View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1314_high_11 (Length: 561)

Name: NF1314_high_11
Description: NF1314
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1314_high_11
NF1314_high_11
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-532)||(51263954-51264478)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (10-470)||(7122438-7122898)
chr8 (10-506)||(43322347-43322839)
chr8 (10-470)||(24600924-24601387)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (10-448)||(27259196-27259634)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (10-494)||(3797288-3797752)
chr6 (342-471)||(12274165-12274294)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (100-460)||(19797731-19798082)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 532
Target Start/End: Original strand, 51263954 - 51264478
Alignment:
Q  10 ccacagacaaaacagaaggttcctaacttctcatacttgaaattcaccacacaccattttccctcattcgccttgatcttcttctctatcttcagtggtt 109  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  51263954 ccacacacaaaacaaaaggttcctaacttctcatacttgaaattcaccacacaccattctccctcattcgccttgatcttcttccctatcttcagtggtt 51264053  T
Q  110 gtctgatatcaaacctcaccttcaacctcatgtactcaagccaaaagctagaattgttatttccatcatactccaaaa--actctccaatatagtttcct 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  51264054 gtctgatatcaaacctcaccttcaacctcatgtactcacgccagaagctagaattgttatttccatcatactccaaaaaaactctccaatatagtttcct 51264153  T
Q  208 agccccattccgactttctccttcatcataccagttggcaaattgtaaaccctaacccaaagattcatgtagttcaattgtatatccttcaacgacaccc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  51264154 agccccattccgactttctccttcatcataccagttgacaaattgtaaaccctaacccaaagattcatgtagttcaactgtatatccttcaacgacaccc 51264253  T
Q  308 ctattcgcaacttttccaaaaccaaagaatgattgtcatatgtccacggaccgcctttcagtacctgctccatatccagtttgtgaaagaattggaacaa 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  51264254 ctattcgcaacttttccaaaaccaaagaatgattgtcatatgtccacggaccgcctttcagtacctcctccatatctagtttgtgaaagaattggaacaa 51264353  T
Q  408 gaatagtcctggttgcgcttccttcaccgccaccc---ccttcaccggtcgccacatctcagacatcatccgtaacttcatctccttaagttgaatagga 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |   ||||| |||||||| ||||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  51264354 gaatagtcctggttgcgcttccttcaccgccaccctttcacccaccgatcgccacacctcaga---catccgtatattcatctccttaagttgaatagga 51264450  T
Q  505 cgattgataataaaacggccgtctaagc 532  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||    
T  51264451 cgattgacaagaaaacggccgtctaagc 51264478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 10 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 7122898 - 7122438
Alignment:
Q  10 ccacagacaaaacagaaggttcctaacttctcatacttgaaattcaccacacaccattttccctcattcgccttgatcttcttctctatcttcagtggtt 109  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| ||  |    
T  7122898 ccacacacaaaatagaaggtttctaacctctcatacttgaaattcaccaaacaccattatcccccattcgctttgatcttcttccctatcttcaatgact 7122799  T
Q  110 gtctgatatcaaacctcaccttcaacctcatgtactcaagccaaaagctagaattgttatttccatcatactccaaaaactctccaatatagtttcctag 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  7122798 gtctgatatcaaacctcaccttcaacctcatatactcacgccagaagctagaattgttatttccatcatactccaaaaactctccaatatagttccctaa 7122699  T
Q  210 ccccattccgactttctccttcatcataccagttggcaaattgtaaaccctaacccaaagattcatgtagttcaattgtatatccttcaacgacacccct 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||    
T  7122698 ccccattccgactttctccttcatcataccagttggaaaattgtaaaccctaacccagagattcatgtagttcaactgtatatccttcaatggcacccct 7122599  T
Q  310 attcgcaacttttccaaaaccaaagaatgattgtcatatgtccacggaccgcctttcagtacctgctccatatccagtttgtgaaagaattggaacaaga 409  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7122598 attcgcaacttttccagaaccaaagagtgattgtcatatgtccacggaccgccctttagtacctcctccaaatccagtttgtgaaagaattggaacaaga 7122499  T
Q  410 atagtcctggttgcgcttccttcaccgccacccccttcaccggtcgccacatctcagacat 470  Q
    | |  ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||    
T  7122498 acaaccctggttgcgcttccttcacaaccacctccttcactggtcgccacacctcagacat 7122438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 10 - 506
Target Start/End: Original strand, 43322347 - 43322839
Alignment:
