View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13150_high_8 (Length: 469)

Name: NF13150_high_8
Description: NF13150
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13150_high_8
NF13150_high_8
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (16-444)||(44474456-44474884)
chr4 (17-287)||(44474319-44474589)
[»] chr8 (34 HSPs)
chr8 (15-446)||(38453454-38453885)
chr8 (62-365)||(39848636-39848939)
chr8 (66-354)||(38632929-38633216)
chr8 (62-287)||(38632648-38632871)
chr8 (123-281)||(34544781-34544939)
chr8 (70-287)||(34533725-34533942)
chr8 (85-287)||(34533863-34534065)
chr8 (58-282)||(38632780-38633007)
chr8 (80-287)||(39848375-39848582)
chr8 (156-282)||(38453894-38454020)
chr8 (58-287)||(34533587-34533816)
chr8 (95-280)||(34916295-34916480)
chr8 (85-292)||(39848518-39848728)
chr8 (137-282)||(34539031-34539176)
chr8 (15-287)||(38453751-38454023)
chr8 (85-287)||(34916426-34916628)
chr8 (62-148)||(34539027-34539113)
chr8 (21-192)||(34544732-34544903)
chr8 (95-280)||(34916157-34916342)
chr8 (208-296)||(34549174-34549262)
chr8 (203-287)||(38632548-38632632)
chr8 (148-272)||(36951413-36951537)
chr8 (156-280)||(39848214-39848338)
chr8 (85-170)||(34533566-34533651)
chr8 (95-192)||(34916107-34916204)
chr8 (70-151)||(34549181-34549262)
chr8 (195-280)||(34916571-34916656)
chr8 (18-154)||(39848730-39848866)
chr8 (201-276)||(34548525-34548600)
chr8 (65-150)||(38632548-38632633)
chr8 (211-287)||(39848368-39848444)
chr8 (80-134)||(36951483-36951537)
chr8 (65-165)||(39848261-39848361)
chr8 (95-135)||(34548528-34548568)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (15-433)||(7045679-7046084)
chr3 (17-264)||(7045973-7046220)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 444
Target Start/End: Original strand, 44474456 - 44474884
Alignment:
Q  16 ctggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatgg 115  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44474456 ctggaaattggaaaacagggaaattggatggaagagggaatttgaattgggctaatgatgatcattttaatggttgtctgtcaaatgggcttagacatgg 44474555  T
Q  116 atttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgat 215  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44474556 atttggagtttatacatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaatgacaaaatggatggaagagggaccatgagttggactaatggtgat 44474655  T
Q  216 gtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattggtaacttcaggggtaaacttc 315  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44474656 gtttttgaaggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttaaatttgcaaatggggatgtcgacattggtaacttcaggagtaaacttc 44474755  T
Q  316 tccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaatctacaagggttgcatatgctcaaatgaaaaagtgatagagaaaggactgacgatatggag 415  Q
    |  ||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44474756 tttatgacaacggaacatacacatgttcaaatgaaacaatgtacaagggttgcatatgctcaaatgaaaaagtgatagagaaaggactgatgatatggag 44474855  T
Q  416 ccttaaaaatcctgatggaggttgtatat 444  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||    
T  44474856 ccttcaaaatcctaatggaggttgtatat 44474884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 287
Target Start/End: Original strand, 44474319 - 44474589
Alignment:
Q  17 tggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatgga 116  Q
    |||||||||||||| || || |   |||||| |||||| ||| | |||||||| ||| |||  ||||| ||||| |  ||||||||| |||  |||||||    
T  44474319 tggaaattggaaaaaagatacaccagatggaagagggattttcacttgggctattggcgatgtttttattggttcttggtcaaatggccttgtacatgga 44474418  T
Q  117 tttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatg 216  Q
    |||||||||| || || | || |||||||||||||    ||||||||||||| ||  ||| |||||||| ||||||   ||| ||||||||||| ||||     
T  44474419 tttggagtttttacatctctagatggggatgtctacgctggaaattggaaaacagggaaattggatggaagagggaatttgaattgggctaatgatgatc 44474518  T
Q  217 tttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 287  Q
     |||| | |||||   ||||||||| |||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||    
T  44474519 attttaatggttgtctgtcaaatgggcttagacatggatttggagtttatacatttgtaaatggggatgtc 44474589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 34)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 15 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 38453885 - 38453454
Alignment:
Q  15 actggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatg 114  Q
    ||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||| ||||| |||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  38453885 actggaaattggaaagcagggagattggatggaagagggattttgaattggactaacggtgatcaatttgatggttgtctgtcgcatggacttagacatg 38453786  T
Q  115 gatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtga 214  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  38453785 gacttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtga 38453686  T
Q  215 tgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattggtaacttcaggggtaaactt 314  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||      
