View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13138_high_2 (Length: 743)

Name: NF13138_high_2
Description: NF13138
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13138_high_2
NF13138_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-737)||(7118983-7119703)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 560; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 7119703 - 7118983
Alignment:
Q  19 gtggattcatggtcgaggtttgtaaagtgaaacctttatagataaacacaaatcgttacaggctgcttaaaagtacagtagaagcacatagaagattaca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7119703 gtggattcatggtcgaggtttgtaaagtgaaacctttatagataaacacaaatcgttacaggctgcttaaaagtacagtagaagcacatagaggattaca 7119604  T
Q  119 gctcccagaaatatttcttcatgagaagagttcgctttgcaaaatttcactatcaataaggcattattcttggaacaataagtgctctggatcaaaagtg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7119603 gctcccagaaatatttcttcatgagaagagttcgctttgcaaaattccactatcaataa-gcattattcttggaacaataagtgctctggatcaaaagtg 7119505  T
Q  219 aactgttctgaattgaaagtaaggaatatgaggaagtcaatgaactgatatgaaataccgaagctcagatcannnnnnnnnnnnnnnttttgaatagaca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||||    
T  7119504 aactgttctgaattgaaagtaaggaatatgaggaagtcaatgaactgatatgaaataccgaagctcagatcaatatatattatatatttttgaatagaca 7119405  T
Q  319 aatgtttgcggttaatttgtttggggaggaggaagctgttagcagcagggatcgaacttggacttcttaattctaagtaggatttccaacctataccatt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7119404 aatgtttgcggttaatttgtttggggaggaggaagttgttagcagcagggatcgaacttggacttcttaattctaagtaggatttccaacctataccatt 7119305  T
Q  419 ggactacaccttcagagactcaaatcaaaatatattggtcccgcgtaatggtgtatgtgcaaggggttctgaggtatttgcattggattccatcctccta 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7119304 ggactacaccttcagagactcaaatcaaaatatattggtcctgcgtaatggtgtatgtgcaaggggttctgagatatttgcattggattccatcctccta 7119205  T
Q  519 tggatttgcagattctgaagcaaatctttttatgctaaaagtcttattctannnnnnnnnnnnngcctcattcagtcattccttaccaagtctccaaaat 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7119204 tggatttgcagattctgaagcaaatcttttcatgctaaaagtcttattctatttttacttttttgcctcattcagtcattccttaccaagtctccaaaat 7119105  T
Q  619 gatagtcaagactttggtttgttaagtgagatgagctatttcatgtaaattgaattattgatcatatatgaaaag---nnnnnnnntgatgttaccctca 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||    
T  7119104 gatagtcaagactttggtttgttaagtgagatgagctatttcatgtaaatcgaattattgatcatatatgaaaagaacaaaaaaaatgatgttaccctca 7119005  T
Q  716 atcacacaagtgagtataattt 737  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  7119004 atcacacaagtgagtatgattt 7118983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University