View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13150_low_3 (Length: 630)

Name: NF13150_low_3
Description: NF13150
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13150_low_3
NF13150_low_3
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (45-615)||(10037380-10037948)
chr1 (3-615)||(20419684-20420274)
chr1 (3-615)||(20522229-20522825)
chr1 (30-164)||(10023258-10023392)
chr1 (95-181)||(20256191-20256277)
chr1 (3-102)||(20256921-20257020)
chr1 (3-102)||(10005333-10005432)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (202-595)||(17974226-17974603)
chr6 (196-595)||(17975603-17975980)
chr6 (299-606)||(17897477-17897772)
chr6 (299-585)||(17896745-17897019)
chr6 (77-238)||(17896558-17896719)
chr6 (77-238)||(17897798-17897959)
chr6 (226-373)||(17952341-17952488)
chr6 (58-163)||(17974109-17974214)
chr6 (58-163)||(17975986-17976091)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 615
Target Start/End: Original strand, 10037380 - 10037948
Alignment:
Q  45 ttaatgtctgaattaatatttcatgcagtaatcgttaacaatgaagaatagcaactcaggtagtagaatctccattcaagatctgttcttagatatcttg 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| |  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||    
T  10037380 ttaatgtctgaattaatatttcatgcaggaaacgttaacgatgaagaaaaataactcagctagtagaatctcaattcaagatctgttctatgatatcttg 10037479  T
Q  145 attagaatattcttgaaactaaatgttgttgaactttcagttgcctccatggtttgcaaatcatggaatgaaatttatcgcaaccccttgctctgggcaa 244  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| || ||||| |    
T  10037480 attagaattttcttgaaactaaatgttgttgaaatttcagttgcttccatggtttgcaaatcatggaatgaaatttgccgtaaccccttactatgggcta 10037579  T
Q  245 agctcgaccgatctcgacttagctccaatgttttcaatatacccttgctgccaggagcttgaaggggcgatttagtttcaaaaaataaattgatcacatg 344  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  10037580 agctcgacttatctcgacttagctccaatgctttcaatatacccttgctgccagatgcttggaggggcgatttagtttcaaaatgtaaattgatcacatg 10037679  T
Q  345 cttgaagtgcgctctacatttgagcaattgcattacaagttgattagtgttcaatttcttcatatgcttgacacatgcagaattaatcttcattgcttaa 444  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  10037680 cttgaagtatgctctacgtttgagcaattacaatacaagttgcttagtgttcaatttcttcatatacttacaagatgcagaattaatcttcattgctaaa 10037779  T
Q  445 aggtatcannnnnnnnacttacaactgtacacaatttgtatgttatgtaggacaatatatttttccttttcctatatcattttgttcatctccttaattt 544  Q
    ||||||||        |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  10037780 aggtatca--ttttttacttacaattgtacacaatttgcatgttatgtaggacaatatatttctccttttcctatctcattttattcatctccttaattt 10037877  T
Q  545 ttcggaattaatgctaacagaataattctcagaatttatttttgatgatttgttttataacctataaatat 615  Q
    || |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  10037878 tttggaattgatgataacagaataattctcggaatttattttgaatgatttgttttataaccaataaatat 10037948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 3 - 615
Target Start/End: Original strand, 20419684 - 20420274
Alignment:
Q  3 atcatacgggagaaaaatggactcgataatgtaaaatatttattaatgtctgaattaatatttcatgcagtaatcgttaacaatgaagaatagcaactca 102  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  20419684 atcataggggagaaaaattgactcaataatgtaaaatatttattaatgtctgaattaatatttcatgcaggaaacgttaacaatgaagactagcaactca 20419783  T
Q  103 ggtagtagaatctccattcaagatctgttcttagatatcttgattagaatattcttgaaactaaatgttgttgaactttcagttgcctccatggtttgca 202  Q
    | |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||    
T  20419784 gctagtagaatctctattcaagatatgttgttagatatcttgattagaattttcttgaaactgaatgttgttgaacttttagtttcctccatggttttca 20419883  T
