View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13134_low_3 (Length: 462)

Name: NF13134_low_3
Description: NF13134
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13134_low_3
NF13134_low_3
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (1-462)||(3618621-3619082)
chr7 (18-462)||(29101663-29102102)
chr7 (18-456)||(29072700-29073139)
chr7 (18-390)||(29115875-29116247)
chr7 (1-323)||(29058262-29058584)
chr7 (1-323)||(29071490-29071812)
chr7 (1-318)||(3617569-3617886)
chr7 (1-297)||(29110974-29111270)
chr7 (1-323)||(29078223-29078545)
chr7 (46-297)||(28956588-28956839)
chr7 (1-303)||(29069028-29069330)
chr7 (29-323)||(29098073-29098367)
chr7 (155-315)||(29113333-29113493)
chr7 (47-197)||(29066632-29066782)
chr7 (415-462)||(29115801-29115848)
chr7 (231-323)||(29064475-29064567)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (18-456)||(11850029-11850468)
chr4 (1-323)||(11851360-11851682)
chr4 (1-303)||(11854094-11854396)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 417; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 3619082 - 3618621
Alignment:
Q  1 tccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3619082 tccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattgg 3618983  T
Q  101 ttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgat 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3618982 ttatcacatgccgaagggccgcctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgctttagtgtgagtagacgctgacggtgaacattgat 3618883  T
Q  201 aagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3618882 aagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacg 3618783  T
Q  301 acactgttgggcttcagagtacagcaaatttgtggtaatcagaaaaactagaaaaagaaaggatgcttttgtgcaaaaactcttcatattgcctatttaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3618782 acactgttgggcttcagagtacaacagatttgtggtaatcagaaaaactagaaaaagaaaggatgcttttgagcaaaaactcttcatattgcctatttaa 3618683  T
Q  401 ttgtannnnnnnccgaatatttgtgtgtttgatatgcatggattggaattctcaaagagtat 462  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3618682 ttgtatttttttccgaatatttgtgtgtttgatatgcatggattggaattctcaaagagtat 3618621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 18 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 29102102 - 29101663
Alignment:
Q  18 taattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagg 117  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  29102102 taattttgttgagacatctactcttgttgttgaaccatccagtagaaagtgcaacaaccggggtgtcatcggaatgatattgattatcacacgctgaagg 29102003  T
Q  118 gccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacattttt 217  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  29102002 tccacctccatctccaccttcttgaaaactattgagcgtgagatacgctttagtgtgagtagatactgatggtgagcatttatatgttgtgtacattttt 29101903  T
Q  218 ccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacgacactgttgggcttcag 317  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  29101902 ccctgtacacaacaatcagagtcattctcctggttacattgtccggaaggagttttttctcctttaattctaccacttggacgacactgttgggctgcag 29101803  T
Q  318 agtacagcaaatttgtggtaatcagaaaaactagaaaaagaaaggatgcttttgtgcaaaaactcttcatattgcctatttaattgt-annnnnnnccga 416  Q
    ||| || ||      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||         ||||    
T  29101802 agtgcaaca------tgataatcagaaaaactagaaaaagaaaggatgcttttgagcaaaaactcttcatgttgtctatttagttgtgtttttcttccga 29101709  T
Q  417 atatttgtgtgtttgatatgcatggattggaattctcaaagagtat 462  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  29101708 gtatttgagtgtttgatatgcatggattgggattctcaaagggtat 29101663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 18 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 29073139 - 29072700
Alignment:
Q  18 taattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagg 117  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  29073139 taattttgttgagacatctactcttgttgttgaaccatccactagaaagtgcaacaactggagtgtcatcagaatgatattgattatcacacgctgaagg 29073040  T
Q  118 gccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacattttt 217  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||| | ||  ||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29073039 accacctccatctccaccttcttgaaaactatttagcgtgataaattctttagtgtgagtagatactgatggtgaacatttataagttgtgtacattttt 29072940  T
Q  218 ccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacgacactgttgggcttcag 317  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  29072939 ccctgtacacaacaatcagagtcattctcctgattacattgtccggaaggagc-ttttcttttttaattctaccacttggacgacattgttgggcttgag 29072841  T
Q  318 agtacagcaaatttgtggtaatcagaaaaact-agaaaaagaaaggatgcttttgtgcaaaaactcttcatattgcctatttaattgt-annnnnnnccg 415  Q
    ||| || |||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||         |||    
T  29072840 agtgcaacaaatttgtgataatcataaaaactaaaaaaaagaaaggatgcttttgagcaaaaactcttcatattgtctatatagttgtgtttttcttccg 29072741  T
Q  416 aatatttgtgtgtttgatatgcatggattggaattctcaaa 456  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29072740 agtatttgtgtgtttgatatgcatggattggaattctcaaa 29072700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 29116247 - 29115875
Alignment:
Q  18 taattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagg 117  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  29116247 taattttgttgagacatctactcttgttgttgaaccatccagtagaaagtgcaacaaccggggtgtcgtcggaatgatattgattatcacacgctgaagg 29116148  T
Q  118 gccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacattttt 217  Q
     ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  29116147 accacctccatctccaccttcttcaaaactattgagcgtgagatatgctttagtgtgagtagatactgatggtgagcatttataagttgtgtacattttt 29116048  T
Q  218 ccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacgacactgttgggcttcag 317  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29116047 ccttgcacacaacaatctgaatcattttcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacggcactgttgggcttcag 29115948  T
Q  318 agtacagcaaatttgtggtaatcagaaaaactagaaaaagaaaggatgcttttgtgcaaaaactcttcatatt 390  Q
    ||| || |||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  29115947 agtgcaacaaatttgtgataacaagaaaaactaggaaaagaaaggatgctttggagcaaaaactctgcatatt 29115875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 323
Target Start/End: Original strand, 29058262 - 29058584
Alignment:
Q  1 tccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattgg 100  Q
    |||||| || || |||||||||||||| |||||||| || || | |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||     
T  29058262 tccattggcacttatggtaattttgttgagacatctgctcttatcgttgaaccatcctgtggaaagtgcaacgactggagtgtcatcagaatgatactga 29058361  T
Q  101 ttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgat 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||| |||| |||||| || |||||||||| ||    
T  29058362 ttatcacatgctgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttaagtgtgaggtatgctttagtatgagcagacaccgatggtgaacattcat 29058461  T
Q  201 aagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacg 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||| | |||  | ||||||||  |||||||    
T  29058462 aagttgtgtacatctttccttgtacacaacaatcagagtcattctctttgttgcattgtccagatggagctttctttcccctgattctaccgtttggacg 29058561  T
Q  301 acactgttgggcttcagagtaca 323  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||    
T  29058562 acacttttgagcttcagaataca 29058584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 323
Target Start/End: Original strand, 29071490 - 29071812
Alignment:
Q  1 tccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattgg 100  Q
    |||||| || || |||||||| ||||| |||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  29071490 tccattggcacttatggtaatcttgttgagacatctgctcttgtcgttgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtgtcatcagaatgatattga 29071589  T
Q  101 ttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgat 200  Q
    |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||    
T  29071590 ttatcacacgctgaaggtccgcctccatctccacctttctggaaactgttaagtgtgaggtatgccttagtatgagtagacactgatggtgaacattcat 29071689  T
Q  201 aagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacg 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||| | |||  | ||||||||  |||||||    
T  29071690 aagttgtgtacatctttccttgtacacaacaatcagagtcattctctttgttgcattgtcccgatggagctttctttcccctgattctaccgtttggacg 29071789  T
Q  301 acactgttgggcttcagagtaca 323  Q
    ||||| ||| || ||||| ||||    
T  29071790 acacttttgagcctcagaataca 29071812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 318
Target Start/End: Original strand, 3617569 - 3617886
Alignment:
Q  1 tccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattgg 100  Q
    |||||| || || |||||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||||| || ||     
T  3617569 tccattggcacttatggtaatcttgttcagacatctgctcttgtcgttgaaccatcctgtggaaagtgcaacgactggtgtatcatcagaatgatactga 3617668  T
Q  101 ttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgat 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||    
T  3617669 ttatcacatgctgaagggccacctccatctccacctttctgaaaactattaagtgtgaggtatgccttagtatgagtagatactgatggtgaacattcat 3617768  T
Q  201 aagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacg 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| || |||||||| | |||  | ||||||||  | |||||    
T  3617769 aagttgtgtacatctttccttgtacacaacaatcagagtcattctctttgttacattgtccagatggagctttctttcccctgattctaccgttcggacg 3617868  T
Q  301 acactgttgggcttcaga 318  Q
    ||||| ||| ||||||||    
T  3617869 acacttttgagcttcaga 3617886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 29110974 - 29111270
Alignment:
Q  1 tccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattgg 100  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||     
T  29110974 tccattagcactgattgtaatgttgtttagacacctgcttttatggttgaaccatccggtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatgatactgc 29111073  T
Q  101 ttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgat 200  Q
    || |||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||  ||    
T  29111074 ttgtcacattctgaaggaccacctccatctccacccttttgaaaactattaagagtgagatatgctttggtgtgagtggacactgatggtgaacatacat 29111173  T
Q  201 aagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttgg 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| ||| | ||||||||| | |||| |||||||||| |||||    
