View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13169_high_2 (Length: 553)

Name: NF13169_high_2
Description: NF13169
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13169_high_2
NF13169_high_2
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (4-534)||(22830934-22831464)
chr7 (7-534)||(22814933-22815460)
chr7 (7-534)||(22889198-22889725)
chr7 (4-534)||(22839955-22840485)
chr7 (7-534)||(22898169-22898696)
chr7 (7-534)||(22875822-22876349)
chr7 (7-534)||(22893850-22894377)
chr7 (7-534)||(22805215-22805742)
chr7 (11-534)||(22809554-22810077)
chr7 (63-445)||(22885559-22885934)
chr7 (7-304)||(22858368-22858665)
chr7 (168-533)||(22880631-22880996)
chr7 (355-534)||(22858673-22858852)
chr7 (213-527)||(22842264-22842590)
chr7 (102-389)||(22913669-22913956)
chr7 (7-152)||(22880497-22880642)
chr7 (148-230)||(22922209-22922291)
chr7 (144-230)||(22933300-22933386)
chr7 (465-534)||(22914032-22914101)
chr7 (7-61)||(22826155-22826209)
chr7 (7-41)||(22913571-22913605)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (31-534)||(21150281-21150784)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (133-191)||(15628278-15628336)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 534
Target Start/End: Original strand, 22830934 - 22831464
Alignment:
Q  4 aaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcat 103  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22830934 aaggtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcat 22831033  T
Q  104 cataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagt 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22831034 cataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatgattatcattgatatcatcaaactcaaaatttttacgagt 22831133  T
Q  204 gtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagccctttt 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831134 gtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagccctttt 22831233  T
Q  304 gtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcat 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831234 gtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaatacaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcat 22831333  T
Q  404 tggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactc 503  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831334 tcgaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactc 22831433  T
Q  504 agcaataccatcaagatataaatgtgatgat 534  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831434 agcaataccatcaagatataaatgtgatgat 22831464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 7 - 534
Target Start/End: Original strand, 22814933 - 22815460
Alignment:
Q  7 gtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcat 106  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  |||| ||| ||||||||| | ||||||| |||||  ||||| ||    
T  22814933 gtaacatcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgtataggaaatccattggaaagggataactccctgaattgaccatgatcattat 22815032  T
Q  107 aatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  22815033 aatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaataattgatatcgataccaacatggttatcattgatatcatcaaactgcaaatcttgacgagtgtc 22815132  T
Q  207 aagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgta 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22815133 aagctcaacaccaaaaacatggttgttactgtttccattgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagcccttttgta 22815232  T
Q  307 ggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattgg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||    | | |||| | |||  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  22815233 ggagaaagaacaaaaacaattccttggccactaaaaggtggatattgaggtcttattgcaaacacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcattgg 22815332  T
Q  407 aagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagc 506  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || |  ||    | ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||    
T  22815333 aagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatatcctttggctctttctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagc 22815432  T
Q  507 aataccatcaagatataaatgtgatgat 534  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||    
T  22815433 aataccatcaagatttaaatgtgatgat 22815460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 7 - 534
Target Start/End: Original strand, 22889198 - 22889725
Alignment:
Q  7 gtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcat 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| | ||||| |||||  | ||||||    
T  22889198 gtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcatagggtatccactggaaagggataaatccttgaattgaccataaccatcat 22889297  T
Q  107 aatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtc 206  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22889298 aatatcctgcaggagttgaatcagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcgttgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtc 22889397  T
Q  207 aagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgta 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||     
T  22889398 aagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccactgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatctggtagcccttttgtt 22889497  T
Q  307 ggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattgg 406  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  || |||    | | |||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||| ||| || |||    
T  22889498 ggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaatatttgcatattgaggtattatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacgctttcactgg 22889597  T
Q  407 aagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagc 506  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||| | || | |||    | ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||    
T  22889598 aagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaaccatgtcctttgtctctttctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgtagttaactcagc 22889697  T
Q  507 aataccatcaagatataaatgtgatgat 534  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22889698 aataccatcaagatataaatgtgatgat 22889725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 4 - 534
Target Start/End: Original strand, 22839955 - 22840485
Alignment:
Q  4 aaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcat 103  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||  |   ||||    
T  22839955 aaggtaacatcaatctttttcttcactctatcatattcaatccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaatcgattatattcat 22840054  T
Q  104 cataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagt 203  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || || ||||    
T  22840055 cgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaagagt 22840154  T
