View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13168_low_2 (Length: 499)

Name: NF13168_low_2
Description: NF13168
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13168_low_2
NF13168_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (33-479)||(21150579-21151028)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (27-479)||(22814707-22815162)
chr7 (48-479)||(22888993-22889427)
chr7 (48-432)||(22875623-22876004)
chr7 (48-289)||(22805019-22805260)
chr7 (47-479)||(22830731-22831166)
chr7 (47-475)||(22839752-22840183)
chr7 (27-432)||(22897952-22898351)
chr7 (48-278)||(22913375-22913605)
chr7 (32-294)||(22858144-22858418)
chr7 (45-294)||(22893651-22893900)
chr7 (32-222)||(22885310-22885500)
chr7 (32-287)||(22809326-22809593)
chr7 (44-289)||(22880288-22880542)
chr7 (48-294)||(22825959-22826205)
chr7 (342-479)||(22885592-22885729)
chr7 (352-477)||(22858470-22858595)
chr7 (344-477)||(22893944-22894077)
chr7 (345-432)||(22809645-22809732)
chr7 (391-473)||(22922209-22922291)
chr7 (411-477)||(22880631-22880697)
chr7 (387-473)||(22933300-22933386)
chr7 (345-431)||(22913669-22913755)
chr7 (374-475)||(22805339-22805440)
chr7 (342-395)||(22880589-22880642)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (376-473)||(15628278-15628375)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 33 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 21151028 - 21150579
Alignment:
Q  33 aaatattgttagctcaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgcaagtaac 132  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21151028 aaatactgttacttcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaac 21150929  T
Q  133 cctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggttt---------aa 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||         |     
T  21150928 cctgttgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaac 21150829  T
Q  224 caacatcaattggagctaaagtaacattaatctttttgttcactccatcatattcaatccataccttcatataagatccgccgaaaaggtataatcccct 323  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||| || ||  | |||||||||||||||||||| | ||||  | |||| | ||||||| ||||     |    
T  21150828 caacactaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataa----at 21150733  T
Q  324 cagataaccatcataatcatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatca 423  Q
    ||   || |  ||| || |||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21150732 cattgaatc--catcattatcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttattattgatatca 21150635  T
Q  424 tcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctact 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  21150634 tcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctact 21150579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 27 - 479
Target Start/End: Original strand, 22814707 - 22815162
Alignment:
Q  27 ctcatcaaatattgttagctcaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgca 126  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||    
T  22814707 ctcagcaaatactgttagcttaggaagttcagatatttcaaggttttgagcttggccattaaccttaaaactccacccaagaatataatgagaagctaca 22814806  T
Q  127 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggttt----- 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||         
T  22814807 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattac 22814906  T
Q  222 ----aacaacatcaattggagctaaagtaacattaatctttttgttcactccatcatattcaatccataccttcatataagatccgccgaaaaggtataa 317  Q
        | |||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  |||  | ||||   | ||||| ||||    
T  22814907 tagcaccaacactcattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgtataggaaatccattggaaagggataa 22815006  T
Q  318 tcccctcagataaccatcataatcatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattg 417  Q
      |||| |  | |||      || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22815007 ctccctgaattgacc------atgatcattataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaataattgatatcgataccaacatggttatcattg 22815100  T
Q  418 atatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctact 479  Q
    |||||||||||||  |||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||    
T  22815101 atatcatcaaactgcaaatcttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgttact 22815162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 48 - 479
Target Start/End: Original strand, 22888993 - 22889427
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  22888993 aggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatatactgagaagctaccattaaccctgttgaagatgag 22889092  T
Q  148 aatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggttt---------aacaacatcaattggag 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||         | |||||   ||||| |    
T  22889093 aatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaacactcattggtg 22889192  T
Q  239 ctaaagtaacattaatctttttgttcactccatcatattcaatccataccttcatataagatccgccgaaaaggtataatcccctcagataaccatcata 338  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    |||| | | ||||| ||||  || | |  | |||          
T  22889193 ctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcatagggtatccactggaaagggataaatccttgaattgacc------ 22889286  T
Q  339 atcatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatct 438  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  22889287 ataaccatcataatatcctgcaggagttgaatcagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcgttgatatcatcaaactcaaaattt 22889386  T
Q  439 tgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctact 479  Q
    |||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  22889387 tgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctact 22889427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 48 - 432