T  29111174 aagttgtgtacatttttccttgtacgcaacaatcagaatcattctcttgattgcattttcctggaggagctttctttcctctaattctaccgcttgg 29111270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 323
Target Start/End: Original strand, 29078223 - 29078545
Alignment:
Q  1 tccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattgg 100  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||     
T  29078223 tccattagcactgattgtaatgttgtttagacacctgcttttatggttgaaccatccggtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatctgaatgatattgc 29078322  T
Q  101 ttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgat 200  Q
    || |||||| | ||||| || |||||||||||||| |||| |||||| || || |||||||||| ||| |||||||| |||||  | |||||||||  ||    
T  29078323 ttgtcacattctgaaggaccgcctccatctccacccttttcaaaactattaagagtgagatatgctttggtgtgagtggacacatatggtgaacatacat 29078422  T
Q  201 aagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacg 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| | ||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||    
T  29078423 aagttgtgtacatttttccttctacacaacaatcagaatcattctcttgattgcattgtcctggaggagctttctttcctctaattctaccgcttggacg 29078522  T
Q  301 acactgttgggcttcagagtaca 323  Q
    ||| |  || |||||||||||||    
T  29078523 acaattctgagcttcagagtaca 29078545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 46 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 28956839 - 28956588
Alignment:
Q  46 gttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaa 145  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  28956839 gttgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtgtcatcagaatggtattgattatcacattctgaagggccacctccatcaccaccattttgaaaa 28956740  T
Q  146 ctgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattct 245  Q
    || || || ||||||||||  || |||| |||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||    
T  28956739 ctattaagagtgagatatgccttggtgtaagtagacactgctggagaacattcataagttgtgtacattttttcttgtacacaacaatcagaatcgttct 28956640  T
Q  246 cctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttgg 297  Q
    | || || |||||||| | |||||| |||| ||||| ||||||||| |||||    
T  28956639 cttgattacattgtcctggaggagcattttttccttcaattctaccgcttgg 28956588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 303
Target Start/End: Original strand, 29069028 - 29069330
Alignment:
Q  1 tccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattgg 100  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||| || || || || |||  |||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||     
T  29069028 tccattcgcacttatggtaatgttgttgaggcacctgctcttgcggttgaaccatccggttgagagtgcaacaacgggagtgtcatcggaatgatactgc 29069127  T
Q  101 ttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgat 200  Q
    || |||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| || || |||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||  ||    
T  29069128 ttgtcacattctgaaggaccacctccatctccacccttttcaaaactattaagagtgagatatgcttttgtgtgagtagacactgatggagaacatacat 29069227  T
Q  201 aagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacg 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||| | ||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||    
T  29069228 atgttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagaatcgttctcttgattacattgtcctggaggagctttctttcctctaattctaccgcttggacg 29069327  T
Q  301 aca 303  Q
    |||    
T  29069328 aca 29069330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 29 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 29098367 - 29098073
Alignment:
Q  29 agacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccat 128  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||||||   |||||||||||||||| | ||| || |||||||| ||||| ||||||||   |||||| ||||| ||||    
T  29098367 agacatctactcttgttatcgaaccatcagatggaaagtgcaacaactgaagtatcgtcagaatgatattgattatcacaatacgaaggaccaccaccat 29098268  T
Q  129 ctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacaca 228  Q
    | ||||||||||||||||| || ||  ||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  29098267 caccacctttttgaaaactattaagtatgagatatgctttagtgtaagtagacactgatggcgaacattcataagttgtatacatttgtccttgtacaca 29098168  T
Q  229 acaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacgacactgttgggcttcagagtaca 323  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||||  ||||| | | || |||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  29098167 acaatcagaatcattctcttgattgcattgtccacaaggaacctcttttccacttattctaccacttggacgacattgttgggcttcagaataca 29098073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 155 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 29113493 - 29113333
Alignment:
Q  155 gtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgc 254  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| ||||| || ||||||| |||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||    
T  29113493 gtgagatatgctttagtgtaagtagatactgatggcgaacattcataagttgtacacatttgtccttgtacccaacaatcagaatcattctcttgattgc 29113394  T
Q  255 attgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacgacactgttgggcttc 315  Q
