View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13139_low_3 (Length: 651)

Name: NF13139_low_3
Description: NF13139
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13139_low_3
NF13139_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-639)||(7541936-7542562)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 590; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 590; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 639
Target Start/End: Original strand, 7541936 - 7542562
Alignment:
Q  18 aaaactctcatgtgcatgctt---tattatattgttacataatgctaattcttaatggacacacaaaatcttataccaattgccattgtcaagcttataa 114  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7541936 aaaactctcatgtgcatgcttaattattatattgttacataatgctaattcttaatggacacacaaaatcttataccaattgccattgtcaagcttataa 7542035  T
Q  115 acatctcattttacatcaagagaattttaaaatggcaaaatatagtaaaagaaatatgcataaatgcaaactcgggtcata--atactactagctataag 212  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  7542036 acttctcattttacatcaagagaattttaaaatggcaaaatatagtaaaagaaatatgcataaatgcaaactcgggtcatagtatactacgagctataag 7542135  T
Q  213 caaaaatcatggattaaatctttaaatagaaacttaagcaaaaaacaatcaaacataacaaaccataatttgtgcccatacaacacctataaacaaggac 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542136 caaaaatcatggattaaatctttaaatagaaacttaagcaaaaaacaatcaaacacaacaaaccataatttgtgcccatacaacacctataaacaaggac 7542235  T
Q  313 aaccttctaattaacatcaccttctcaatgttcatacattaattaaagatgatttagccttttgactataaccctcttccttaattttctctcatcaaat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542236 aaccttctaattaacatcaccttctcaatgttcatacattaattaaagatgatttagccttttgactataaccctcttccttaattttctctcatcaaat 7542335  T
Q  413 tcttcacttgtctcaatctcacactaatcaaatgaaacaacctgctgcaaaatcatcattaaggaggttatgtccaaacatagacaaagaagatggattg 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542336 tcttcacttgtctcaatctcacactaatcaaatgaaacaacctgctgcaaaatcatcattaaggaggttatgtccaaacatagacaaagaagatggattg 7542435  T
Q  513 gaaactgttcttgaaatacctatacctgaagaaatgttttcaaacatgggaagtaatgtgacattaagatggcaaaatatgttaacatggatgaaggctc 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7542436 gaaactgttcttgaaatacctatacctgaagaaatgttttcaaacatgggaagtaatgtgacattaagatggcaaaatatgttaacatggatgaaggctc 7542535  T
Q  613 aaactgaggataaattgtcttccccta 639  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  7542536 aaactgaggataaattgtcttccccta 7542562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University