View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13171_low_1 (Length: 670)

Name: NF13171_low_1
Description: NF13171
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13171_low_1
NF13171_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-652)||(37154699-37155343)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 609; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 652
Target Start/End: Original strand, 37154699 - 37155343
Alignment:
Q  8 tgagatgaagacctgggtggacagtagctttggcgttgaacacagatggattgtctggtaatggtgagcaacaaagcctaaatgattctggttccagttt 107  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37154699 tgagaagaagacctgggtggacagtagcttttgcgttgaacacagatggattgtctggtaatggtgagcaacaaagcctaaatgattctggttccagttt 37154798  T
Q  108 aggtggcactcgattgggtaggatactaagtgcaggtggcagacaacttctggataagctgaattcagctagaaagaacttccctacgaaagtattcctg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37154799 aggtggcactcgattgggtaggatactaagtgcaggtggcagacaacttctagataagctgaattcagctagaaagaacttccctacgaaagtattcctg 37154898  T
Q  208 ctgcttttgggtttctacacggcaaatgcactagccacaatccttggtcaaaccggtgactgggatgttctggttgctggtgttgttgtggctgcgattg 307  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37154899 ctacttttgggtttctacacggcaaatgcactagccacaatccttggtcaaaccggtgactgggatgttctggttgctggtgttgttgtggctgcaattg 37154998  T
Q  308 agggtattggtatgctaatatataaaaagccacctactaccaggaccgggaggttgcagtcttttcttgtgatggtgaactactggaaagcgggcatatg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37154999 agggtattggtatgctaatatataaaaagccacctactaccaggaccgggaggttgcagtcttttcttgtgatggtgaactactggaaagcgggcatatg 37155098  T
Q  408 tttgggcctatttgtagacgctttcaagctaggtagctaaggtccagaagcatgtctctcttgctctcttcaatttattcgtcttccagtaaaccatggt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37155099 tttgggcctatttgtagacgctttcaagctaggcagctaaggtccagaagcatgtctctcttgctctcttcaatttattcgtcttccagaaaaccatggt 37155198  T
Q  508 aatctataagtgctaagttactttttcttccaatgctaccttagttctattagtaatggtgcacatgtaattgttatacatgaatatcattgtttaatga 607  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37155199 aattcataagtgctaagttactttttcttccaatgctaccttagttctattagtaatggtgcacatgtaattgttatacatgaatatcattgtttaatga 37155298  T
Q  608 ggcattgtgcacagtgtgccgttgcacgtgcttctatgaagtaga 652  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37155299 ggcattgtgcacagtgtgccgttgcacgtgcttctatgaagtaga 37155343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University