View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13132_low_3 (Length: 523)

Name: NF13132_low_3
Description: NF13132
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13132_low_3
NF13132_low_3
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (19-505)||(11445355-11445841)
chr4 (19-505)||(11547249-11547735)
chr4 (27-505)||(11507026-11507504)
chr4 (34-472)||(11468378-11468798)
chr4 (34-472)||(11522663-11523083)
chr4 (59-388)||(34775649-34775981)
chr4 (59-388)||(34783870-34784193)
[»] scaffold0794 (1 HSPs)
scaffold0794 (27-505)||(1683-2161)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 11445841 - 11445355
Alignment:
Q  19 agacatcacccaagaaaatggatttcattagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  11445841 agacatcacccaagaaaatggattccagtagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatctgtacaaacatatatacagctttat 11445742  T
Q  119 aaattccatggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11445741 aaattccatggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttg 11445642  T
Q  219 aaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaag 318  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445641 aaactccatccttcgaaagttagtgtcctgtatcgtctcttgcgcctgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaag 11445542  T
Q  319 gagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatcc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445541 gagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatcc 11445442  T
Q  419 atgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagac 505  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11445441 atgtcgtctgaacgtgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaactcagcctatttgagagcgcaagaggagagac 11445355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 505
Target Start/End: Original strand, 11547249 - 11547735
Alignment:
Q  19 agacatcacccaagaaaatggatttcattagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  11547249 agacatcacccaagaaaatggattccagtagcaatggcagtgaagaaagtcagttttatcatgctcaaatccatctgtacaaacatatatacagctttat 11547348  T
Q  119 aaattccatggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11547349 aaattccatggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttg 11547448  T
Q  219 aaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaag 318  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547449 aaactccatccttcgaaagttagtgtcctgtatcgtctcttgcgcctgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaag 11547548  T
Q  319 gagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatcc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547549 gagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatcc 11547648  T
Q  419 atgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagac 505  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11547649 atgtcgtctgaacgtgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaactcagcctatttgagagcgcaagaggagagac 11547735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 505
Target Start/End: Original strand, 11507026 - 11507504
Alignment:
Q  27 cccaagaaaatggatttcattagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattcca 126  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11507026 cccaaaaaaatggatttcagtagcaatggcagtgaagaaaatcaactgtatcacgctcaaatccatctgtacaaacatatatacggctttataaattcca 11507125  T
Q  127 tggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactcca 226  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11507126 tggcactcaaatcagccgtggaactaggcatagcagatgcaatccaaaaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactcca 11507225  T
Q  227 cccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaa 326  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11507226 cccttctaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcgaaaacaacactgatgagtggcaaagaaggagaagaa 11507325  T
Q  327 gaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtc 426  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||    
T  11507326 gaaacaatatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttaccggaacggttcatccatgtcgtc 11507425  T
Q  427 tgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagac 505  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  11507426 tgaacatatggtactcctctacgaaatggctcactgaggagaaggaactcagtctctttgagagcgcaagaggagagac 11507504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 34 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 11468798 - 11468378
Alignment:
Q  34 aaatggatttcattagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattccatggcact 133  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11468798 aaatggatttcaagagcaatggcagtgaagaaactcagctgtatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcact 11468699  T
Q  134 caaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcg 233  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| || ||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  11468698 caaatctgctgtggaactaggaatagtagatgcaatccacaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttct 11468599  T
Q  234 aaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaa 333  Q
    |||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||                  |||||||||||     
T  11468598 aaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgctaacacacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtga------------------aagaagaaacag 11468517  T
Q  334 catattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacat 433  Q
    | ||| ||||||| |||||||||| ||||||||| | |||  ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||| | ||||||||||||  |||| | ||    
T  11468516 cttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatcaatggtgaatcaacttgttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatat 11468417  T
Q  434 gtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaagga 472  Q
