View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13177_low_5 (Length: 585)
Name: NF13177_low_5
Description: NF13177
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13177_low_5 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 24421733 - 24421177
Alignment:
| Q |
19 |
aattttacatgcagataagaacatctgcattggttcaagtatagagaccttttcctgattttctgctgtctcaactctcaaggaaatctggtaacttatt |
118 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
24421733 |
aattttacatgcagataagaacatctgcattggttcaagtatagagaccttttcctgattttctgctgtctcaactctcaaggaaatctggtaacttatt |
24421634 |
T |
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| Q |
119 |
ttacacaggtttgtttaggaaataaaaaatacacatgtcttccaaaagttattaaatgtccatatttcatcatctactagattatacataagccaaacaa |
218 |
Q |
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|
| T |
24421633 |
ttacacaggtttgtttaggaaataaaaaatacacatgtcttccaaaagttattaaatgtccatatttcatcatctactagattatacataagccaaacaa |
24421534 |
T |
|
| Q |
219 |
acacatgtttttagcataattaagattctatcaaacaatcttaccatgttctgctctttttattaagcagttatatatttagtaaaattgtccaatcaca |
318 |
Q |
| |
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| T |
24421533 |
acacatgtttttagcataattaagattctatcaaacaatcttaccatgttctgctctttttattaagcagttatatatttagtaaaattgtccaatcaca |
24421434 |
T |
|
| Q |
319 |
tagccatatgcttagacttgtgtcagtttgtcccatacataccaaacatatccagttccctaagtcatatatatatagtattaacttcaaatttaatgta |
418 |
Q |
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| T |
24421433 |
tagccatatgcttagacttgtgtcagtttgtcccatacataccaaacatatccagttccctaagtcatatatatatagtattaacttcaaatttaatgta |
24421334 |
T |
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| Q |
419 |
gatgcagactagtttgtctttgttgtttatagctcaagctttttctatcatatacagaaaacttcataagcttctattgaattacattcttggataaaaa |
518 |
Q |
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| T |
24421333 |
gatgaagactagtttgtctttgttgtttatagctcaagctttttctatcatatacagaaaacttcataagcttctattgaattacattcttggataaaaa |
24421234 |
T |
|
| Q |
519 |
tggatgggaaaaactctcttcaaataacaaaagcttctggtgcttatgatgatgatg |
575 |
Q |
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| T |
24421233 |
tggatgggaaaaactctcttcaaataacaaaagcttctggtgcttatgatgatgatg |
24421177 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 362
Target Start/End: Original strand, 24412251 - 24412604
Alignment:
| Q |
19 |
aattttacatgcagataagaacatctgcattggttcaagtatagagaccttttcctgattttctgctgtctcaactctcaaggaaatctggtaacttatt |
118 |
Q |
| |
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| T |
24412251 |
aattttatatacaaataagaacatttgcattggttcaagtacagagaccttttcctgattttctgctgtctcaactctcaaggaaatctggtaagttatt |
24412350 |
T |
|
| Q |
119 |
ttacacaggtttgtttaggaaataaaa-aatacacatgtcttccaaaagttattaaatgtccatatttcatcatctactagattatacataagccaaaca |
217 |
Q |
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| T |
24412351 |
ttacacaagtttattgaagaaataaaaaaatacacatgtcttccaaaagttattaaatgtccatatttcatcatctactagattatacataagccaaaca |
24412450 |
T |
|
| Q |
218 |
aacacatgtttttagcataattaagatt--------ctatcaaacaatc---ttaccatgttctgctctttttattaagcagttatatatttagtaaaat |
306 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
24412451 |
aacacatgtttttagcataattgagattaacttgaactatcaaacaatcttattaccatgtgctgctctttttattaagcagttatatatttagtaaaat |
24412550 |
T |
|
| Q |
307 |
tgtccaatcacatagccatatgcttagacttgtgtcagtttgtcccatacatacca |
362 |
Q |
| |
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||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
24412551 |
tgtccaatcac--agccatatgcttagacttgtgtcagtttgtcccatacatacca |
24412604 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 384 - 575
Target Start/End: Original strand, 24412674 - 24412864
Alignment:
| Q |
384 |
catatatatatagtattaacttcaaatttaatgtagatgcagactagtttgtctttgttgtttatagctcaagctttttctatcatatacagaaaacttc |
483 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
24412674 |
catatatatatagtattaacttcaa-tttaatgtaggtgcagcctagtttgtctttgttgtttatagcacaagtttttcctatcatatacagaaaacttc |
24412772 |
T |
|
| Q |
484 |
ataagcttctattgaattacattcttggataaaaatggatgggaaaaactctcttcaaataacaaaagcttctggtgcttatgatgatgatg |
575 |
Q |
| |
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|
|
| T |
24412773 |
ataagcttctattgaattacattcttggataaaaatggatgggaaaaactctcttcaaataacaaaagcttctggtgcttatgatgatgatg |
24412864 |
T |
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