Q  10 ccacagacaaaacagaaggttcctaacttctcatacttgaaattcaccacacaccattttccctcattcgccttgatcttcttctctatcttcagtggtt 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||    
T  43322347 ccacacacaaaacagaaggttcctaacttctcatacttgaaatttaccacacatcattctcccccattcgccttgatctt-ttccctaacttcaatggtt 43322445  T
Q  110 gtctgatatcaaacctcaccttcaacctcatgtactcaagccaaaagctagaattgttatttccatcatactccaaaaactctccaatatagtttcctag 209  Q
    || | |||| ||| |||||||||| |||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||     
T  43322446 gtgtaatataaaatctcaccttcagcctcatatactcatgccagaagctagaattgttatttccatcatatgtcaaaaactctccaatatagttccctaa 43322545  T
Q  210 ccccattccgactttctccttcatcataccagttggcaaattgtaaaccctaacccaaagattcatgtagttcaattgtatatccttcaacgacacccct 309  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  43322546 ccccgttccgactttctccttcatcataccagttggcaaattgtaaaccctaattcaaagattcatgtagttcaactgtatatccttcaacggcacccct 43322645  T
Q  310 attcgcaacttttccaaaaccaaagaatgattgtcatatgtccacggaccgcctttcagtacctgctccatatccagtttgtgaaagaattggaacaaga 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  43322646 attcgcaacttttccaaaaccaaagagtgactgtcatatgtccacggaccgccatttagtatctcctccatatccaatttgtgaaagaattgaaacaaga 43322745  T
Q  410 atagtcctggttgcgcttccttcaccgccacccccttcaccggtcgccacatctcagacatcatccgtaacttcatctccttaagttgaataggacg 506  Q
    | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  43322746 acaatcttggttgcgcttccttcaccgccacccccttcaccggtcgccacacctcata---cattcgtatcttcatctccttaagtcgaataggacg 43322839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 10 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 24601387 - 24600924
Alignment:
Q  10 ccacagacaaaacagaaggttcctaacttctcatacttgaaattcaccacacaccattttccctcattcgccttgatcttcttctctatcttcagtggtt 109  Q
    ||||| |||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||  |    
T  24601387 ccacacacaaaacataaggtttttcacttctcatacttgaaattcaccacacaccattctcccccattcaccttgatctacttccctatcttcaatgact 24601288  T
Q  110 gtctgatatcaaacctcaccttcaacctcatgtactcaagccaaaagctagaattgttatttccatcatactccaaaaactctccaatatagtttcctag 209  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||     
T  24601287 atctgatatcaaacatcaccttcaacctcatatactcacgccaaaagctagaattgttatttccatcatactccaaaaactctccaatatagttccataa 24601188  T
Q  210 ccccattccgactttctccttcatcataccagttggcaaattgtaaaccctaacccaaagattcatgtagttcaattgtatatccttcaacgacacccct 309  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||   |||||| ||||||||||||| |    
T  24601187 cccaattccgactttctccttcatcataccagttggcaaattgtaaaccctaatctagagattcatatagttcaacattatatctttcaacgacaccctt 24601088  T
Q  310 attcgcaacttttccaaaaccaaaga---atgattgtcatatgtccacggaccgcctttcagtacctgctccatatccagtttgtgaaagaattggaaca 406  Q
    ||| ||| |||||||| ||||||| |    |  |||||||||||| |||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  24601087 atttgcatcttttccataaccaaacaccctttcttgtcatatgtcaacggaccgccctccagtaccttctccatatccagtttgtgaaagaattataaca 24600988  T
Q  407 agaatagtcctggttgcgcttccttcaccgccacccccttcaccggtcgccacatctcagacat 470  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  24600987 agaatagccctggttgtgcttccttcaccgccacccccttcaccgttcgccacaccttagacat 24600924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 10 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 27259634 - 27259196
Alignment:
Q  10 ccacagacaaaacagaaggttcctaacttctcatacttgaaattcaccacacaccattttccctcattcgccttgatcttcttctctatcttcagtggtt 109  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||||||| |||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||| || ||    
T  27259634 ccacacacaaaacaaaaggttcctaacttctcatactttaaattcgccatgcaccattctcccccattcaccttcatcttcttccctatcttcaatgttt 27259535  T
Q  110 gtctgatatcaaacctcaccttcaacctcatgtactcaagccaaaagctagaattgttatttccatcatactccaaaaactctccaatatagtttcctag 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||     
T  27259534 gtctgatatcaaaccttaccttcaacctcatatactcacgctagaagctagaattattatttccatcatactccaaaaactctccaatatagttctctaa 27259435  T
Q  210 ccccattccgactttctccttcatcataccagttggcaaattgtaaaccctaacccaaagattcatgtagttcaattgtatatccttcaacgacacccct 309  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27259434 ccccattccgactttgtccttcatcataccagttggcaaactgtaaaccctgatccatatattcatatagttcaattgtatatccttcaacgacacccct 27259335  T