T  38453685 tgtttttgatggttgttggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatggggatgtcgacattggtaacttcaggagtaaacaa 38453586  T
Q  315 ctccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaatctacaagggttgcatatgctcaaatgaaaaagtgatagagaaaggactgacgatatgga 414  Q
    || |||| |||||||  ||||||||  |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||      
T  38453585 cttcatggcaacggaaaatacacattttcaaatggaacaatgtacgagggttgcatatgctcaaatggaaaagtgatagagaaaagactgatgatatgag 38453486  T
Q  415 gccttaaaaatcctgatggaggttgtatatgt 446  Q
    ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  38453485 gccttcaaaatcccgatggagattgtatatgt 38453454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 62 - 365
Target Start/End: Original strand, 39848636 - 39848939
Alignment:
Q  62 ttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaat 161  Q
    ||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  39848636 ttgggctaatggtgatgtttttgatggttgtatgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgcaaatggggatgtctacatcggaaat 39848735  T
Q  162 tggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggag 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||| |  ||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39848736 tggaaaaaagacaaaatggatggaacagggattatgagttgggttgttggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatggacttatacatggatatggag 39848835  T
Q  262 tttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattggtaacttcaggggtaaacttctccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaatctacaa 361  Q
    ||| ||||| ||| || |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||  ||||||| ||||||| ||| |    
T  39848836 tttatagatatgctaacggggatgtcgatattggtaacttcaggagtaaacttctccatgacaatggaaaatacacacactcaaatggaacaatatacga 39848935  T
Q  362 gggt 365  Q
    ||||    
T  39848936 gggt 39848939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 66 - 354
Target Start/End: Original strand, 38632929 - 38633216
Alignment:
Q  66 gctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattgga 165  Q
    ||||| ||||||  |||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||  | ||||||||||    
T  38632929 gctaacggtgatgtttttgatggttatttgtcaaatggacttagatatggatttggagtttataaatttgcaaatggggatgtttacgtaggaaattgga 38633028  T
Q  166 aaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttt 265  Q
    ||| ||||||||||||||||  |||||  |||| |||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  38633029 aaa-agacaaaatggatggaatagggattatgacttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatgggcttatacatggatctggagttta 38633127  T
Q  266 tagatttgcaaatgggggtgtcgacattggtaacttcaggggtaaacttctccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaa 354  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||| || ||||||    
T  38633128 tagatatgctaatggggatgtcgatattggtaacttcaggagtaaacttctccatgtcaatggaaaatacacatgctcagatggaacaa 38633216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 62 - 287
Target Start/End: Original strand, 38632648 - 38632871
Alignment:
Q  62 ttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaat 161  Q
    ||||||| ||||||||  |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||| || ||||||    
T  38632648 ttgggctgatggtgatgcttttgatggttgtctatcaaatggatttagacatggatttggagtttatagatatgcagatgggcatgtctacatgggaaat 38632747  T
Q  162 tggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggag 261  Q
    ||||||||||||  ||||||||||  ||| |  ||||||||||||| ||||||||| || || ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  38632748 tggaaaaaagac--aatggatggaaaaggaattatgagttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcagatggacttatacatggatttggag 38632845  T
Q  262 tttttagatttgcaaatgggggtgtc 287  Q
    ||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  38632846 tttatagatctgcaaatggggatgtc 38632871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 123 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 34544939 - 34544781
Alignment:
Q  123 gtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttg 222  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||| ||||||  |||| ||||| |||||||||||||||      
T  34544939 gtttatagatttgcaaatggggatgtctacattggtaattggaaaaatgataaaatggatggaagagggattatgaattgggttaatggtgatgttttca 34544840  T
Q  223 acggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatggg 281  Q
    | || || ||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  34544839 atggatgttggtcaaatggacatagacatggatatggagtttatagattttcaaatggg 34544781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 34533942 - 34533725
Alignment:
Q  70 atggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaa 169  Q
    ||||||||  |||| ||||||||  ||||||| |||||| | |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| | |  ||| ||||||||||    
T  34533942 atggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttaaagatggatatggagtttatagatatgcaaatggggatgtccacactggacattggaaaaa 34533843  T
