View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1317_low_1 (Length: 862)
Name: NF1317_low_1
Description: NF1317
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1317_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 557; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 557; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 812
Target Start/End: Original strand, 3800758 - 3801567
Alignment:
| Q |
1 |
agccatatttttaaccaaactaacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccat |
100 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
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|
| T |
3800758 |
agccatatttttaaccaaaataacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccat |
3800857 |
T |
|
| Q |
101 |
aactgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcag |
200 |
Q |
| |
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|
|
| T |
3800858 |
aaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttggcgaacaacctcccgacccatttctcatagaatgtcatgcatagatataacattatcg--ag |
3800955 |
T |
|
| Q |
201 |
aaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccacttt |
300 |
Q |
| |
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|||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |
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| T |
3800956 |
aaatagttataagagctttatcttttaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcacaatctttcagtaaaattttcatgtaatccacttt |
3801055 |
T |
|
| Q |
301 |
caaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttct |
400 |
Q |
| |
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|
|
| T |
3801056 |
caaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaatgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcatgaacttct |
3801155 |
T |
|
| Q |
401 |
tgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactc |
500 |
Q |
| |
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|
| T |
3801156 |
tgaattggcagtcttttaagtttgtctagcagactttcccatacttctttacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactc |
3801255 |
T |
|
| Q |
501 |
ctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgct |
600 |
Q |
| |
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|
|
| T |
3801256 |
ctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtactccatttcaggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcact |
3801355 |
T |
|
| Q |
601 |
agaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagat |
700 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3801356 |
agaatccaataccccaacctcatatagatcatcgtcatacacttcattaggaataagtacttgcttatctctacttgttacaattattctactatcagat |
3801455 |
T |
|
| Q |
701 |
tgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttctatgaa |
800 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
3801456 |
tgaaaccaatcaagagttccaaataacatctctagcagaccttcttccttaatatcatcaagatcaataagaaccttcatacggccaatccttctatgaa |
3801555 |
T |
|
| Q |
801 |
tattattcgaca |
812 |
Q |
| |
|
||||||| |||| |
|
|
| T |
3801556 |
tattattagaca |
3801567 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 795
Target Start/End: Original strand, 4009174 - 4009960
Alignment:
| Q |
9 |
ttttaaccaaactaacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgact |
108 |
Q |
| |
|
|||| |||||| | ||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
4009174 |
tttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaattgccaaatatattttaccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccatagttgact |
4009273 |
T |
|
| Q |
109 |
gcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagtt |
208 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |
|
|
| T |
4009274 |
gcattttataggatcttcactagattcttaacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatattacattatcttcagaaattgtt |
4009373 |
T |
|
| Q |
209 |
atgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattca |
308 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
4009374 |
ataagagctttatcttttaacctttctaacccaatagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgcaatccactttcaacctca |
4009473 |
T |
|
| Q |
309 |
atccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattgg |
408 |
Q |
| |
|
| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | | || || || | | || |
|
|
| T |
4009474 |
acccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaatttttttattcgg |
4009573 |
T |
|
| Q |
409 |
tattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggca |
508 |
Q |
| |
|
| |||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||| | | |||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
4009574 |
cagtcttttaagtttgtccagctgactttcccattcttccttgtcttttccacgaagtagatgagccaaaacttcaagaactaatggaattcctttggca |
4009673 |
T |
|
| Q |
509 |
tattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattca |
608 |
Q |
| |
|
|| |||| ||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || |
|
|
| T |
4009674 |
taatcgaccactttctttgatagatcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatcca |
4009773 |
T |
|
| Q |
609 |
ataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaacca |
708 |
Q |
| |
|
|||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |
|
|
| T |
4009774 |
ataccccaacctgatatagatcatcatcttcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttgttaaaattattctactatcggatcgaaacca |
4009873 |
T |
|
| Q |
709 |
atcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttct |
795 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||| |||| || ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
4009874 |
atcaagagttctaaataacatctctagctgaccttcttccttaacatcatcaagaacaataagaaccttcatacgaccaatccttct |
4009960 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 812
Target Start/End: Original strand, 4217856 - 4218624
Alignment:
| Q |
47 |
atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaa |
146 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||| | | |||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| | || ||||| | ||||||| |
|
|
| T |
4217856 |
atattttttaccttgtcattttccaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgactttgtttactagggtctttaatagattctaggcgaacaa |
4217955 |
T |
|
| Q |
147 |
cctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagc |
246 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| | ||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| |||| || |
|
|
| T |
4217956 |
cctcccgacccatcttttgttgaaagtcatgcatagatattacattatcttcagaaatagtaataagagctttatctttcaacctttctaacccaacggc |
4218055 |
T |
|
| Q |
247 |
cactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttt |
346 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4218056 |
cactgaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt |
4218155 |
T |
|
| Q |
347 |
tgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttccca----t |
442 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||| |||| | |||||| || |||| | |
|
|
| T |
4218156 |
tgctctaagagatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaatttcttgaattggcactttttccagtttttctagttgataaacccacgttt |
4218255 |
T |
|
| Q |
443 |
tcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtact |
542 |
Q |
| |
|
