View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13149_low_2 (Length: 777)

Name: NF13149_low_2
Description: NF13149
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13149_low_2
NF13149_low_2
[»] chr8 (19 HSPs)
chr8 (11-457)||(32914973-32915419)
chr8 (469-585)||(32916032-32916148)
chr8 (682-758)||(41075693-41075769)
chr8 (682-758)||(31774734-31774810)
chr8 (344-433)||(24945367-24945456)
chr8 (682-758)||(2599541-2599617)
chr8 (680-758)||(45413632-45413710)
chr8 (680-758)||(28898005-28898083)
chr8 (584-666)||(14342185-14342267)
chr8 (585-666)||(4076768-4076849)
chr8 (698-758)||(8368483-8368543)
chr8 (698-758)||(16465724-16465784)
chr8 (624-737)||(45502693-45502806)
chr8 (585-758)||(43065904-43066076)
chr8 (688-754)||(27497186-27497252)
chr8 (615-669)||(5749058-5749112)
chr8 (680-738)||(10391399-10391457)
chr8 (689-758)||(11904863-11904932)
chr8 (689-734)||(10592010-10592055)
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (227-439)||(2308149-2308361)
chr1 (615-758)||(19989249-19989390)
chr1 (682-758)||(46845752-46845828)
chr1 (583-758)||(27325624-27325800)
chr1 (680-758)||(33502618-33502696)
chr1 (682-758)||(526995-527071)
chr1 (581-666)||(40030888-40030973)
chr1 (585-758)||(1994963-1995135)
chr1 (585-758)||(2402924-2403097)
chr1 (680-758)||(39858357-39858435)
chr1 (698-758)||(7178223-7178283)
chr1 (680-752)||(26040986-26041058)
chr1 (616-758)||(44797497-44797638)
chr1 (698-758)||(6487738-6487798)
chr1 (680-758)||(13276558-13276636)
chr1 (680-758)||(15225085-15225163)
chr1 (700-758)||(40294845-40294903)
chr1 (680-758)||(49430558-49430636)
chr1 (680-752)||(47571657-47571729)
chr1 (615-666)||(32267494-32267545)
chr1 (615-664)||(15066049-15066099)
chr1 (680-758)||(29731198-29731276)
chr1 (680-737)||(40314123-40314180)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (228-433)||(9359281-9359486)
chr3 (615-758)||(38247808-38247951)
chr3 (581-758)||(48034803-48034981)
chr3 (680-758)||(23004766-23004844)
chr3 (684-737)||(40725878-40725931)
chr3 (698-756)||(39947269-39947327)
chr3 (616-758)||(50989213-50989355)
chr3 (616-758)||(51092345-51092487)
chr3 (698-758)||(8496716-8496776)
chr3 (588-661)||(8496814-8496887)
chr3 (718-758)||(9271120-9271160)
chr3 (698-758)||(33288142-33288202)
chr3 (698-758)||(36674631-36674691)
chr3 (684-758)||(8330690-8330764)
chr3 (684-758)||(46135537-46135611)
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (585-754)||(51579594-51579763)
chr4 (585-758)||(24059134-24059305)
chr4 (677-758)||(51579330-51579411)
chr4 (615-758)||(5817409-5817552)
chr4 (615-758)||(25164500-25164643)
chr4 (680-758)||(41277225-41277303)
chr4 (584-758)||(17044013-17044186)
chr4 (615-758)||(45995924-45996066)
chr4 (615-758)||(37605720-37605863)
chr4 (584-758)||(55281218-55281392)
chr4 (615-666)||(39631039-39631090)
chr4 (680-758)||(42179231-42179309)
chr4 (680-737)||(50498241-50498298)
chr4 (683-758)||(20107120-20107196)
chr4 (694-758)||(48525336-48525400)
chr4 (342-437)||(51091110-51091205)
chr4 (615-661)||(3287186-3287232)
chr4 (703-758)||(32290224-32290279)
chr4 (689-734)||(22364564-22364609)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (615-758)||(47480043-47480184)
chr7 (227-439)||(43805405-43805617)
chr7 (585-758)||(46576241-46576414)
chr7 (680-758)||(42974472-42974550)
chr7 (584-758)||(33496509-33496683)
chr7 (615-758)||(38754926-38755067)
chr7 (698-758)||(31741053-31741113)
chr7 (615-666)||(30922739-30922790)
chr7 (680-758)||(11752607-11752685)
chr7 (681-758)||(13768383-13768460)
chr7 (618-661)||(48460759-48460802)
chr7 (698-758)||(28713687-28713747)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (581-758)||(13696960-13697137)
chr2 (615-758)||(40095273-40095416)
chr2 (581-758)||(36272656-36272833)
chr2 (615-758)||(17823589-17823732)
chr2 (680-758)||(33299989-33300067)
chr2 (682-758)||(3121620-3121696)
chr2 (582-758)||(32599244-32599420)
chr2 (680-758)||(14945830-14945908)
chr2 (581-666)||(14242519-14242604)
chr2 (680-752)||(40216425-40216497)
chr2 (246-433)||(41195074-41195261)
chr2 (680-758)||(24475795-24475873)
chr2 (615-668)||(4434621-4434674)
chr2 (585-666)||(33555361-33555442)
chr2 (698-758)||(42061343-42061403)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (615-758)||(14314015-14314158)
chr6 (584-758)||(9045843-9046016)
chr6 (682-758)||(23915982-23916058)
chr6 (615-758)||(34792680-34792823)
chr6 (680-758)||(12748221-12748299)
chr6 (680-738)||(29429614-29429672)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (582-758)||(13988257-13988433)
chr5 (584-758)||(36890387-36890560)
chr5 (682-758)||(15285339-15285415)
chr5 (585-666)||(11247294-11247375)
chr5 (698-758)||(35906004-35906064)
chr5 (694-737)||(6043035-6043078)
chr5 (615-666)||(20151476-20151527)
chr5 (689-734)||(43100311-43100356)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (242-429)||(520028-520215)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (615-666)||(10260-10311)
[»] scaffold0933 (2 HSPs)
scaffold0933 (615-661)||(3085-3131)
scaffold0933 (698-746)||(3165-3213)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 457
Target Start/End: Original strand, 32914973 - 32915419
Alignment:
Q  11 cacagaacagcccttaagcactgcctatacaattgatcctatgtactccatcactgcataccgaagcctcaaaaccatccagctagaactgtgcatctgt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32914973 cacagaacagcccttaagcactgcctatacaattgatcctatgtacttcatcactgcataccgaagcctcaaaaccatccagctagaactgtgcatctgt 32915072  T
Q  111 aatatgcgctcctaaaaactcacagccggtacacaagcccaaaagcaccgccagttacttcacgtgagaagaaaatctcgacagactcaccagtactgtc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32915073 aatatgcgctcctaaaaactcacagccggtacacaagcccaaaagcaccgccagttacttcacgtgagaagaaaatctcgacagactcaccagtactgtc 32915172  T
Q  211 actacaccccaattagctacttcctcgatagacattcttgaggattccaattccattcataaaataaacatgtttgtatattcagcctacacaaactcca 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32915173 actacaccccaattagctacttcctcgatagacattcttgaggattccaattccattcataaaataaacatgcttgtatattcagcctacacaaactcca 32915272  T
Q  311 ccgccatgaattaaccacaatttccgccaaaagatcatccacatgtttcacctcattacgaaaaatcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaata 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32915273 ccgccatgaattaaccacaatttccgccaaaagatcatccacatgtttcacctcattacgaaaaatcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaata 32915372  T
Q  411 gttgcatgccaaatgatccacaaacctttcaaattatctacttcctc 457  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32915373 gttgcatgccaaatgatccacaaacctttcaaattatctacttcctc 32915419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 469 - 585
Target Start/End: Original strand, 32916032 - 32916148
Alignment:
Q  469 aagaggtgggggaaatggtggtggaaattaaggtattatcgtggaattgcaactattttgtttatggggttgttagtggcagcttattgtttttgaggtg 568  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32916032 aagaggtgggggaaatggtggaggatattaagttattatggtggaattgcaactattttgtttatggggttgttagtggcagcttattgtttttgaggtg 32916131  T
Q  569 cttggtgttccgtttta 585  Q
    |||||||||||||||||    
T  32916132 cttggtgttccgtttta 32916148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 682 - 758
Target Start/End: Original strand, 41075693 - 41075769
