View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13163_low_1 (Length: 977)

Name: NF13163_low_1
Description: NF13163
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13163_low_1
NF13163_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (18-965)||(2262155-2263103)
chr7 (500-564)||(2287785-2287849)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 874; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 874; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 965
Target Start/End: Original strand, 2262155 - 2263103
Alignment:
Q  18 cttatgggccatagctaaccctagtaatgctactgctaatggtcctgttagtgtagctaatggcattgtctttgcaggatctgcaaataggaaaggacct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262155 cttatgggccatagctaaccctagtaatgctactgctaatggtcctgttagtgtagctaatggcattgtctttgcaggatctgcaaataggaaaggacct 2262254  T
Q  118 atctatgcaataaatggtaagagtggtgaaattttgtggtcttatgagactggagcaactgtgtatggtggaatttcaattaacaatggttgcatatatc 217  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262255 atctatgcaataaatggtaagactggtgaaattttgtggtcttatgagactggagcaactgtgtatggtggaatttcaattaacaatggttgcatatatc 2262354  T
Q  218 ttggaaatggttatactgtgggtttggcaacggttattggaggccttactggtggtacttctctttatgccttttgtatctaagtaaaccatactattac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2262355 ttggaaatggttatactgtgggtttggcaacggttattggaggccttactggtggtacttctctttatgccttttgtgtctaagtaaaccatactattac 2262454  T
Q  318 tatggttggtgatagtatatgtatgaccataaaattacacatattttatggtgttgcgaaaaatatatatatttacttgaattctctagactcgatcatt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262455 tatggttggtgatagtatatgtatgaccataaaattacacatattttatggtgttgcgaaaaatatatatatttacttgaattctctagactcgatcatt 2262554  T
Q  418 tcgggaaatatgtaatattgtgtcttgtacgtgtttgtttggatttggatgataattaatgtattatgttagtatgtgtttgattaattcgactatgagc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262555 tcgggaaatatgtaatattgtgtcttgtacgtgtttgtttggatttggatgataattaatgtattatgttagtatgtgtttgattaattcgactatgagc 2262654  T
Q  518 ctctcctcggcctatgaacgtgaaatgtatgtcatcaattcgactat---nnnnnnnntggtgtcgttacctcctttgtctacatttgaaaagttacacc 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2262655 ctctcctcggcctatgaacgtgaaatgtatgtcatcaattcgactataaaaaaaaaaatggcgtcgttacctcctttgtttacatttgaaaagttacacc 2262754  T
Q  615 gatctataaagacttcacgggttactcttacaaactcttcaagcaccaatgcaatacaaatggttaacagaactattgggttttgactatgaaatatttt 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262755 gatctataaagacttcacgggttactcttacaaactcttcaagcaccaatgcaatacaaatggttaacagaactattgggttttgactatgaaatatttt 2262854  T
Q  715 gcacactcggacgtaccagcattgttgcagatggcctttctcaaactgatgaacctctcttgaagctattatagttccaataccacatgttagtccttta 814  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2262855 gcacactcggacgtaccagcattgttgcagatggcctttctcaaactgatgaacctctctagaagctattatagttccaatactacatgttagtccttta 2262954  T
Q  815 ttttggaccaacttcacaacttttagactttcggtcctacacatgacaagctctggtgtaaaagtttcgacaatcttctatagaacgatgtcctttctct 914  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262955 ttttggaccaacttcacaacttttagactttcggtcct--acatgacaagctctggtgtaaaagtttcgacaatcttctatagaacgatgtcctttctct 2263052  T
Q  915 caacttcatggttttctttattataagagtcacattcattcctcttgagaa 965  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2263053 caacttcatggttttctttattataagagtcacattcactcctcttgagaa 2263103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 500 - 564
Target Start/End: Original strand, 2287785 - 2287849
Alignment:
Q  500 attaattcgactatgagcctctcctcggcctatgaacgtg-aaatgtatgtcatcaattcgactat 564  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||    
T  2287785 attaattcgactatgagcctcacctcgg-ctatgaacgagaaaatgtatgttatcaattctactat 2287849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University