View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13139_low_1 (Length: 907)

Name: NF13139_low_1
Description: NF13139
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13139_low_1
NF13139_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-890)||(1595899-1596782)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 850; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 850; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 890
Target Start/End: Original strand, 1595899 - 1596782
Alignment:
Q  1 gttagagaagtggagaaaatacaacaggtacacttgatgtccgaagacgaggatgatgtttcttgtgatcagtctctaactgatgattccttttcaacta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1595899 gttagagaagtggagaaaatacaacaggtacacttgatgtccgaagacgaggatgatgtttcttgtgatcagtctctaactgatgattccttttcaacta 1595998  T
Q  101 gtaactcagggatttttattgaaagatagataggttgatagatagatgatcaaattaaggttggatgtctaaacctataacatgttgttctttttgtttt 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  1595999 gtaactcagggatttttgttgaaagatagataggttgatagatagatgatcaaattaaggttggatgtctaaacctataacatgtt---ctttttgtttt 1596095  T
Q  201 cgacatcagggtacagtgcaccaaaagaataaagttacatacttctatataatgtttgtttctgtctcaatatgaagacttaaacccgtttttaatttag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1596096 cgacatcagggtacagtgcaccaaaagaataaagttacatacttctatataatgtttgtttctgtctcaatatgaagacttaaacccgtttttaatttag 1596195  T
Q  301 catttaattatatgagaagaataaaagatatatgatcaaatgcagctcatgtgtttgcatcctttgtcaaaaatttactacatatcttgccaaacgaatc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1596196 catttaattatatgagaagaataaaagatatatgatcaaatgcagctcatgtgtttgcatcctttgtcaaaaatttactatatatcttgccaaacgaatc 1596295  T
Q  401 aaatattttagtcttcgaaatcgtagtgattgagagatcaaattacacaacgtctataattcaaagatgaaaacagtgattcacttatatagaggtagtt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1596296 aaatattttagtcttcgaaatcgtagtgattgagagatcaaattacac---gtctataattcaaagatgaaaacagtgattcacttatatagaggtagtt 1596392  T
Q  501 aaataaccacctgctgcacaagattccgatggtcttgcacatgaaaataattgtgagtgtaacactactatgcatcatatattgctcccttgtgatcagc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1596393 aaataaccacctgctgcacaagattccgatggtcttgcacatgaaaataattgtgagtgtaacgctactatgcatcatatattgctcccttgtgatcagc 1596492  T
Q  601 acaaatgtaaaatgtgcatcagtatcatgttacaaattacaaatgtacatcagtgtcatggcattcaatgcaaaactggatcgctaattaaaattccaag 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1596493 acaaatgtaaaatgtgcatcagtatcatgttacaaattacaaatgtacatcagtgtcatggcattcaatgcaaaactggatcgctaattaaaattccaag 1596592  T
Q  701 taaacccgaaataattatacatcatcttatacgatggcatgaaaactataaactacacagcataatgtgccaaagttggtttcactttcactaggtgtta 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1596593 taaacccgaaataattatacatcatcttatacgatggcatgaaaactataaactacacagcataatgtgccaaagttggtttcactttcactaggtgtta 1596692  T
Q  801 ctccctaaaagctttttctctacatcggtagatgaatcttcctgaaagacctgattctcagcctttcctggattgattactgattcatgt 890  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1596693 ctccctaaaagctttttctctacatcggtagatgaatcttcctgaaagacctgattctcagcctttcctggattgattactgattcatgt 1596782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University