Alignment:
Q  682 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  41075693 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgt 41075769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 682 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 31774810 - 31774734
Alignment:
Q  682 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  31774810 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgt 31774734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 344 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 24945456 - 24945367
Alignment:
Q  344 atcatccacatgtttcacctcattacgaaaaatcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaa 433  Q
    ||||||||||| |||||||||||| || |||||  ||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24945456 atcatccacatatttcacctcattccggaaaatacaatgatttctagcttgccaaattgaccaaatagttgcatgccaaataatccacaa 24945367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 682 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 2599617 - 2599541
Alignment:
Q  682 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  2599617 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 2599541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Original strand, 45413632 - 45413710
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  45413632 tgtgtggggaccatatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 45413710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 28898083 - 28898005
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| || |||| |||||||||||    
T  28898083 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgt 28898005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 584 - 666
Target Start/End: Original strand, 14342185 - 14342267
Alignment:
Q  584 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 666  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  14342185 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 14342267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 585 - 666
Target Start/End: Original strand, 4076768 - 4076849
Alignment:
Q  585 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 666  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  4076768 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacatattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 4076849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 698 - 758
Target Start/End: Original strand, 8368483 - 8368543
Alignment:
Q  698 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  8368483 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 8368543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 698 - 758
Target Start/End: Original strand, 16465724 - 16465784
Alignment:
Q  698 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  16465724 acacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgt 16465784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 624 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 45502806 - 45502693
Alignment:
Q  624 attgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtg 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | ||        | ||| |||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  45502806 attgtaccactctatgtgagagtgtctaagaggcaataaatatgagtttttttttgtgtatggagaccacatggacacatgtcacaattgtatatgaatg 45502707  T
Q  724 tacaagtggtacat 737  Q
    ||||||||||||||    
T  45502706 tacaagtggtacat 45502693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 585 - 758
Target Start/End: Original strand, 43065904 - 43066076
Alignment:
Q  585 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 684  Q
    |||||||||||||||| |||||        |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || ||||     
T  43065904 aggataatgttttatgtacacatttttttccatacatacattgtaccattccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg- 43066002  T
Q  685 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||| |||| | | |||| ||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  43066003 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 43066076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 688 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 27497252 - 27497186
Alignment:
Q  688 aaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtct 754  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  27497252 aaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaagtggtct 27497186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 615 - 669
Target Start/End: Original strand, 5749058 - 5749112
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaag 669  Q
    |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5749058 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtaag 5749112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 680 - 738
Target Start/End: Original strand, 10391399 - 10391457
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatg 738  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  10391399 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggcacatg 10391457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 689 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 11904932 - 11904863
Alignment:
Q  689 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || |||| ||||| |||||    
T  11904932 accacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgt 11904863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 689 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 10592055 - 10592010
Alignment:
Q  689 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggta 734  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  10592055 accacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggta 10592010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 133; Significance: 1e-68; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 227 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 2308361 - 2308149
Alignment:
Q  227 ctacttcctcgatagacattcttgaggattccaattccattcataaaataaacatgtttgtatattcagcctacacaaactccaccgccatgaattaacc 326  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||| || ||| |||||||||||| ||||||||| |||    
T  2308361 ctacttcctcgttagacattcttgaggattccaattccattcataatatagacaggtttgcatattaagtctagacaaactccacctccatgaatttacc 2308262  T
Q  327 acaatttccgccaaaagatcatccacatgtttcacctcattacgaaaaatcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatga 426  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2308261 acaatctccgccaaaatatcttccacatgtattacctcattaaggaaaatcgaatggttcctcgcttgccaaatagcccatatagttgcatgccaaatga 2308162  T
Q  427 tccacaaaccttt 439  Q
    |||||||||||||    
T  2308161 tccacaaaccttt 2308149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 615 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 19989390 - 19989249
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactct-atgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattg 713  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||        ||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||    
T  19989390 catacacacattgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacacaaaatgtaagttttt---tatgtgtggaaaccacatggacacatgtcacacttg 19989294  T
