View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13136_low_1 (Length: 837)

Name: NF13136_low_1
Description: NF13136
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13136_low_1
NF13136_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (120-827)||(3566418-3567127)
chr1 (18-101)||(3566341-3566424)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 637; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 637; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 120 - 827
Target Start/End: Original strand, 3566418 - 3567127
Alignment:
Q  120 aaccttggatggattttgaacaattccctgaaagatggataactagtttacagcttaaaatgtttgccttgaacaatagacctaataggctctctaatat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3566418 aaccttggatggattttgaacaattccctgaaagatggataactagtttacagcttaaaatgtttgccttgaacaatagacctgataggctctctaatat 3566517  T
Q  220 ctagtatttttgtaaaatctccatgaaccttgttattcttactcttgatgagcaacatgtttccttctcaattgttgatggacaccaaacttttgttata 319  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3566518 ctagtgtttttgtaaaatctccatgaaccttgttattcttattcttgatgagcaacatgtttccttctcaattgttgatggacaccaaacttttgttata 3566617  T
Q  320 tctgttgtgtatgcttccacagattacagaaaaagaagacaattatggaannnnnnn-atctcttttgcaatctcaatatgccttcccatggtgcttcat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3566618 tctgttgtgtatgcttccacagattacagaaaaagaagacaattatggaattttttttatctcttttgcaatctcaatatgccttcccatggtgcttcat 3566717  T
Q  419 atgtgattttaactctattattggagctcatgagcataggtgaagaatcactcctacgaggtcacctatggaagagtttaagtcttggatcgacagaaat 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3566718 atgtgattttaactctattattggagctcatgagcataggtgaagaatcactcctaccaggtcacctatggaagagtttaagtcttgtatcgacagaaat 3566817  T
Q  519 gctttagttcatttgcctgccaatggtgttgaatacacttgggccaatggtaagggaatcaatataagcacataaagaaggttgaatagagacatcacta 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3566818 gctttagttcatttgcctgccaatggtgttgaatacacttgagccaatggtaagggaatcaatataagcacataaagaaggttggatagagacatcacta 3566917  T
Q  619 atcaatcatggttagattcttgtcattcccttacattatcaaccctcacaaaacatcattct-gacaactaatctcttttgctagatgttcaagttaata 717  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3566918 atcagtcatggttagattcttgtcattcccttacattatcaaccctcacaaaacatcattctagacaactaatctcttttgctagatgttcaagttaata 3567017  T
Q  718 acatactttttgcttctcagttcaaattcatgagaatgtgggtttctcatcctgattgttccacaattgttagagatagctggagttttaatgtgattgg 817  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3567018 acatactttttgcttctcagttcaaattcatgagaatgtgggtttctcatcctgattgttccacaattgttagagatagctggatttttaatgtgattgg 3567117  T
Q  818 ttgccctatg 827  Q
    ||||||||||    
T  3567118 ttgccctatg 3567127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 101
Target Start/End: Original strand, 3566341 - 3566424
Alignment:
Q  18 agtatatatattggaatgtaataggcctagctaatcccccatcaagattagctttacaaatacttatttctcttcataaccttg 101  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3566341 agtacatatattggaatgtaataggcctagctaatccctcatcaagattagctttacaaatacttatttctcttcataaccttg 3566424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University