|||| |||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||||||| || ||||||| |
|
|
| T |
4218256 |
tctta-ttatgttttccacgaaacatatgacccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgaccaccttctttgatagatcgtagtact |
4218354 |
T |
|
| Q |
543 |
tcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaac |
642 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4218355 |
taatttcaagatgactttctttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcatcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaac |
4218454 |
T |
|
| Q |
643 |
ttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatct |
742 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |
|
|
| T |
4218455 |
ttcattagcaataagtacttgcttatctctagatgttacaatgattctactatcggatcgaaaccaatcaagagttccaaataacatctctagcagacct |
4218554 |
T |
|
| Q |
743 |
ttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttctatgaatattattcgaca |
812 |
Q |
| |
|
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
4218555 |
tcttccttaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggtcaatccttctatgaatattattagaca |
4218624 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 3920671 - 3919908
Alignment:
| Q |
28 |
tgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttca |
127 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||||||| |||||| |||| ||||| ||| |
|
|
| T |
3920671 |
tgttatctgaaaatgccatataatgtttaccttgtcatttttcaatacatcacaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcgtttttcagggtgttct |
3920572 |
T |
|
| Q |
128 |
ctatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgca |
227 |
Q |
| |
|
||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || |
|
|
| T |
3920571 |
ctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttca |
3920472 |
T |
|
| Q |
228 |
acctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgc |
327 |
Q |
| |
|
| ||||||||| || ||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
3920471 |
agctttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgc |
3920372 |
T |
|
| Q |
328 |
aatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattcttttcagtctgtct |
427 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| | || ||||| ||||| ||| | |||||| ||| ||||| |
|
|
| T |
3920371 |
aatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcataactgagtttcactacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtct |
3920272 |
T |
|
| Q |
428 |
agtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttg |
527 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||| |||| || | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3920271 |
agctgactttcccatacttctttgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttg |
3920172 |
T |
|
| Q |
528 |
atagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaataccccaacttcatatac |
627 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||| |
|
|
| T |
3920171 |
atagctcatagtactccatttcaggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccctaacctcatatag |
3920072 |
T |
|
| Q |
628 |
atcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataac |
727 |
Q |
| |
|
| |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3920071 |
accatcatgatcaacttcattagtccttagtacttgcttatctctggatgttagaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataac |
3919972 |
T |
|
| Q |
728 |
atccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatcc |
791 |
Q |
| |
|
||| ||| ||||| | |||| | |||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
3919971 |
atctcgagctgatctgtctccttgacatcatcaagaacgataagaaccttcatgcggctaatcc |
3919908 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 3956416 - 3955723
Alignment:
| Q |
27 |
atgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttc |
126 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3956416 |
atgttatctaaaattgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggattggataatcgactgcattttctagggtcttc |
3956317 |
T |
|
| Q |
127 |
actatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgc |
226 |
Q |
| |
|
||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||| | |
|
|
| T |
3956316 |
actggattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagatttatctttc |
3956217 |
T |
|
| Q |
227 |
aacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatg |
326 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||| |
|
|
| T |
3956216 |
aacctttctaaaccaacagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaacctcaacccgttgaagaaacatg |
3956117 |
T |
|
| Q |
327 |
caatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattcttttcagtctgtc |
426 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | | || || || | |||| | |||||| ||| |||| |
|
|
| T |
3956116 |
caatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaaattttttatttggcagtcttttaagtttgtc |
3956017 |
T |
|
| Q |
427 |
tagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctcttt |
526 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||| | | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |
|
|
| T |
3956016 |
cagctgactttcccattcttccttgtcttttccacgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttcttt |
3955917 |
T |
|
| Q |
527 |
gatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaataccccaacttcatata |
626 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3955916 |
gaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaacttcatata |
3955817 |
T |
|
| Q |
627 |
catcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataa |
726 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3955816 |
------tatcatcaacttcattagtaataagtacttgcttgtctctaattgttacaattattctactatcagatcgaaaccaatcaagagttccaaataa |
3955723 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 3933892 - 3933132
Alignment:
| Q |
28 |
tgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttca |
127 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||||||| |||||||||||| | |||| | |
|
|
| T |
3933892 |
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T |
|
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227 |
Q |
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| T |
3933795 |
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3933696 |
T |
|
| Q |
228 |
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327 |
Q |
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| T |
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T |
|
| Q |
328 |
aatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattcttttcagtctgtct |
427 |
Q |
| |
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| T |
3933595 |
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3933496 |
T |
|
| Q |
428 |
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527 |
Q |
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| T |
3933495 |
agcttactttcccatacttctttacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctctg |
3933396 |
T |
|
| Q |
528 |
atagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaataccccaacttcatatac |
627 |
Q |
| |
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| T |
3933395 |
atagctcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccctaacctcacatag |
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T |
|
| Q |
628 |
