View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1314_high_34 (Length: 426)

Name: NF1314_high_34
Description: NF1314
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1314_high_34
NF1314_high_34
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (1-417)||(3800758-3801172)
chr4 (27-387)||(3956056-3956416)
chr4 (9-387)||(4009174-4009552)
chr4 (47-387)||(4001522-4001860)
chr4 (51-404)||(3809233-3809586)
chr4 (47-385)||(3816815-3817150)
chr4 (53-417)||(4024454-4024818)
chr4 (28-417)||(3920282-3920671)
chr4 (47-408)||(4217856-4218217)
chr4 (47-379)||(3986211-3986543)
chr4 (28-417)||(3933506-3933892)
chr4 (94-373)||(4017980-4018259)
chr4 (53-387)||(3963835-3964166)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (5-417)||(13397122-13397533)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 417
Target Start/End: Original strand, 3800758 - 3801172
Alignment:
Q  1 agccatatttttaaccaaactaacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3800758 agccatatttttaaccaaaataacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccat 3800857  T
Q  101 aactgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcag 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||   | |||||||||||||||||||||||  |||  ||    
T  3800858 aaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttggcgaacaacctcccgacccatttctcatagaatgtcatgcatagatataacat--tatcgag 3800955  T
Q  201 aaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccacttt 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||    
T  3800956 aaatagttataagagctttatcttttaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcacaatctttcagtaaaattttcatgtaatccacttt 3801055  T
Q  301 caaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttct 400  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||    
T  3801056 caaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaatgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcatgaacttct 3801155  T
Q  401 tgaattggtattctttt 417  Q
    |||||||| | ||||||    
T  3801156 tgaattggcagtctttt 3801172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 27 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 3956416 - 3956056
Alignment:
Q  27 atgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttc 126  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  3956416 atgttatctaaaattgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggattggataatcgactgcattttctagggtcttc 3956317  T
Q  127 actatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgc 226  Q
    |||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||| |    
T  3956316 actggattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagatttatctttc 3956217  T
Q  227 aacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatg 326  Q
    |||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| || ||||| |||||||    
T  3956216 aacctttctaaaccaacagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaacctcaacccgttgaagaaacatg 3956117  T
Q  327 caatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac 387  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  3956116 caatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattac 3956056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 9 - 387
Target Start/End: Original strand, 4009174 - 4009552
Alignment:
Q  9 ttttaaccaaactaacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgact 108  Q
    |||| |||||| | ||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||    
T  4009174 tttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaattgccaaatatattttaccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccatagttgact 4009273  T
Q  109 gcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagtt 208  Q
    ||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||    
T  4009274 gcattttataggatcttcactagattcttaacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatattacattatcttcagaaattgtt 4009373  T
Q  209 atgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattca 308  Q
    || |||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||  |||    
T  4009374 ataagagctttatcttttaacctttctaacccaatagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgcaatccactttcaacctca 4009473  T
Q  309 atccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac 387  Q
    | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  4009474 acccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattac 4009552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 47 - 387
Target Start/End: Original strand, 4001522 - 4001860
Alignment:
Q  47 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaa 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |  |   |||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  4001522 atattttttaccttgtcatttttcaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgacttcgtttactagggtcttcactagattcttggcgaacaa 4001621  T
Q  147 cctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagc 246  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||| |    
T  4001622 cctcccgacccatttcttgtaaaatgtcatgcatagatacaacattatatttcgaaatagttataagagctttatctttcaacctttctaaaccaacaac 4001721  T
Q  247 cactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 346  Q
    ||||||||| ||||| ||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4001722 cactgaattgtcactttcag--tctcttaatagatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 4001819  T
Q  347 tgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac 387  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4001820 tgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcattac 4001860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 51 - 404
Target Start/End: Original strand, 3809233 - 3809586
Alignment:
Q  51 tttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctc 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |   |||||||| ||||||  |||||| ||||  ||||| ||| ||| ||||||| ||||| |||||    
