggcatgaagctttctgtgtt 20086435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 15 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 22205272 - 22204731
Alignment:
Q  15 ggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttggaagacaaataagaga 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  |  | |||||  ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22205272 ggaaggtcacctcgacacatgaagaggccgtacaccatttcttccacttttactttttggaaatttccgccatttgtggcgttggaggacaaataagaga 22205173  T
Q  115 gaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaattagaatcttgttttga 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||  ||||    
T  22205172 gaagtaatttgaagtttttgttagtgattttactgtggtttcttgagcaattataggaaagataaaatggatcttgtgaaaatctagaatcttgggttga 22205073  T
Q  215 atcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcatacctaatattacaactaggatataaattt 314  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | | |  |    
T  22205072 atgatttgtttgaggaacaagctcatttggtgaaggagcattaatagacctataaaaaggatatagttcatacctaatattacagctaggaaaaacaact 22204973  T
Q  315 ctcccaccctgctttccatcatacaca-tttgaaagtttcctaatagcacaaccgaggcaggttctgcaatcattgaacgacaagtctggcgtgcactga 413  Q
    ||| |||||  |||||||||| | |||  | | ||||| |  |||||||| |   || |||||||||||||||  |   |||||||| ||||||||||||    
T  22204972 ctcgcacccacctttccatcaca-acagctaggaagttcctcaatagcactattaagacaggttctgcaatcaccgggtgacaagtccggcgtgcactga 22204874  T
Q  414 gctagacagtaaagcgtttgagattcagaaatctgtttttctatcgtggcaaacttcgtgtccttgtcaccagtaagtggacccgctgctttctctgcag 513  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||||| |  |||| | |||||||| ||| ||   |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  22204873 gctaggcagtaaagggtctgagattcagaaatctttgcttcttttgtggcaaatttcttg---ttgtcagcagtaagtggacctgctgcttcctctgcag 22204777  T
Q  514 ttttattcatcgtcgaaaacaatataggcatgaagctttttgtgtt 559  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  22204776 ttttattcatcgtcgaaaacaataaaggcatgaagctttctgtgtt 22204731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 15 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 24385484 - 24384931
Alignment:
Q  15 ggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttggaagacaaataagaga 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  || ||| |||| || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  24385484 ggaaggtcacctcgacacatgaagaggccgtacaccatttcttccacttttacagtatagaattttttgccatttgtggcgttggaggacagataagaga 24385385  T
Q  115 gaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaattagaatcttgttttga 214  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||    
T  24385384 gaagtaatttgaagttatcgtttgtgattatattgtggtttcttgagcaattataggaaagataaattggatcttgtgaaaatctagaatcttgttttga 24385285  T
Q  215 atcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcatacctaatattacaactaggatataaattt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||| |   |  |    
T  24385284 atcatttgtttgaggaacaagctcatttgatgaaggagcaataatagatttataaaaaggaaatagttcatacctaatgttacagctaggaaaaggaact 24385185  T
Q  315 ctcccaccctgctttccatca-tacacatttgaa-agtttcctaatagcacaaccgaggcaggttctgcaatcattgaacgacaagtctggcgtgcactg 412  Q
    || ||||||||||||||||||  ||| | | ||| || |||  |||||||| |  ||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||    
T  24385184 ct-ccaccctgctttccatcacaacatagtggaagagattc--aatagcactattgagacaggttctgcaatcattaggggacaagtctggcgtgcactg 24385088  T
Q  413 agctagacagtaaagcgtttgagattcagaaatctgtttttctatcgtggcaaacttcgtgtccttgtcaccagtaagtggacccgctgctttctctgca 512  Q
    ||||| | |||||||||| | | | |  ||||    |   ||  | |||| ||||||| |||  |||  | |||||||||||||  |||||| |||||||    
T  24385087 agctaaatagtaaagcgtctaaaaatttgaaacagatgcatcacttgtggaaaacttcttgttgttgcaagcagtaagtggacctactgcttcctctgca 24384988  T
Q  513 gttttattcatcgtcgaaaacaatataggcatgaagctttttgtgttagatacgttg 569  Q
    ||| ||||||| |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24384987 gttatattcattgtcgaaaataataaagccatgaagctttttgtgttagatatgttg 24384931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 427
Target Start/End: Original strand, 20205210 - 20205623
Alignment:
Q  14 aggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttggaagacaaataagag 113  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||||    |||| ||| || ||||  | |||||||| ||  ||||||||||     
T  20205210 aggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaattttttgccgatggtggcgttcgacaacaaataagac 20205309  T