Q  310 attcgcaacttttccaaaaccaaagaatgattgtcatatgtccacggaccgcctttcagtacctgctccatatccagtttgtgaaagaattggaacaaga 409  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27259334 attcgcagcttttccagaaccaaagaatgtatgtcatatgtctacggaccgcccttcaataccttctccatatccggtttgtgaaagaattggaacaaga 27259235  T
Q  410 atagtcctggttgcgcttccttcaccgccacccccttca 448  Q
    |||| | |||||  ||||| |||||| ||||||||||||    
T  27259234 atagccttggttatgcttcgttcaccaccacccccttca 27259196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 203; Significance: 1e-110; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 10 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 3797752 - 3797288
Alignment:
Q  10 ccacagacaaaacagaaggttcctaacttctcatacttgaaattcaccacacaccattttccctcattcgccttgatcttcttctctatcttcagtggtt 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| || ||| ||||||||| ||| |    
T  3797752 ccacacacaaaacagaaggttcctaacttctcgtacttgaaattcaccacacaccattctaccccattcgccttgattttattccctatcttcaatggat 3797653  T
Q  110 gtctgatatcaaacctcaccttcaacctcatgtactcaagccaaaagctagaattgttatttccatcatactccaaaaactctccaatatagtttcctag 209  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  3797652 gtctaatatcaaacttcaacttcaacctcatatactcacgtcataagctagaattgttatttccatcatactccaaaaactctccaatatagttccctaa 3797553  T
Q  210 ccccattccgactttctccttcatcataccagttggcaaattgtaaaccctaacc------caaagattcatgtagttcaattgtatatccttcaacgac 303  Q
    |||||||| ||||||||||||||          || |||||||||||||||| ||       | |||||||| ||||||||||||||||||||| |   |    
T  3797552 ccccattctgactttctccttca----------tgacaaattgtaaaccctatccagagatgagagattcatatagttcaattgtatatccttcgaaagc 3797463  T
Q  304 acccctattcgcaacttttccaaaaccaaagaatgattgtcatatgtccacggaccgcctttcagtacctgctccatatccagtttgtgaaagaattgga 403  Q
    |||| |||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||             |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3797462 acccatattcgcagcttttccagcaccaaagaatgaatgtcatatgtgcacgg-------------acctcctccacatccagtttgtgaaagaattgga 3797376  T
Q  404 acaagaatagtcctggttgcgcttccttcaccgccacccccttcaccggtcgccacatctcagacatcatccgtaacttcatctccttaag 494  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   | ||| |||| |||||||||||||||    
T  3797375 acaagaattgccctggttgcgcttccttcaccgccacccccttcaccggtcgccacacctca---aacattcgtatcttcatctccttaag 3797288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 342 - 471
Target Start/End: Original strand, 12274165 - 12274294
Alignment:
Q  342 gtcatatgtccacggaccgcctttcagtacctgctccatatccagtttgtgaaagaattggaacaagaatagtcctggttgcgcttccttcaccgccacc 441  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12274165 gtcatatgtccaccgcccgcccttcagtacctcctccatatccagtttgtaaaataattggaacaagaataatcctggttgcgctaccttcaccgccacc 12274264  T
Q  442 cccttcaccggtcgccacatctcagacatc 471  Q
    | ||| ||||||||||||| || |||||||    
T  12274265 ctctttaccggtcgccacaccttagacatc 12274294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 100 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 19798082 - 19797731
Alignment:
Q  100 ttcagtggttgtctgatatcaaacctcaccttcaacctcatgtactcaagccaaaagctagaattgttatttccatcatactccaaaaactctccaatat 199  Q
    |||| ||| ||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  19798082 ttcaatggctgtctgatatcaaatttcaccttgaatgtcatatactcacgccagaaggtagaattgttatttccatcatattccataaactctccaatat 19797983  T
Q  200 agtttcctagccccattccgactttctccttcatcataccagttggcaaattgtaaaccctaacccaaagattcatgtagttcaattgtatatccttcaa 299  Q
    |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||  ||| || ||||||    
T  19797982 agttccctaatcccattccgactttctccttcatcatctcagttggcaaattgtaaacccgaacccagatattcatatagttcaacggtacattcttcaa 19797883  T
Q  300 cgacacccctattcgcaacttttccaaaaccaaagaatgattgtcatatgtccacggaccgcctttcagtacctgctccatatccagtttgtgaaagaat 399  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||||| |         ||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  19797882 cgtcacccctattcgcagcttttccaaaaccagcgagtgattggcatatgtccacggacccc---------cctcctccatatcaagtttgtgaaagaat 19797792  T
Q  400 tggaacaagaatagtcctggttgcgcttccttcaccgccacccccttcaccggtcgccaca 460  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19797791 tggaacaagaataagcctggttgtgcttctttcaccgccacccccttcaccggttgccaca 19797731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University