T  3809233 tttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctc 3809332  T
Q  151 ccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccact 250  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||| || ||||||||    
T  3809333 ccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccact 3809432  T
Q  251 gaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgct 350  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||| || | |||||| ||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  3809433 gaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccactctcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttct 3809532  T
Q  351 ctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaa 404  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809533 ctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaa 3809586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 47 - 385
Target Start/End: Original strand, 3816815 - 3817150
Alignment:
Q  47 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaa 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |   |||||||| ||||||  |||||| ||||| | ||||   |||| ||||||| |||||||    
T  3816815 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgttttccaaggtc---actagattcttgccgaacaa 3816911  T
Q  147 cctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagc 246  Q
     |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| || ||||    
T  3816912 tctcccaacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagc 3817011  T
Q  247 cactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 346  Q
    |||  |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3817012 cacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaatccaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 3817111  T
Q  347 tgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcatt 385  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3817112 tgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcatt 3817150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 53 - 417
Target Start/End: Original strand, 4024454 - 4024818
Alignment:
Q  53 tttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctccc 152  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |  |   |||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  4024454 tttaccttgtcattttccaatacatcacaaatgtcatcatgatcccataatcgactgcgttttctagggtctgcactagattcttggcgaacaacctccc 4024553  T
Q  153 ggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactga 252  Q
    | ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||||    
T  4024554 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataatattatcttcagaaatagttataagagctttatctctcaacctttctaaaccaacagccactga 4024653  T
Q  253 attatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct 352  Q
    |||||| || ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4024654 attatcgctttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctct 4024753  T
Q  353 aaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattctttt 417  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | || ||||| ||||| ||| | ||||||    
T  4024754 aaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtctttt 4024818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 28 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 3920671 - 3920282
Alignment:
Q  28 tgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttca 127  Q
    ||||||||||||  |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |  |   ||||  |||||||||  |||||| ||||  ||||| |||     
T  3920671 tgttatctgaaaatgccatataatgtttaccttgtcatttttcaatacatcacaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcgtttttcagggtgttct 3920572  T
Q  128 ctatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgca 227  Q
    ||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  3920571 ctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttca 3920472  T
Q  228 acctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgc 327  Q
    | ||||||||| || |||||||  |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  3920471 agctttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgc 3920372  T
Q  328 aatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattctttt 417  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| | || ||||| ||||| ||| | ||||||    
T  3920371 aatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcataactgagtttcactacatcatgaactttttgaactggcagtctttt 3920282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 47 - 408
Target Start/End: Original strand, 4217856 - 4218217
Alignment:
Q  47 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaa 146  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||   |  |   |||||||||||||||| ||||   ||| |||||||||| | || ||||| | |||||||    
T  4217856 atattttttaccttgtcattttccaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgactttgtttactagggtctttaatagattctaggcgaacaa 4217955  T
Q  147 cctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagc 246  Q
    ||||||| ||||| | |||   || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||    
T  4217956 cctcccgacccatcttttgttgaaagtcatgcatagatattacattatcttcagaaatagtaataagagctttatctttcaacctttctaacccaacggc 4218055  T
Q  247 cactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 346  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4218056 cactgaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 4218155  T
Q  347 tgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattgg 408  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4218156 tgctctaagagatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaatttcttgaattgg 4218217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 47 - 379
Target Start/End: Original strand, 3986211 - 3986543
Alignment:
