View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13173_low_3 (Length: 706)

Name: NF13173_low_3
Description: NF13173
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13173_low_3
NF13173_low_3
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (19-693)||(23257608-23258282)
chr6 (44-693)||(23266169-23266812)
chr6 (23-693)||(23251635-23252302)
chr6 (23-693)||(23247223-23247890)
chr6 (185-516)||(23283458-23283789)
chr6 (155-497)||(23289790-23290132)
chr6 (152-408)||(23587035-23587291)
chr6 (170-513)||(23391243-23391586)
chr6 (173-494)||(23633983-23634304)
chr6 (169-502)||(23583058-23583390)
chr6 (173-497)||(23506800-23507124)
chr6 (541-643)||(23289629-23289731)
chr6 (155-417)||(23594092-23594354)
chr6 (541-636)||(23283296-23283391)
chr6 (585-688)||(23391074-23391174)
chr6 (341-504)||(23506631-23506794)
chr6 (570-643)||(23593009-23593082)
chr6 (602-639)||(23633835-23633872)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (293-348)||(3996385-3996440)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 647; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 647; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 23258282 - 23257608
Alignment:
Q  19 ttttcctcttaaaacaattttccactctctccaacacatacatatgtttactactaacaactcttcctattcacaatccattccctcaacagcatcttct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23258282 ttttcctcttaaaacaattttccactctctccaacacatacatatgtttactactaacaactcttcctattcacaatccattccctcaacagcatcttct 23258183  T
Q  119 tcgtatgacatgtcaactccgaatttggaggtacgattagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23258182 tcgtatgacatgtcaactccgaattcggaggtacgattagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccga 23258083  T
Q  219 tgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacc 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23258082 tgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctggggacttttccaacacc 23257983  T
Q  319 cgaaatggcagcccgagcccacgatgttgccgcaatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcggcttcctattcca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23257982 cgaaatggcagcccgagcccacgatgttgccgcaatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcgccttcctattcca 23257883  T
Q  419 gtaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcggctgctgaagctgccgaagcttttagaccagacaagactttaatgattaatgatattgacaccgtcg 518  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23257882 gcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcggctgctgaagctgccgaagcttttagaccagacaagactttaatgattaatgatattgacaccgtag 23257783  T
Q  519 tacctgtcgcggccacaaaggagttgaatatgttttgtgtggaagtcgaagaagagcaggaaatgttgaatatgccagaattgttgaggaatatggcact 618  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23257782 tacctgtcgtggccacaaaggagttgaatatgttttgtgtggaagtcgaagaagagcaggaaatgttgaatatgccagaattgttgaggaatatggcact 23257683  T
Q  619 aatgtcccctacgcatagctttgagtatcatgatcagtatgaagatattcatgtacaagactttcaagatgatga 693  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23257682 aatgtcccctacacatagctttgagtatcatgatcagtatgaagatattcatgtacaagactttcaagatgatga 23257608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 23266812 - 23266169
Alignment:
Q  44 tctctccaacacatacatatgtttactactaacaactcttcctattcacaatccattccctcaacagcatcttcttcgtatgacatgtcaactccgaatt 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||||||| ||  | |  |||   ||| | |    
T  23266812 tctctccaacacatacatatgtttactactaacaactcttcctattcacactccatttcctcagaagcatcttcttcctactataactcattaccggaat 23266713  T
Q  144 tggaggtacgattagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaa 243  Q
     |||| |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  23266712 cggagatacgattagcagctagtaacccgaagaagagagcagggaggaagatattcaaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaa 23266613  T
Q  244 cttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgat 343  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  23266612 cttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacacgaagactagaatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgat 23266513  T
Q  344 gttgccgcaatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcggcttcctattccagtaacttccgcgataaaagatattc 443  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  23266512 gttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaattttgcagattcggtgtggcggcttcctattccagcaacttcctcaataaaagatattc 23266413  T
Q  444 aaaaggcggctgctgaagctgccgaagcttttagaccagacaagactttaatgattaatgatattgacaccgtcgtacctgtcgcggccacaaaggagtt 543  Q
    ||||||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||   | ||||| || || ||| |||| |  ||||||||||||||    
