View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13155_low_1 (Length: 1809)

Name: NF13155_low_1
Description: NF13155
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13155_low_1
NF13155_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-1809)||(54472346-54474149)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (852-901)||(32902708-32902757)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (59-144)||(33145051-33145136)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1633; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1809
Target Start/End: Complemental strand, 54474149 - 54472346
Alignment:
Q  18 ataaataaatgtatatagtttgggttgaattattattggttaattacccaaatgttcccatcacacgagtagaaacatgagtgttagtgtcttgagtaaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54474149 ataaataaatgtatatagtttgggttgaattattatt---taattacccaaatgttcccatcacacgagtagaaacatgagtgttagtgtcttgagtaaa 54474053  T
Q  118 ttttgccaatccaaaatctgccacctaaatggatagaatcacttgataattacaattctttaataactaaacatatagtaaatgatcattatacgtactt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54474052 ttttgccaatccaaaatctgccacctaaatggatagaatcacttgataattacaattctttaataactaaacatatagtaaatgatcattatacgtactt 54473953  T
Q  218 tggcttcaaagttgttttcaattagaatgtttgcacccttgatgtctcggtgaatgattctagggtgacctgcaggttattgtttgaacaagttattaat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473952 tggcttcaaagttgttttcaattagaatgtttgcacccttgatgtctcggtgaatgattctagggtgacctgcaggttattgtttgaacaagttattaat 54473853  T
Q  318 gataatgttagtttttcgggcttaacc-tctagtttttggggggaagagggtaaattctggtcaatgaatattctcgccatattcgaatttgagttctct 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473852 gataatgttagtttttcgggcttaaccctctagtttttggggggaagagggtaaattctggtcaatgaatattctcgccatattcgaatttgagttctct 54473753  T
Q  417 ctacggattcatccataaaaatgtattttagtcatttgtcaaaattagattacaagcacatagtaacttacagtcctcatgtaaataagcaagtcctttg 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  54473752 ctacggattcatccataaaaatgtattttagtcatttgtcaaaattagattacaagcacatagtaacttacagtcctcgtgtaaataagcaagtcctttg 54473653  T
Q  517 gcggatccaaccgcaattttaagccttgtggcccaatccatcacaggtcgaccctttcctgcaaaaaattaatattacatacaagagtgtcaaattaaat 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473652 gcggatccaaccgcaattttaagccttgtggcccaatccatcacaggtcgaccctttcctgcaaaaaattaatattacatacaagagtgtcaaattaaat 54473553  T
Q  617 ccaacaaacaagtaatattaattatagtttgaaagatagcttaccatgaaggtgataatcaagggtcttgttgggaacaaattcataaacaagaagcttt 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  54473552 ccaacaaacaagtaatattaattatagtttgaaagatagcttaccatgaaggtgataatcaagggtcttgttgggaacgaattcataaacaagaagcttt 54473453  T
Q  717 ttagattcagaaatgcaatagccaacaagcgagacaagatagcgatgatgtacacggctgatagtatcaacctcagcttgaaattctctgtcaccttgtc 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473452 ttagattcagaaatgcaatagccaacaagcgagacaagatagcgatgatgtacacggcttatagtatcaacctcagcttgaaattctctgtcaccttgtc 54473353  T
Q  817 caccagttgatttaaggctctttaccgctatttccttaccattagggagaatacctttatgtacatatccaaacccaccttgacccaacaagttttgttt 916  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473352 caccagttgatttaaggctcttcaccgctatttccttaccattagggagaatacctttatgtacatatccaaacccaccttgacccaacaagttttgttt 54473253  T
Q  917 tgaaaacccaccggtggcagttgataactcttcataactgaatgagctctggttgaacccaagtgcaaccgttgggtgtggtggtggcaatacaggatct 1016  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473252 tgaaaacccaccggtggcagttgataactcttcataactgaatgagctctggttgaacccaagtgcaaccgttgggtgtggtggtggcaatacaggatct 54473153  T
