View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13150_high_1 (Length: 842)
Name: NF13150_high_1
Description: NF13150
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13150_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 727; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 727; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 835
Target Start/End: Complemental strand, 17754600 - 17753781
Alignment:
| Q |
16 |
caaatattacatactacatagaaatattttttaaataacagaatcaatgtatatgaaagatggaaattctgggagcaacatagggaagaaaccaacactc |
115 |
Q |
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| T |
17754600 |
caaatactacatactacatagcaatattttttaaataacagaatcaatgtatatgaaagatggaaattctgggagcaacatagggaagaaacctacactc |
17754501 |
T |
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| Q |
116 |
atacgaaggcctcacaaacttattcaatagtacagtttaaaaattgtgaatcttaggaatgaaaatacactgttacaagcatattttgcatggcgtgaca |
215 |
Q |
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| T |
17754500 |
atacgaaggcctcacaaacttattcaatagtacagtttaaaaattgtgaatcttaggaatgaaaatacactgttacaagcatattttgcatcgcgtgaca |
17754401 |
T |
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| Q |
216 |
ttaccttcaactggacttgacgcatgactcatcgtatgtccatttgctaccacttcttccgaaaatggtgatccagagttattgttgtccccaatatttg |
315 |
Q |
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| T |
17754400 |
ttaccttcaactggacttgaggcacgactcatcatatgtccatttgctaccacttcttccgaaaatggtgatccagagttattgctgtccccaatctttg |
17754301 |
T |
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| Q |
316 |
aaaaactatctaacaacatgtcatcctgttcaggaacatcgggaatgggagataccggtagataacatagctcttcctcggacatatcagagtcgctgaa |
415 |
Q |
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| T |
17754300 |
aagaactatctaacaacctgtcatcctgttcaggaacatcgggaatgggagataccggtagataacatagctcttcctcggacatatcagagtcgctgaa |
17754201 |
T |
|
| Q |
416 |
agcaggatccttctcgactgttataatgtcaacgtcctcatcttcattgacatcagatacttttacctgcaaggatatgaacttggttgagactataaaa |
515 |
Q |
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| T |
17754200 |
agcaggatccttctcgactgttataatgtcaacgtcctcatcttcattgacatcagatacttttacctgcaaggatatgaacttggttaagaccataaaa |
17754101 |
T |
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| Q |
516 |
tggaaaagnnnnnnntaatatgacctatgaccatataacgttcacatacattatcagtgtcaggcttcaaatcaaattcatcttctcgctccacatactc |
615 |
Q |
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| T |
17754100 |
tggaaaagaaaagaataataagacctaccaccatataacgttcacatacattatcagtgtcaggcttcaaatcaaattcatcttctcgctccacatactc |
17754001 |
T |
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| Q |
616 |
ctcattttcctcaatctctatgaaatcaggagcaaaagcactccagctctcaatgtactctttggcccagatgtaaactatgccactcaaagaaacagac |
715 |
Q |
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| T |
17754000 |
ctcattttcctcaatctctatgaaatcaggagcaaaagcactccagctctcaatgtactctttggcccagatataaactatgccactcaaagaaacagac |
17753901 |
T |
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| Q |
716 |
aaaacaataggatgtacaggatgccacgctaaatcaataagggcttccttaggcccttcaaggattttcacaagatgtccagttctagcccatatgtaaa |
815 |
Q |
| |
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| T |
17753900 |
aaaacaataggatgtacaggatgccatgctaaatcaataagggcttccttaggcccttcaaggattttcacaagatgtccagttctagcccatatgtaaa |
17753801 |
T |
|
| Q |
816 |
tcttgtgctctcctttgcta |
835 |
Q |
| |
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| T |
17753800 |
tcttgtgctctcctttgcta |
17753781 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 727; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 835
Target Start/End: Complemental strand, 17763587 - 17762768
Alignment:
| Q |
16 |
caaatattacatactacatagaaatattttttaaataacagaatcaatgtatatgaaagatggaaattctgggagcaacatagggaagaaaccaacactc |
115 |
Q |
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| T |
17763587 |
caaatactacatactacatagcaatattttttaaataacagaatcaatgtatatgaaagatggaaattctgggagcaacatagggaagaaacctacactc |
17763488 |
T |
|
| Q |
116 |
atacgaaggcctcacaaacttattcaatagtacagtttaaaaattgtgaatcttaggaatgaaaatacactgttacaagcatattttgcatggcgtgaca |