T  23266412 aaaaggcagctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaatactataatgattaccaacattgagactgttgtagctgttgtcgccacaaaggagtt 23266313  T
Q  544 gaatatgttttgtgtggaagtcgaagaagagcaggaaatgttgaatatgccagaattgttgaggaatatggcactaatgtcccctacgcatagctttgag 643  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||   ||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23266312 gaatatgttttgtgtggaa---gaagaag---aggaaatgttgaatatgccggagttttggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctttgag 23266219  T
Q  644 tatcatgatcagtatgaagatattcatgtacaagactttcaagatgatga 693  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  23266218 tatcatgatcaatatgaagattttcattttcaagactttcaagatgatga 23266169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 23252302 - 23251635
Alignment:
Q  23 cctcttaaaacaattttccactctctccaacacatacatatgtttactactaacaactcttcctattcacaatccattccctcaacagcatcttcttcgt 122  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||  | |||| | |    
T  23252302 cctctcaaaaccattttccactctatccaacacatacatatgataagtactaacaactcttcctattcacactccatttcctcaaaagatttttctccct 23252203  T
Q  123 atgacatgtcaactccgaatttggaggtacgattagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgta 222  Q
      |||   ||| | ||| |||  ||||| || |||||  | || ||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||  | ||    
T  23252202 tcgacgcatcatcaccggattctgaggtgcggttagcatcaagcaacccgaagaagagagcggggaggaagatatttaaggaaactcgtcaccctgtcta 23252103  T
Q  223 tagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaa 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| ||||     
T  23252102 tagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaaagaataggatttggctaggaacttttccaacagccgag 23252003  T
Q  323 atggcagcccgagcccacgatgttgccgcaatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcggcttcctattccagtaa 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  23252002 atggcagcccgagcccacgatgttgccgcgatagcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaa 23251903  T
Q  423 cttccgcgataaaagatattcaaaaggcggctgctgaagctgccgaagcttttagaccagacaagactttaatgattaatgatattgacaccgtcgtacc 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| ||||||||||| ||| |    
T  23251902 cttccgcgataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaatactttaatgaccagtgacattgacaccgttgtagc 23251803  T
Q  523 tgtcgcggccacaaaggagttgaatatgttttgtgtggaagtcgaagaagagcaggaaatgttgaatatgccagaattgttgaggaatatggcactaatg 622  Q
    ||| |  || ||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||   ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  23251802 tgttgtcgcaacacaggagctgaatatgtttcgtgttgaagtcgaagaag---aggaagtgttgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatg 23251706  T
Q  623 tcccctacgcatagctttgagtatcatgatcagtatgaagatattcatgtacaagactttcaagatgatga 693  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23251705 tcccctacacatagctttgggtatcatgatcagtatgaagatattcatatacaagactttcaagatgatga 23251635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 23247890 - 23247223
Alignment:
Q  23 cctcttaaaacaattttccactctctccaacacatacatatgtttactactaacaactcttcctattcacaatccattccctcaacagcatcttcttcgt 122  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||  | |||| | |    
T  23247890 cctctcaaaaccattttccactctatccaacacatacatatgattagtactaacaactcttcctattcacactccatttcctcaaaagatttttctccct 23247791  T
Q  123 atgacatgtcaactccgaatttggaggtacgattagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgta 222  Q
      |||   ||| | |||  ||  ||||| || |||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||    
T  23247790 tcgacgcatcatcaccgggttctgaggtgcggttagcatcaagtaacccgaagaagcgagcagggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtcta 23247691  T
Q  223 tagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaa 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||| ||     
T  23247690 tagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaaagaataggatttggctgggaacttttccaacaccggag 23247591  T
Q  323 atggcagcccgagcccacgatgttgccgcaatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcggcttcctattccagtaa 422  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  23247590 atggctgcccgagcccacgatgttgctgcaatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaatttctcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaa 23247491  T
Q  423 cttccgcgataaaagatattcaaaaggcggctgctgaagctgccgaagcttttagaccagacaagactttaatgattaatgatattgacaccgtcgtacc 522  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||||||  |||||      
T  23247490 cttccgcaataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagcggccgaagcttttagaccagacaatactttaatgactaacaatattgacactatcgtaga 23247391  T