Q  1017 actgggccagagtaactggagttggtcaactcactgctactaacctggtgcggaggtgtcttttttgaaggtgtcatttttggaggtgtcttttttggag 1116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54473152 actgggccagagtaactggagttggtcaactcactgctactaacctggtgcggaggtgtcttttttgaaggtgtcatttttggaggtgttttttttggag 54473053  T
Q  1117 gtgttggagtccaaccaccaccttgagctggtggaggaatattaagcacatgctcaccattgttgtacatatactgatttgcacctgcatgtttataata 1216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473052 gtgttggagtccaaccaccaccttgagctggtggaggaatattaagcacatgctcaccattgttgtacatatactgatttgcacctgcatgtttataata 54472953  T
Q  1217 ctagtcattttctgtacactatatatcggtagagtagaagcaagaaattccataagcagagaacacatatgtttggtaacaaagttataccaattgtgca 1316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472952 ctagtcattttctgtacactatatatcggtagagtagaagcaagaaattccataagcagagaacacatatgtttggtaacaaagttataccaattgtgca 54472853  T
Q  1317 gttcctttctatcatcgtcatcttaaaagattaggatttaaattgtacaacttgtatttatatattacggttcaggcttcaaacccgcgcccctaatcac 1416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54472852 gttcctttctatcatcgtcatcttaaaagaataggatttaaattgtacaacttgtatttatatattacggttcaggcttcaaacccgcgtccctaatcac 54472753  T
Q  1417 cccacgcaacttaccttcgtgtaactgtgttggttcaaaaaggcatgtcactctcgcttcgcttaattgactctcccacttattagcattataagacata 1516  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54472752 ccctcgcaacttaccttcgtgtaactgtgttggttcaaaaaggcatgtcactctcgcttcgcttaattgactctcccacttattagcattataacacata 54472653  T
Q  1517 ctcaacatatacaactagccttttaacaaatgatttgaacaaattagatcctttatgaccagggattgataaattcaaagataac--nnnnnnnnnatat 1614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||    
T  54472652 ctcaacatatacaactagccttttaacaaatgatttgaacaaattagatcctttatgaccagggattgataaattcaaagataacattttttttttatat 54472553  T
Q  1615 ctaacggtttctacatttgcaacaccatattgtagctacataagattcaaatttggatcctctaccgcgtcgactatggcaccatgcaaaagctttagag 1714  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472552 cttacagtttctacatttgcaacaccatattgtagctacataagattcaaatttggatcctctaccgcgtcgactatggcaccatgcaaaagctttagag 54472453  T
Q  1715 gatccatttctgatcnnnnnnntaagaataggctatgaatcattaattaattaa------------cttcctccattaactactctaaacttcataacat 1802  Q
    |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  54472452 gatccatttctgatcaaaaaaataagaataggctatgaatcattaattaattaattaattaattagcttcccccattaactattctaaacttcataacat 54472353  T
Q  1803 gcttatt 1809  Q
    |||||||    
T  54472352 gcttatt 54472346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 38; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 852 - 901
Target Start/End: Complemental strand, 32902757 - 32902708
Alignment:
Q  852 ttaccattagggagaatacctttatgtacatatccaaacccaccttgacc 901  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||    
T  32902757 ttaccattagggagaatacctctatgcacatatccaaatccaccttgacc 32902708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 59 - 144
Target Start/End: Original strand, 33145051 - 33145136
Alignment:
Q  59 aattacccaaatgttcccatcacacgagtagaaacatgagtgttagtgtcttgagtaaattttgccaatccaaaatctgccaccta 144  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||| ||   ||| || || |||||||||||||| ||||||||    
T  33145051 aattacccgaatgttcccatgacacgagttgagacatgtgtattagtatcggtagtcaacttagccaatccaaaatcagccaccta 33145136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University