Q  170 agacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttaga 269  Q
    ||    ||  ||||||  |||||  ||||| ||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  34533842 agggggaaatgatggaaaagggattatgagatgggctaatggtgttgttttcgatggttgttggtcaaatggacttagacatggatatggagtttgtaga 34533743  T
Q  270 tttgcaaatgggggtgtc 287  Q
    ||| ||||||||| ||||    
T  34533742 tttacaaatggggatgtc 34533725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 85 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 34534065 - 34533863
Alignment:
Q  85 atggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatgg 184  Q
    ||||||||  |||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||  ||||||||| |||| |  ||||| |||||    
T  34534065 atggttgttggtcaaatggacttaaacatggacatggggtttatagatatgtaaatggagatgtttatagaggaaattgggaaaatgggaaaatagatgg 34533966  T
Q  185 aggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggt 284  Q
       |||||  |||| ||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| | |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |    
T  34533965 gaaagggattatgaattgggttgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttaaagatggatatggagtttatagatatgcaaatggggat 34533866  T
Q  285 gtc 287  Q
    |||    
T  34533865 gtc 34533863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 58 - 282
Target Start/End: Original strand, 38632780 - 38633007
Alignment:
Q  58 tgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcgg 157  Q
    |||||||||||| |||||||   ||  ||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |  ||    
T  38632780 tgagttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcagatggacttatacatggatttggagtttatagatctgcaaatggggatgtctacactgg 38632879  T
Q  158 aaattggaaaaaagacaaaatgg---atggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatgga 254  Q
    ||||||||||| |||||||||||   ||||  || |||   ||  ||  ||||| |||||||||||||| ||||  | |||||||||||||| | |||||    
T  38632880 aaattggaaaatagacaaaatggattatgggagatggattttggattcagctaacggtgatgtttttgatggttatttgtcaaatggacttagatatgga 38632979  T
Q  255 tctggagtttttagatttgcaaatgggg 282  Q
    | |||||||| || ||||||||||||||    
T  38632980 tttggagtttataaatttgcaaatgggg 38633007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 80 - 287
Target Start/End: Original strand, 39848375 - 39848582
Alignment:
Q  80 ttttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatg 179  Q
    |||| |||||||||  |||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| |||||||||| |  ||| |    
T  39848375 ttttgatggttgtcgatcaattgcgcttatacatggatttggagtttatagatatgcaaatgtgggtgtctatatcggaatttggaaaaaacatgaaagg 39848474  T
Q  180 gatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatg 279  Q
    ||||||  |||||  |||||||||| || ||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||  |||||||    
T  39848475 gatggattagggattatgagttgggatactggagatgtcttctatggttgttggtcaaatggacttgcacatggatatggagtttatagatccgcaaatg 39848574  T
Q  280 ggggtgtc 287  Q
    ||| ||||    
T  39848575 gggatgtc 39848582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 156 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 38454020 - 38453894
Alignment:
Q  156 ggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggat 255  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||    
T  38454020 ggaaattggaaaaaagataaaagagatggaagagggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggat 38453921  T
Q  256 ctggagtttttagatttgcaaatgggg 282  Q
     |||||||| ||||| || ||||||||    
T  38453920 atggagtttatagatctgtaaatgggg 38453894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 58 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 34533816 - 34533587
Alignment:
Q  58 tgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcgg 157  Q
    |||| ||||||||||||| |  |||  ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| | |  ||    
T  34533816 tgagatgggctaatggtgttgttttcgatggttgttggtcaaatggacttagacatggatatggagtttgtagatttacaaatggggatgtccacagtgg 34533717  T
Q  158 aaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatct 257  Q
    | ||||||||||||   ||| |||||||  |||||  | ||| |||||    ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  34533716 acattggaaaaaaggggaaaaggatggaaaagggattaagagatgggcaggcggtgatgttttcgatggttgttggtaaaatggacttaaacatggatct 34533617  T
Q  258 ggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 287  Q
    ||||||| || || ||| ||||||| ||||    
T  34533616 ggagtttatacatatgctaatggggatgtc 34533587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 95 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 34916480 - 34916295
Alignment:
Q  95 gtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacc 194  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||| ||||||   ||| |||||||  |||||      
T  34916480 gtcaaatggacataaacatggatatggagtttatagatttgcaaatggggatgtctatgctggaaattgggaaaaaggagaaaaggatggaaaagggatt 34916381  T
Q  195 atgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgg 280  Q
