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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF13128_low_1 (Length: 955)
Name: NF13128_low_1
Description: NF13128
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13128_low_1 |
 | |
|
| [»] scaffold0038 (3 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0061 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0017 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0001 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0005 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0038 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0038
Description:
Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 533 - 940
Target Start/End: Original strand, 112198 - 112604
Alignment:
| Q |
533 |
tcgtttgatttatagatattattgnnnnnnncttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactatagtgaattcagcataa |
632 |
Q |
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| T |
112198 |
tcgtttgatttatagatattattgaaaaaa-cttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactatagtgaatacaacataa |
112296 |
T |
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| Q |
633 |
tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatactttggagcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
732 |
Q |
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|
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| T |
112297 |
tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatattttggggcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
112396 |
T |
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| Q |
733 |
agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttattattgaaa |
832 |
Q |
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| T |
112397 |
agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagttgtgattattattgaaa |
112496 |
T |
|
| Q |
833 |
atataattattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttgt |
932 |
Q |
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| T |
112497 |
atataattattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtaacttttacacttgt |
112596 |
T |
|
| Q |
933 |
tccatatt |
940 |
Q |
| |
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|||||||| |
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| T |
112597 |
tccatatt |
112604 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 689 - 891
Target Start/End: Original strand, 110977 - 111182
Alignment:
| Q |
689 |
taatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaa-ttttatagtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataa |
787 |
Q |
| |
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|
|
| T |
110977 |
taatgtaacaatgtttattttgaatattaatgtagaaagttttatagtatcagctcatcacaattaatcatgtttgtgactttgaatatggttaagataa |
111076 |
T |
|
| Q |
788 |
aatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttattattgaaaatataattattcaaatccaatagaatt-ttaggagtc-aatttttactcttaact |
885 |
Q |
| |
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| T |
111077 |
aatcaaatgtttgaattgatcttaaagttgtgattgttaatgagaatataattaatcaaatccaatagaattaataggactctattttttactcttagct |
111176 |
T |
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| Q |
886 |
tatacg |
891 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
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| T |
111177 |
tatacg |
111182 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 896 - 940
Target Start/End: Original strand, 111348 - 111392
Alignment:
| Q |
896 |
gtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttgttccatatt |
940 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
111348 |
gtttgctaaatataataagagtcaactttacacttgttccatatt |
111392 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 533 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 16273692 - 16273286
Alignment:
| Q |
533 |
tcgtttgatttatagatattattgnnnnnnncttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactatagtgaattcagcataa |
632 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
16273692 |
tcgtttgatttatagatattattgaaaaaa-cttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactatagtgaatacaacataa |
16273594 |
T |
|
| Q |
633 |
tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatactttggagcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
732 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16273593 |
tattcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatattttggggcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
16273494 |
T |
|
| Q |
733 |
agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttattattgaaa |
832 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
16273493 |
agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagttgtgattattattgaaa |
16273394 |
T |
|
| Q |
833 |
atataattattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttgt |
932 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
16273393 |
atataattattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtaacctttacacttgt |
16273294 |
T |
|
| Q |
933 |
tccatatt |
940 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
16273293 |
tccatatt |
16273286 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 533 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 22825001 - 22824594
Alignment:
| Q |
533 |
tcgtttgatttatagatattattgnnnnnnncttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactatagtgaattcagcataa |
632 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
22825001 |
tcgtttgatttatagatattattgaaaaaa-cttaagatactttttagattacaaacataagttattttttatttgtttactatagtgaattcagtataa |
22824903 |
T |
|
| Q |
633 |
tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatactttggagcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
732 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22824902 |
tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatattttggggcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
22824803 |
T |
|
| Q |
733 |
agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttattattgaaa |
832 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
22824802 |
agtatcagctcatcaaaatcagtcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagttgtgattattattgaaa |
22824703 |
T |
|
| Q |
833 |
atataa-ttattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttg |
931 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22824702 |
atataatttattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttg |
22824603 |
T |
|
| Q |
932 |
ttccatatt |
940 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
22824602 |
ttccatatt |
22824594 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 533 - 940
Target Start/End: Original strand, 28321089 - 28321495
Alignment:
| Q |
533 |
tcgtttgatttatagatattattgnnnnnnncttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactatagtgaattcagcataa |
632 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |
|
|
| T |
28321089 |
tcgtttgatttatagatattattgaaaaaa-cttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactacagtgaatacaacataa |
28321187 |
T |
|
| Q |
633 |
tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatactttggagcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
732 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28321188 |
tattcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatattttggggcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
28321287 |
T |
|
| Q |
733 |
agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttattattgaaa |
832 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
28321288 |
agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagttgtgattattattgaaa |
28321387 |
T |
|
| Q |
833 |
atataattattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttgt |
932 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
28321388 |
atataattattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtaacctttacacttgt |
28321487 |
T |
|
| Q |
933 |
tccatatt |
940 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
28321488 |
tccatatt |
28321495 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 689 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 16274916 - 16274712
Alignment:
| Q |
689 |
taatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaa-ttttatagtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataa |
787 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
16274916 |
taatgtaacaatgtttattttgaatgttagtgtataaagttttatagtatcagctcatcataattaatcatgtttgtgactttgaatatggttaagataa |
16274817 |
T |
|
| Q |
788 |
aatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttattattgaaaatataattattcaaatccaatagaatt-ttaggagtcaatttttactcttaactt |
886 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
16274816 |
aatcaaatgtttgaattgatctaaaagttgtgattgttaatgagaatataattaatcaaatccaatagaattaataggactctatttttactcttagctt |
16274717 |
T |
|
| Q |
887 |
atacg |
891 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
16274716 |
atacg |
16274712 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 689 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 22825987 - 22825783
Alignment:
| Q |
689 |
taatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaa-ttttatagtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataa |
787 |
Q |
| |
|
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
22825987 |
taatgtaacaatatttattttgaatgttagtgtagaaagttttatagtatcagctcatcataattaatcatgtttgtgactttgaatatggttaagataa |
22825888 |
T |
|
| Q |
788 |
aatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttattattgaaaatataattattcaaatccaatagaatt-ttaggagtcaatttttactcttaactt |
886 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||| ||| || ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
22825887 |
aatcaaatgtttgaattgatcttaaagttgtgattgttaatgagaatataattaatcaaatccaatagaattaataggactctatttttactcttagctt |
22825788 |
T |
|
| Q |
887 |
atacg |
891 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
22825787 |
atacg |
22825783 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 689 - 891
Target Start/End: Original strand, 28319871 - 28320076
Alignment:
| Q |
689 |
taatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaa-ttttatagtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataa |
787 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
28319871 |
taatgtaacaatgtttattttgaatattaatgtagaaagttttatagtatcagctcatcacaattaatcatgtttgtgactttgaatatggttaagataa |
28319970 |
T |
|
| Q |
788 |
aatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttattattgaaaatataattattcaaatccaatagaatt-ttaggagtc-aatttttactcttaact |
885 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||| || |
|
|
| T |
28319971 |
aatcaaatgtttgaattgatctaaaagttgtgattgttaatgagaatataattaatcaaatccaatagaattaataggactctattttttactcttagct |
28320070 |
T |
|
| Q |
886 |
tatacg |
891 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
28320071 |
tatacg |
28320076 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 398 - 498
Target Start/End: Original strand, 16002739 - 16002839
Alignment:
| Q |
398 |
acacacttatccggcaatggggaaaccggaagagtgacttgtgcaatttgggcagccactaacggaaaatccagaatgatgcgagggatattccaattac |
497 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||| || ||||| || ||||| |||| |
|
|
| T |
16002739 |
acacacttatccggtaaaggggagaccggaagagtgacttgaagaatctgggcagccactaacgggaagtcaagaataattcgaggaatgttccacttac |
16002838 |
T |
|
| Q |
498 |
c |
498 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
16002839 |
c |
16002839 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 896 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 16274545 - 16274501
Alignment:
| Q |
896 |
gtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttgttccatatt |
940 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16274545 |
gtttgctaaaaataataagagtcaactttacacttgttccatatt |
16274501 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 896 - 940
Target Start/End: Original strand, 28320242 - 28320286
Alignment:
| Q |
896 |
gtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttgttccatatt |
940 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28320242 |
gtttgctaaatataataagagtcaactttacacttgttccatatt |
28320286 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 896 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 22825616 - 22825572
Alignment:
| Q |
896 |
gtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttgttccatatt |
940 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
22825616 |
gtttgataaaaataataagagtcaactttacacttgtttcatatt |
22825572 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 533 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 32968424 - 32968018
Alignment:
| Q |
533 |
tcgtttgatttatagatattattgnnnnnnncttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactatagtgaattcagcataa |
632 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32968424 |
tcgtttgatttatagatattattgaaaaaa-cttaagatactttttagtttacaaacataagttattctttatttgtttactatagtgaattcagcataa |
32968326 |
T |
|
| Q |
633 |
tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatactttggagcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
732 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32968325 |
tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatattttggggcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
32968226 |
T |
|
| Q |
733 |
agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttattattgaaa |
832 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |
|
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| T |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
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Target Start/End: Original strand, 10024136 - 10024542
Alignment:
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T |
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Q |
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T |
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Q |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 533 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 42394975 - 42394570
Alignment:
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Q |
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T |
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732 |
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T |
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832 |
Q |
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T |
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Q |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
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Target Start/End: Complemental strand, 42396216 - 42396012
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Q |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 689 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 32969968 - 32969797
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Q |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 689 - 899
Target Start/End: Original strand, 10023087 - 10023299
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Q |
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T |
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| Q |
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886 |
Q |
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T |
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T |
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Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
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Target Start/End: Complemental strand, 42395845 - 42395801
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Q |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 896 - 940
Target Start/End: Original strand, 10023458 - 10023502
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Q |
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T |
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Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 896 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 32969591 - 32969547
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Q |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 533 - 940
Target Start/End: Original strand, 19046700 - 19047106
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T |
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832 |
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| T |
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agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagttgtgattattattgaaa |
19046998 |
T |
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932 |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 567 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 39833381 - 39833007
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T |
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T |
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T |
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Q |
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|
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gtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtaacctttacacttgttccatatt |
39833007 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 533 - 940
Target Start/End: Original strand, 26239658 - 26240064
Alignment:
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T |
|
| Q |
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tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatactttggagcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
732 |
Q |
| |
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| T |
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tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatattttggggcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
26239856 |
T |
|
| Q |
733 |
agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttattattgaaa |
832 |
Q |
| |
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| T |
