View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13161_high_1 (Length: 717)

Name: NF13161_high_1
Description: NF13161
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13161_high_1
NF13161_high_1
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (19-710)||(10283818-10284509)
chr8 (26-700)||(10243004-10243678)
chr8 (19-700)||(10272586-10273267)
chr8 (19-700)||(10264889-10265574)
chr8 (389-549)||(13979838-13979996)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (269-549)||(48367493-48367773)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 656; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 656; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 10284509 - 10283818
Alignment:
Q  19 agaatggacaaaaactaacacaattccattgtgtagagagtttcctatccaaaatggaaagggcttaaactttatctacagtagcaagtcatcacaaaca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10284509 agaatggacaaaaactaacacaattccattgtgtagagagtttcctatccaaaatggaaagggcttaaactttatctacagtagcaagtcatcacaaaca 10284410  T
Q  119 gaaaatggtgtaacattagcaacagccacaacaaatctattcacaaatccaggatacaatcatatgatgaaagcacttcaaattccaaactgcagtccag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10284409 gaaaatggtgtaacattagcaacagccacaacaaatctattcacaaatccaggatacaatcatatgatggaagcacttcaaattccaaactgcagtccag 10284310  T
Q  219 atgatgtaacattcagtcctgattttcaacaaacactctactgccaccttttatgtggactacttttcagagaagaagttcaattggtttcgtccacatt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10284309 atgatgtaacattcagtcctgattttcaacaaacactctactgccacctcttatgtggactacttttcagagaagaagttcaattggtttcgtccacatt 10284210  T
Q  319 tgcacatagcattgtgaatgctttcagaacatttgaacaagtttgggaagaacttgttactgatatcaaagaaggtgttcttagcagtagaatcacacat 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10284209 tgcacatagcattgtgaatgctttcagaacatttgaacaaatttgggaagaacttgttactgatatcaaagaaggtgttcttagcagtagaatcacacat 10284110  T
Q  419 ccatccattagaactgctatgtcaaaattgctgaaaccaaatcctgaactagctaacttgatccacaagaaatgctcaggattaagcaattggtatggat 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10284109 ccatccattagaactgctatgtcaaaattgctgaaaccaaatcctgaactagctaacttgatccacaagaaatgctcaggattaagcaactggtatggat 10284010  T
Q  519 tgataccagagctttttccaaatgctaagtatgttctagggatcatgacaggtgcaatggaaccttatatgaaaaagctgagacattatgcagtagaagt 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10284009 tgataccagagctttttccaaatgctaagtatgttctagggatcatgacaggtgcaatggaaccttatatgaaaaagctgagacattatgcaggagaagt 10283910  T
Q  619 tcctttgttaacttctgattatggtgcttctgaaggttggattagtttaaatttgaatcctaaagtggctcctgagtttgctgcctatgcta 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  10283909 tcctttgttaacttctgattatggtgcttctgaaggttggattggttcaaatttgaatcctaaagtggctcctgagtttgctacttatgcta 10283818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 10243678 - 10243004
Alignment:
Q  26 acaaaaactaacacaattccattgtgtagagagtttcctatccaaaatggaaagggcttaaactttatctacagtagcaagtcatcacaaacagaaaatg 125  Q
    |||||| |||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||||||| |||||   ||||||| |  ||   |    
T  10243678 acaaaagctaacaaaattccattatgcagagagtttcctatccaaaatggcaaggccttaagcttcatctacagcagcaaactatcacaagctaaagggg 10243579  T
Q  126 gtgtaacattagcaacagccacaacaaatctattcacaaatccaggatacaatcatatgatgaaagcacttcaaattccaaactgcagtccagatgatgt 225  Q
    |||| ||| |||||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||| |||   |||||||||||||||  |||    ||||| ||  |||||||    
T  10243578 gtgtgacagtagcaacagccacagccaatgtattcagaaatccaggatacaagcatgcaatgaaagcacttcaatctcctggatgcagccctcatgatgt 10243479  T
Q  226 aacattcagtcctgattttcaacaaacactctactgccaccttttatgtggactacttttcagagaagaagttcaattggtttcgtccacatttgcacat 325  Q
     | |||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||  |||| || ||||||||||||    
T  10243478 gatattcagtcctaattttcaccaatcactctactgccacctcttatgtggactgctttgcagagaagaaattcaattaatttcatcaacatttgcacat 10243379  T