Q  47 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaa 146  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || |||||  |  |   |||| ||||||||||  |||||| |||  | |||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  3986211 atattttataccttgtcattttttaagacatcgcaaatttcatcatgatcccataatcgactgcgtttgtttgggtattcactagattcttggcgaacaa 3986310  T
Q  147 cctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagc 246  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||    
T  3986311 cctcccgacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctatcccaacagc 3986410  T
Q  247 cactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 346  Q
    ||||||||||||||  ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3986411 cactgaattatcaccttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 3986510  T
Q  347 tgctctaaacgatcaagatcatcataattgagt 379  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  3986511 ttctctaaacgatcaagatcatcgtaactgagt 3986543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 28 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 3933892 - 3933506
Alignment:
Q  28 tgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttca 127  Q
    ||||||||||||  |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |  |   ||||  |||||||||  |||||||||||| | ||||   |    
T  3933892 tgttatctgaaaatgccatataatgtttaccttgtcatttttcaatacatcaaaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcattttccaaggtc---a 3933796  T
Q  128 ctatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgca 227  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  3933795 ctagattcttgccgaacaacctcccaacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttca 3933696  T
Q  228 acctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgc 327  Q
    || |||||||| || |||||||  |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  3933695 acgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccaattccaaatccaacccattgaagaaacatgc 3933596  T
Q  328 aatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattctttt 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| | || ||||| | ||||||| | ||||||    
T  3933595 aatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactaagcctcattacatcatgaacttttggaattggcagtctttt 3933506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 94 - 373
Target Start/End: Original strand, 4017980 - 4018259
Alignment:
Q  94 atcccataactgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacatta 193  Q
    |||||||||| |||| ||  ||| ||||||| || |  ||||||| |||||||  ||||  ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  4017980 atcccataaccgactacagcttccagggtctccatttgattcttggcgaacaatttccctacccatttcttgtataatgtcatgcatggatataacatta 4018079  T
Q  194 tattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaat 293  Q
    | || ||||| || ||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||   || |||||||||||||| ||||||||| |||| |||  ||| ||||| |    
T  4018080 tctttagaaaaagatataagacctttatctttcaacctttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatctttcaacaaaaattttatgtagt 4018179  T
Q  294 ccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataa 373  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||| ||||   ||||| ||||||||||||    
T  4018180 ccactttcaaatttgatccattgaaaaaacatgcaagatctgaaaaaatctttttctctttgcgatccagatcatcataa 4018259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 53 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 3964166 - 3963835
Alignment:
Q  53 tttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctccc 152  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||   ||| |||  |||||||||  |||| |   ||| ||||||| ||||  ||||||| ||||||| |||||    
T  3964166 tttaccttgtcattttttaatacttcata---aatgtcatcatcccataatcgactacggcttccagggtctccacttgattcttggcgaacaatctccc 3964070  T
Q  153 ggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactga 252  Q
      ||||| ||||| | |||  ||||||||||||||||||||| || ||||| ||  |  ||| ||||||||| ||||||||||||| ||   || |||||    
T  3964069 tacccatgtcttgtataattccatgcatagatataacattatgtttagaaacagaaacaagatctttatctttcaacctttctaacccactggctactga 3963970  T
Q  253 attatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct 352  Q
    ||||||||| ||||||||| || | ||  |||| | ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  3963969 attatcactttcagaatctttccacaatagttttaggtagtccactttcaaattcgacccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaaatcttttgctct 3963870  T
Q  353 aaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac 387  Q
       ||||| |||||||||||| | | |||||||||    
T  3963869 tcgcgatctagatcatcataactcaatctcattac 3963835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 5 - 417
Target Start/End: Original strand, 13397122 - 13397533
Alignment:
Q  5 atatttttaaccaaactaacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataact 104  Q
    |||||||| |||||| | ||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||      
T  13397122 atattttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaattgccaaat-ttttttaccttgtcatttttcaatacatcgtagataatatcaggatcccataatc 13397220  T
Q  105 gactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaat 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  13397221 gactgcattttctagggtcttcactagattcttggcgaacaacctcgcgacccatttcctgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaat 13397320  T
Q  205 agttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaa 304  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  13397321 agttataagagctttatctttcaacctttctaacccaatagctacagaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtactccactttcaaa 13397420  T
Q  305 ttcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaa 404  Q
     |||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | || ||||| |||||    
T  13397421 ctcatcccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttctgctctaaacgatcaagatcatcaaaactgagtctcattacatcatgaactttttgaa 13397520  T
Q  405 ttggtattctttt 417  Q
    |||| | ||||||    
T  13397521 ttggcagtctttt 13397533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University