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aggatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaatattaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagttgtgattattattgaaa |
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T |
|
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atataattattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttgt |
932 |
Q |
| |
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| T |
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atataattattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttacttttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttat |
26240056 |
T |
|
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tccatatt |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 689 - 891
Target Start/End: Original strand, 19045479 - 19045683
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19045679 |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 689 - 890
Target Start/End: Complemental strand, 39834924 - 39834721
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Q |
| |
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T |
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Q |
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| T |
39834724 |
atac |
39834721 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 896 - 940
Target Start/End: Original strand, 19045850 - 19045894
Alignment:
| Q |
896 |
gtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttgttccatatt |
940 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19045850 |
gtttgctaaaaataataagagtcaactttacacttgttccatatt |
19045894 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 896 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 39834553 - 39834509
Alignment:
| Q |
896 |
gtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttgttccatatt |
940 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39834553 |
gtttgctaaaaataataagagtcaactttacacttgttccatatt |
39834509 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 296
Target Start/End: Original strand, 32132348 - 32132447
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| Q |
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296 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| |||| |||| || ||||| ||||| ||||| |||||||| | ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||| |
|
|
| T |
32132348 |
gaaactaaggtgcagccccgcattcgtaagttctcatcagttgggagcttagacaacatcatgcgccagaaaacaaaagaatgtgagggaggaatgcaag |
32132447 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 197 - 306
Target Start/End: Original strand, 22022360 - 22022469
Alignment:
| Q |
197 |
gaaactaaagtgcagcctcgcaactgtaaattttcatctgttggaagcttggacaacatgaaccgccaaaaaacaaaggaatgggacggaggaatgcaag |
296 |
Q |
| |
|
||||||| ||| ||||| ||| | ||||||| || || || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || || ||||| || ||||||| |
|
|
| T |
22022360 |
gaaactatagtacagccacgcgtccgtaaattatcgtccgtgggaagcttggacaacattaaacgccagaaaacaaaagagtgcgacggtggtatgcaag |
22022459 |
T |
|
| Q |
297 |
gacgccaaat |
306 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
22022460 |
tgcgccaaat |
22022469 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 533 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 29996353 - 29995947
Alignment:
| Q |
533 |
tcgtttgatttatagatattattgnnnnnnncttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactatagtgaattcagcataa |
632 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |
|
|
| T |
29996353 |
tcgtttgatttatagatattattgaaaaaa-cttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactatagtgaatacaacataa |
29996255 |
T |
|
| Q |
633 |
tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatactttggagcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
732 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29996254 |
tattcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatattttggggcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
29996155 |
T |
|
| Q |
733 |
agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttattattgaaa |
832 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
29996154 |
agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagttgtgattattattgaaa |
29996055 |
T |
|
| Q |
833 |
atataattattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttgt |
932 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
29996054 |
atataattattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtaacctttacacttgt |
29995955 |
T |
|
| Q |
933 |
tccatatt |
940 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
29995954 |
tccatatt |
29995947 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 689 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 29997577 - 29997373
Alignment:
| Q |
689 |
taatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaa-ttttatagtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataa |
787 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
29997577 |
taatgtaacaatgtttattttgaatgttagtgtataaagttttatagtatcagctcatcataattaatcatgtttgtgactttgaatatggttaagataa |
29997478 |
T |
|
| Q |
788 |
aatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttattattgaaaatataattattcaaatccaatagaatt-ttaggagtcaatttttactcttaactt |
886 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
29997477 |
aatcaaatgtttgaattgatctaaaagttgtgattgttaatgagaatataattaatcaaatccaatagaattaataggactctatttttactcttagctt |
29997378 |
T |
|
| Q |
887 |
atacg |
891 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
29997377 |
atacg |
29997373 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 189 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 21354448 - 21354109
Alignment:
| Q |
189 |
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288 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
21354448 |
gacacatggaaaccaaagtgcagccccttgactgtaaattctcatctgttggaagcttggataacatgaaccgccaaaagataaaggagtgggacggagg |
21354349 |
T |
|
| Q |
289 |