    |||||||||||||||||||||| || | ||||| |||||    
T  11468416 gtggcactcctctaagaaatggttctcagaggagaagga 11468378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 34 - 472
Target Start/End: Original strand, 11522663 - 11523083
Alignment:
Q  34 aaatggatttcattagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattccatggcact 133  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11522663 aaatggatttcaagagcaatggcagtgaagaaactcagctgtatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcact 11522762  T
Q  134 caaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcg 233  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| || ||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  11522763 caaatctgctgtggaactaggaatagtagatgcaatccacaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttct 11522862  T
Q  234 aaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaa 333  Q
    |||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||                  |||||||||||     
T  11522863 aaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgctaacacacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtga------------------aagaagaaacag 11522944  T
Q  334 catattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacat 433  Q
    | ||| ||||||| |||||||||| ||||||||| | |||  ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||| | ||||||||||||  |||| | ||    
T  11522945 cttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatcaatggtgaatcaacttgttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatat 11523044  T
Q  434 gtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaagga 472  Q
    |||||||||||||||||||||| || | ||||| |||||    
T  11523045 gtggcactcctctaagaaatggttctcagaggagaagga 11523083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 59 - 388
Target Start/End: Original strand, 34775649 - 34775981
Alignment:
Q  59 tgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattccatggcactcaaatctgctgtggaactaggcata 158  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| | | ||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||    
T  34775649 tgaagaaagtgaactgtatcatgctcaaatccatttgtacaaacatgtatacaactttgttagttccatggctctcaaatcagccatggaactaggcata 34775748  T
Q  159 gctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctct 258  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | | ||| | ||  |||    
T  34775749 gctgatgcaattcacaaccatggaaaaccaatgactctttctgaactagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttaatatacttcaccgattct 34775848  T
Q  259 tgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaagg------agaagaagaaacaacatattctctcactcctcc 352  Q
    | ||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||   |  |||| |||||||||||      ||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  34775849 tacgccttttaacacataatggtttctttgcaaaaacaa---tagtgaaaggcaaagaaggagatgaagaagaagaaatagcatattctctcacacctcc 34775945  T
Q  353 ttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgttt 388  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  34775946 ttcaaagcttctcataagtggaaaaccaacatgttt 34775981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 59 - 388
Target Start/End: Original strand, 34783870 - 34784193
Alignment:
Q  59 tgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattccatggcactcaaatctgctgtggaactaggcata 158  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| | | |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  34783870 tgaagaaagtgaactgtatcatgctcaaatccatttgtacaaacatgtatacaactttgttagttccatggcactcaaatcagccatggaactaggcata 34783969  T
Q  159 gctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctct 258  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||   |||| |||||  |||    
T  34783970 gctgatgcaatccataaccatggaaaaccaatgactctttctgaattagcctcatctttaaaactccacccttctaaagttaacatcctctatcgattct 34784069  T
Q  259 tgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaat 358  Q
    | ||| |  ||||||||||||| |||||| |||||||||||    ||||  | || ||   ||||||||||||| |||||  ||| || ||  ||||||     
T  34784070 tacgccttttaacacacaatggcttctttacaaaaacaaca---gtgaaaagtaatga---agaagaagaaacagcatatggtcttacaccatcttcaaa 34784163  T
Q  359 gcttctcataagtggcaaatcaacatgttt 388  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  34784164 gcttctcataagtggaaaatcgacatgttt 34784193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0794 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0794
Description:

Target: scaffold0794; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 505
Target Start/End: Original strand, 1683 - 2161
Alignment:
Q  27 cccaagaaaatggatttcattagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattcca 126  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1683 cccaaaaaaatggatttcagtagcaatggcagtgaagaaaatcaactgtatcacgctcaaatccatctgtacaaacatatatacggctttataaattcca 1782  T
Q  127 tggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactcca 226  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1783 tggcactcaaatcagccgtggaactaggcatagcagatgcaatccaaaaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactcca 1882  T
Q  227 cccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaa 326  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1883 cccttctaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcgaaaacaacactgatgagtggcaaagaaggagaagaa 1982  T
Q  327 gaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtc 426  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||    
T  1983 gaaacaatatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttaccggaacggttcatccatgtcgtc 2082  T
Q  427 tgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagac 505  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  2083 tgaacatatggtactcctctacgaaatggctcactgaggagaaggaactcagtctctttgagagcgcaagaggagagac 2161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University