Q  203 aatcatggaatgaaatttatcgcaaccccttgctctgggcaaagctcgaccgatctcgacttagctccaatgttttcaatatacccttgctgccaggagc 302  Q
    ||||||||||||| |||| | | |||||| || | |||| ||||||||||| |||                   |||||| ||||  |||||||| |||     
T  20419884 aatcatggaatgagatttgtggtaaccccatgatatgggaaaagctcgacctatc-------------------ttcaatttacctatgctgccaagagt 20419964  T
Q  303 ttgaaggggcgatttagtttcaaaaaataaattgatcacatgcttgaagtgcgctctacatttgagcaattgcattacaagttgattagtgttcaatttc 402  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||  | ||| | ||   ||| ||||||||||    
T  20419965 ttgtagggacgatttagtttcaaaaaataaattgatcacatgcttgaagtatgctctacatatgagcaatt-aaatactaattacctagggttcaatttc 20420063  T
Q  403 ttcatatgcttgacacatgcagaattaatcttcattgcttaaaggtatcannnnnnnnacttacaactgtacacaatttgtatgttatgtaggacaatat 502  Q
    ||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20420064 ttcatatacttgacagatgcaaagttaatcttcattgctgaaaggtatca--tttgttacttacaactgtacacaatttgtatgttatgtaggacaatat 20420161  T
Q  503 atttttccttttcctatatcattttgttcatctccttaatttttcggaattaatgctaacagaataattctcagaatttatttttgatgatttgttttat 602  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20420162 atttctccttttcctatctcattttgttcatctccttaattttttggaattcatgctaacaggataattctcagaatttatttttgatgatttgttttat 20420261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 3 - 615
Target Start/End: Original strand, 20522229 - 20522825
Alignment:
Q  3 atcatacgggagaaaaatggactcgataatgtaaaatatttattaatgtctgaattaatatttcatgcagtaatcgttaacaatgaagaatagcaactca 102  Q
    ||||||||||||||||||  ||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  | ||| ||||||||| | |||   |    
T  20522229 atcatacgggagaaaaattaactc---aatgtaaaacatttattaatgtctgaattaatatttaatgcaggaaatgctaataatgaagaaaaacaatata 20522325  T
Q  103 ggtagtagaatctccattcaagatctgttcttagatatcttgattagaatattcttgaaactaaatgttgttgaactttcagttgcctccatggtttgca 202  Q
    | ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  20522326 gctagcagaatctctattcaagatctgttctttgatatcttgattagaatttccttgaaactgaatgttgttgaacttttagttgcctctatggtttgca 20522425  T
Q  203 aatcatggaatgaaatttatcgcaaccccttgctctgggcaaagctcgaccgatctcgacttagctccaatgttttcaatatacccttgctgccaggagc 302  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||| | |||          |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20522426 aatcatggaatgaaatttgtcgtaaccacttcctctggactaag----------ctcgacttagctccaatgctttcaatatacccttgctgccaggagc 20522515  T
Q  303 ttgaaggggcgatttagtttcaaaaaataaattgatcacatgcttgaagtgcgctctacatttgagcaattgcattacaagttgattagtgttcaatttc 402  Q
    ||| || | ||||||||   ||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||| ||  |||||||||| || ||||||||| || ||||| |||| |    
T  20522516 ttggagtgacgatttag--acaaaaaataaaatgatcacatgctttaagtatgctccacggttgagcaattacaatacaagttgcttggtgttgaattcc 20522613  T
Q  403 ttcatatgcttgacacatgcagaattaatcttcattgcttaaaggtatcannnnnnnnacttac-aactgtacacaatttgtatgttatgtaggacaata 501  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20522614 ttcatatacttgacagatccagaattaatcttcattgctgaaaggtatca--atttttacttacaaactgtacacaatttgtatgttatgtaggagaata 20522711  T
Q  502 tatttttccttttcctatatcattttgttcatctccttaatttttcggaattaatgctaacagaataattctcagaatttatttttgatgatttgtttta 601  Q
    ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||  | ||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20522712 tatttctcctttttctatctcattttgttcatctcaatgattatttggaattcatgctaatagaataattctcagaatttatttttgatgatttgtttta 20522811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 30 - 164