Q  714 tatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  19989293 tatgtggatgtacaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgt 19989249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 682 - 758
Target Start/End: Original strand, 46845752 - 46845828
Alignment:
Q  682 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  46845752 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgt 46845828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 583 - 758
Target Start/End: Original strand, 27325624 - 27325800
Alignment:
Q  583 ttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtg-agagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatg 681  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||| |        || ||    
T  27325624 ttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtg 27325723  T
Q  682 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    || |||||||| | | |||| | ||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  27325724 tgggggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 27325800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Original strand, 33502618 - 33502696
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||  ||||| |||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33502618 tgtgtggagaccatgtgaacatatgtcacaattgcatgtaggtgtacaagtggtacatgtcatctaatgtggtctatgt 33502696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 682 - 758
Target Start/End: Original strand, 526995 - 527071
Alignment:
Q  682 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  526995 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 527071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 581 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 40030973 - 40030888
Alignment:
Q  581 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 666  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  40030973 ttttaggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 40030888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 585 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 1995135 - 1994963
Alignment:
Q  585 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 684  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || ||||     
T  1995135 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg- 1995037  T
Q  685 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    | | |||| |   |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  1995036 gaggaccacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 1994963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 585 - 758
Target Start/End: Original strand, 2402924 - 2403097
Alignment:
Q  585 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 684  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       |||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||| |||| ||        | ||||     
T  2402924 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccattccatgtgagagtgtgcgagagacaatacatgtgagtttttttttgtgtgg 2403023  T
Q  685 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||| |||| | |||||| | ||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  2403024 ggggaccacaagaacacttttcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgt 2403097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 39858435 - 39858357
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| || |||| |||||||||||    
T  39858435 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgt 39858357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 698 - 758
Target Start/End: Original strand, 7178223 - 7178283
Alignment:
Q  698 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  7178223 acacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgt 7178283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 680 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 26041058 - 26040986
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggt 752  Q
    |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||    
T  26041058 tgtgtggggaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggt 26040986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 616 - 758
Target Start/End: Original strand, 44797497 - 44797638
Alignment:
Q  616 atacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgta 715  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || | || ||| |||| | | |||| | ||| ||||||     
T  44797497 atacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtttg-ggggaccacaaggacacttatcaaaattgtg 44797595  T
Q  716 tatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  44797596 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 44797638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 698 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 6487798 - 6487738
Alignment:
Q  698 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  6487798 acacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgt 6487738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Original strand, 13276558 - 13276636
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||  || |||| |||||||||||    
T  13276558 tgtgtgggtaccacatggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgt 13276636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Original strand, 15225085 - 15225163
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| ||||| || ||| |||||||||||| || |||||||| |||| ||||||| || |||| |||||||||||    
T  15225085 tgtgtggggaccatgtggacatatgtcacaattgcatgtgggtgtataagttgtacatgccacctaaggtggtctatgt 15225163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 700 - 758
Target Start/End: Original strand, 40294845 - 40294903
Alignment:
Q  700 acatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  40294845 acatgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgt 40294903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Original strand, 49430558 - 49430636
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||  |||| ||| ||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  49430558 tgtgtggagaccagatggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 49430636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 680 - 752
Target Start/End: Original strand, 47571657 - 47571729
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggt 752  Q
    ||||| || |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||| |||| |||||    
T  47571657 tgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggt 47571729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 615 - 666
Target Start/End: Original strand, 32267494 - 32267545
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 666  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  32267494 catacacacattgtactactccatgtgagagtgtgtgagagccaatacatgt 32267545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 615 - 664
Target Start/End: Original strand, 15066049 - 15066099
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactct-atgtgagagtgtgtaagagacaataaat 664  Q