Q  204 gtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagccctttt 303  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22840155 atcaagttcaacaccaaaaacatggttgccaccgtttccaatgttggattggttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagccctttt 22840254  T
Q  304 gtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcat 403  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || |||||| |      
T  22840255 gtaggagaaataacgaaaacaattccatggccactaagagttggatatgaagattttatggaaaatacaaaagtagttgagaaagaagaaacacttccgc 22840354  T
Q  404 tggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactc 503  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | | || | ||| |    |||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||    
T  22840355 tggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcttgtcctttttcttgttttgtatcattggtgagtcttagtaagccagttgaggctaactc 22840454  T
Q  504 agcaataccatcaagatataaatgtgatgat 534  Q
    |||  |||||||||||||||||| |||||||    
T  22840455 agcggtaccatcaagatataaatttgatgat 22840485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 7 - 534
Target Start/End: Original strand, 22898169 - 22898696
Alignment:
Q  7 gtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcat 106  Q
    |||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||  |||||| ||| | ||||| || ||||||    
T  22898169 gtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgagttgaccattaacatcat 22898268  T
Q  107 aatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtc 206  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | |   |  ||| ||    
T  22898269 aatatcctgcaggagttgatttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcattaaactcactactaataatagtatc 22898368  T
Q  207 aagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgta 306  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  22898369 aagttcaacaccaaaaacatggttgctactatttccattgttggatttgttaaagagaccaaggtattgactttgtagtgaatttggtagcccttttgta 22898468  T
Q  307 ggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattgg 406  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||    | | |||||| |||  ||||||||||||||||||| || |||||| |||| |    
T  22898469 ggagagacaacaaaaacaattccatggccactaagagttggatattgaggtcttatggcaaacacaaaagtagttgagaaagaagaaacacttccattag 22898568  T
Q  407 aagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagc 506  Q
    ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||| | |||    
T  22898569 aagtgttcttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgctttttcttgcttggtatcattggtgagtctaagtaagccattggaggttaaattagc 22898668  T
Q  507 aataccatcaagatataaatgtgatgat 534  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898669 aataccatcaagatataaatgtgatgat 22898696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 7 - 534
Target Start/End: Original strand, 22875822 - 22876349
Alignment:
Q  7 gtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcat 106  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||  |   ||||| |    
T  22875822 gtaacatcaatcttttttttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgt 22875921  T
Q  107 aatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtc 206  Q
    ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||  | |   |  ||  ||    
T  22875922 aatatcctgtagaagttgaaatagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatc 22876021  T
Q  207 aagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgta 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22876022 aagttcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgta 22876121  T
Q  307 ggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattgg 406  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||    | | |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  22876122 ggagaaacaacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattgg 22876221  T
Q  407 aagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagc 506  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| | || | ||     | ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||    
T  22876222 aagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagc 22876321  T
Q  507 aataccatcaagatataaatgtgatgat 534  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||    
T  22876322 aataccatcaagatataaatttgatgat 22876349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 7 - 534
Target Start/End: Original strand, 22893850 - 22894377
Alignment:
Q  7 gtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcat 106  Q
    |||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||  || |||| ||||| ||||| || ||||||    
T  22893850 gtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggatagccactgataaggcttatattcttgaattgaccattaccatcat 22893949  T
Q  107 aatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |  ||| ||    
T  22893950 aatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcacgattttcaatagtatc 22894049  T
Q  207 aagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgta 306  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||   |||||| ||||||| | || ||||||||||| ||||  |  | | ||||||||||||||||||||||||    
T  22894050 aagttcaacaccaaaaacgtggttgctaggatttccattgttggaatcgtcaaagagaccaaggtatgaaccttggagtgaatttggtagcccttttgta 22894149  T
Q  307 ggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatgga--tacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcatt 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||  |  |||  | |||||| |||| |||||||||||||||| || || |||||| ||||    
T  22894150 ggagaaagaacaaaaacaattccatggccactataagttggaccttgatg--tcttatggcaaatacaaaagtagttgagaatgaagaaacacttccatt 22894247  T
Q  405 ggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactca 504  Q
    ||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||| |||| | ||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||| | |    
T  22894248 ggaagtgttcttcaaaactatagggtttggatagaaagcatgtgctttttcttgtttggtgtcattggtgagtcttagtaagccattggaggttaaatta 22894347  T
Q  505 gcaataccatcaagatataaatgtgatgat 534  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  22894348 gcaataccatcaagatacaaatgagatgat 22894377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 7 - 534
Target Start/End: Original strand, 22805215 - 22805742
Alignment:
Q  7 gtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcat 106  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||  ||   | |||| | |||||  |||||| |    
T  22805215 gtaacatcaatctttttcttcactccatcataatcaatccatacctgtataggatttccactggaaaggtctactgttctgatttgaccatgatcatcgt 22805314  T
Q  107 aatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtc 206  Q
    ||||  |||||| ||||||   | ||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||  |  | |||| |||||||||||| || |  ||||||    
T  22805315 aataggctgcagtagttgagacaactgatttcagatcattgatattaataccatcgtggttattgtcaacatcaccaaactcaaaatctttagaagtgtc 22805414  T