Q  326 agcattgtgaatgctttcagaacatttgaacaagtttgggaagaacttgttactgatatcaaagaaggtgttcttagcagtagaatcacacatccatcca 425  Q
    ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10243378 agcattgtctatgctttcagaacctttgaacaagtttgggaagaacttattactgacatcaaagaaggtgttcttagcagtagaatcacacatccatcca 10243279  T
Q  426 ttagaactgctatgtcaaaattgctgaaaccaaatcctgaactagctaacttgatccacaagaaatgctcaggattaagcaattggtatggattgatacc 525  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  10243278 ttagaactgcaatgtcaaaactgctgaaaccaaatcctgaactagctaacttgatccacaagaaatgcataggattgagcaattggtatggactgatacc 10243179  T
Q  526 agagctttttccaaatgctaagtatgttctagggatcatgacaggtgcaatggaaccttatatgaaaaagctgagacattatgcagtagaagttcctttg 625  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||    
T  10243178 agagctttttcctaatgttaagtatgttcaagggatcatgactggtgcaatggaaccttatgtgaaaaagttgagacactatgcaggagaggttcctttg 10243079  T
Q  626 ttaacttctgattatggtgcttctgaaggttggattagtttaaatttgaatcctaaagtggctcctgagtttgct 700  Q
    || |||||||| |||||  |||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10243078 ttgacttctgagtatggctcttctgaaggttggattgcttcaaatgtgaatcctaaagtggctcctgagtttgct 10243004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 10273267 - 10272586
Alignment:
Q  19 agaatggacaaaaactaacacaattccattgtgtagagagtttcctatccaaaatggaaagggcttaaactttatctacagtagcaagtcatcacaaaca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||||||| ||||| | ||||||||||    
T  10273267 agaatggacaaaaactaacacaattacattatgtagagagtttcctatccaaaatggcaaggccttaagcttcatctacagcagcaaattatcacaaaca 10273168  T
Q  119 gaaaatggtgtaacattagcaacagccacaacaaatctattcacaaatccaggatacaatcatatgatgaaagcacttcaaattccaaactg-cagtcca 217  Q
     ||   ||||| |||  || |||||||||| ||||| | ||||   ||||||||||||  ||||  ||| | ||| || |||| ||  | || |||||||    
T  10273167 aaagggggtgtgacagcaggaacagccacagcaaatgtgttcagtcatccaggatacaggcataccatgcaggca-ttaaaatcccctagtgtcagtcca 10273069  T
Q  218 gatgatgtaacattcagtcctgattttcaacaaacactctactgccaccttttatgtggactacttttcagagaagaagttcaattggtttcgtccacat 317  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||  ||||  |  |||    
T  10273068 gatgaagtaatatttagtcctgattttcagcaaacactctactgccacctcttatgtggactacttttcagagaagaagttagtttaatttcagcaccat 10272969  T
Q  318 ttgcacatagcattgtgaatgctttcagaacatttgaacaagtttgggaagaacttgttactgatatcaaagaaggtgttcttagcagtagaatcacaca 417  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10272968 ttgcacacagccttgtgaatgctttcagaacatttgaacaagtttgggaggaacttgttactgatatcagagaaggtgttcttagcagtagaatcacaca 10272869  T
Q  418 tccatccattagaactgctatgtcaaaattgctgaaaccaaatcctgaactagctaacttgatccacaagaaatgctcaggattaagcaattggtatgga 517  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  10272868 tccattcattagaactgctatgtctaaactgctgacaccaaatcctgaactagctaacttgatccacaagaaatgcataggattgagcaattggtatgga 10272769  T
Q  518 ttgataccagagctttttccaaatgctaagtatgttctagggatcatgacaggtgcaatggaaccttatatgaaaaagctgagacattatgcagtagaag 617  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||  |||||||| ||||||| ||||||| ||| |    
T  10272768 ttgataccggagcttttccctaatgctaagtatcttctagggatcatgacaggttcaatggaacattacttgaaaaagttgagacactatgcaggagagg 10272669  T
Q  618 ttcctttgttaacttctgattatggtgcttctgaaggttggattagtttaaatttgaatcctaaagtggctcctgagtttgct 700  Q
    |||||||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10272668 ttcctttggtgacttctgagtatggctcttctgaaggttggattgcttcaaatgtgaatcctaaagtggctcctgagtttgct 10272586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 10265574 - 10264889
Alignment:
Q  19 agaatggacaaaaactaacacaattccattgtgta----gagagtttcctatccaaaatggaaagggcttaaactttatctacagtagcaagtcatcaca 114  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||||||| ||||| | ||||||    
T  10265574 agaatggacaaaaagtaacacaattccattatgtatgtagagagtttcctatccaaaatggcaaggccttaagcttcatctacagcagcaaattatcaca 10265475  T