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727 |
Q |
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atcatcattatcaacttcattggtaacaagcacttgcttatttctactggttacaattattctactatctaatcgaaaccaatcaagagatccaaataac |
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T |
|
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728 |
atccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatcc |
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Q |
| |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 791
Target Start/End: Original strand, 3816815 - 3817556
Alignment:
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47 |
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Q |
| |
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T |
|
| Q |
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cctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagc |
246 |
Q |
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3816912 |
tctcccaacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagc |
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T |
|
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247 |
cactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttt |
346 |
Q |
| |
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| T |
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cacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaatccaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt |
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T |
|
| Q |
347 |
tgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattctt |
446 |
Q |
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| T |
3817112 |
tgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcattgcatcataaactttttgaactggcagtcttctaagtttgtctagctgactttcccatactt |
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T |
|
| Q |
447 |
ccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcat |
546 |
Q |
| |
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| || | | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| | || ||| |||||||||||||||||||||| ||| |
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| T |
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T |
|
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547 |
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646 |
Q |
| |
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| T |
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T |
|
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647 |
ttagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatcttttt |
746 |
Q |
| |
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3817412 |
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T |
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| |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 53 - 795
Target Start/End: Original strand, 4024454 - 4025190
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Q |
| |
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T |
|
| Q |
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Q |
| |
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| T |
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T |
|
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attatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct |
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Q |
| |
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attatcgctttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctct |
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T |
|
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353 |
aaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttat |
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Q |
| |
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| T |
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aaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttat |
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T |
|
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gtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaag |
552 |
Q |
| |
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tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttcaag |
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T |
|
| Q |
553 |
atgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcattagca |
652 |
Q |
| |
|
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|
| T |
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T |
|
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ataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaa |
752 |
Q |
| |
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| T |
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T |
|
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tatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttct |
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Q |
| |
|
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|
|
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
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Target Start/End: Original strand, 4001522 - 4002280
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Q |
| |
|
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|
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T |
|
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Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| | |
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|
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T |
|
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cactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttt |
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Q |
| |
|
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|
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T |
|
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tgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattctt |
446 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
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T |
|
| Q |
447 |
ccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcat |
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Q |
| |
|
||||| | |||||||||| | |||||| |||||||||| | ||||||||| |||||| ||||| | | |||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
4001920 |
ccttaacttttccacgaagtaaatgagccaaaactttaacacctaatggaattccttttgcatacgcaaccaccctctttgatagctcatagtactccat |
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T |
|
| Q |
547 |
ttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttca |
646 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
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ttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaatgaaaaagctcaagtgcctcactaggtttcaacaccccaacttcatatatatca-----atcaacttca |
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T |
|
| Q |
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ttagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatcttttt |
746 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