    ||||| | |||||||| | || |||  | |||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  29113393 attgtgcagaaggagcctcttttccacttattctatcacttggacgacattgttgggcttc 29113333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 47 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 29066782 - 29066632
Alignment:
Q  47 ttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaac 146  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||  || | ||| ||||| |  ||||||||    ||||||||||||||||  ||||    
T  29066782 ttgaaccatccagtggaaagtgccaccacaggcgtatcatcggaataatacttgttgtcacaagttgaagggccgttaccatctccacctttttcgaaac 29066683  T
Q  147 tgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacatt 197  Q
    |||| || ||||||||||  || |||||| |||| || | |||||||||||    
T  29066682 tgttaagagtgagatatgccttcgtgtgactagataccggcggtgaacatt 29066632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 415 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 29115848 - 29115801
Alignment:
Q  415 gaatatttgtgtgtttgatatgcatggattggaattctcaaagagtat 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  29115848 gaatatttgtgtgtttgatatgcatggattgagattctcaaagggtat 29115801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 231 - 323
Target Start/End: Original strand, 29064475 - 29064567
Alignment:
Q  231 aatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacgacactgttgggcttcagagtaca 323  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||| | || || ||||| | |||  | ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||    
T  29064475 aatcagagtcattctctttgttgcattgttcagatggtgctttctttcccctcattctaccatttggacgacacttttgagcttcagaataca 29064567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 456
Target Start/End: Original strand, 11850029 - 11850468
Alignment:
Q  18 taattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagg 117  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  11850029 taattttgttgagacatctactcttgttgttgaaccatccagtagaaagtgcaacaactggggtgtcatcagaatgatattgattatcacacgctgaagg 11850128  T
Q  118 gccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacattttt 217  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11850129 accacctccatctccaccttcttgaaaactattgagcgtgagaaacgctttagtgtgagtagatactgatggtgaacatttataagttgtgtacattttt 11850228  T
Q  218 ccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacgacactgttgggcttcag 317  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11850229 ccctgtacacaacaatcaaagtcattctcctggttacattgtcttgaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacgacactgttgagcttcag 11850328  T
Q  318 agtacagcaaatttgtggtaatcagaaaaactagaaaaagaaaggatgcttttgtgcaaaaactcttcatattgcctatttaattgt-annnnnnnccga 416  Q
    ||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||         || |    
T  11850329 agtgcaacaaatttgtgataatcataaaaactagaaaacaaaaggatgcttttgagcaaaaactcttcatattgtctatatagttgtgtttttcttccaa 11850428  T
Q  417 atatttgtgtgtttgatatgcatggattggaattctcaaa 456  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11850429 gtatttgtgtgtttgatatgcatggattggaattctcaaa 11850468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 11851682 - 11851360
Alignment:
Q  1 tccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattgg 100  Q
    |||||| || || |||||||| ||||| |||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  11851682 tccattggcacttatggtaatcttgttgagacatctgctcttgtcgttgaaccatccggtggaaagtgcaacaactggagtgtcatcagaatgatattga 11851583  T
Q  101 ttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgat 200  Q
    |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||    
T  11851582 ttatcacacgctgaaggtccgcctccatctccacctttctggaaactgttaagtgtgaggtatgccttagtatgagtagacactgatggtgaacattcat 11851483  T
Q  201 aagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacg 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||| | |||  | ||||||||  |||||||    
T  11851482 aagttgtgtacatctttccttgtacacaacaatcagagtcattctctttgttgcattgtcccgatggagctttctttcccctgattctaccgtttggacg 11851383  T
Q  301 acactgttgggcttcagagtaca 323  Q
    ||||| ||| || ||||| ||||    
T  11851382 acacttttgagcctcagaataca 11851360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 11854396 - 11854094
Alignment:
Q  1 tccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattgg 100  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||| || || || || |||| |||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||     
T  11854396 tccattcgcacttatggtaatgttgttgaggcacctgctcttgtggttgaaccatccggttgagagtgcaacaacgggagtgtcatcggaatgatactgc 11854297  T
Q  101 ttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgat 200  Q
    || |||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| || || |||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||  ||    
T  11854296 ttgtcacattctgaaggaccacctccatctccacccttttcaaaactattaagagtgagatatgcttttgtgtgagtagacactgatggagaacatacat 11854197  T
Q  201 aagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctcctttaattctaccacttggacg 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| | ||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||    
T  11854196 atgttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagaatcgttctcttgattgcattgtcctggaggagctttctttcctctaattctaccgcttggacg 11854097  T
Q  301 aca 303  Q
    |||    
T  11854096 aca 11854094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University