View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13126_low_1 (Length: 952)

Name: NF13126_low_1
Description: NF13126
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13126_low_1
NF13126_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-937)||(47624925-47625861)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 885; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 885; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 937
Target Start/End: Original strand, 47624925 - 47625861
Alignment:
Q  1 tataaaccattgcatgaaactttatagtacagttatgaaatgtcatggtcatgacatagtttgttttgttttccacattgcaataccccaaaaaacgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47624925 tataaaccattgcatgaaactttatagtacagttatgaaatgtcatggtcatgacatagtttgttttgttttccacattgcaataccccaaaaaacgata 47625024  T
Q  101 tttagatcattgtctaccacagcaaaacttgcaggcagcagagttaacttgaataatttgcacagacatataaacactaaacaacaataatctagcagct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625025 tttagatcattgtctaccacagcaaaacttgcaggcagcagagttaacttgaataatttgcacagacatataaacactaaacaacaataatctagcagct 47625124  T
Q  201 taaacagctatagtaaaatcatgtcatgccactgagagtacagagtcatctcttaatattgaaggtaattggtaccttggagagctccagtgaaggagga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625125 taaacagctatagtaaaatcatgtcatgccactgacagtacagagtcatctcttaatattgaaggtaattgttaccttggagagctccagtgaaggagga 47625224  T
Q  301 ataactatagagctgatcttcaacaggcacctctctgaagaatctttctccctcttgtctgtgctgagaattctcctgtatattggaggagcccatatat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625225 ataactatagagctgatcttcaacaggcacctctctgaagaatctttctccctcttgtctgtgctgagaattctcctgtatattggaggagcccatatat 47625324  T
Q  401 gtgatgagtctctcatttgctcacttaattgaccagatagcttcattatagcctgccgacgaaaggttgaaattggttatcaaaagaaatttctacactt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625325 gtgatgagtctctcatttgctcacttaattgaccagatagcttcattatagcctgccgacgaaaggttgaaattggttatcaaaagaaatttctacactt 47625424  T
Q  501 taatatgaattcaaataataaacacaaaggagatccagagcaacatagccaggcatgcataaaagtctatttttagttagtcagtggcattgttgatgaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625425 taatatgaattcaaataataaacacaaaggagatccagagcaacatagccaggcatgcataaaagtctatttttagttagtcagtggcattgttgatgaa 47625524  T
Q  601 taataatacaaatgatgatctttggttctctctgtaataaattttaagacnnnnnnnntatgttgataaaaaaggcaaagagaatagaagataagtt-aa 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47625525 taataatacaaatgatgatctttggttctctctgtaataaattttaagac-aaaaaaatattttgataaaaaaggcaaagagaatagaagataagttaaa 47625623  T
Q  700 tttatatgataacttcctaaatctgagactccattttcggtcatcttaatggctcatagtggacacgatgtttccacagatatgcaataatgcaaagcta 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47625624 tttatatgataacttcctaaatctgagactccattttcggtcatcttaatggctcatagtggacacgatgtttccgcagatatgcaataatgcaaagcta 47625723  T
Q  800 tcagacagctagaaataggcaagggtcaagcataagctcgaattctatttcaatatgaggatttatccccaaatttgtgtatcagaatgctgatttcatg 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625724 tcagacagctagaaataggcaagggtcaagcataagctcgaattctatttcaatatgaggatttatccccaaatttgtgtatcagaatgctgatttcatg 47625823  T
Q  900 ataagccagttaacttggtaagaaaacacattaaaaac 937  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625824 ataagccagttaacttggtaagaaaacacattaaaaac 47625861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University