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ttagtaataagtacttgcttgtctctagtcgttacaattatcctactatcggatcgaaaccaatcaagagttccaaataacatctctatttgaccttctt |
4002214 |
T |
|
| Q |
747 |
cctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttctatgaatattattcgaca |
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Q |
| |
|
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||| ||| |||| |
|
|
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #10
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Query Start/End: Original strand, 47 - 789
Target Start/End: Original strand, 3986211 - 3986953
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| |
|
||||||| ||||||||||||||| || ||||| | | |||| |||||||||| |||||| ||| | |||| ||||||| ||||||| ||||||| |
|
|
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|
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246 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| |
|
|
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T |
|
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247 |
cactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttt |
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Q |
| |
|
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|
|
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cactgaattatcaccttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt |
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T |
|
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tgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattctt |
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Q |
| |
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| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||| | || ||||| || || ||| | |||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||| |
|
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| T |
3986511 |
ttctctaaacgatcaagatcatcgtaactgagtttcactacatcatgaacttttttaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatactt |
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|
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447 |
ccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcat |
546 |
Q |
| |
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| || | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||||||||| |||| ||| | |
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|
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3986611 |
ctttgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataattgaccaccctctttgatatttcatcaaactcagt |
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T |
|
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547 |
ttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttca |
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Q |
| |
|
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|
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ttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagtgcaagtgcatcactagaatccaataccccaacctcatatcgatcatcatcgtcaacttca |
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T |
|
| Q |
647 |
ttagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatcttttt |
746 |
Q |
| |
|
||| ||| |||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||| |||| |||||| | |
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| T |
3986811 |
ttatcaaaaagtacttgcttatctctggctgttagaattattctactatctgattgaaaccagtcaagagtttcgaataacatctctagctgatcttcgt |
3986910 |
T |
|
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747 |
cctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaat |
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Q |
| |
|
||| || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |
|
|
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|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 51 - 791
Target Start/End: Original strand, 3809233 - 3809976
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Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||| |||| ||||| ||| ||| ||||||| ||||| ||||| |
|
|
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tttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctc |
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T |
|
| Q |
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ccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccact |
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Q |
| |
|
||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||| || |||||||| |
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|
| T |
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ccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccact |
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T |
|
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gaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgct |
350 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||| |||||||| || | |||||| ||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | || |
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|
| T |
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gaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccactctcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttct |
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T |
|
| Q |
351 |
ctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttcctt |
450 |
Q |
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| T |
3809533 |
ctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttctaagtttgtctagctgactttcccatacttcttt |
3809632 |
T |
|
| Q |
451 |
atgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtact--tc-att |
547 |
Q |
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| T |
3809633 |
attttttccacgaagcatattagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcatattcggtcaccctctttgatacatcacaaaactgatcaact |
3809732 |
T |
|
| Q |
548 |
tcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcat |
647 |
Q |
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| T |
3809733 |
tcaagatcactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagttcttcagtaggacccaataccccaacctcaaacagatcatctttatcaacttcat |
3809832 |
T |
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| Q |
648 |
tagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttc |
747 |
Q |
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| T |
3809833 |
tagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcatattgaaaccaatcacaacttccaaataatttttccagctgatctgtacc |
3809932 |
T |
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| Q |
748 |
ctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatcc |
791 |
Q |
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| T |
3809933 |
cttgacgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatcc |
3809976 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 94 - 593
Target Start/End: Original strand, 4017980 - 4018479
Alignment:
| Q |
94 |
atcccataactgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacatta |
193 |
Q |
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| T |
4017980 |
atcccataaccgactacagcttccagggtctccatttgattcttggcgaacaatttccctacccatttcttgtataatgtcatgcatggatataacatta |