    |||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  15066049 catacatacaatgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacaataaat 15066099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 29731276 - 29731198
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||||| || |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||| || |||| ||||| |||||    
T  29731276 tgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgt 29731198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 680 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 40314180 - 40314123
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacat 737  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||    
T  40314180 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacat 40314123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 228 - 433
Target Start/End: Original strand, 9359281 - 9359486
Alignment:
Q  228 tacttcctcgatagacattcttgaggattccaattccattcataaaataaacatgtttgtatattcagcctacacaaactccaccgccatgaattaacca 327  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||  |||||| |||||||||||||||| |||||||| |    
T  9359281 tacttccttaatagacattcttgtggattccaattccattcataatataagcatgtttgcatatcaagcctatacaaactccaccgccacgaattaacaa 9359380  T
Q  328 caatttccgccaaaagatcatccacatgtttcacctcattacgaaaaatcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgat 427  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9359381 caatctccgacaaaagatcatccacatgcttcacctcatttcggaagatcatatgattcctagcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaataat 9359480  T
Q  428 ccacaa 433  Q
    ||||||    
T  9359481 ccacaa 9359486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 615 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 38247951 - 38247808
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |        || |||| |||||||| | | |||| ||||| ||||||    
T  38247951 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgt 38247852  T
Q  715 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
     | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  38247851 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 38247808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 581 - 758
Target Start/End: Original strand, 48034803 - 48034981
Alignment:
Q  581 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtat 680  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| || | ||       || |    
T  48034803 tttttggataatgttttatgtacacacttttttccatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatttgagtttttttgtgt 48034902  T
Q  681 gt-gtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    || | ||| |||| | | |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  48034903 gtgggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgt 48034981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 23004844 - 23004766
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  23004844 tgtgtggggaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 23004766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 684 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 40725931 - 40725878
Alignment:
Q  684 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacat 737  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40725931 tggggaccatataaacacatgtaacaattgtatatggatgtacaagtggtacat 40725878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 698 - 756
Target Start/End: Original strand, 39947269 - 39947327
Alignment:
Q  698 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctat 756  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  39947269 acacatatcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgtcacttaaggtggtctat 39947327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 616 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 50989355 - 50989213
Alignment:
Q  616 atacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgta 715  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       |  | |  ||| |||| | | |||| ||||| ||||||     
T  50989355 atacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 50989256  T
Q  716 tatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  50989255 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 50989213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 616 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 51092487 - 51092345
Alignment:
Q  616 atacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgta 715  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       |  | |  ||| |||| | | |||| ||||| ||||||     
T  51092487 atacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 51092388  T
Q  716 tatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  51092387 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 51092345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 698 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 8496776 - 8496716
Alignment:
Q  698 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  8496776 acacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 8496716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 588 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 8496887 - 8496814
Alignment:
Q  588 ataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaata 661  Q
    ||||||||| ||||||||||       |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  8496887 ataatgtttcatgcacacactttttttcatacacacattctaccactccatgtgagagtatgtgagagacaata 8496814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 718 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 9271160 - 9271120
Alignment:
Q  718 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  9271160 tgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgt 9271120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 698 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 33288202 - 33288142
Alignment:
Q  698 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||    
T  33288202 acacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaaggtggtctatgt 33288142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 698 - 758
Target Start/End: Original strand, 36674631 - 36674691
Alignment:
Q  698 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||    
T  36674631 acacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgt 36674691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 684 - 758
Target Start/End: Original strand, 8330690 - 8330764
Alignment:
Q  684 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||| |||| ||| ||| || |||||||||| | ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  8330690 tggggaccacatggacatatatcacaattgtgtgtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgt 8330764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 684 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 46135611 - 46135537
Alignment:
Q  684 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||| ||| |||  ||||||||||    
T  46135611 tgggaaccatgcggacacatgtcacaattgtatgtaggtgtacaaatgatacatgccatttaagatggtctatgt 46135537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 4e-37; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 585 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 51579763 - 51579594