Q  114 agaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaattagaatcttgttttg 213  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||  |||| || ||  |||||||||||||| |    
T  20205310 agaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaagataaaatgattcttctgaaagtttagaatcttgtttgg 20205409  T
Q  214 aatcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcatacctaatattacaactaggatataaatt 313  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| || || || |||| |||||||| |||||||  |||||||| | |||||| |||||||| | |      
T  20205410 aatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggatataattcataccttacattacagctaggataaagaaa 20205509  T
Q  314 tctcccaccctgctttccatcatacacatttgaaagtttcctaatagcacaaccgaggcaggttctgcaatcattgaacgacaagtctggcgtgcactga 413  Q
    |||||| |||  |||||||||| |    ||||||| ||||  |||||||| || ||| |||||||||||||||||   |||||| || ||||||||||||    
T  20205510 tctccctcccacctttccatcacaactctttgaaactttctcaatagcactactgagacaggttctgcaatcattaggcgacaaatccggcgtgcactga 20205609  T
Q  414 gctagacagtaaag 427  Q
    ||||||||||||||    
T  20205610 gctagacagtaaag 20205623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 427
Target Start/End: Original strand, 22099233 - 22099646
Alignment:
Q  14 aggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttggaagacaaataagag 113  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||||    |||| ||| || ||||  | |||||||| ||  ||||||||||     
T  22099233 aggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaattttttgccgatggtggcgttcgacaacaaataagac 22099332  T
Q  114 agaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaattagaatcttgttttg 213  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||  |||| || ||  |||||||||||||| |    
T  22099333 agaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgtgttgtggtttcttgagcaattataggaaagataaaatgattcttctgaaagtttagaatcttgtttgg 22099432  T
Q  214 aatcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcatacctaatattacaactaggatataaatt 313  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| || || || |||| |||||||| |||||||  |||||||| | |||||| |||||||| | |      
T  22099433 aatcatttgttcgaggagctagctcatttggtgaaagaacagtaatagacctataaaatggatataattcataccttacattacagctaggataaagaaa 22099532  T
Q  314 tctcccaccctgctttccatcatacacatttgaaagtttcctaatagcacaaccgaggcaggttctgcaatcattgaacgacaagtctggcgtgcactga 413  Q
    |||||| |||  |||||||||| |    ||||||| ||||  |||||||| || ||| |||||||||||||||||   |||||| || ||||||||||||    
T  22099533 tctccctcccacctttccatcacaactctttgaaactttctcaatagcactactgagacaggttctgcaatcattaggcgacaaatccggcgtgcactga 22099632  T
Q  414 gctagacagtaaag 427  Q
    ||||||||||||||    
T  22099633 gctagacagtaaag 22099646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 90 - 559
Target Start/End: Original strand, 21971847 - 21972316
Alignment:
Q  90 gtggcgttggaagacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatctt 189  Q
    |||||||| ||  |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||  ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  21971847 gtggcgttcgacaacaaataagacagaagtagtttgatgtttttgtcagtgattgtattgtaatttcttgagcaattataggaaagataaaatggatctt 21971946  T
Q  190 gtgtaaaa---ttagaatcttgttttgaatcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcata 286  Q
     || ||     |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| || ||| |||||| |||||||| |||||||  |||||    
T  21971947 ctgaaagtattttagaatcttgtatggaatcatttgtttgaggagcaagctcatttggggaaagaacataagtagacctataaaatggatataattcata 21972046  T
Q  287 cctaatattacaactaggatataaatttctcccaccctgctttccatcatacacatttgaaagtttcctaatagcacaaccgaggcaggttctgcaatca 386  Q
    ||||| |||||| |||||||| | |  |||||||||   ||||||| || |    | ||||||| ||  |||||||| |  ||| |||||||||||||||    
T  21972047 cctaacattacagctaggataaagaaatctcccaccaacctttccaacacagctttgtgaaagtgtctcaatagcactagtgagacaggttctgcaatca 21972146  T
Q  387 ttgaacgacaagtctggcgtgcactgagctagacagtaaagcgtttgagattcagaaatctgtttttctatcgtggcaaacttcgtgtccttgtcaccag 486  Q
    ||   |||||| ||  |||||||||||||||||| |||||| || |||  ||| ||||   ||  |||| | || |||||||   ||| ||||||||||     
T  21972147 ttaggcgacaaatccagcgtgcactgagctagactgtaaagggtctgattttccgaaactcgtgcttcttttgttgcaaact---tgttcttgtcaccac 21972243  T
Q  487 taagtggacccgctgctttctctgcagttttattcatcgtcgaaaacaatataggcatgaagctttttgtgtt 559  Q
    |||| ||||  |||||||  |||||||||  |||||| || |||||||||| || || ||||||||| |||||    