Target Start/End: Original strand, 22875623 - 22876004
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 147  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||    
T  22875623 aggaagttcagagatttcaagggtttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctaaaattaaacctgttgaagatgag 22875722  T
Q  148 aatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggttta--ac-aacatcaattggagctaaag 244  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  || | |||| |||||||||||||    
T  22875723 aatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctattggagctaaag 22875822  T
Q  245 taacattaatctttttgttcactccatcatattcaatccataccttcatataagatccgccgaaaaggtataatcccctcagataaccatcataatcatc 344  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||   | |||| | ||||||| ||||  |||| |   | | || |||    ||    
T  22875823 taacatcaatcttttttttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctga---atcgattata---ttc 22875916  T
Q  345 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactca 432  Q
    ||| |||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  22875917 atcgtaatatcctgtagaagttgaaatagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactca 22876004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 48 - 289
Target Start/End: Original strand, 22805019 - 22805260
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 147  Q
    ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805019 aggaaattgagagattacaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 22805118  T
Q  148 aatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacatcaattggagctaaagtaa 247  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  22805119 aatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcattgataacgaaggtcctgttggtttaacaacataaactggagctaaagtaa 22805218  T
Q  248 cattaatctttttgttcactccatcatattcaatccatacct 289  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  22805219 catcaatctttttcttcactccatcataatcaatccatacct 22805260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 47 - 479
Target Start/End: Original strand, 22830731 - 22831166
Alignment:
Q  47 caggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatga 146  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  22830731 caggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatga 22830830  T
Q  147 gaatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggttt---------aacaacatcaattgga 237  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||   ||| ||||||||||         | |||||  || ||||    
T  22830831 gaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaacactaactgga 22830930  T
Q  238 gctaaagtaacattaatctttttgttcactccatcatattcaatccataccttcatataagatccgccgaaaaggtataatcccctcagataaccatcat 337  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |  ||| | |  |||| ||||   ||| |    ||||  ||    
T  22830931 gctaaggtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtat 22831030  T
Q  338 aatcatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatc 437  Q
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  22831031 ------catcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatgattatcattgatatcatcaaactcaaaatt 22831124  T
Q  438 ttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctact 479  Q
    || |  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  22831125 tttacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctact 22831166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 47 - 475
Target Start/End: Original strand, 22839752 - 22840183
Alignment:
Q  47 caggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatga 146  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  22839752 caggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatga 22839851  T
Q  147 gaatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggttt---------aacaacatcaattgga 237  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||   ||| ||||||||||         | |||||  || ||||    
T  22839852 gaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaacactaaatgga 22839951  T
Q  238 gctaaagtaacattaatctttttgttcactccatcatattcaatccataccttcatataagatccgccgaaaaggtataatcccctcagataaccatcat 337  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||||  | |||| | | | ||| ||||  |||| |   | | || ||    
T  22839952 gctaaggtaacatcaatctttttcttcactctatcatattcaatccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctga---atcgattat 22840048  T
Q  338 aatcatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatc 437  Q
    |    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |      
T  22840049 a---ttcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcactact 22840145  T
Q  438 ttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgc 475  Q
    | ||| ||| ||||  |||||| |||||||||||||||    
T  22840146 tagaagagtatcaagttcaacaccaaaaacatggttgc 22840183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 27 - 432
Target Start/End: Original strand, 22897952 - 22898351
Alignment:
Q  27 ctcatcaaatattgttagctcaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgca 126  Q
    |||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    |    
T  22897952 ctcaccaaatcttggtagcttaggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaa 22898051  T
Q  127 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaa 226  Q
    | | | || || |  ||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  22898052 actgaaccagtagctgatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaa 22898151  T
Q  227 catcaattggagctaaagtaacattaatctttttgttcactccatcatattcaatccataccttcatataagatccgccgaaaaggtataatcccctcag 326  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||| ||||  |   || | |||||||   ||   | | ||    