Q  115 aacagaaaatggtgtaacattagcaacagccacaacaaatctattcacaaatccaggatacaatcatatgatgaaagcacttcaaattccaaactg-cag 213  Q
    |||| ||   ||||| |||  || |||||||||||||||| | |||| ||||||||||| ||| |||   ||||| ||| || |||| | | | || |||    
T  10265474 aacaaaagggggtgtgacagcaggaacagccacaacaaatgtgttcagaaatccaggattcaagcatgccatgaatgcattt-aaatccgatagtgtcag 10265376  T
Q  214 tccagatgatgtaacattcagtcctgattttcaacaaacactctactgccaccttttatgtggactacttttcagagaagaagttcaattggtttcgtcc 313  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||   ||  |||| ||     
T  10265375 tccagatgaagtaatatttagtccagattttcaccaatcactctactgtcacctcttatgtggactatttttcagagaagaagttagtttaatttcatca 10265276  T
Q  314 acatttgcacatagcattgtgaatgctttcagaacatttgaacaagtttgggaagaacttgttactgatatcaaagaaggtgttcttagcagtagaatca 413  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||  | |    
T  10265275 acatttgcacacagccttgtgtatgctttcagaacatttgaacaagtttgggaggaacttgtttttgatatcagagaaggtgttcttagcaatagggtaa 10265176  T
Q  414 cacatccatccattagaactgctatgtcaaaattgctgaaaccaaatcctgaactagctaacttgatccacaagaaatgctcaggattaagcaattggta 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||||    
T  10265175 cacatccatccattagaactgctatgtctaaactgctgaaaccaaatcctgaactagctaacttgatccacaagaaatgcataggattgagcgattggta 10265076  T
Q  514 tggattgataccagagctttttccaaatgctaagtatgttctagggatcatgacaggtgcaatggaaccttatatgaaaaagctgagacattatgcagta 613  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||  |||||||| ||||||| ||||||| |    
T  10265075 tggattgataccagaactttttcctaatgttaagtatgttctaggaatcatgacaggttcaatggaacattacttgaaaaagttgagacactatgcagga 10264976  T
Q  614 gaagttcctttgttaacttctgattatggtgcttctgaaggttggattagtttaaatttgaatcctaaagtggctcctgagtttgct 700  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10264975 gaggttcctttgttgacttctgaatatggtgcttctgaaggttggattgcttcaaatgtgaatcctaaagtggctcctgagtttgct 10264889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 389 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 13979996 - 13979838
Alignment:
Q  389 gaaggtgttcttagcagtagaatcacacatccatccattagaactgctatgtcaaaattgctgaaaccaaatcctgaactagctaacttgatccacaaga 488  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||| ||| |||   ||||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||| || | |||||||| |    
T  13979996 gaaggagttcttagtagtagagtcacagatccatcgattcgaat--ctatgtctaaattgctcaaaccaaatccagaattagctgacataatccacaaaa 13979899  T
Q  489 aatgctcaggattaagcaattggtatggattgataccagagctttttccaaatgctaagta 549  Q
    ||||   ||| || |  ||||||||||| ||| |||||||| | ||||| ||||| |||||    
T  13979898 aatgtctagggttgaataattggtatggtttgttaccagagttgtttcctaatgcgaagta 13979838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 97; Significance: 3e-47; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 269 - 549
Target Start/End: Original strand, 48367493 - 48367773
Alignment:
Q  269 ttatgtggactacttttcagagaagaagttcaattggtttcgtccacatttgcacatagcattgtgaatgctttcagaacatttgaacaagtttgggaag 368  Q
    ||||| |||||| ||||| | || || ||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||  |||| |||||| | |||||||||||||||||||    
T  48367493 ttatgcggactaattttccgcgaggaggttcaattggtatgttcaacatttgcacatagcattgttcatgccttcagatcctttgaacaagtttgggaag 48367592  T
Q  369 aacttgttactgatatcaaagaaggtgttcttagcagtagaatcacacatccatccattagaactgctatgtcaaaattgctgaaaccaaatcctgaact 468  Q
    | |||  || |||||| | ||||||||||||||| || ||| ||||   ||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |    
T  48367593 agctttgtaatgatataagagaaggtgttcttagtagcagagtcacggttccctccattcgaactgctatgtctaaattgctcaaaccaaatccagaatt 48367692  T
Q  469 agctaacttgatccacaagaaatgctcaggattaagcaattggtatggattgataccagagctttttccaaatgctaagta 549  Q
    ||| ||| | |||||||| | |||   |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  48367693 agcgaacataatccacaaaagatgtataggattaagcaactggtatggtttgataccggagctttttccgaatgcaaagta 48367773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University