View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13124_high_1 (Length: 750)

Name: NF13124_high_1
Description: NF13124
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13124_high_1
NF13124_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (10-734)||(4549738-4550462)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (147-734)||(34589951-34590538)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 689; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 689; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 4550462 - 4549738
Alignment:
Q  10 tatactaatttcatgcatttgttaggttcttagacctaaaggattagggtcttggcattttgactattattcgtgtgtgtttttgatgatataccaactc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4550462 tatactaatttcatgcatttgttaggttcttagacctaaaggattagggtcttggcattttgactattattcgtgtgtgtttttgatgatatgccaactc 4550363  T
Q  110 tgtgaacttttgatgtccagagtctgcatactatttctaaagaaagcgcgaggccagtgtacccttttgctgctattgttggacaggatgagatgaagct 209  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4550362 tgtgaacttttgatgtccagagtttgaatactatttctaaagaaagcgcgaggccggtgtacccttttgctgctattgttggacaggatgagatgaagct 4550263  T
Q  210 ttgtcttctccttaacgtgattgatccaaagattggaggtgtaatgataatgggggccagaggaacagggaaatccacaacggttaggtcattggtcgat 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4550262 ttgtcttctccttaacgtgattgatccaaagattggaggtgtaatgataatgggggacagaggaacagggaaatccacaacggttaggtcattggttgat 4550163  T
Q  310 ttacttcctgaaatcaaggttgtttttggtgatccatataactcagacccagaagatccagaagtcatgggagtcgaagtgagagatcgagttataaaag 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4550162 ttacttcctgaaatcaaggttgtttttggtgatccatataactcagacccagaagatccagaagtcatgggagtcgaagtgagagatcgagttataaaag 4550063  T
Q  410 gggagcaactttccattgtgttgagcaaaatcaacatggttgatttgccattaggagctacagaagatagggtgtgtggaacaattgacattgaaaaagc 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4550062 gggagcaactttccattgtgttgagcaaaatcaacatggttgatttgccattaggagctacagaagatagggtgtgtggaacaattgacattgaaaaagc 4549963  T
Q  510 tctcactgagggtgtcaaggcatttgagccaggactattagctaaagctaatagaggaatcttatatgttgatgaagttaatcttttggatgatcacttg 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4549962 tctcactgagggtgtcaaggcatttgagccaggactattagctaaagctaacagaggaatcttatatgttgacgaagttaatcttttggatgatcacttg 4549863  T
Q  610 gttgatgtgctgttggattctgctgcatcaggttggaacacagtggagagagaaggtatttctatctcacatcctgctcggtttatcttaattggttcgg 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4549862 gttgatgtgctgttggattctgctgcatcaggttggaacacagtggagagagaaggtatttctatctcgcatcctgctcggtttatcttaattggttcgg 4549763  T
Q  710 gaaatcctgaagaaggggagctcag 734  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  4549762 gaaatcctgaagaaggggagctcag 4549738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 147 - 734
Target Start/End: Original strand, 34589951 - 34590538
Alignment:
Q  147 taaagaaagcgcgaggccagtgtacccttttgctgctattgttggacaggatgagatgaagctttgtcttctccttaacgtgattgatccaaagattgga 246  Q
    ||||||||||   ||||| |||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  34589951 taaagaaagccaaaggcctgtgtacccgttttctgccatagttggacaggatgagatgaaactttgccttctcctaaacgtgattgatcccaagattgga 34590050  T
Q  247 ggtgtaatgataatgggggccagaggaacagggaaatccacaacggttaggtcattggtcgatttacttcctgaaatcaaggttgtttttggtgatccat 346  Q
    ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   || || ||||    
T  34590051 ggtgtaatgatcatgggggataggggaacagggaaatctacaactgttaggtcattagtcgatttgcttcctgaaatcaaggttgttgccggcgacccat 34590150  T
Q  347 ataactcagacccagaagatccagaagtcatgggagtcgaagtgagagatcgagttataaaaggggagcaactttccattgtgttgagcaaaatcaacat 446  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||  | ||||||||||| || ||  | ||||| ||||| |||    |||||||   |||||| |||||    
T  34590151 ataattcagatccagaagatccggaattcatgggtattgaagtgagagagcgtgtgttgaaaggagagcagcttgaggttgtgttttccaaaattaacat 34590250  T
Q  447 ggttgatttgccattaggagctacagaagatagggtgtgtggaacaattgacattgaaaaagctctcactgagggtgtcaaggcatttgagccaggacta 546  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||  ||    
T  34590251 ggtggatttgccattgggagctacagaagatagggtctgtggaacaattgatatcgaaaaagccctcaccgaaggtgtgaaggcatttgagcctggttta 34590350  T
Q  547 ttagctaaagctaatagaggaatcttatatgttgatgaagttaatcttttggatgatcacttggttgatgtgctgttggattctgctgcatcaggttgga 646  Q
     | ||||||||||| || |||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  34590351 ctggctaaagctaacaggggaattctatatgtggatgaagttaatctcttggatgatcacttagttgatgtcttgttggattctgcagcatcaggttgga 34590450  T
Q  647 acacagtggagagagaaggtatttctatctcacatcctgctcggtttatcttaattggttcgggaaatcctgaagaaggggagctcag 734  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34590451 acacagtggagagagaaggtatttcaatcgcacatcctgcacggttcattctaattggttcgggaaatcctgaagaaggggaactcag 34590538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University