Target Start/End: Original strand, 10023258 - 10023392
Alignment:
Q  30 aatgtaaaatatttattaatgtctgaattaatatttcatgcagtaatcgttaacaatgaagaatagcaactcaggtagtagaatctccattcaagatctg 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10023258 aatgtaaaatatttattaatgtctgaattaatatttcatgcaggaaatgttaacattgaagaagagcaactcagttagtagaatctccattcaagatctg 10023357  T
Q  130 ttcttagatatcttgattagaatattcttgaaact 164  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  10023358 ttcttagatatcttgataagaattttcttgaaact 10023392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 95 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 20256277 - 20256191
Alignment:
Q  95 gcaactcaggtagtagaatctccattcaagatctgttcttagatatcttgattagaatattcttgaaactaaatgttgttgaacttt 181  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||    
T  20256277 gcaactcagctagtagaatctccattcaagatctgttcttagatatcttgattagaattttcttgaagttgaatgttgttgaacttt 20256191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 3 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 20257020 - 20256921
Alignment:
Q  3 atcatacgggagaaaaatggactcgataatgtaaaatatttattaatgtctgaattaatatttcatgcagtaatcgttaacaatgaagaatagcaactca 102  Q
    |||||| || |||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  20257020 atcataaggtagaaaaattgattcaataacgtaaaatatttattaatgtctgatttaatatttcatgcaggaaatgttaacaatgaagaatagcaactca 20256921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 3 - 102
Target Start/End: Original strand, 10005333 - 10005432
Alignment:
Q  3 atcatacgggagaaaaatggactcgataatgtaaaatattt-attaatgtctgaattaatatttcatgcagtaatcgttaacaatgaagaatagcaactc 101  Q
    |||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||    
T  10005333 atcataaggtagaaaaattgactcaataatgtaaaacattttattaatgtctgaattaatatttcatgcaggaaacgttaacaatg-agaatagaaactc 10005431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 155; Significance: 6e-82; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 202 - 595
Target Start/End: Original strand, 17974226 - 17974603
Alignment:
Q  202 aaatcatggaatgaaatttatcgcaaccccttgctctgggcaaagctcgaccgatctcgacttagctccaatgttttcaatatacccttgctgccaggag 301  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| | |||| ||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  17974226 aaatcatggaatgcaatttgtcgtaaccccttgctctaggctaagctcgacctatctcaagttagatccaatgcttttaatataccattggtgccaggag 17974325  T
Q  302 cttgaaggggcgatttagtttcaaaaaataaattgatcacatgcttgaagtgcgctctacatttgagcaattgcattacaagttgattagtgttcaattt 401  Q
    ||||| |||  |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||     | ||||||||| ||||||||||||||    
T  17974326 cttgatgggatgatttaatttcaaaaaataagttgatcatatgcttaaagtatgctctacatttgagca----taatacaagttgcttagtgttcaattt 17974421  T
Q  402 cttcatatgcttgacacatgcagaattaatcttcattgcttaaaggtatcannnnnnnnacttacaactgtacacaatttgtatgttatgtaggacaata 501  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||          ||||||      |||||||||||||  ||||||||||||    
T  17974422 cttcatatacttgacagatgcagaattaatcaccattgctgaaaggtatcatttt------ttacaa------acaatttgtatgtcttgtaggacaata 17974509  T
Q  502 tatttttccttttcctatatcattttgttcatctccttaatttttcggaattaatgctaacagaataattctcagaatttatttttgatgattt 595  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  | ||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  17974510 tatttttccttttcctatctcattttgttcatctccttaattttttggatctcatgataacaaaataattcttataatttatttttgatgattt 17974603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 196 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 17975980 - 17975603