4018079 |
T |
|
| Q |
194 |
tattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaat |
293 |
Q |
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| T |
4018080 |
tctttagaaaaagatataagacctttatctttcaacctttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatctttcaacaaaaattttatgtagt |
4018179 |
T |
|
| Q |
294 |
ccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatc |
393 |
Q |
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| T |
4018180 |
ccactttcaaatttgatccattgaaaaaacatgcaagatctgaaaaaatctttttctctttgcgatccagatcatcataactcaatctcgttacatcttg |
4018279 |
T |
|
| Q |
394 |
aacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaat |
493 |
Q |
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| T |
4018280 |
aacttttttacttggcatttttttaagcttgtctagttgactttcccatactagcttatcttttccgcgaagaagatgagccaaaactttaagaactaat |
4018379 |
T |
|
| Q |
494 |
ggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtg |
593 |
Q |
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| T |
4018380 |
ggaatgcctttggcataattgaccaccctctttgttagctcatagtactcaatttcaagttccttaactttgaaagcattcaaattgaaaagctcaagtg |
4018479 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 53 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 3964166 - 3963629
Alignment:
| Q |
53 |
tttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataactgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctccc |
152 |
Q |
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| T |
3964166 |
tttaccttgtcattttttaatacttcata---aatgtcatcatcccataatcgactacggcttccagggtctccacttgattcttggcgaacaatctccc |
3964070 |
T |
|
| Q |
153 |
ggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactga |
252 |
Q |
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| T |
3964069 |
tacccatgtcttgtataattccatgcatagatataacattatgtttagaaacagaaacaagatctttatctttcaacctttctaacccactggctactga |
3963970 |
T |
|
| Q |
253 |
attatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct |
352 |
Q |
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| T |
3963969 |
attatcactttcagaatctttccacaatagttttaggtagtccactttcaaattcgacccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaaatcttttgctct |
3963870 |
T |
|
| Q |
353 |
aaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttat |
452 |
Q |
| |
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| T |
3963869 |
tcgcgatctagatcatcataactcaatctcattacatcttgaacttttttacttggcatttttctaagcttgtctagttgactttcccatactagcttat |
3963770 |
T |
|
| Q |
453 |
gtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaag |
552 |
Q |
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| T |
3963769 |
cttttccgcggacaagatgcgccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattcaccaccctctttgatagctcattgtactcaatttcaag |
3963670 |
T |
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| Q |
553 |
atgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtg |
593 |
Q |
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| T |
3963669 |
ttccttacctttgaaagcattcaaattgaaaagctcaagtg |
3963629 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 754 - 812
Target Start/End: Complemental strand, 3954608 - 3954550
Alignment:
| Q |
754 |
atcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttctatgaatattattcgaca |
812 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
3954608 |
atcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttctctgaatattattagaca |
3954550 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 803
Target Start/End: Original strand, 13397122 - 13397922
Alignment:
| Q |
5 |
atatttttaaccaaactaacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataggtaatatcaggatcccataact |
104 |
Q |
| |
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| T |
13397122 |
atattttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaattgccaaat-ttttttaccttgtcatttttcaatacatcgtagataatatcaggatcccataatc |
13397220 |
T |
|
| Q |
105 |
gactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaat |
204 |
Q |
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| T |
13397221 |
gactgcattttctagggtcttcactagattcttggcgaacaacctcgcgacccatttcctgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaat |
13397320 |
T |
|
| Q |
205 |
agttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaa |
304 |
Q |
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| T |
13397321 |
agttataagagctttatctttcaacctttctaacccaatagctacagaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtactccactttcaaa |
13397420 |
T |
|
| Q |
305 |
ttcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaa |
404 |
Q |
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| T |
13397421 |
ctcatcccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttctgctctaaacgatcaagatcatcaaaactgagtctcattacatcatgaactttttgaa |
13397520 |
T |
|
| Q |
405 |
ttggtattcttttcagtctgtctagtcgactttcccattcttccttatgtcttccacgaagcatatgagcaaaaactttaagaactaatggaactccttt |
504 |
Q |
| |
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| T |
13397521 |
ttggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatagttctttattctttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatgggattccttt |
13397620 |
T |
|
| Q |
505 |
ggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcgctagaa |
604 |
Q |
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| T |
13397621 |
ggcataatcgaccaccctctttgatacatcataaaactcgttttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcactagaa |
13397720 |
T |
|
| Q |
605 |
ttcaataccccaacttcatata---catcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttattacaattattctactatcagatt |
701 |
Q |
| |
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| T |
13397721 |
tccaataccctaacctcatataaagcatcatcatcaacaacttcattagcaataagtacttgcttatccctggttgttataattattctactatcagatc |
13397820 |
T |
|
| Q |
702 |
gaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttctatgaat |
801 |
Q |
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| T |
13397821 |
gaaaccaatcaagagttccaaataacatctccagctgaccttcttccgtaacatcatcaagaacaataagaaccttcatatggccaatccttctctgaat |
13397920 |
T |
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| Q |
802 |
at |
803 |
Q |
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| T |
13397921 |
at |
13397922 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 480 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 7031099 - 7031024
Alignment:
| Q |
480 |
ctttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtacttcatttcaagatg |
555 |
Q |
| |
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| T |
7031099 |
ctttaagaactagtggaacacctgcggtataatcgaccatcttctttgatagctcatagtactccatttcgagatg |
7031024 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 522 - 586
Target Start/End: Original strand, 7075196 - 7075263
Alignment:
| Q |
522 |
tctttgatagctcatagtacttcatttcaagatgactttgt---ttaaaggcattcaaattgaaaagc |
586 |
Q |
| |
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| T |
7075196 |
tctttgatagcttatagtactccatttcaagatgcttttgtttattaaaggcatgcaagttgaaaagc |
7075263 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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