    |||| ||||| |||||||| | |||| || ||||  |||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||| ||| |||||    
T  34916380 atgaattggggtaatggtgctattttcgatggttattggtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgctaatgg 34916295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 85 - 292
Target Start/End: Original strand, 39848518 - 39848728
Alignment:
Q  85 atggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatg---ga 181  Q
    ||||||||  |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||  || ||||||||||||| |   ||||||   ||    
T  39848518 atggttgttggtcaaatggacttgcacatggatatggagtttatagatccgcaaatggggatgtctccattggaaattggaaaacatggaaaatggatga 39848617  T
Q  182 tggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatggg 281  Q
    |||  ||| ||   |   |||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  39848618 tgggagagcgattttcgattgggctaatggtgatgtttttgatggttgtatgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgcaaatggg 39848717  T
Q  282 ggtgtcgacat 292  Q
    | |||| ||||    
T  39848718 gatgtctacat 39848728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 137 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 34539176 - 34539031
Alignment:
Q  137 aaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtca 236  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||||||||||   ||||  ||||||   ||||  |||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||    
T  34539176 aaatggcgatgtctataatggaaattggaaaaaaaggaaaagagatggaaatgggattatgaattgggctaatggcgatgtttttaatggttgttggtca 34539077  T
Q  237 aatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggg 282  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  34539076 aatggacttagacatggttctggagtttatagatttgcaaatgggg 34539031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 38454023 - 38453751
Alignment:
Q  15 actggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatg 114  Q
    |||||||||||||||| || ||||   |||||| |||||| | |||||||| || ||||||||  |||| ||||||||  ||||||| |||||  |||||    
T  38454023 actggaaattggaaaaaagataaaagagatggaagagggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatg 38453924  T
Q  115 gatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtga 214  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||  | |  ||||||||||||  ||  | | |||||||| ||||||   ||| |||| |||| |||||    
T  38453923 gatatggagtttatagatctgtaaatggggatgttaacactggaaattggaaagcagggagattggatggaagagggattttgaattggactaacggtga 38453824  T
Q  215 tgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 287  Q
    |   ||||| |||||   |||  ||||||||| |||||||  |||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  38453823 tcaatttgatggttgtctgtcgcatggacttagacatggacttggagtttatagatttgtaaatggggatgtc 38453751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 85 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 34916628 - 34916426
Alignment:
Q  85 atggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatgg 184  Q
    ||||||||  |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||||  | ||||| |  ||||||||| ||||||   ||| | ||||    
T  34916628 atggttgttggtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgcaaatggaaacgtctacactggaaattgggaaaaaggggaaaggcatgg 34916529  T
Q  185 aggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggt 284  Q
    |  |||||  ||||  |||||||| | ||||||||| || ||||  ||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  34916528 aaaagggattatgaaatgggctaacgatgatgttttcgatggttattggtcaaatggacataaacatggatatggagtttatagatttgcaaatggggat 34916429  T
Q  285 gtc 287  Q
    |||    
T  34916428 gtc 34916426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 62 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 34539113 - 34539027
Alignment:
Q  62 ttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgt 148  Q
    |||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34539113 ttgggctaatggcgatgtttttaatggttgttggtcaaatggacttagacatggttctggagtttatagatttgcaaatggggatgt 34539027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 21 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 34544903 - 34544732
Alignment:
Q  21 aattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttg 120  Q
    ||||||||||  | |||| |||||||| |||||| | ||| ||||| ||||||||||  ||| ||||| |||  ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  34544903 aattggaaaaatgataaaatggatggaagagggattatgaattgggttaatggtgatgttttcaatggatgttggtcaaatggacatagacatggatatg 34544804  T
Q  121 gagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggaggga 192  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||    |||||||  ||||| || |||||||| ||| ||||||    
T  34544803 gagtttatagattttcaaatgggaatgtctacgcaggaaattttaaaaatgataaaatggacggaagaggga 34544732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 95 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 34916342 - 34916157
Alignment:
Q  95 gtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacc 194  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||  |||||  | ||||| |  ||||||||| ||||||   ||| |||||||  |||||      
T  34916342 gtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgctaatggaaacgtctacactggaaattgggaaaaaggggaaagggatggaaaagggatt 34916243  T
Q  195 atgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgg 280  Q
    ||||  |||||||| ||||||||||| || ||||  |||||||||||||  | |||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  34916242 atgaaatgggctaacggtgatgttttcgatggttattggtcaaatggacagaaacatggctatggagtttatagatttgcaaatgg 34916157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 208 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 34549262 - 34549174
Alignment:
Q  208 atggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattggt 296  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||  |||| ||||||||    
T  34549262 atggtgatgtttttgatggttgttggtctaatggacttacacatggatatggagtttatagattttcaaatgggaatgtctacattggt 34549174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 203 - 287
Target Start/End: Original strand, 38632548 - 38632632
Alignment:
Q  203 ggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 287  Q
    |||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  38632548 ggctaatggtgatgttttggatgcttgttggtcaaatggacttctacatggatttggagtttttagagctgcaaatggggatgtc 38632632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 148 - 272
Target Start/End: Original strand, 36951413 - 36951537
Alignment:
Q  148 tctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttat 247  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||| | ||||  ||||  |||  ||| || ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||     
T  36951413 tctatattggaaattggaaaaaagggaaaatagatggaagggggattatgaagtggtttaacggcgatgtttttgatggttgttggttaaatggacttag 36951512  T
Q  248 acatggatctggagtttttagattt 272  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||    
T  36951513 acaaggatctggagtttatagattt 36951537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 156 - 280
Target Start/End: Original strand, 39848214 - 39848338
Alignment:
Q  156 ggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggat 255  Q
    |||||||||||||| || ||||  |||||| ||||||    || || ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||   || || ||||||    
T  39848214 ggaaattggaaaaatgataaaaaagatggaagagggattgagactttggctaatggtgatgtttttaatggttgttggtcaaatgactttgtatatggat 39848313  T
Q  256 ctggagtttttagatttgcaaatgg 280  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  39848314 atggagtttttagatttgcaaatgg 39848338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 34533651 - 34533566
Alignment:
Q  85 atggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaa 170  Q
    ||||||||  || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  34533651 atggttgttggtaaaatggacttaaacatggatctggagtttatacatatgctaatggggatgtctatattggaaaatggaaaaaa 34533566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 34916204 - 34916107
Alignment:
Q  95 gtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggaggga 192  Q
    |||||||||||  | |||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |  ||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||    
T  34916204 gtcaaatggacagaaacatggctatggagtttatagatttgcaaatggagatgtctacactggaaattggaaaaataataaaatggatggaagaggga 34916107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 34549262 - 34549181
Alignment:
Q  70 atggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtcta 151  Q
    ||||||||  |||| ||||||||  ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  34549262 atggtgatgtttttgatggttgttggtctaatggacttacacatggatatggagtttatagattttcaaatgggaatgtcta 34549181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 195 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 34916656 - 34916571
Alignment:
Q  195 atgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgg 280  Q
    |||| ||||| |||||||| | |||| || ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  34916656 atgaattggggtaatggtgctattttcgatggttgttggtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgcaaatgg 34916571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 154
Target Start/End: Original strand, 39848730 - 39848866
Alignment:
Q  18 ggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggat 117  Q
    ||||||||||||| ||  ||| ||||||||  ||||| | ||||||||| |  |||||||   ||  ||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  39848730 ggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaacagggattatgagttgggttgttggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatggacttatacatggat 39848829  T
Q  118 ttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatat 154  Q
     |||||||||||||| ||  || ||||||||| ||||    
T  39848830 atggagtttatagatatgctaacggggatgtcgatat 39848866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 34548600 - 34548525
Alignment:
Q  201 tgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaa 276  Q