Q  523 tgtcgcggccacaaaggagttgaatatgttttgtgtggaagtcgaagaagagcaggaaatgttgaatatgccagaattgttgaggaatatggcactaatg 622  Q
    |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  | |||    
T  23247390 tgtcgtcgccacaaaggagctgaatatgttttgtgtggaagttgatgaacaggaggaaatgttgaatatgccagagttgtggaggaatatggcgttgatg 23247291  T
Q  623 tcccctacgcatagctttgagtatcatgatcagtatgaagatattcatgtacaagactttcaagatgatga 693  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23247290 tcacctacacatagctttgagtatcatg---agtatgacgatattcatgtacaagattttcaagatgatga 23247223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 185 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 23283789 - 23283458
Alignment:
Q  185 gggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaa 284  Q
    ||||||||||  || ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  23283789 gggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaa 23283690  T
Q  285 agaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgccgcaatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaa 384  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||  | || ||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23283689 agactaggatttggctagggacttttccaacggctgagatggctgcacgagcacacgacgttgcagccatggcattaaggggccgctatgcctgtctcaa 23283590  T
Q  385 ttttgcagactcggtgtggcggcttcctattccagtaacttccgc-ga--taaaagatattcaaaaggcggctgctgaagctgccgaagcttttagacca 481  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||| |   | ||||| ||   |||||| ||||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  23283589 ctttgcagactcggtgtggaggcttcctattcctg---cctccgctgaagcaaaagacattcaaagggcagctgcagaagccgccgaggctttcagacca 23283493  T
Q  482 gacaagactttaatgattaatgatattgacaccgt 516  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||||||||||    
T  23283492 gacaagactttaatgactaacgacattgacaccgt 23283458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 155 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 23290132 - 23289790
Alignment:
Q  155 ttagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaat 254  Q
    |||||||| |||  |||||| || | ||||||||||||||  || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23290132 ttagcggcgagttgcccaaaaaaaccagcagggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaat 23290033  T
Q  255 gggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgccgcaat 354  Q
    |||||||||||||||||||||| || |  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||    
T  23290032 gggtgtgtgaaatgagggaaccaaataagaagactaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaat 23289933  T
Q  355 ggcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcggcttcctattccagtaacttccgc-ga--taaaagatattcaaaaggcg 451  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||| |   | ||||| ||   |||||| ||||||| |||     
T  23289932 tgcattgaggggccgctacgcctgtctcaactttgcagactcggcgtggaagcttcctattcctg---cctccgctgaagcaaaagacattcaaagggca 23289836  T
Q  452 gctgctgaagctgccgaagcttttagaccagacaagactttaatga 497  Q
    ||||  ||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23289835 gctggagaagccgctgaggctttcagaccagacaagactttaatga 23289790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 152 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 23587291 - 23587035
Alignment:
Q  152 cgattagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagata 251  Q
    ||||||||||| | || ||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23587291 cgattagcggcaactaccccgaagaagcgtgcagggaggaagaagttcaaggaaactcgccacccagtctatagaggagtgaggaagaggaacttagata 23587192  T
Q  252 aatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgccgc 351  Q
    ||||||| |||||||||||||| || ||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  23587191 aatgggtttgtgaaatgagggagcctaacaagaagactaagatttggctagggacttttccaactgccgagatggcagcccgtgcccacgatgttgctgc 23587092  T
Q  352 aatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcggct 408  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  23587091 aatggcattgaggggccgctacgcttgtctcaactttgcagactcagcgtggcggct 23587035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 170 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 23391586 - 23391243
Alignment:
Q  170 ccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatga 269  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23391586 ccaaagaagcgtgcagggaggaagaagttcaaggagactcgccacccggtatataggggtgtgaggaaaagaaacttagataaatgggtgtgtgaaatga 23391487  T
Q  270 gggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgccgcaatggcattgaggggccg 369  Q