aatgcaaggacgccaaattgtcgaggcccaatcaagtgttggcggatctggataaaggaattggaaggcaagtttagcagagagctcaccatccgttgag |
388 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||| ||| ||||| || || |||| | ||| ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
21354348 |
aatgcgaggacgccaaataaccgaagcccattctagctttggggaggacagatttaggaattggaaagctagtttggccgagagttcaccatctaatgag |
21354249 |
T |
|
| Q |
389 |
tgaatccacacacacttatccggcaatggggaaaccggaagagtgacttgtgcaatttgggcagccactaacggaaaatccagaatgatgcgagggatat |
488 |
Q |
| |
|
||||| || | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| || || | |
|
|
| T |
21354248 |
tgaattcagatgcacttatccgacaatggggaaaccggaagggtgactagcataatttgggcagccactaacgggaaatcaagtataatgcggggaatgt |
21354149 |
T |
|
| Q |
489 |
tccaattaccgttagcaataacaaaagaaagattcgcctt |
528 |
Q |
| |
|
|||| ||||| | ||| || ||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
21354148 |
tccatttaccatcagccatgacaaatgaaagattagcctt |
21354109 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 896 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 29997206 - 29997162
Alignment:
| Q |
896 |
gtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttgttccatatt |
940 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29997206 |
gtttgctaaaaataataagagtcaactttacacttgttccatatt |
29997162 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0061 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:
Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 533 - 940
Target Start/End: Original strand, 40649 - 41055
Alignment:
| Q |
533 |
tcgtttgatttatagatattattgnnnnnnncttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactatagtgaattcagcataa |
632 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |
|
|
| T |
40649 |
tcgtttgatttatagatattattgaaaaaa-cttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactattatgaattcaacacaa |
40747 |
T |
|
| Q |
633 |
tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatactttggagcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
732 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40748 |
tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatattttggggcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
40847 |
T |
|
| Q |
733 |
agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttatta-ttgaa |
831 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |
|
|
| T |
40848 |
agtatcaactcatcaaaatgaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagttgtgattattatttgaa |
40947 |
T |
|
| Q |
832 |
aatataattattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttg |
931 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40948 |
aatataattattcaaatccaatagaattttaggagtcgattttgactcttaacttatacgacatgtttgct-aaaataataagagtcacctttacacttg |
41046 |
T |
|
| Q |
932 |
ttccatatt |
940 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
41047 |
ttccatatt |
41055 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0017 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:
Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 533 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 158136 - 157730
Alignment:
| Q |
533 |
tcgtttgatttatagatattattgnnnnnnncttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactatagtgaattcagcataa |
632 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |
|
|
| T |
158136 |
tcgtttgatttatagatattattgaaaaaa-cttaagatactttttagtttacaaacataagttattttttatttgtttactattatgaattcaacacaa |
158038 |
T |
|
| Q |
633 |
tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatactttggagcatataatgtaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
732 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
158037 |
tactcaaatgagttttaagataaattactcaaaacaactttatattttggggcatataatttaaacatgtttattttgaatgttagtgtagaaattttat |
157938 |
T |
|
| Q |
733 |
agtatcagctcatcaaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttatta-ttgaa |
831 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |
|
|
| T |
157937 |
agtatcaactcatcaaaatgaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagttgtgattattatttgaa |
157838 |
T |
|
| Q |
832 |
aatataattattcaaatccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttg |
931 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
157837 |
aatataattattcaaatccaatagaattttaggagtcgattttgactcttaacttatacgacatgtttgct-aaaataataagagtcacctttacacttg |
157739 |
T |
|
| Q |
932 |
ttccatatt |
940 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
157738 |
ttccatatt |
157730 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 178; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 747 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 31973384 - 31973191
Alignment:
| Q |
747 |
aaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagctgtatttattattgaaaatataattattcaa |
846 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31973384 |
aaaatcaatcatgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaatcaaatgtttgaattgatctaaaagttgtgattattattgaaaatataattattcaa |
31973285 |
T |
|
| Q |
847 |
atccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataataagagtcacctttacacttgttccatatt |
940 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31973284 |
atccaatagaattttaggagtcaatttttactcttaacttatacgacatgtttgctaaaaataattagagtcacctttacacttgttccatatt |
31973191 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 131 - 498
Target Start/End: Original strand, 10992715 - 10993082
Alignment:
| Q |
131 |
gagaaaggacattccagaaataagtgagtagatgattctttctgcttggaacatagaggacacatggaaactaaagtgcagcctcgcaactgtaaatttt |
230 |
Q |
| |
|
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || | |||| |||||||||||||| || |||||||| | ||| |||||||||| |
|
|
| T |
10992715 |
gagaaagcacattcaagaaataagtgagtagatgattccgcctggttatagcataagggacacatggaaaccaaggtgcagcccctcaattgtaaatttt |
10992814 |
T |
|
| Q |
231 |
catctgttggaagcttggacaacatgaaccgccaaaaaacaaaggaatgggacggaggaatgcaaggacgccaaattgtcgaggcccaatcaagtgttgg |
330 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||| || ||||| ||||| ||||| ||||||| ||| | |||||||| || |||| |
|
|
| T |
10992815 |
