View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13122_high_3 (Length: 532)

Name: NF13122_high_3
Description: NF13122
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13122_high_3
NF13122_high_3
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (19-522)||(1092677-1093180)
chr8 (26-157)||(26395976-26396107)
chr8 (21-150)||(26168372-26168501)
chr8 (21-158)||(25224881-25225018)
chr8 (207-309)||(25225067-25225169)
chr8 (207-309)||(26168213-26168315)
chr8 (207-287)||(26395846-26395926)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (19-382)||(29462555-29462916)
chr7 (19-378)||(19890171-19890528)
chr7 (21-357)||(19844333-19844669)
chr7 (27-94)||(19877557-19877624)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (25-378)||(49465271-49465622)
chr4 (21-158)||(8349121-8349258)
chr4 (207-309)||(8348970-8349072)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 496; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 1093180 - 1092677
Alignment:
Q  19 agacattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggatt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1093180 agacattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggatt 1093081  T
Q  119 gttgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaacttggactcactagctgagtcttcggagatttccatcttcccagtatggaacatgcgtgga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1093080 gttgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaacttggactcactagctgagtcttcggagatttccatcttcccagtatggaacatgcgtgga 1092981  T
Q  219 atcttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtggaattagtggttt 318  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092980 attttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtggaattagtggttt 1092881  T
Q  319 cctctaattggtttgtgtttttcaccaccatgttgagagggagaaacaacaccagaatagaagtgtattatgactctaacaaagcatggaattactacct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092880 cctctaattggtttgtgtttttcaccaccatgttgagagggagaaacaacaccagaatggaagtgtattatgactctaacaaagcatggaattactacct 1092781  T
Q  419 atagaattggacaggagagaacattaaaatagactgggcaaagaagaccaatgtattaaaattacacaaatagtaaagaaataaatgtgattgttttgtc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092780 atagaattggacaggagagaacattaaaatagactgggcaaagaagaccaatgtattaaaattacacaaatagtaaagaaataaatgtgattgttttgtc 1092681  T
Q  519 tctg 522  Q
    ||||    
T  1092680 tctg 1092677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 26396107 - 26395976
Alignment:
Q  26 aatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgttgtgt 125  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |  |||||| || ||||||| | ||||||||| | ||| ||||||||||    |||     
T  26396107 aatgggaatttcatgattaatcacttgaaaaaatccccactccttacatgcagttcgaatttgactaattacctcaatacgacgagctggatcaacgtga 26396008  T
Q  126 atgtctttgaggtctatgatgggaatactcaa 157  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  26396007 atgcccttgaggtctatgatgggaacactcaa 26395976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 26168501 - 26168372
Alignment:
Q  21 acattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgt 120  Q
    |||| |||||||||| |||||||||| |  ||||||||||||||||| | ||||||  || | ||||||  |||||| || ||||| ||||  ||||       
T  26168501 acatcaatgggaattccatgattaatcacttgaaaaaatccccactccttgcatgcggttcggatttggttaattacttcaacacgacgagagggatcaa 26168402  T
Q  121 tgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaa 150  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26168401 tgtggatgtctttgaggtctatgatgggaa 26168372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 158
Target Start/End: Original strand, 25224881 - 25225018
Alignment:
Q  21 acattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgt 120  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| |  |||||||||||| |||| | ||||||   | ||||||||  |||||| || ||||| ||||  ||||       
T  25224881 acattaattggaattccatgattaatcacttgaaaaaatccctactccttgcatgcggatcgaatttggttaattacttcaacacgacgagaaggatcaa 25224980  T
Q  121 tgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaac 158  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  25224981 tgtggatgtctttgaagtctatgatgggaacactcaac 25225018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 207 - 309
Target Start/End: Original strand, 25225067 - 25225169
Alignment:
Q  207 aacatgcgtggaatcttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtgg 306  Q
    |||||||| || ||||| | |||||||  |||||  | |||| | ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||    
T  25225067 aacatgcgcgggatctttgtcaccccacgctccataagacctctaacaccaagtttcgaatcatcaaaagctttcacttcaacatttctatcatatgtgg 25225166  T
Q  307 aat 309  Q
    |||    
T  25225167 aat 25225169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 207 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 26168315 - 26168213
Alignment:
Q  207 aacatgcgtggaatcttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtgg 306  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||  |||||  | |||| | ||||| | |||||||||||||||| |||||| |||| | | ||||||||| ||||    
T  26168315 aacatgcgtgggatctttgtcaccccacgctccataagacctcttacaccaagttttgaatcatcaaaaactttcaattcatcatttctatcatatgtgg 26168216  T
Q  307 aat 309  Q
    |||    
T  26168215 aat 26168213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 207 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 26395926 - 26395846
Alignment:
Q  207 aacatgcgtggaatcttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttca 287  Q
    ||||||||||| ||||| |  ||||||  |||||| | |||| | ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  26395926 aacatgcgtgggatctttgttaccccactctccacaagacctcttacaccaacttttgattcttcaaaagctttcacttca 26395846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 29462916 - 29462555
Alignment:
Q  19 agacattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggatt 118  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  29462916 agacaataataggaatttcatgattaatcacctgaaaaaatccccactcatggcatgcacttcgaatttggtcaattacctctacacgctgagctggatt 29462817  T
Q  119 gttgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaacttggactcactagctgagtcttcggagatttccatcttcccagtatggaacatgcgtgga 218  Q
    | ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |  ||| |||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||    
T  29462816 gatgtgtatatctttgaggtctacgataggaatactcaacttggagtcactagctgtgctttcagagatttccaacttcctagtgtagaacatgcgtgga 29462717  T
Q  219 atcttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtggaattagtggttt 318  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| | ||| ||    
T  29462716 atctttgacaccccagaatccaccaaacctttgacaccaacttttgaatcatcaaaagctttaacttcggcttctctatcataagtgaaatcactggatt 29462617  T
Q  319 cctctaattggtttgtgtttttcaccaccatgttgagagggagaaacaacaccagaatagaagt 382  Q
    ||| ||||||||||| |||||  |||||||| |||| |||   |||||||||||||||| ||||    
T  29462616 cctttaattggtttgagttttctaccaccatattgatagg--caaacaacaccagaataaaagt 29462555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 19890528 - 19890171
Alignment:
Q  19 agacattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggatt 118  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||  |||||||||| |||||  ||||| |||     
T  19890528 agacatcaatgggaatatcatgattaattacctgaaaaaatccacccacatgacatgcactttgaatttgttcaattacctcgacacgctgagcttgatc 19890429  T
Q  119 gttgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaacttggactcactagctgagtcttcggagatttccatcttcccagtatggaacatgcgtgga 218  Q
    | ||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| || || |||||||| |||| |||   ||| |||| ||| || ||||| || ||||| ||     
T  19890428 gatgtgtatatctttgaggtctacgatgggaacactcaatttagaatcactagccgagttttcaccgatatccaacttaccggtatgaaaaatgcgcggg 19890329  T
Q  219 atcttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtggaattagtggttt 318  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||  ||||||||| | || ||||||||||||||||||||| | ||    
T  19890328 atctttgacaccccatgctccaccaaacctctgacaccagcttttgaatcatcaaaatttttcacttctgtttttctatcataagtggaattagtagatt 19890229  T
Q  319 cctctaattggtttgtgtttttcaccaccatgttgagagggagaaacaacaccagaatag 378  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||   ||||||||||| |||||    
T  19890228 cctctaactgatttgtgttttttaccaccatattgagagg--aaaacaacaccaaaatag 19890171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 19844669 - 19844333
Alignment:
Q  21 acattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgt 120  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||  ||| |||||||     
T  19844669 acattgatgggaatttcatgattaatcacctgaaaaaatccccactcatgacatgcacttcgaattttgccaattacctcttcacgcagagttggattga 19844570  T
Q  121 tgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaacttggactcactagctgagtcttcggagatttccatcttcccagtatggaacatgcgtggaat 220  Q
    ||| |||  |||||||||| |||||||||||| ||||||| || |||| |  ||| | |   |  || |||| | || || ||||||||||  |||| ||    
T  19844569 tgtctatacctttgaggtcaatgatgggaatattcaacttagagtcacaaattgactttgtagcaatgtccaacatctcattatggaacatctgtgggat 19844470  T
Q  221 cttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtggaattagtggtttcc 320  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| | |||||  |||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||| ||      
T  19844469 cttcgacactccggactccaccaaacctctcacaccagcttttgaatcatcaaaagctttcacttcattgtatctatcataagtggaattagtggatttt 19844370  T
Q  321 tctaattggtttgtgtttttcaccaccatgttgagag 357  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  19844369 tctacttggtttgagttttttaccaccatattgagag 19844333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 27 - 94
Target Start/End: Original strand, 19877557 - 19877624
Alignment:
Q  27 atgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaat 94  Q
    ||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||    
T  19877557 atggggatttcatgattaatcacttgaaaaaatccccactcattgcaggctctttgaatctggccaat 19877624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 25 - 378
Target Start/End: Original strand, 49465271 - 49465622
Alignment:
Q  25 taatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgttgtg 124  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  49465271 taatgggaatttcatgattaatcacctgaaaaaatccccactcatggcatgcacttcgaatttgatgaattacatctacacgttgagctggattgttgtg 49465370  T
Q  125 tatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaacttggactcactagctgagtcttcggagatttccatcttcccagtatggaacatgcgtggaatcttc 224  Q
    |||||||||||||||||  || |||| |||||||||||| |||| || ||||| |||   ||| |||| |||||| | |||||| | |||||| |||||     
T  49465371 tatgtctttgaggtctacaatcggaacactcaacttggagtcacaagttgagttttcaccgatgtccaacttcccggcatggaaaaagcgtgggatcttt 49465470  T
Q  225 gacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtggaattagtggtttcctcta 324  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  49465471 gaaaccccagactcaaccaaaccattgacgcctgctcgtgaatcatcaaaagctttcacttcagcttttctatcataagtggaatcagtggcttcctcta 49465570  T
Q  325 attggtttgtgtttttcaccaccatgttgagagggagaaacaacaccagaatag 378  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||    
T  49465571 attgatttgtgttttttaccaccatgttgagaag--gaaacaaaaccagaatag 49465622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 21 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 8349258 - 8349121
Alignment:
Q  21 acattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgt 120  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |  | ||||||||||||||| | ||||||| || ||||||||  |||||| || ||||| ||||  ||||       
T  8349258 acattaatgggaattccatgattaatcactttaaaaaatccccactccttgcatgcagttcgaatttggttaattacttcaacacgacgagaaggataaa 8349159  T
Q  121 tgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaac 158  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  8349158 tgtggatgtctttgagatctatgataggaacactcaac 8349121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 207 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 8349072 - 8348970
Alignment:
Q  207 aacatgcgtggaatcttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtgg 306  Q
    ||||||||||| ||||| |  ||||||  |||||  | |||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  8349072 aacatgcgtgggatctttgttaccccacgctccataagacctctaacaccaagttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcatttctatcatatgtgg 8348973  T
Q  307 aat 309  Q
    |||    
T  8348972 aat 8348970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University