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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13174_low_2 (Length: 685)
Name: NF13174_low_2
Description: NF13174
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13174_low_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 581; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 676
Target Start/End: Original strand, 36118077 - 36118732
Alignment:
| Q |
18 |
attctgacattgaaaggccataaaaaagaagatgttgaggttttcatgtacttccaaacttcaattctacttaatttgtttaatagtactgtcactgtgt |
117 |
Q |
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| T |
36118077 |
attctgacattgaaaggccataaaaaagaagatgttgaggttttcatgtacttccaaacttcaattctacttaatttgtttaatagtactgtcactgtgt |
36118176 |
T |
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| Q |
118 |
gatattaatagaaacatatctcattacagatgaattttgtgttttgttgtttgatttatagggattgttgactttctatggtcttccactgtcacatact |
217 |
Q |
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| T |
36118177 |
gatattaacagaaacatatctcattacagatgaattttgtgttttgttgtttgatttatagggattgttgactttctatggtcttccactgtcacatact |
36118276 |
T |
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| Q |
218 |
ccagttgaagtagctgttcaacctcctcctacatctttacctcatggagtacaatatgaaatacacaccttgccggtaagaatcaaattactatcttgtc |
317 |
Q |
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| T |
36118277 |
ccagttgaagtacctgttcagcgacct---acatctttacctcatggagtacaatatgaaatacacaccttgccggtaagaatcaaattactatcttgtc |
36118373 |
T |
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| Q |
318 |
gagcactgttgcgtcgtggaatttgaactaacaaatatttttcgcaaactgcaattgataacacaaatggagagaagatgacctaattagtctctaaaac |
417 |
Q |
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| T |
36118374 |
gagcactgttgcgtagtggaatttgaactaacaactatttttcgcaaactgcaattgataacacaaatgtagagtagatgacctatttagtctctaaaac |
36118473 |
T |
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| Q |
418 |
tgcataaattgaacaatttggttgctaagattcaccaaattctaaaataatttctgaaattttgagctctttgatagcattagatcctctacaacaattt |
517 |
Q |
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| T |
36118474 |
tgcataaattgaacaatttcgtttctaagattcaccaaattctaaaatgatttctgaaattttgagctctttgatagcattagatcctctacaacaattt |
36118573 |
T |
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| Q |
518 |
cagagataaaattgattgatgtaaacgagtttgtgatcaatggttttcaatctcaagagttttgtttgcttcaaagaccaaattatccttatatttcaaa |
617 |
Q |
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| T |
36118574 |
cagagataaaattgattgatataaacgagtttgtgatcaatggttttcaatctcaagagttttgtttgcttcaaagaccaaattatccttatatttcaaa |
36118673 |
T |
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| Q |
618 |
tactaaaacggcgattccctcttgttaaattataagcatattatgatgatttgatgatg |
676 |
Q |
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| T |
36118674 |
tgctaaaacggcgattccctcttgttaaattataagcatattatgatgatctgatgatg |
36118732 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 319 - 664
Target Start/End: Original strand, 36114317 - 36114661
Alignment:
| Q |
319 |
agcactgttgcgtcgtggaatttgaactaacaaatatttt-tcgcaaactgcaattgataacacaaatggagagaagatgacctaattagtctctaaaac |
417 |
Q |
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| T |
36114317 |
agcactgttgcgtaatgaaatttgaacaaacaactattttttcgcaaactgcaattgataacacgaatgtagagtagatcacctatttagtctcaaaaac |
36114416 |
T |
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| Q |
418 |
tgcataaattgaacaatttggttgctaagattcaccaaattctaaaataatttctgaaattttgagctctttgatagcattagatcctctacaacaattt |
517 |
Q |
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| T |
36114417 |
tgcataaattgagcaatttggtttctaagattcataaaattctaaaatgatttaggaaattttgagctctttgatagcattagctcttctacgacaattt |
36114516 |
T |
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| Q |
518 |
cagagataaaattgattgatgtaaacgagtttgtgatcaatggttttcaatctcaagagttttgtttgcttcaaagaccaaattatccttatatttcaaa |
617 |
Q |
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| T |
36114517 |
cagagacaaaattgattgatataaacgagtttgtgatcaatggttttcaatctca--agttttgttggcttcaaagaccaaattatccttaaatttcaga |
36114614 |
T |
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| Q |
618 |
tactaaaacggcgattccctcttgttaaattataagcatattatgat |
664 |
Q |
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| T |
36114615 |
tactaaaatggcgatcccctcttgttaaattataaacatactatgat |
36114661 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 322
Target Start/End: Original strand, 36113905 - 36114220
Alignment:
| Q |
18 |
attctgacattgaaaggccataaaaaagaagatgttgaggttttcatgtacttcc----aaacttcaattctactta------atttgtttaatagtact |
107 |
Q |
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| T |
36113905 |
attctgacattgaaaggccataaaaaagcagatgttgaggttttcatgtacttccttccaaacttcaattctacttataattaatttgtttatcagt--- |
36114001 |
T |
|
| Q |
108 |
gtcactgtgtgat-at-taatagaaacatatctcatta--cagatgaattttgtgttttgttgtttgatttatagggattgttgactttctatggtcttc |
203 |
Q |
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| T |
36114002 |
gtctctgtgtgatgatataacagaaacatatttgttaatccaattcaaatatgtgttttgttgtttgatttatagggattgttgactttctatggtcttc |
36114101 |
T |
|
| Q |
204 |
cactgtcacatactccagttgaagtagctgttcaacctcctcctacatctttacctcatggagtacaatatgaaatacacaccttgccggtaagaatcaa |
303 |
Q |
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| T |
36114102 |
cactgtcacatactccagttgaagtacctgttcaacctcctcctacatctttacctcatggagtacaatatgaaatacacaccttgccggtaagaatcaa |
36114201 |
T |
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| Q |
304 |
attactatcttgtcgagca |
322 |
Q |
| |
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| T |
36114202 |
attactatcatgtcgagca |
36114220 |
T |
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