    ||||||| || |  ||||| |  ||||||||||| |||||||||||  | || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23391486 gggaaccaaataagaagactaaaatttggctaggcacttttccaactgcggagatggcagcccgagcacatgatgttgccgcaatggcattgaggggccg 23391387  T
Q  370 ctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcggcttcctattccagtaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcggctgctgaagctgccgaa 469  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| || |  ||  |   |  ||||||||| ||||||||||||||  | || || ||     
T  23391386 ctacgcctgtctcaactttgcagactccgcgtggcggctccctatacctgccaccactcaggcaaaagatatacaaaaggcggctgcacaggccgctgag 23391287  T
Q  470 gcttttagaccagacaagactttaatgattaatgatattgacac 513  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||    
T  23391286 gctttcagaccagacaagacttcaattactaatgacattgacac 23391243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 173 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 23634304 - 23633983
Alignment:
Q  173 aagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgaggg 272  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||||||| || ||||||||| |||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23634304 aagaagcgtgcagggaggaagaagttcaaggagacacgccacccggtgtacaggggtgtgaggaggaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgaggg 23634205  T
Q  273 aacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgccgcaatggcattgaggggccgcta 372  Q
    | || ||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| || ||||| || ||| ||||||| || || ||| |    
T  23634204 agcctaacaagaagactaagatttggctagggacttttccaacggccgagatggcagcacgagcacatgatgtcgcggcattggcattaagaggtcgcaa 23634105  T
Q  373 tgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcggcttcctattccagtaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcggctgctgaagctgccgaagct 472  Q
     |||||||| |||||||| ||||| |  | ||||||||||||||| |  ||| | | || || |||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||    
T  23634104 cgcctgtcttaattttgctgactctgcctcgcggcttcctattcctgccactacagagacaagagatatacaaaagacggctgcagaagctgccgaggct 23634005  T
Q  473 tttagaccagacaagactttaa 494  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  23634004 ttcagaccagacaagactttaa 23633983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 169 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 23583390 - 23583058
Alignment:
Q  169 cccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatg 268  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23583390 cccaaagaagcgtgcagggaggaagaagttcaaggagactcgccacccggtctataggggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatg 23583291  T
Q  269 agggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgccgcaatggcattgaggggcc 368  Q
    ||| | || ||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||  | || |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  23583290 aggaagcctaacaagaagactaagatttggctagggacttttccaactgcggagatggcaacccgtgcccacgatgttgctgcaatggcattga-gggcc 23583192  T
Q  369 gctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcggcttcctattccagtaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcggctgctgaagctgccga 468  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| || |  || | |||| |   |  ||| ||||| |||||||| ||||| || || ||| |    
T  23583191 gctacgcctgtctcaactttgcagactcagcatggcggctccccaaacctgcaactactcaggcaaaggatatacaaaaggctgctgcagaggccgccaa 23583092  T
Q  469 agcttttagaccagacaagactttaatgattaat 502  Q
     ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||    
T  23583091 ggctttcagaccagacaagactttattgactaat 23583058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 173 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 23507124 - 23506800
Alignment:
Q  173 aagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgaggg 272  Q
    |||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| ||      
T  23507124 aagaagcgtggagggaggaagaaattcaaggaaactcgccacccggtgtataggggtgtgaggagtaggaacctagataaatgggtgtgtgaaataagac 23507025  T
Q  273 aacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgccgcaatggcattgaggggccgcta 372  Q
    | || |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| || ||||| |||||||| ||| |||| ||||  ||  || |    
T  23507024 agcctaacaaaaagaccaagatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagctcgggcccatgatgttgcggcactggcgttgaaaggtggcga 23506925  T
Q  373 tgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcggcttcctattccagtaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcggctgctgaagctgccgaagct 472  Q
     ||||||||||| |||||||||||||  | |  ||| |||||||| |  |||| || || ||||||||| |||||| |||||||||||||||| || ||     
T  23506924 cgcctgtctcaactttgcagactcggccttgacgctccctattcctgctacttgcgagacaaaagatatacaaaagacggctgctgaagctgctgaggca 23506825  T