T  22898152 cattaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgag 22898251  T
Q  327 ataaccatcataatcatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatca 426  Q
     | |||||  |||    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22898252 ttgaccat--taa----catcataatatcctgcaggagttgatttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatta 22898345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 48 - 278
Target Start/End: Original strand, 22913375 - 22913605
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 147  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  || | | |||||||||||||||    
T  22913375 aggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgag 22913474  T
Q  148 aatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacatcaattggagctaaagtaa 247  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22913475 aatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaa 22913574  T
Q  248 cattaatctttttgttcactccatcatattc 278  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  22913575 catcaatctttttcttcactccatcatattc 22913605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 32 - 294
Target Start/End: Original strand, 22858144 - 22858418
Alignment:
Q  32 caaatattgttagctcaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgcaagtaa 131  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||     
T  22858144 caaatattcttagctcaggaagtttagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgggaagctacaattac 22858243  T
Q  132 ccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaac---- 227  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||| ||||||||||||        
T  22858244 cccggttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttcgtgaatgataacaaaggtcgtgctggtttaacaacatta 22858343  T
Q  228 --------atcaattggagctaaagtaacattaatctttttgttcactccatcatattcaatccataccttcata 294  Q
            || |||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  22858344 caaccaaaattaattggagctaatgtaacatcaatatttttcttcactccatcatattctatccatacctgcata 22858418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 45 - 294
Target Start/End: Original strand, 22893651 - 22893900
Alignment:
Q  45 ctcaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagat 144  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |  || | | || || |  |||    
T  22893651 ctcaggaagttcagagattacaaggttttgagcttgaccattaatcttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaaatgaaccagtagctgat 22893750  T
Q  145 gagaatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacatcaattggagctaaag 244  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22893751 gaaaatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaag 22893850  T
Q  245 taacattaatctttttgttcactccatcatattcaatccataccttcata 294  Q
    |||||| ||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||| ||||    
T  22893851 taacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcata 22893900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 32 - 222
Target Start/End: Original strand, 22885310 - 22885500
Alignment:
Q  32 caaatattgttagctcaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgcaagtaa 131  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||    
T  22885310 caaatattcttggctcaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttggctattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctacaattaa 22885409  T
Q  132 ccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggttta 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22885410 ccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagtattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggttta 22885500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 32 - 287
Target Start/End: Original strand, 22809326 - 22809593
Alignment:
Q  32 caaatattgttagctcaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgcaagtaa 131  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |  ||   |    
T  22809326 caaatgttcttagctcaggaagtttagagatatcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaacataatgagaagatagaataga 22809425  T
Q  132 ccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggtttaa-------- 223  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||            
T  22809426 acctgttgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattggagaaagatctttggtgaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacatta 22809525  T
Q  224 ----caacatcaattggagctaaagtaacattaatctttttgttcactccatcatattcaatccatac 287  Q
        |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||    
T  22809526 aaaccaacattaattggagctaaagtagcatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatac 22809593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 44 - 289
Target Start/End: Original strand, 22880288 - 22880542
Alignment:
Q  44 gctcaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaaga 143  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||  || ||||| |||||||||    
T  22880288 gctcatgaagctcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaacataatgagaagctaaaattaaccttgttgaaga 22880387  T
Q  144 tgagaatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggttt---------aacaacatcaatt 234  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||         | |||||  |||     
T  22880388 tgataatccaacatacatactattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgacaacaaatgtcgtgttggtttattattaaaaccaacactaatc 22880487  T
Q  235 ggagctaaagtaacattaatctttttgttcactccatcatattcaatccatacct 289  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  22880488 ggagctaatgtaacctcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacct 22880542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 48 - 294
Target Start/End: Original strand, 22825959 - 22826205
