View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13133_high_5 (Length: 700)

Name: NF13133_high_5
Description: NF13133
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13133_high_5
NF13133_high_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-681)||(25431021-25431693)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 550; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 550; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 681
Target Start/End: Original strand, 25431021 - 25431693
Alignment:
Q  11 cacagagtagttggttctttataatgtaagtgtatcccttatgctatnnnnnnnngctagaagacagcagcgagcctatgatcattgtaggttatcacaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25431021 cacagagtagttggttctttataatgtaagtgtatcccttatgctataaaaaaaaattagaagacaacagcgagcctataatcattgtaggttatcacaa 25431120  T
Q  111 aacttggagcatacagactactcaacctgttaacaatgaacactgggactgaaaaacaaatgaatacaatgtctctactaagaacattgtaattgaagaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25431121 aacttggagcatacagactactcaacccgttaacaatgaacactgggactggaaaaaaaatgaatacaatgtctctactaagaacattgtaattgaagaa 25431220  T
Q  211 agccacacaaataaggagctcacaatcactaaaagtagtgaatgaagaagtgaactcagatgaaggtcaaaacaataatgtaaggtcacacagaaacaaa 310  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  25431221 agccacacaaataaggagctcactatcactaaaagtagtgaatgaagaagtgaactcagatgaaggtcaaaacatcaatgtaaggtcacacagaaacaaa 25431320  T
Q  311 ctgattccta--agactagtagattgacaacttacttctgatgatgagataggtagtgctggtgaactaatgaattttgcaatgctagtagatgtagaac 408  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25431321 ctgattcctataagactagtagattgacaacttatttctgatgatgagataggtagtgatggtgaactaatgaattttgcaatgctagcagatgtagaac 25431420  T
Q  409 caatttattacataatagcaatgcaagacaaaacctagaaggaagccatgataaaataaccaaagtcaattgagaataatcaaacatgtgaactaatcaa 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25431421 caatttattacataatagcaatgcaagacaaagcccagaaggaagccatgataaaataaccaaagtcaattgagaataatcaaacatgtgaactaatcaa 25431520  T
Q  509 gttaccaagcggtaataaatctattgatgttaaatggattttcaagctaaaactaaacctttatgagaagattgagaagcatgaacctatactcgtggcc 608  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||    
T  25431521 gttaccgagcggtaataaatctattgatgttaaatggattttcaagctaaaactgaacctttatgagaagattgagaagcacgaacctagactcgtgacc 25431620  T
Q  609 aaaggattcttacaaagtgaaggctatgaataatcaagtattatcggtagttgcaagtcatgaaactatcagg 681  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25431621 aaaggattcttacaaagtgaaggctatgaataatgaagtattatgggtagttgcaagtcatgaaactatcagg 25431693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University