    ||||||||||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| || ||||||||    
T  34548600 tgggctaatggtgatattttcgatggtggctggtcaaatggagttagacatggatttgaagtttatatatttgcaa 34548525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #30
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 65 - 150
Target Start/End: Original strand, 38632548 - 38632633
Alignment:
Q  65 ggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtct 150  Q
    |||||||||||||  |||  ||| ||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||    
T  38632548 ggctaatggtgatgttttggatgcttgttggtcaaatggacttctacatggatttggagtttttagagctgcaaatggggatgtct 38632633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 211 - 287
Target Start/End: Original strand, 39848368 - 39848444
Alignment:
Q  211 gtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 287  Q
    ||||||||||||| |||||  | |||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  39848368 gtgatgtttttgatggttgtcgatcaattgcgcttatacatggatttggagtttatagatatgcaaatgtgggtgtc 39848444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 80 - 134
Target Start/End: Original strand, 36951483 - 36951537
Alignment:
Q  80 ttttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagattt 134  Q
    |||| ||||||||  || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  36951483 ttttgatggttgttggttaaatggacttagacaaggatctggagtttatagattt 36951537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 165
Target Start/End: Original strand, 39848261 - 39848361
Alignment:
Q  65 ggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttag-acatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattg 163  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||  ||||||| ||||| | | |||||| |||||||| |||||||| |||||| || ||||| |  ||||||||    
T  39848261 ggctaatggtgatgtttttaatggttgttggtcaaat-gactttgtatatggatatggagtttttagatttgcaaatggtgacgtctacactggaaattg 39848359  T
Q  164 ga 165  Q
    ||    
T  39848360 ga 39848361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 95 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 34548568 - 34548528
Alignment:
Q  95 gtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttg 135  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  34548568 gtcaaatggagttagacatggatttgaagtttatatatttg 34548528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 121; Significance: 8e-62; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 15 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 7046084 - 7045679
Alignment:
Q  15 actggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatg 114  Q
    |||||| |||||||||  |  ||| ||||||||| ||||| |||   ||||| ||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||    
T  7046084 actggatattggaaaaatgagaaaatggatggagaagggattttatattgggttaatggtgatagttttgatggttgcctgtcaaatggactcagagatg 7045985  T
Q  115 gatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtga 214  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||    |||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  7045984 gatttggagtttataaatttagaaatggtgatgtctacggaggaaattggaaagaagagaaaatggatggaagagggatcatgagttgggttaatgttga 7045885  T
Q  215 tgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattggtaacttcaggggtaaactt 314  Q
    ||||||          ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||| ||||||||||||| | | || |||||    
T  7045884 tgtttt----------tggtcaaatggacttatacatggatatggagtttttacatttgcaaatggagatgtcaacattggtaactttaagagtcaactt 7045795  T
Q  315 ctccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaatctacaagggttgcatatgctcaaatgaaaaagtgatagagaaaggactgacgatatgga 414  Q
    ||| |||||||||||   | |||||| |||||| ||||||| ||| | ||   ||| ||     ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  7045794 ctctatgacaacggaaagtgcacatggtcaaatggaacaatgtacgaagg--ccat-tgtgttgatgaaaaagtgatagagaaaggactaatgatatgga 7045698  T
Q  415 gccttaaaaatcctgatgg 433  Q
    ||| | |||||||||||||    
T  7045697 gccctcaaaatcctgatgg 7045679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 7046220 - 7045973
Alignment:
Q  17 tggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatgga 116  Q
    |||||||||||||| || |||| ||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||  |||| || ||  |  || ||||||| ||  ||||| |    
T  7046220 tggaaattggaaaaaagataaaatggatggaaaagggattgtgagttgggctaatggtgattttttttatagtccttagttaaatggagttgtacatgaa 7046121  T
Q  117 tttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatg 216  Q
    ||||||  ||||| || || ||| ||||||||||| |  ||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||   |   ||||| ||||||||||     
T  7046120 tttggaagttatatatgtggaaacggggatgtctacactggatattggaaaaatgagaaaatggatggagaagggattttatattgggttaatggtgata 7046021  T
Q  217 tttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagttt 264  Q
     |||||| ||||||  |||||||||||| | | |||||| ||||||||    
T  7046020 gttttgatggttgcctgtcaaatggactcagagatggatttggagttt 7045973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University