Alignment:
Q  585 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 684  Q
    |||||||||||||||| | ||||       ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||    
T  51579763 aggataatgttttatgtaaacactttctttcatacacacattgtaccaccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtgagtttttttgtatgtgt 51579664  T
Q  685 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtct 754  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  51579663 gggaatcacatggacacatgtcacaattgtatttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct 51579594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 585 - 758
Target Start/End: Original strand, 24059134 - 24059305
Alignment:
Q  585 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 684  Q
    |||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||  |        ||  ||||    
T  24059134 aggataatgttttatgtacacactttcttccatacacacattgtaccaccccatgtaagagtgtgtaagagacaataaatgatattttttttgt--gtgt 24059231  T
Q  685 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||    
T  24059232 gggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgt 24059305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 677 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 51579411 - 51579330
Alignment:
Q  677 gtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  51579411 gtatgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 51579330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 615 - 758
Target Start/End: Original strand, 5817409 - 5817552
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 714  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| | |||||||| |||||||||||| | ||       || |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  5817409 catacacacattgtaccaccccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttggtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgt 5817508  T
Q  715 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
     | ||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||    
T  5817509 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgt 5817552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 615 - 758
Target Start/End: Original strand, 25164500 - 25164643
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 714  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || ||||  ||||||| | | |||| ||||| ||||||    
T  25164500 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggaggaaccacaaggacacttgtcaaaattgt 25164599  T
Q  715 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
     | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  25164600 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 25164643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 41277303 - 41277225
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  41277303 tgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgt 41277225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 584 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 17044186 - 17044013
Alignment:
Q  584 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 683  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||  |        || ||||    
T  17044186 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgggactttttttgtgtgtg 17044087  T
Q  684 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
     |||||||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  17044086 -gggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 17044013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 615 - 758
Target Start/End: Original strand, 45995924 - 45996066
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtggga-accatatgaacacatgtcacaattg 713  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       |  ||||||||| |||| | |||||| ||||| |||||    
T  45995924 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttg--tgtgtgggagaccacaagaacacttgtcaaaattg 45996021  T
Q  714 tatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    | | ||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||    
T  45996022 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgt 45996066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 615 - 758
Target Start/End: Original strand, 37605720 - 37605863
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 714  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||| |        || |||| ||| |||| | | |||| ||||| ||||||    
T  37605720 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagggacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 37605819  T
Q  715 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
     | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  37605820 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 37605863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 584 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 55281392 - 55281218
Alignment:
Q  584 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 683  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||| |        || ||||    
T  55281392 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacatacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 55281293  T
Q  684 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
     ||| |||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  55281292 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 55281218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 615 - 666
Target Start/End: Original strand, 39631039 - 39631090
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 666  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  39631039 catatacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 39631090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Original strand, 42179231 - 42179309
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||  || |||| |||||||||||    
T  42179231 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgt 42179309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 680 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 50498298 - 50498241
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacat 737  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  50498298 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacat 50498241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 683 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 20107196 - 20107120
Alignment:
Q  683 gtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatggg-tgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  20107196 gtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 20107120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 694 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 48525400 - 48525336
Alignment:
Q  694 atgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||    
T  48525400 atgaacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgt 48525336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 342 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 51091205 - 51091110
Alignment:
Q  342 agatcatccacatgtttcacctcattacgaaaaatcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaaacct 437  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||| |  ||||||||  |||||||||   || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  51091205 agatcttccacatatttcacatcattccgaaaaataatgtgattcctaacttgccaaaggaccaaaatagttgcatgccaaatcatccataaacct 51091110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 615 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 3287232 - 3287186
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaata 661  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  3287232 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagataata 3287186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 703 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 32290279 - 32290224
Alignment:
Q  703 tgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||  ||||||||||    
T  32290279 tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgt 32290224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 689 - 734
Target Start/End: Original strand, 22364564 - 22364609
Alignment:
Q  689 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggta 734  Q
    |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22364564 accacatggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggta 22364609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 615 - 758
Target Start/End: Original strand, 47480043 - 47480184
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactct-atgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattg 713  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47480043 catacacacattgtaccacccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagtttttttgt--gtgtgggaaccatatggacacatgtcacaattg 47480140  T
Q  714 tatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||    
T  47480141 tat-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgt 47480184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 227 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 43805617 - 43805405
Alignment:
Q  227 ctacttcctcgatagacattcttgaggattccaattccattcataaaataaacatgtttgtatattcagcctacacaaactccaccgccatgaattaacc 326  Q
    |||||||||| | || || ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| || |  ||     
T  43805617 ctacttcctcaaaaggcactcttgaggattccaacttcattcataatataaacaagtttgcatattaagcctatacaaactccaccgccacgactgcaca 43805518  T
Q  327 acaatttccgccaaaagatcatccacatgtttcacctcattacgaaaaatcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatga 426  Q
    | ||| | |   ||||| |||||| | |||||| |||  |  || | |||||||||||| ||| ||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |    
T  43805517 ataatatacagtaaaagttcatcctcttgtttctccttgtagcggagaatcaaatgatttctcacttgccagataccctaaagagttgcatgccaaataa 43805418  T
Q  427 tccacaaaccttt 439  Q
    |||| ||||||||    
T  43805417 tccataaaccttt 43805405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 585 - 758
Target Start/End: Original strand, 46576241 - 46576414
Alignment:
Q  585 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 684  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| |        || ||||     
T  46576241 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 46576340  T
Q  685 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| | | |||| ||| | |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  46576341 gggaaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 46576414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Original strand, 42974472 - 42974550
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||| ||||| |||||    
T  42974472 tgtgtggggaccatatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgt 42974550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 584 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 33496683 - 33496509
Alignment:
Q  584 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 683  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| || | ||       || ||||    
T  33496683 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattataccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtg 33496584  T
Q  684 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
     ||| | || |   |||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  33496583 gggggatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgt 33496509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 615 - 758
Target Start/End: Original strand, 38754926 - 38755067
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 714  Q
    |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||       ||  ||||||| | || ||| |||||||||| |||| |    
T  38754926 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttttgt--gtgtggggatcacatggacacatgtcataattat 38755023  T
Q  715 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
     ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  38755024 gtatgggtgttcaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 38755067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 698 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 31741113 - 31741053
Alignment:
Q  698 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  31741113 acacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 31741053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 615 - 666
Target Start/End: Original strand, 30922739 - 30922790
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 666  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  30922739 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 30922790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 11752685 - 11752607
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||    
T  11752685 tgtgtggggaccacgtgaacacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgt 11752607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 681 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 13768460 - 13768383
Alignment:
Q  681 gtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  13768460 gtgtaggaaccatatggacacatatcacaattatatgtaggtgtgcaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgt 13768383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 618 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 48460802 - 48460759
Alignment:
Q  618 acacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaata 661  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  48460802 acacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaata 48460759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 698 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 28713747 - 28713687
Alignment:
Q  698 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || |||| ||||| |||||    
T  28713747 acacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgt 28713687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 56; Significance: 8e-23; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 581 - 758
Target Start/End: Original strand, 13696960 - 13697137
Alignment:
Q  581 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtat 680  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| |        || |    
T  13696960 tttttggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgt 13697059  T