catccgttggaagcttggataacataaaccgccaaaatataaaagagtgggatggagggatgcagggacgccgaataacagcagcccaatctagatttgg |
10992914 |
T |
|
| Q |
331 |
cggatctggataaaggaattggaaggcaagtttagcagagagctcaccatccgttgagtgaatccacacacacttatccggcaatggggaaaccggaaga |
430 |
Q |
| |
|
||| | |||| ||| |||||||| ||||| || | ||| | |||||| || || |||| ||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
10992915 |
tggagccggattaagaaattggaaagcaagctttgaagataactcaccgtcatgggaatgaagccaaacacacttgtccggtaaaggggagaccggaaga |
10993014 |
T |
|
| Q |
431 |
gtgacttgtgcaatttgggcagccactaacggaaaatccagaatgatgcgagggatattccaattacc |
498 |
Q |
| |
|
|||||||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||| || ||||| || ||||| ||||| |
|
|
| T |
10993015 |
gtgacttgaagaatctgggcagccactaacgggaagtcaagaataattcgaggaatgttccacttacc |
10993082 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 42066609 - 42066545
Alignment:
| Q |
242 |
agcttggacaacatgaaccgccaaaaaacaaaggaatgggacggaggaatgcaaggacgccaaat |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
42066609 |
agcttggacagcatgagccgccaaaaaataaaggagtgtgacggagggatgcaagaacgccaaat |
42066545 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 80; Significance: 5e-37; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 194 - 528
Target Start/End: Original strand, 33852987 - 33853318
Alignment:
| Q |
194 |
atggaaactaaagtgcagcctcgcaactgtaaattttcatctgttggaagcttggacaacatgaaccgccaaaaaacaaaggaatgggacggaggaatgc |
293 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||| |||||||| || || |||||| | | || ||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
33852987 |
atggaaaccaaagtgcagcccctcgactgtaaattttcatccgttgggagcttggataaaattaaccgctagagaagaaaggaatgggacggaggaatac |
33853086 |
T |
|
| Q |
294 |
aaggacgccaaattgtcgaggcccaatcaagtgttggcggatctggataaaggaattggaaggcaagtttagcagagagctcaccatccgttgagtgaat |
393 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| ||| | |||| ||| |||| || | |||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| || || | |
|
|
| T |
33853087 |
aaggccgccaaata-tcg--gaccaagcaacctttggaggcgccggattaagaaattggaacgcaagtttagcaaagagctctccatccggagaatggac |
33853183 |
T |
|
| Q |
394 |
ccacacacacttatccggcaatggggaaaccggaagagtgacttgtgcaatttgggcagccactaacggaaaatccagaatgatgcgagggatattccaa |
493 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||| |||| ||||| || || ||||| | ||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| |
|
|
| T |
33853184 |
ccaaacacacttatccagcaaaggggagactgggagagtaatttgcataatttgtgcagccactaacgggaaatcaagaataattcgaggaattttccat |
33853283 |
T |
|
| Q |
494 |
ttaccgttagcaataacaaaagaaagattcgcctt |
528 |
Q |
| |
|
||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| |
|
|
| T |
33853284 |
ttaccattagtaataacaaaagcgagattagcctt |
33853318 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 757 - 814
Target Start/End: Complemental strand, 7968211 - 7968153
Alignment:
| Q |
757 |
atgtttgtgactttgaatgtggttaagataaaa-tcaaatgtttgaattgatctaaaag |
814 |
Q |
| |
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| T |
7968211 |
atgtgtgtgactttaaatgtggttaagataaaagtcaaatgcttctattgatctaaaag |
7968153 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0001 (Bit Score: 77; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:
Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 106 - 498
Target Start/End: Original strand, 199368 - 199760
Alignment:
| Q |
106 |
gccgagccataaccagatggtattagagaaaggacattccagaaataagtgagtagatgattctttctgcttggaacatagaggacacatggaaactaaa |
205 |
Q |
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| T |
199368 |
gccgagccaataccatatagttttggagaaagcacattcaagaaataagtgagtagatgattacgcctggttatagcataagggacacatggaaaccaag |
199467 |
T |
|
| Q |
206 |
gtgcagcctcgcaactgtaaattttcatctgttggaagcttggacaacatgaaccgccaaaaaacaaaggaatgggacggaggaatgcaaggacgccaaa |
305 |
Q |
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| T |
199468 |
gtgcagcccctcaattgtaaattttcatcggttggaagcttggataacataaaatgccaaaatataaaagagtgggatggagggatgcagggacgccaga |
199567 |
T |
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| Q |
306 |
ttgtcgaggcccaatcaagtgttggcggatctggataaaggaattggaaggcaagtttagcagagagctcaccatccgttgagtgaatccacacacactt |
405 |
Q |
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| T |
199568 |
tatcagtagcccaatctagatttggtggagccggattaagaaattggaaagcaagctttgaagataactcaccgtcatgggaatgaagccaaacacactt |
199667 |
T |
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| Q |
406 |
atccggcaatggggaaaccggaagagtgacttgtgcaatttgggcagccactaacggaaaatccagaatgatgcgagggatattccaattacc |
498 |
Q |
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| T |
199668 |
atctggcaaaggggagaccagaagagtgacttgaagaatttgggcagccactaacgggaagtcaagaataattcgaggaatgttccacttacc |
199760 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 46; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 389 - 498
Target Start/End: Original strand, 12735052 - 12735161
Alignment:
| Q |
389 |
tgaatccacacacacttatccggcaatggggaaaccggaagagtgacttgtgcaatttgggcagccactaacggaaaatccagaatgatgcgagggatat |
488 |
Q |
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| T |
12735052 |
tgaagccaaacacgcttatccggcaaaggggagaccggaagagtgacttgcataatctgggcagccactaacgggaaatcaagaataattcgaggaatgt |
12735151 |
T |
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| Q |
489 |
tccaattacc |
498 |
Q |
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| T |
12735152 |
tccatttacc |
12735161 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0005 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:
Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 227 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 281636 - 281548
Alignment:
| Q |
227 |
ttttcatctgttggaagcttggacaacatgaaccgccaaaaaacaaaggaatgggacggaggaatgcaaggacgccaaattgtcgaggc |
315 |
Q |
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| T |
281636 |
ttttcatccgtggggagcttagacagcaacaaccgccagaaaacaaaggaatgtgacggaggaatacaaggacgccaaatggtggaggc |
281548 |
T |
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