View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13173_low_35 (Length: 252)

Name: NF13173_low_35
Description: NF13173
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13173_low_35
NF13173_low_35
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-244)||(29623031-29623274)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (1-244)||(35754858-35755101)
chr5 (1-244)||(35386056-35386299)
chr5 (1-244)||(35410717-35410960)
chr5 (1-244)||(35376450-35376699)
chr5 (4-244)||(35423712-35423958)
chr5 (1-236)||(35366904-35367139)
chr5 (4-236)||(35437060-35437292)
chr5 (1-89)||(35370290-35370379)
chr5 (166-230)||(35388480-35388544)
chr5 (203-244)||(10716906-10716947)
chr5 (203-244)||(10746981-10747022)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-244)||(10415590-10415833)
chr1 (1-236)||(10420485-10420720)
chr1 (1-244)||(10409893-10410142)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-244)||(30663066-30663309)
chr2 (1-244)||(30671746-30671989)
chr2 (1-244)||(30626115-30626358)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-244)||(1153790-1154033)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (4-234)||(13564677-13564895)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 29623274 - 29623031
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623274 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 29623175  T
Q  101 gatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623174 gatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgt 29623075  T
Q  201 agttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623074 agttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 29623031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 168; Significance: 4e-90; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Original strand, 35754858 - 35755101
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  35754858 tgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcatgtcaaatgggagtcttgaaaagttgttgcacgataatgaag 35754957  T
Q  101 gatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgt 200  Q
    | || ||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  35754958 ggtcaggaaattttaatctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagaacaagtcgt 35755057  T
Q  201 agttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35755058 agttcactgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 35755101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Original strand, 35386056 - 35386299
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  |||||| |||||| | |||||| |||||||||    
T  35386056 tgttgttcaagtgttgattataagggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgtcaaatgagagtcttgaaaagtttttgcacaataatgaag 35386155  T
Q  101 gatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgt 200  Q
    | |||| ||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||    
T  35386156 ggtctgaaaatcataatctcaacctcacataaaggttagacattgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgt 35386255  T
Q  201 agttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  35386256 agttcactgtgatcttaagccaagcaacgttcttcttgacgatg 35386299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Original strand, 35410717 - 35410960
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  || |||||||||| | ||||| ||||| ||||    
T  35410717 tgttgttcaagtgttgattataatggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttaatgcctaatgggaatctagaaaagtttttgcatgataacgaag 35410816  T
Q  101 gatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgt 200  Q
    | |||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  35410817 ggtctgaaaatcataatctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgagacagagcaagctgt 35410916  T
Q  201 agttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  35410917 agttcactgtgatcttaagccgagcaacgttcttcttgacgatg 35410960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Original strand, 35376450 - 35376699
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |  || ||| |||||  ||||||| | ||| ||||    
T  35376450 tgttgttcaagtgttgattataatggtgaagattttaaggccattgtttttgagttcatgcctagtgggaatctggaaaacctgttgcatggtaacgaag 35376549  T
Q  101 -----ga-tctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaaca 194  Q
         || ||| |||  |  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  35376550 atcatgagtctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagca 35376649  T
Q  195 agctgtagttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35376650 agttgtagttcattgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 35376699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 4 - 244
Target Start/End: Original strand, 35423712 - 35423958
Alignment:
Q  4 tgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag--- 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |  || |||||||||  ||||||| | ||| ||||       
T  35423712 tgttcaagtgttgattataatggtgaagattttaaggccattgtttttgagttcatgcctagtgggaatctagaaaacctgttgcatggtaacgaagatc 35423811  T
Q  101 --ga-tctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagc 197  Q
      || ||| |||  |  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  35423812 atgagtctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagt 35423911  T
Q  198 tgtagttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35423912 tgtagttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatg 35423958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 35366904 - 35367139
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 100  Q
    |||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||| |  |||| ||||| ||||    
T  35366904 tgttgttcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaag 35367003  T
Q  101 gatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgt 200  Q
    | |||||||  |||||||||| ||||| ||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| || |||  || |  |    
T  35367004 ggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacattgctcttgatgtagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccat 35367103  T
Q  201 agttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttct 236  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  35367104 agttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttct 35367139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 4 - 236
Target Start/End: Original strand, 35437060 - 35437292
Alignment:
Q  4 tgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggat 103  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||||||||||    |||||||| ||||||||  ||    
T  35437060 tgttcaagtattgattataatggtgaagttttcaaggctatagtttttgaattcatgcctatggggagtctagaaggcttgttgcacaataatgaa-cat 35437158  T
Q  104 ctggaagcca-taatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtag 202  Q
    || ||  | |  ||||| || |||| ||||||| ||    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||    |  |||||||||    
T  35437159 cttgagtctagaaatctaaatctcagacaaaggttaagtgttgctctcgatgtagcccatgcattggattatcttcaccataattcccatgaagctgtag 35437258  T
Q  203 ttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttct 236  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  35437259 ttcactgtgatattaagccaagtaatgttcttct 35437292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 89
Target Start/End: Original strand, 35370290 - 35370379
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttc-aaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgca 89  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||| ||||||||    