Q  207 aagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgta 306  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22805415 aagttcaacaccaaaaacatggttgccactgtttccattgttggaatcattaaagagaccaaggtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtt 22805514  T
Q  307 ggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattgg 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    | | |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||    
T  22805515 ggagaaagaacaaaaacaattccatggccagtaaaaggtggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcactgg 22805614  T
Q  407 aagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagc 506  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||   || |  || |  | |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  22805615 aagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcatgacctattacttgttctgtatcattggtgagtcttagtatgccatctgaggttaactcagc 22805714  T
Q  507 aataccatcaagatataaatgtgatgat 534  Q
    || |||||||||||||||||||||||||    
T  22805715 aaaaccatcaagatataaatgtgatgat 22805742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 11 - 534
Target Start/End: Original strand, 22809554 - 22810077
Alignment:
Q  11 catcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataata 110  Q
    |||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||  ||||   | |||| ||||| ||||| ||  |||||||||    
T  22809554 catcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatagccactgaaaaggctcatattcttgaattgaccattactatcataata 22809653  T
Q  111 tcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagc 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | || || |||| || ||     
T  22809654 tcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaagagtatctagt 22809753  T
Q  211 tcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggag 310  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||  |||||| ||| |  ||||||||| |||||||||||||| |    
T  22809754 tcaacaccgaaaacatggttactactgtttccattgttggattggttaaagagaccaagatattgacttgcttttgaatttggcagcccttttgtaggtg 22809853  T
Q  311 aaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattggaagt 410  Q
    ||| |||||| ||||||||||||  ||||| || ||||||    | | |||||| |||| ||||||||||||||||||| || |||||| || ||  |||    
T  22809854 aaacaacaaatacaattccatgggaactaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagatacactttcactgatagt 22809953  T
Q  411 gtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagcaata 510  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||||||||||| | || | ||  |  | |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  22809954 gtttttgaaaactacaggatttggatagaaagcatgtcctttttcatgttctgtatcattggtgagtcttagtaagccatctggggttaactcagcaata 22810053  T
Q  511 ccatcaagatataaatgtgatgat 534  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  22810054 ccatcaagatataaatgtgatgat 22810077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 63 - 445
Target Start/End: Original strand, 22885559 - 22885934
Alignment:
Q  63 tccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaaca 162  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||   ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22885559 tccactggaaagggataaattcctgaatc---cataatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaata 22885655  T
Q  163 tggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaaga 262  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | |||  |||    
T  22885656 tggttatcattgatttcatcaaactcaaaattttgatcagtgtcaagctcaataccaaaaacatggctgctactgtttccattgttggaattgtt--aga 22885753  T
Q  263 gaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttat 362  Q
    |||||| ||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||    ||||||||    
T  22885754 gaccaaggtattaatattgtagtgaatttggtagcccttttgtaggtgaaataacaaaaacaattccatggccactatgagttggatattaagattttat 22885853  T
Q  363 ggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcat 445  Q
     | ||||  | || ||||||||||||| ||||||||| || ||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22885854 agcaaataaagaattagttgagaaagaagacacactttcactg--agtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcat 22885934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 7 - 304
Target Start/End: Original strand, 22858368 - 22858665
Alignment:
Q  7 gtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcat 106  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |   ||||||||||| || ||| ||    
T  22858368 gtaacatcaatatttttcttcactccatcatattctatccatacctgcataggatatccactagaaagggataagtcgttgaatcgaccaatagcattat 22858467  T
Q  107 aatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtc 206  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||  ||||||    
T  22858468 agtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccagcatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtc 22858567  T
Q  207 aagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttg 304  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  22858568 aagctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 22858665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 168 - 533
Target Start/End: Original strand, 22880631 - 22880996
Alignment:
Q  168 atcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagacca 267  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |   || ||||||||||    
T  22880631 atcattgatatcgtcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctaatgtttccagtgttgaaagtgtcaaagagacca 22880730  T
Q  268 aagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaa 367  Q
    | ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| || |||| | ||||| |||| ||    
T  22880731 aggtatttacttggtagcgaatttggtagcccttttgttggtgaaacaacaaaaacaagtccatggccacaagtagctgtatacctagatttgatggcaa 22880830  T
Q  368 attcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatc 467  Q
    || |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || |  ||    | || ||    
T  22880831 atacaaaagtagttgagaaagaatacacactttcattggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatatcctttggctctttctgtgtc 22880930  T
Q  468 attggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatga 533  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22880931 attggtgagtcttagtaagccatttgagtttaccttagcaataccatcaagatataaatgtgatga 22880996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 355 - 534
Target Start/End: Original strand, 22858673 - 22858852
Alignment:
Q  355 gattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtat 454  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||| || || | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  22858673 gattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgctgtat 22858772  T
Q  455 ctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 534  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22858773 cttgcccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 22858852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 213 - 527