T  21972244 taagcggacttgctgcttcgtctgcagttcgattcatggttgaaaacaataaagacacgaagcttttcgtgtt 21972316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 175; Significance: 7e-94; HSPs: 2)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 15 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 48098 - 47781
Alignment:
Q  15 ggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttggaagacaaataagaga 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||| || ||||| || ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48098 ggaaggtcacctcgacacatgaagaggccatacagcatttcttccactttaacagtatgggatttttcgccatttgtggcgttggaggacaaataagaga 47999  T
Q  115 gaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaattagaatcttgttttga 214  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||    
T  47998 gaagtaatttgaagtttttcttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattataggaaagataaattggatcttgtgaaaatctagaatcttgttttga 47899  T
Q  215 atcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcatacctaatattacaactaggatataaattt 314  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||| |||||| |   ||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| | |||       
T  47898 atgttttgtttgaggaacaagctcatttggtgaagta---ttgatagacctataaaaaggatatagttcatacctaacattacagctaggaaaaaaaacc 47802  T
Q  315 ctcccaccctgctttccatca 335  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  47801 atcccaccctgctttccatca 47781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 393 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 47723 - 47689
Alignment:
Q  393 gacaagtctggcgtgcactgagctagacagtaaag 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47723 gacaagtctggcgtgcactgagctagacagtaaag 47689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 166; Significance: 2e-88; HSPs: 2)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 15 - 304
Target Start/End: Original strand, 15841 - 16129
Alignment:
Q  15 ggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttggaagacaaataagaga 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  |  | |||||  || ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  15841 ggaaggtcacctcgacacatgaagaggccgtacaccatttcttccacttttactttttggaaatttctgcca-ttgtggcgttggaggacagataagaga 15939  T
Q  115 gaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaattagaatcttgttttga 214  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||| |||||    
T  15940 gaagtaatttgaagttattgttagtgattgtactgttgtttcttgagcaattataggaaagataaattggatcttgtgaaaatctagaatcttggtttga 16039  T
Q  215 atcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagtagatctataaaaaggatatagctcatacctaatattacaactagg 304  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  16040 atgatttgtttgaggaacaagctcatttggcgaaggagcattaatagacctataaaaaggatatagttcatacctaacattacagctagg 16129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 393 - 424
Target Start/End: Original strand, 16218 - 16249
Alignment:
Q  393 gacaagtctggcgtgcactgagctagacagta 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16218 gacaagtctggcgtgcactgagctagacagta 16249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 160; Significance: 6e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 5639 - 5302
Alignment:
Q  1 cacagaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttgga 100  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||| || ||||| || ||  ||||||||||||||||||    
T  5639 cacagaggtgaacgggaaggtcacctcgacacatgaagaggccatacagcgtttcttccactttaacagtatgggatttttcgccatttgtggcgttgga 5540  T
Q  101 agacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactgtggtttcttgggcaattatcggaaagataaactggatcttgtgtaaaatta 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||| || |||  ||    
T  5539 ggacaaataagagagaagtaatttgaagtttttcttagtgattgtactttggtttcttgagcaattataggaaagataaaagggatcttttgaaaatcta 5440  T
Q  201 gaatcttgttttgaatcatttgtttgaggaacaagctcatttagtgaaggagcattagt---agatctataaaaaggatatagctcatacctaatattac 297  Q
    | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| || | || |   ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5439 gtatcttgttttgaatagtttgtttgaggaacaagctcatttggtgaagaagtagtattgatagacctataaaaaggatatagttcatacctaatattac 5340  T
Q  298 aactaggatataaatttctcccaccctgctttccatca 335  Q
    | |||||| | | |  ||||||||||| ||||||||||    
T  5339 agctaggaaaaacaactctcccaccctcctttccatca 5302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University