215 |
Q |
| |
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|
| T |
17763487 |
atacgaaggcctcacaaacttattcaatagtacagtttaaaaattgtgaatcttaggaatgaaaatacactgttacaagcatattttgcatcgcgtgaca |
17763388 |
T |
|
| Q |
216 |
ttaccttcaactggacttgacgcatgactcatcgtatgtccatttgctaccacttcttccgaaaatggtgatccagagttattgttgtccccaatatttg |
315 |
Q |
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| T |
17763387 |
ttaccttcaactggacttgaggcacgactcatcatatgtccatttgctaccacttcttccgaaaatggtgatccagagttattgctgtccccaatctttg |
17763288 |
T |
|
| Q |
316 |
aaaaactatctaacaacatgtcatcctgttcaggaacatcgggaatgggagataccggtagataacatagctcttcctcggacatatcagagtcgctgaa |
415 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
17763287 |
aagaactatctaacaacctgtcatcctgttcaggaacatcgggaatgggagataccggtagataacatagctcttcctcggacatatcagagtcgctgaa |
17763188 |
T |
|
| Q |
416 |
agcaggatccttctcgactgttataatgtcaacgtcctcatcttcattgacatcagatacttttacctgcaaggatatgaacttggttgagactataaaa |
515 |
Q |
| |
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|
| T |
17763187 |
agcaggatccttctcgactgttataatgtcaacgtcctcatcttcattgacatcagatacttttacctgcaaggatatgaacttggttaagaccataaaa |
17763088 |
T |
|
| Q |
516 |
tggaaaagnnnnnnntaatatgacctatgaccatataacgttcacatacattatcagtgtcaggcttcaaatcaaattcatcttctcgctccacatactc |
615 |
Q |
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|
| T |
17763087 |
tggaaaagaaaagaataataagacctaccaccatataacgttcacatacattatcagtgtcaggcttcaaatcaaattcatcttctcgctccacatactc |
17762988 |
T |
|
| Q |
616 |
ctcattttcctcaatctctatgaaatcaggagcaaaagcactccagctctcaatgtactctttggcccagatgtaaactatgccactcaaagaaacagac |
715 |
Q |
| |
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|
|
| T |
17762987 |
ctcattttcctcaatctctatgaaatcaggagcaaaagcactccagctctcaatgtactctttggcccagatataaactatgccactcaaagaaacagac |
17762888 |
T |
|
| Q |
716 |
aaaacaataggatgtacaggatgccacgctaaatcaataagggcttccttaggcccttcaaggattttcacaagatgtccagttctagcccatatgtaaa |
815 |
Q |
| |
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|
|
| T |
17762887 |
aaaacaataggatgtacaggatgccatgctaaatcaataagggcttccttaggcccttcaaggattttcacaagatgtccagttctagcccatatgtaaa |
17762788 |
T |
|
| Q |
816 |
tcttgtgctctcctttgcta |
835 |
Q |
| |
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|
| T |
17762787 |
tcttgtgctctcctttgcta |
17762768 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 831
Target Start/End: Complemental strand, 15736522 - 15735736
Alignment:
| Q |
42 |
ttttttaaataacagaatcaatgtatatgaaagatggaaattctgggagcaacatagggaagaaaccaacactcatacgaaggcctcacaaacttattca |
141 |
Q |
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|
|
| T |
15736522 |
ttttttaaataacagaatcaatgtatttgaaatattcaaattctgagaacaacatgggcaagaaaccta-actcata--aaggcctcacaaagtggttca |
15736426 |
T |
|
| Q |
142 |
atagtacagtttaaaaattgtgaatcttaggaatgaaaatacactgttacaagcatattttgcatggcgtgacattaccttcaactggacttgacgcatg |
241 |
Q |
| |
|
| ||| || || ||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
15736425 |
acagttcaattgaaaaattcggattcttaagaatgaaaataatatgttacaagcatattttgaatggcatgacattaccttcaactggacttgaggcatg |
15736326 |
T |
|
| Q |
242 |
actcatcgtatgtccatttgctaccacttcttccgaaaatggtgatccagagttattgttgtccccaatatttgaaaaactatctaacaacatgtcatcc |
341 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| |||| ||||| ||| |||| ||| |
|
|
| T |
15736325 |
actcatcatatgtccatttgctaccacttcttcggaaaatggtgatccggagttattgctgtccccaatctttgaagaactttctaaaaacctgtcttcc |
15736226 |
T |
|
| Q |
342 |
tgttcaggaacatcgggaatgggagataccggtagataacatagctcttcctcggacatatcagagtcgctgaaagcaggatccttctcgactgttataa |
441 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |
|
|
| T |
15736225 |
tgttcaggaacatcgcggcagggagatgctggcagataacatagctcttcctcggacatatcagagtcgctgaaagcaggatccttctctactgtctcaa |
15736126 |
T |
|
| Q |
442 |
tgtcaacgtcctcatcttcattgacatcagatacttttacctgcaaggatatgaacttggttgagactataaaatggaaaagnnnnnnntaatatgacct |
541 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | || |
|
|
| T |
15736125 |
tgtcaacgtcctcgtcttcattgacatcagatccttttacctgcaaggatatgaacttggttgagaccataaaatggaaaatgaaagaataataagtact |