Q  473 tttagaccagacaagactttaatga 497  Q
    || ||||||| ||||||| ||||||    
T  23506824 ttcagaccaggcaagactgtaatga 23506800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 541 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 23289731 - 23289629
Alignment:
Q  541 gttgaatatgttttgtgtggaagtcgaagaagagcaggaaatgttgaatatgccagaattgttgaggaatatggcactaatgtcccctacgcatagcttt 640  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||| ||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  23289731 gttgaatatgttttgtgtggaagtcgaaaaagaagaggaagtgttgaatatgcaagagttgtggaaaaatatggcactaatgtcccctacacatagtttt 23289632  T
Q  641 gag 643  Q
    |||    
T  23289631 gag 23289629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 155 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 23594354 - 23594092
Alignment:
Q  155 ttagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaat 254  Q
    ||||| || |||| |||||||||||| ||| | || ||||  |||||||  ||| |||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| |||| |||||    
T  23594354 ttagctgcaagtaccccaaagaagcgtgcatgcagaaagaagttcaaggtgacttgccacccgatctataggggtgtgaggagtaggaatttaggtaaat 23594255  T
Q  255 gggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgccgcaat 354  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||  | ||| | ||| |||||||| ||||||||||   | || |||| ||| |||||||| ||||| ||  || |    
T  23594254 gggtgtgtgaaatgagggagcctaacaagatgactaagatatggctaggaacttttccaatggctgagatggaagcacgagcccatgatgtcgcgacatt 23594155  T
Q  355 ggcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcggcttcctattcc 417  Q
    ||||||||| ||  | || || |||||||| ||||||||||| |  |||||||| | ||||||    
T  23594154 ggcattgagaggttgttacgcttgtctcaactttgcagactctgcatggcggctccttattcc 23594092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 541 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 23283391 - 23283296
Alignment:
Q  541 gttgaatatgttttgtgtggaagtcgaagaagagcaggaaatgttgaatatgccagaattgttgaggaatatggcactaatgtcccctacgcatag 636  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  23283391 gttgaatatgttttgtgtggaagtcgaaaaagaagaggaagtgttgaatatgtcagagatgtggaggaatatggcgttaatgtcccctacacatag 23283296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 585 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 23391174 - 23391074
Alignment:
Q  585 tgaatatgccagaattgttgaggaatatggcactaatgtcccctacgcatagctttgagtatcatgatcagtatgaagatattcatgtacaagactttca 684  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||| |||   | |||||| |||||||||| |||||||||||    
T  23391174 tgaacatgccagagttgttgaggaatatggcactaatgtctcctacacatagctctgggtataatg---aatatgaaaatattcatgttcaagactttca 23391078  T
Q  685 agat 688  Q
    ||||    
T  23391077 agat 23391074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 341 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 23506794 - 23506631
Alignment:
Q  341 gatgttgccgcaatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcggcttcctattccagtaacttccgcgataaaagata 440  Q
    ||||| || ||| ||||||| || || ||| | ||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||||| |  |||   | || || |||||    
T  23506794 gatgtcgcggcattggcattaagaggtcgcaacgcctgtctcaactttgcagactcggcctcgcggcttcctattcctgccactaaagagacaagagata 23506695  T
Q  441 ttcaaaaggcggctgctgaagctgccgaagcttttagaccagacaagactttaatgattaatga 504  Q
    | ||||| |||||||| |||||| | || ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||    
T  23506694 tacaaaacgcggctgcagaagctactgaggctttcagaccagacaagactttaacgactaatga 23506631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 570 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 23593082 - 23593009
Alignment:
Q  570 aagagcaggaaatgttgaatatgccagaattgttgaggaatatggcactaatgtcccctacgcatagctttgag 643  Q
    ||||| ||||| ||||||| || ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||    
T  23593082 aagaggaggaagtgttgaacattccagagtcgttgaggaatatggctctaatgtcccctacacatagcgttgag 23593009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 602 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 23633872 - 23633835
Alignment:
Q  602 ttgaggaatatggcactaatgtcccctacgcatagctt 639  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  23633872 ttgaggaatatggctctaatgtcccctacacatagctt 23633835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 3996440 - 3996385
Alignment:
Q  293 atttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgc 348  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  3996440 atttggctaggcacttatccaacacccgagatggcagctcgagcccatgacgttgc 3996385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University