Alignment:
Q  196 gtttgcaaatcatggaatgaaatttatcgcaaccccttgctctgggcaaagctcgaccgatctcgacttagctccaatgttttcaatatacccttgctgc 295  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||      ||||| | |||| | ||||| ||| |||||||| ||| |||    
T  17975980 gtttgcaaatcatggaatgcaatttgtcgtaaccccttgctctgggctaagct------atctcaagttagatacaatgcttttaatataccattggtgc 17975887  T
Q  296 caggagcttgaaggggcgatttagtttcaaaaaataaattgatcacatgcttgaagtgcgctctacatttgagcaattgcattacaagttgattagtgtt 395  Q
    ||||||||||  |||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||     | ||||||||| ||||||||    
T  17975886 caggagcttggtgggatgatttaatttcaaaaaataaattgatcatatgcttgaagtatgctctacatttgagcat----aatacaagttgcttagtgtt 17975791  T
Q  396 caatttcttcatatgcttgacacatgcagaattaatcttcattgcttaaaggtatcannnnnnnnacttacaactgtacacaatttgtatgttatgtagg 495  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||          |||||       |||||||||||||  ||||||    
T  17975790 caatttcttcatatacttgacagatgcagaattaatcaccattgctaaaaggtatcatttt------ttacat------acaatttgtatgtcttgtagg 17975703  T
Q  496 acaatatatttttccttttcctatatcattttgttcatctccttaatttttcggaattaatgctaacagaataattctcagaatttatttttgatgattt 595  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  | ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17975702 acaatatatttttccttttcctatctcattttgttcatctccttaattttttggatctcatgataacaaaataattcttagaatttatttttgatgattt 17975603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 299 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 17897772 - 17897477
Alignment:
Q  299 gagcttgaaggggcgatttagtttcaaaaaataaattgatcacatgcttgaagtgcgctctacatttgagcaattgcattacaagttgattagtgttcaa 398  Q
    ||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||  | ||  | || |||||| |||||||||||    
T  17897772 gagcttggagggatgatttaatttcaaaaaataaattgatcatatgcttgaagtatgctctacgtttgaaaagttataatataagttgcttagtgttcaa 17897673  T
Q  399 tttcttcatatgcttgacacatgcagaattaatcttcattgcttaaaggtatcannnnnnnnacttacaactgtacacaatttgtatgttatgtaggaca 498  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||| | |||||||| |         |||  || | ||    |||||||||| ||||||||||    
T  17897672 tttcttcatatacttgacagatgcataattaatcatcattgttaaaaggtataat--------cttttaattata----atttgtatgtcatgtaggaca 17897585  T
Q  499 atatatttttccttttcctatatcattttgttcatctccttaatttttcggaattaatgctaacagaataattctcagaatttatttttgatgatttgtt 598  Q
    |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| ||| |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||    
T  17897584 atatatttctccttttcatatctcattttgttcatctctataatattttggaattcatgataacagaataattcacagaatttattttttattatttttt 17897485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 299 - 585
Target Start/End: Original strand, 17896745 - 17897019
Alignment:
Q  299 gagcttgaaggggcgatttagtttcaaaaaataaattgatcacatgcttgaagtgcgctctacatttgagcaattgcattacaagttgattagtgttcaa 398  Q
    ||||||| ||||  |||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||| |||||||| ||  | || |||||| |||||||||||    
T  17896745 gagcttggagggatgatttaatttcgaaaaataaattgatcatatgattgaagtatgctctacgtttgagcagttataatataagttgtttagtgttcaa 17896844  T
Q  399 tttcttcatatgcttgacacatgcagaattaatcttcattgcttaaaggtatcannnnnnnnacttacaactgtacacaatttgtatgttatgtaggaca 498  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||| |||||| | |||||||| |        ||||||||          ||||||||| ||||||||||    
T  17896845 tttcttcatatacttaacagatgcataattaatcatcattgttgaaaggtataatctttt--acttacaa----------tttgtatgtcatgtaggaca 17896932  T