T  35370290 tgttgctcaagtgttgattataatggtgaagagttccaaggctattgtttttgagttcatgcccaatgggagtttagaaaacatgttgca 35370379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 166 - 230
Target Start/End: Original strand, 35388480 - 35388544
Alignment:
Q  166 ttggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaagcaatgt 230  Q
    |||||||||||||||||| || | || |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||    
T  35388480 ttggattatcttcacaataattttgagcaagctgtagttcattgtgatattaagccaaacaatgt 35388544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 203 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 10716947 - 10716906
Alignment:
Q  203 ttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10716947 ttcattgtgatcttaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 10716906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 203 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 10747022 - 10746981
Alignment:
Q  203 ttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  10747022 ttcactgtgatctcaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 10746981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 10415833 - 10415590
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||  |||||||||| ||||    
T  10415833 tgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaag 10415734  T
Q  101 gatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgt 200  Q
    | |||||||  |||||||||| |||  |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||    
T  10415733 ggtctggaattcataatctcagcctggcacaaaggttagacatcgctcttgatctagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgt 10415634  T
Q  201 agttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  10415633 agttcactgtgatgttaagtcaagcaacgttcttcttgacgatg 10415590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 10420720 - 10420485
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |  |||||||||| ||||    
T  10420720 tgttgttcaagcgttgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataaagaag 10420621  T
Q  101 gatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgt 200  Q
    | |||||||  |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| || ||| |||||  |    
T  10420620 ggtctggaattcataatctcagcctcagacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcacttaattatcttcacaatggtacagagcaagccat 10420521  T
Q  201 agttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttct 236  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  10420520 agttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttct 10420485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 10410142 - 10409893
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | |||||  | ||||| | |||| |||    
T  10410142 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatgggagtttggaaaaccttttgcatggtaataaag 10410043  T
Q  101 ga------tctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaaca 194  Q
     |      ||| |||  |  ||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||    
T  10410042 aacacgagtctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgttctcaacgtagctcatgcattggattatcttcacattgatgcagagca 10409943  T
Q  195 agctgtagttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    ||  || |||||  |||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  10409942 agtggtggttcatagtggcgttaaaccaagcaatgttcttctcgatgatg 10409893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Original strand, 30663066 - 30663309
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 100  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |  |||||||||| ||||    
T  30663066 tgttgttcaagcgtagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaag 30663165  T
Q  101 gatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgt 200  Q
      |||||||  |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||  | | |||    
T  30663166 agtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgt 30663265  T
Q  201 agttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  30663266 agttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatg 30663309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Original strand, 30671746 - 30671989
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 100  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |  |||||||||| ||||    
T  30671746 tgttgttcaagcgtagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaag 30671845  T
Q  101 gatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgt 200  Q
      |||||||  |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||  | | |||    
T  30671846 agtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgt 30671945  T
Q  201 agttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  30671946 agttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatg 30671989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Original strand, 30626115 - 30626358
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 100  Q
    |||||||||||  | |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |  |||||||||| ||||    
T  30626115 tgttgttcaagaatagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaag 30626214  T
Q  101 gatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgt 200  Q
      |||||||  |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||  | | |||    
T  30626215 agtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgt 30626314  T
Q  201 agttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    |||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  30626315 agttcaatgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatg 30626358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 124; Significance: 7e-64; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Original strand, 1153790 - 1154033
Alignment:
Q  1 tgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag 100  Q
    ||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  1153790 tgttgctcaagtattgattgcaaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaacgggagtctagaaaagatgttgcatgatattgaag 1153889  T
Q  101 gatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgt 200  Q
    | |||| ||  || |||||||| |||||| ||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||| | | |||| |      
T  1153890 ggtctgaaaatcacaatctcaagctcacaaaaagggtagattttgctcttgatatagctcatgcacttgattttcttcacaatgatacaaagcaagttac 1153989  T
Q  201 agttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 244  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1153990 agttcactgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 1154033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 4 - 234
Target Start/End: Original strand, 13564677 - 13564895
Alignment:
Q  4 tgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggat 103  Q
    ||||||||| ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| |||| ||||||     
T  13564677 tgttcaagtattgataataagggtgacgatttcaaggctattgtttttgagttcatgtctaatggtagtctagaaaagatgttgcacaataacgaaggaa 13564776  T
Q  104 ctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagt 203  Q
    ||| ||  ||| |||||| | |  | |||||| | ||||            ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||     
T  13564777 ctgaaaatcattatctcagcttttctcaaagggtggaca------------tagcttatgcattggattatcttcacaatgatgtagagcaagccttagg 13564864  T
Q  204 tcactgtgatgttaagccaagcaatgttctt 234  Q
    ||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  13564865 tcattgtgatgttaagccgagcaacgttctt 13564895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University