Target Start/End: Original strand, 22842264 - 22842590
Alignment:
Q  213 aacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  22842264 aacaccaaaaacatggttgctactatttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatttggttgcccttttgtaggtgaa 22842363  T
Q  313 ag----aaca--aaaacaattccatggccactaatag------atggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttg 400  Q
    ||    ||||  |||||||| || |||||||||| ||       |||||     |||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||     
T  22842364 agttgaaacaacaaaacaatcccgtggccactaagagttagttctggatctggagattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacacttt 22842463  T
Q  401 cattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaa 500  Q
    || | ||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||   || | | | |    |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||    
T  22842464 cactagaagtgtttttgaaaactattggttttggatataaagcatgacctttgtattgttttgtatcattggtgagtcttggtaagccacctgaggttaa 22842563  T
Q  501 ctcagcaataccatcaagatataaatg 527  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  22842564 ctcagcaataccatcaagatacaaatg 22842590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 102 - 389
Target Start/End: Original strand, 22913669 - 22913956
Alignment:
Q  102 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacga 201  Q
    ||||||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||   |||   |  |    
T  22913669 atcataatatcctgccgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataata 22913768  T
Q  202 gtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagccctt 301  Q
    || |||||||| | |||||||||||||||  |  |||||||| |||| || |  || || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  22913769 gtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgattcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaaccctt 22913868  T
Q  302 ttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaaga 389  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| ||   |||||||||| |||  |||||||||| ||||||||    
T  22913869 ttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaaga 22913956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 7 - 152
Target Start/End: Original strand, 22880497 - 22880642
Alignment:
Q  7 gtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcat 106  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| | |||||||| ||  ||||||||    
T  22880497 gtaacctcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactggaaagggataaatccttgaatcgatcataatcatcat 22880596  T
Q  107 aatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatc 152  Q
    |||||||||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22880597 aatatcctgcagaaattgaatttactgatttcaaatcattgatatc 22880642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 148 - 230
Target Start/End: Original strand, 22922209 - 22922291
Alignment:
Q  148 atatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggtt 230  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||  |||||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  22922209 atatctataccaacatggttatcattaatatcaccaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaagatggtt 22922291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 144 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 22933386 - 22933300
Alignment:
Q  144 attgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggtt 230  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||  |||||||| ||| ||| |||||| ||||||    
T  22933386 attgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaactcaaagtcttgagcagtgtcaaactcgacagcaaaaatatggtt 22933300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 465 - 534
Target Start/End: Original strand, 22914032 - 22914101
Alignment:
Q  465 atcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 534  Q
    ||||||||| | ||||||||| |||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22914032 atcattggttaatcttagtaaaccatttgaggttaattcagcaacaccatcaagatataaatgtgatgat 22914101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 61
Target Start/End: Original strand, 22826155 - 22826209
Alignment:
Q  7 gtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggat 61  Q
    |||||||||||| |||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22826155 gtaacatcaatctttttattttcaccatcatattctatccatacctgcataggat 22826209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 41
Target Start/End: Original strand, 22913571 - 22913605
Alignment:
Q  7 gtaacatcaatccttttcttcactccatcatattc 41  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22913571 gtaacatcaatctttttcttcactccatcatattc 22913605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 31 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 21150784 - 21150281
Alignment:
Q  31 ccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttgaattag 130  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||   |||||| | || ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  21150784 ccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttgagttag 21150685  T
Q  131 ctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggtt 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150684 ctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggtt 21150585  T
Q  231 gctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattcca 330  Q
    ||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21150584 gctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgtgttggtagtgaatttggtagctcttttgtaggagaaataacaaaaacaattcca 21150485  T
Q  331 tggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattggaagtgtttttaaaaactatatgat 430  Q
    ||||||| || || ||||||    | | |||||| |||| ||||||||||||| |||||  |||||||| |   |||||||||||  ||||||||| |||    
T  21150484 tggccaccaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgaaaaagaaaacacactttcgccggaagtgttttcgaaaactataggat 21150385  T
Q  431 ttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtga 530  Q
    |||||||||||||||   || | ||  |  | |||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150384 ttggatagaaagcatgccctatttcatgatctgtatcactagtgagtcttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccatcaagatataaatgtga 21150285  T
Q  531 tgat 534  Q
    ||||    
T  21150284 tgat 21150281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000008; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 133 - 191
Target Start/End: Original strand, 15628278 - 15628336
Alignment:
Q  133 gatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaa 191  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  15628278 gatttcaaaccattgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaacccaaa 15628336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University