Q  681 gtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||| |||||||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  13697060 gtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 13697137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 615 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 40095416 - 40095273
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 714  Q
    |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||       || |||| ||| |||| |   |||| ||||| ||||||    
T  40095416 catacatacactgtaccactctatgcgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttttgtgtgtggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgt 40095317  T
Q  715 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40095316 atgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgt 40095273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 581 - 758
Target Start/End: Original strand, 36272656 - 36272833
Alignment:
Q  581 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtat 680  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||       |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| |||| ||       || |    
T  36272656 tttttggataatgtttcatgtacacacttttttccatatacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgaaagacaatacatgtgagtttttttgtgt 36272755  T
Q  681 gtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||||||| |||| | | |||| ||||| |||||| | |||||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  36272756 gtgtggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 36272833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 615 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 17823732 - 17823589
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 714  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || |||| ||| |||| | | |||| | ||| ||||||    
T  17823732 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggggaccacaaggacacttatcaaaattgt 17823633  T
Q  715 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    || |||||||||||||| |||||  ||||||| ||||| |||||    
T  17823632 atgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgt 17823589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 33300067 - 33299989
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||  ||| |||||||||||    
T  33300067 tgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgt 33299989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 682 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 3121696 - 3121620
Alignment:
Q  682 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  3121696 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgt 3121620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 582 - 758
Target Start/End: Original strand, 32599244 - 32599420
Alignment:
Q  582 tttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatg 681  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| |||| ||       || ||    
T  32599244 tttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgacagacaatacatgtgagtttttttgtgtg 32599343  T
Q  682 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||  || |||| | | |||| ||||| |||| | | ||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  32599344 tggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 32599420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Original strand, 14945830 - 14945908
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| |||| || ||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  14945830 tgtgtggggaccaaataaacacatgttacatttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 14945908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 581 - 666
Target Start/End: Original strand, 14242519 - 14242604
Alignment:
Q  581 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 666  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||| ||||| ||||    
T  14242519 ttttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtctgagaggcaatacatgt 14242604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 680 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 40216497 - 40216425
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggt 752  Q
    ||||| || |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||    
T  40216497 tgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatatcatctaaggtggt 40216425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 246 - 433
Target Start/End: Original strand, 41195074 - 41195261
Alignment:
Q  246 tcttgaggattccaattccattcataaaataaacatgtttgtatattcagcctacacaaactccaccgccatgaattaaccacaatttccgccaaaagat 345  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| |  || ||||| |||   ||  ||| ||||||||||| ||| ||  | ||||  ||||||| ||| |  |    
T  41195074 tcttgtggattccaattccactcataaaaaaggcaagtttgaatagaaagtttactcaaactccacctccaagacatcaccattatttccgacaataatt 41195173  T
Q  346 catccacatgtttcacctcattacgaaaaatcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaa 433  Q
    |||| |||| |||||  ||||| || ||||| |  | ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  41195174 catcaacatatttcaattcattccggaaaataatgtaatttctcgcttgccaaataacccaaatagtagcatgccaaataatccacaa 41195261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Original strand, 24475795 - 24475873
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||| || | ||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||  || |||| |||||||||||    
T  24475795 tgtgtggggactacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgt 24475873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 615 - 668
Target Start/End: Original strand, 4434621 - 4434674
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaa 668  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  4434621 catacacacattgtaccacctcatgtgagaatgtgtgagagacaataaatgtaa 4434674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 585 - 666
Target Start/End: Original strand, 33555361 - 33555442
Alignment:
Q  585 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 666  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||| ||||    
T  33555361 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgacagacaatacatgt 33555442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 698 - 758
Target Start/End: Original strand, 42061343 - 42061403
Alignment:
Q  698 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||    
T  42061343 acacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacccaaagtgctctatgt 42061403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 615 - 758
Target Start/End: Original strand, 14314015 - 14314158
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 714  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |        || |||| |||||||| | | |||| ||||| ||||||    
T  14314015 catacacacattgtaccactttatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgt 14314114  T
Q  715 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
     | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  14314115 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 14314158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 584 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 9046016 - 9045843