Q  499 atatatttttccttttcctatatcattttgttcatctccttaatttttcggaattaatgctaacagaataattctcagaatttattt 585  Q
    |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  17896933 atatatttctccttttcatatctcattttgttcatctccataattttttggaattcatgataacagaataattcacagaatttattt 17897019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 77 - 238
Target Start/End: Original strand, 17896558 - 17896719
Alignment:
Q  77 cgttaacaatgaagaatagcaactcaggtagtagaatctccattcaagatctgttcttagatatcttgattagaatattcttgaaactaaatgttgttga 176  Q
    |||||||||||||||| ||||| |  | |||||||||||| ||| || || ||||||  |||||| | ||||||   ||||| ||||| |||||||||||    
T  17896558 cgttaacaatgaagaaaagcaattatgctagtagaatctctattgaatatatgttctatgatatccttattagagctttcttaaaacttaatgttgttga 17896657  T
Q  177 actttcagttgcctccatggtttgcaaatcatggaatgaaatttatcgcaaccccttgctct 238  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||  ||||||||||||    
T  17896658 actttcagttgtctccatggtttgcaaatcatgaaatgcaatttgtcgttaccccttgctct 17896719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 77 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 17897959 - 17897798
Alignment:
Q  77 cgttaacaatgaagaatagcaactcaggtagtagaatctccattcaagatctgttcttagatatcttgattagaatattcttgaaactaaatgttgttga 176  Q
    |||||||||||||||| | ||| |  | |||||||||||| ||| || |||||||||  |||||| | ||||||   ||||| ||||| |||||||||||    
T  17897959 cgttaacaatgaagaaaaacaattatgctagtagaatctctattgaatatctgttctatgatatccttattagagctttcttaaaacttaatgttgttga 17897860  T
Q  177 actttcagttgcctccatggtttgcaaatcatggaatgaaatttatcgcaaccccttgctct 238  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||  ||||||||||||    
T  17897859 actttcagttgtctccatggtttgcaaatcatgaaatgcaatttgtcgttaccccttgctct 17897798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 226 - 373
Target Start/End: Original strand, 17952341 - 17952488
Alignment:
Q  226 aaccccttgctctgggcaaagctcgaccgatctcgacttagctccaatgttttcaatatacccttgctgccaggagcttgaaggggcgatttagtttcaa 325  Q
    ||||||||||| | ||| ||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||  ||||| ||||||||||  | | |   |||||| |||||     
T  17952341 aaccccttgctttaggctaagatcgacctatctcgacttagatccaatgcttttaatatgtccttggtgccaggagcaaggacgaatgatttaatttcag 17952440  T
Q  326 aaaataaattgatcacatgcttgaagtgcgctctacatttgagcaatt 373  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||    
T  17952441 aaaataaattgatcacatgcttgatgtatgctctacatttaagcaatt 17952488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 58 - 163
Target Start/End: Original strand, 17974109 - 17974214
Alignment:
Q  58 taatatttcatgcagtaatcgttaacaatgaagaatagcaactcaggtagtagaatctccattcaagatctgttcttagatatcttgattagaatattct 157  Q
    |||||||| |||||  || | ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||| |||| |  ||||||||||||||||| ||||    
T  17974109 taatatttaatgcaagaaaccttaacaacgaagaatagcaattcagttagtagaatctctattgaagatatgttttatgatatcttgattagaattttct 17974208  T
Q  158 tgaaac 163  Q
    ||||||    
T  17974209 tgaaac 17974214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 17976091 - 17975986
Alignment:
Q  58 taatatttcatgcagtaatcgttaacaatgaagaatagcaactcaggtagtagaatctccattcaagatctgttcttagatatcttgattagaatattct 157  Q
    |||||||| |||||  || | ||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||| ||| ||||| |||| |  ||||||||||||||||| ||||    
T  17976091 taatatttaatgcaagaaaccttaacaacgaagaaaagcaattcagttagtagaatctctattgaagatatgttttatgatatcttgattagaattttct 17975992  T
Q  158 tgaaac 163  Q
    ||||||    
T  17975991 tgaaac 17975986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University