15736026 |
T |
|
| Q |
542 |
atgaccatataacgttcacatacattatcagtgtcaggcttcaaatcaaattcatcttctcgctccacatactcctcattttcctcaatctctatgaaat |
641 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
15736025 |
atgaccatataacgttcacataccttatcagtctcagtattcaaatcaaattcatcttctcgctccacatactcctcattttcctcgatctctttgaaat |
15735926 |
T |
|
| Q |
642 |
caggagcaaaagcactccagctctcaatgtactctttggcccagatgtaaactatgccactcaaagaaacagacaaaacaataggatgtacaggatgcca |
741 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
15735925 |
caggagcaaaagcactccagttctcaatgtaatctttggcccagatataaactatgccactcaaagaaacagatacaacaattggacgtacaggatgcca |
15735826 |
T |
|
| Q |
742 |
cgctaaatcaataagggcttccttaggcccttcaaggattttcacaagatgtccagttctagcccatatgtaaatcttgtgctctccttt |
831 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15735825 |
cgctaaatcaataagggcttccttaggcccttcaaggatttttacaagatgtccagctctatcccatatgtaaatcttgtgctctccttt |
15735736 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 51 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 17740579 - 17740109
Alignment:
| Q |
51 |
taacagaatcaatgtatatgaaagatggaaattctgggagcaacatagggaagaaaccaacactcatacgaaggcctcacaaacttattcaatagtacag |
150 |
Q |
| |
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|
|
| T |
17740579 |
taacagaatcaatgtatttgaaatattcaaattctgagaacagcatggggaagaaacctaaactcata--aaggcctgacaaagtgtttcaacagttcaa |
17740482 |
T |
|
| Q |
151 |
tttaaaaattgtgaatcttaggaatgaaaatacactgttacaagcatattttgcatggcgtgacattaccttcaactggacttgacgcatgactcatcgt |
250 |
Q |
| |
|
|| ||| |||| || ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |
|
|
| T |
17740481 |
ttaaaacattgggattcttaagaatgaaaatactccgttacaagcatattttgcatggtgtgacattaccttcaagtggacttgaggcatgactcatcat |
17740382 |
T |
|
| Q |
251 |
atgtccatttgctaccacttcttccgaaaatggtgatccagagttattgttgtccccaatatttgaaaaactatctaacaacatgtcatcctgttcagga |
350 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| | | |||| |||||||||||| |
|
|
| T |
17740381 |
gtgtccatttgctaccacttcttctgaaaatggtgatccagagttattgctgtccccaatctttgaagaactatctaaaagcctgtcttcctgttcagga |
17740282 |
T |
|
| Q |
351 |
acatcgggaatgggagataccggtagataacatagctcttcctcggacatatcagagtcgctgaaagcaggatccttctcgactgttataatgtcaacgt |
450 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |
|
|
| T |
17740281 |
acatcgggaatgggagatactggtagataacgtagctcttcctcagacatatcagagtcgctgaaattaggatccttctcgactgtcacaatgtcaacgt |
17740182 |
T |
|
| Q |
451 |
cctcatcttcattgacatcagatacttttacctgcaaggatatgaacttggttgagactataaaatggaaaag |
523 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| |
|
|
| T |
17740181 |
cctcatcttcattgacatcagatccttttacctgcaaggatatgaacttgattgagaccataaaaaggaaaag |
17740109 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 257; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 531 - 835
Target Start/End: Complemental strand, 17739931 - 17739627
Alignment:
| Q |
531 |
taatatgacctatgaccatataacgttcacatacattatcagtgtcaggcttcaaatcaaattcatcttctcgctccacatactcctcattttcctcaat |
630 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17739931 |
taataagacctatgaccatataatgttcacatacattatcagtgtcaggattcaaatcaaattcatcttctcgctccacatactcctcattttcctcaat |
17739832 |
T |
|
| Q |
631 |
ctctatgaaatcaggagcaaaagcactccagctctcaatgtactctttggcccagatgtaaactatgccactcaaagaaacagacaaaacaataggatgt |
730 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| || |
|
|
| T |
17739831 |
ctctttgaaatcaggagcaaaagcactccagttctcaatgtactctttggcccagatataaactatgccacacaaagaaacagacacaacaattggacgt |
17739732 |
T |
|
| Q |
731 |
acaggatgccacgctaaatcaataagggcttccttaggcccttcaaggattttcacaagatgtccagttctagcccatatgtaaatcttgtgctctcctt |
830 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17739731 |
acaggatgccacgctaaatcaataagggcttccttaggcccttcaaggattttcacaagatgtccagctctatcccatatgtaaatcttgtgctctcctt |
17739632 |
T |
|
| Q |
831 |
tgcta |
835 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
17739631 |
tgcta |
17739627 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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