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaaaaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 147  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||    || | | || || |  ||||||    
T  22825959 aggaagttcagaaattacaagattttgagcttgaccattaagcttaaaacttcaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgag 22826058  T
Q  148 aatccaacatacattctattgttaagaattggagaaagatcattggtcaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacatcaattggagctaaagtaa 247  Q
    |||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22826059 aatccaacatacatactattgttcaaaattggaggaagatctctggtcaatgaaaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaa 22826158  T
Q  248 cattaatctttttgttcactccatcatattcaatccataccttcata 294  Q
    ||| ||||||||| ||  | ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  22826159 catcaatctttttattttcaccatcatattctatccatacctgcata 22826205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 342 - 479
Target Start/End: Original strand, 22885592 - 22885729
Alignment:
Q  342 atcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttga 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  22885592 atcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatttcatcaaactcaaaattttga 22885691  T
Q  442 acagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctact 479  Q
     ||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||    
T  22885692 tcagtgtcaagctcaataccaaaaacatggctgctact 22885729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 352 - 477
Target Start/End: Original strand, 22858470 - 22858595
Alignment:
Q  352 tatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaa 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  22858470 tatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccagcatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaa 22858569  T
Q  452 actcaacagcaaaaacatggttgcta 477  Q
     |||||||||||| ||||||||||||    
T  22858570 gctcaacagcaaacacatggttgcta 22858595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 344 - 477
Target Start/End: Original strand, 22893944 - 22894077
Alignment:
Q  344 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaac 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || ||     
T  22893944 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcacgattttcaat 22894043  T
Q  444 agtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgcta 477  Q
    ||| ||||  |||||| ||||||| |||||||||    
T  22894044 agtatcaagttcaacaccaaaaacgtggttgcta 22894077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 345 - 432
Target Start/End: Original strand, 22809645 - 22809732
Alignment:
Q  345 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactca 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22809645 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatatcatcaaactca 22809732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 391 - 473
Target Start/End: Original strand, 22922209 - 22922291
Alignment:
Q  391 atatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggtt 473  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22922209 atatctataccaacatggttatcattaatatcaccaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaagatggtt 22922291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 411 - 477
Target Start/End: Original strand, 22880631 - 22880697
Alignment:
Q  411 atcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgcta 477  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22880631 atcattgatatcgtcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgcta 22880697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 387 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 22933386 - 22933300
Alignment:
Q  387 attgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggtt 473  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  22933386 attgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaactcaaagtcttgagcagtgtcaaactcgacagcaaaaatatggtt 22933300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 345 - 431
Target Start/End: Original strand, 22913669 - 22913755
Alignment:
Q  345 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactc 431  Q
    ||||||||||||||| | ||  || ||  |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  22913669 atcataatatcctgccgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactc 22913755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 374 - 475
Target Start/End: Original strand, 22805339 - 22805440
Alignment:
Q  374 ctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggtt 473  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||||| | |||||||  |  | |||| ||||||||||||||| |  ||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  22805339 ctgatttcagatcattgatattaataccatcgtggttattgtcaacatcaccaaactcaaaatctttagaagtgtcaagttcaacaccaaaaacatggtt 22805438  T
Q  474 gc 475  Q
    ||    
T  22805439 gc 22805440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 342 - 395
Target Start/End: Original strand, 22880589 - 22880642
Alignment:
Q  342 atcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatc 395  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  22880589 atcatcataatatcctgcagaaattgaatttactgatttcaaatcattgatatc 22880642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 376 - 473
Target Start/End: Original strand, 15628278 - 15628375
Alignment:
Q  376 gattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggtt 473  Q
    |||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||   ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  15628278 gatttcaaaccattgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaacccaaagtctaagacagtgtcaaattcaacagcaaaaagatggtt 15628375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University