Alignment:
Q  584 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 683  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||       || ||||    
T  9046016 taggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttgtgtgtgtg 9045917  T
Q  684 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
     | | |||| | |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||    
T  9045916 -gaggaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgt 9045843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 682 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 23916058 - 23915982
Alignment:
Q  682 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  23916058 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgt 23915982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 615 - 758
Target Start/End: Original strand, 34792680 - 34792823
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 714  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || |||   |  |||| | | |||| ||||| |||| |    
T  34792680 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttgtgtgtgtagagagaccacaaggacacttgtcaaaattat 34792779  T
Q  715 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    || ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  34792780 atgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 34792823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 680 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 12748299 - 12748221
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    ||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||    
T  12748299 tgtgtaggaaccacatggacagatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgt 12748221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 680 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 29429672 - 29429614
Alignment:
Q  680 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatg 738  Q
    |||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29429672 tgtgaggggaccatgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatg 29429614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 582 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 13988433 - 13988257
Alignment:
Q  582 tttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatg 681  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| |        || ||    
T  13988433 tttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtg 13988334  T
Q  682 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    || ||| |||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  13988333 tggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 13988257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 584 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 36890560 - 36890387
Alignment:
Q  584 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 683  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| |||| ||       || ||||    
T  36890560 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcgatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg 36890461  T
Q  684 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
     ||| |||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  36890460 -ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgt 36890387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 682 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 15285415 - 15285339
Alignment:
Q  682 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  15285415 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgt 15285339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 585 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 11247375 - 11247294
Alignment:
Q  585 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 666  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  11247375 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 11247294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 698 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 35906064 - 35906004
Alignment:
Q  698 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgt 758  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |||| |||||||||||    
T  35906064 acacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgt 35906004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 694 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 6043078 - 6043035
Alignment:
Q  694 atgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacat 737  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6043078 atgaacatatgtcacaattatatatgggtgtacaagtggtacat 6043035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 615 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 20151527 - 20151476
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 666  Q
    |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20151527 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgt 20151476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 689 - 734
Target Start/End: Original strand, 43100311 - 43100356
Alignment:
Q  689 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggta 734  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  43100311 accacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggta 43100356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 242 - 429
Target Start/End: Original strand, 520028 - 520215
Alignment:
Q  242 acattcttgaggattccaattccattcataaaataaacatgtttgtatattcagcctacacaaactccaccgccatgaattaaccacaatttccgccaaa 341  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||| |||   ||||||  ||||| ||||||||  ||    ||||  ||||||| |||     
T  520028 acattcttgaggattccaattccattcatagtatagacaagtttgcataacaagcctagtcaaacaccaccgcctcgacaacaccattatttccgacaat 520127  T
Q  342 agatcatccacatgtttcacctcattacgaaaaatcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatcc 429  Q
    |  |||||||||  |||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||||    
T  520128 aattcatccacagatttcacctcattccggaatataaaatgatttctcgcttgccaaattgaccaaatagttgcatcccaaataatcc 520215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 615 - 666
Target Start/End: Original strand, 10260 - 10311
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 666  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||||    
T  10260 catacacacattgtaccactccatgtgagagtatgtgagagacaatacatgt 10311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 2)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 615 - 661
Target Start/End: Original strand, 3085 - 3131
Alignment:
Q  615 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaata 661  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  3085 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtatgagagacaata 3131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 698 - 746
Target Start/End: Original strand, 3165 - 3213
Alignment:
Q  698 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaa 746  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3165 acacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcatctaa 3213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University